종교단체가 부동산 중 일부를 비인가 학교로 사용하는 경우 해당부분에 취득세 등을 추징이 적법한지 여부(경정)

[주 문] 처분청이 2008.11.19. 청구인에게 한 취득세 7,460,780원, 농어촌특별세 746,060원, 등록세 7,460,780원, 지방교육세 1,373,090원, 합계 17,040,710원의 부과처분은 1층의 공용면적(238.28㎡)을 이 사건 부동산의 면적(2027.61㎡) 중 학교로 사용하는 면적(31.16㎡)으로 안분하여 그 과세표준 및 세액을 경정한다.

[이 유]

1. 처분 개요

• 가. 청구인은 2007.12.17. OOO 외 1필지 토지 1,805㎡ 및 그 지상 건축물 1,995.65㎡(이하 “이 사건 부동산”이라 한다)를 취득하고 지방세 감면신청을 하였으며 처분청은 지방세법 제107조 제1호 및 제127조 제1항 제1호의 규정에 의하여 이 사건 부동산에 대한 취득세 등을 비과세하였다.
• 나. 처분청은 2008.9.22. 청구인이 이 사건 부동산 중 1층 일부(건물 93.49㎡, 부속토지를 포함하여 이하 “쟁점 부동산”이라 한다)를 비인가 대안학교OOO로 사용하고 있는 사실을 확인한 후 이 사건 부동산의 취득가액(6,450,000,000원)을 쟁점부동산의 건축면적으로 안분한 가액(297,399,647원)을 과세표준으로 하고 지방세법 제112조 제1항 및 제131조 제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 7,460,780원, 농어촌특별세 746,060원, 등록세 7,460,780원, 지방교육세 1,373,090원, 합계 17,040,710원(가산세 포함)을 2008. 11. 19. 부과고지 하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2009.2.16. 이의신청을 하였으나 OOO로부터 2009.4.6. 기각결정을 받자 2009.7.3. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인 주장 쟁점 부동산은 주일에는 예배 및 성경공부를 위한 유년부 교실로 사용되고, 평일에는 대안학교 교실로 사용되고 있으므로 처분청에서 청구인이 쟁점 부동산을 종교목적에 사용하지 아니하고 있다고 보아 비과세하였던 취득세 등을 추징한 것은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구인의 경우 쟁점 부동산에 비인가 학교를 설치하여 유료로 운영하고 있는바 쟁점 부동산의 주된 용도는 학교이므로 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 종교단체가 종교용으로 취득한 부동산 중 일부를 비인가 학교로 사용하는 경우 해당부분에 대하여 비과세한 취득세 등을 추징한 이 건 처분이 적법한지 여부
• 나. 관련 법률

(1) 지방세법 제107조(용도구분에 의한 비과세) 다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세를 부과한다.

1. 제사ㆍ종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득 제127조(용도구분에 의한 비과세) ① 다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 등기ㆍ등록일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 등록세를 부과한다. 1. 제사ㆍ종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 등기

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 출장복명서, 건축물 사용현황, OOO 인터넷홈페이지, 사업자등록증명원, 추징 과세표준 산출내역 등에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 처분청은 2008.9.22. 청구인이 이 사건 부동산 중 1층 일부를 OOO의 교실로 사용하고 있는 사실을 확인하였다. 구분 면적(㎡) 사용현황 지층 629.47 예배실 1층 357.22 OOO 등 2층 357.22 임대(기존 임대차 기간 미종료) 301 325.24 임대(기존 임대차 기간 미종료) 302 교육관 303 임대(기존 임대차 기간 미종료) 305 임대(기존 임대차 기간 미종료) 306 임대(기존 임대차 기간 미종료) 307 교육관 308 교육관 309 교육관 310 교육관 311 교육관 401 325.5 임대(기존 임대차 기간 미종료) 402 교육관 403 유아방 405 목사사택 406 유아 예배당 407 유아 교실 옥탑 31.66

• 주) 1층: OOO 교실(31.16㎡), 청년부실(24.13㎡), 교육관(65.65㎡), 목사 사무실ㆍ주방ㆍ식당ㆍ화장실ㆍ복도 등(236.28㎡) (나) 사업자등록증명원에 의하면 OOO의 대표자는 OOO로, 사업장 소재지는 OOO로, 개업년월일은 2008.2.16.로 각각 기재되어 있다. (다) OOO의 인터넷 홈페이지OOO에 의하면 동 학교에 합격한 학생들은 500만원의 기탁금과 매월 90만원의 납부금을 납부하게 되고, 급식비ㆍ기타 학습활동에 드는 비용을 별도로 부담하는 것으로 안내되어 있다. (라) 처분청은 이 사건 부동산의 취득가액(6,450,000,000원)을 이 사건 부동산의 건축면적(2027.61㎡, 옥탑면적 포함) 중 쟁점부동산의 건축면적(93.49㎡, 전용 31.16㎡ 포함)으로 안분하여 청구인이 학교로 사용하고 있는 부분에 대한 추징 과세표준을 297,399,647원으로 산출하였는바 쟁점부동산의 공용면적(62.33㎡)은 1층에 있는 목사 사무실ㆍ주방ㆍ식당 등 241.94㎡(옥탑 안분면적 포함)를 1층의 나머지 면적 120.94㎡(OOO 교실, 청년부실, 교육관) 중 OOO 교실 면적 31.16㎡으로 안분하여 산출되었다.

(2) 지방세법 제107조 및 제127조 제1항에서 종교를 목적으로 하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산을 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득․등기일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 취득세와 등록세를 부과한다고 규정하고 있는바, 여기서 ‘그 사업에 사용’한다고 함은 현실적으로 당해 부동산의 사용용도가 비영리사업 자체에 직접 사용되는 것을 뜻하므로 종교단체의 경우 취득세와 등록세의 비과세 대상이 되는 것은 종교의식, 예배축전, 종교교육, 선교 등 종교목적으로 직접 사용하는 부동산에 한하는 것이라 할 것이다.

(3) 지방세감면신청서ㆍ출장복명서ㆍ사업자등록증명원 등에 의하면, 청구인이 2007.12.17. 이 사건 부동산을 취득하고 처분청에 사용목적을 종교용으로 신고하여 취득세와 등록세를 비과세 받은 사실과, 2008.2.16.부터 이 사건 부동산 중 일부에 비인가 대안학교인 OOO를 설치하여 유료로 운영하고 있는 사실이 확인되는바, 종교단체의 경우 취득세와 등록세가 비과세되는 것은 종교목적으로 직접 사용되는 경우에 한한다 할 것이므로 비인가 대안학교로 사용되는 부분은 이에 해당된다고 볼 수 없을 것이다. 따라서 처분청에서 청구인이 비인가 대안학교로 사용하고 있는 부분에 대하여 비과세하였던 취득세 등을 추징한 것은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(4) 다만, 과세대상이 건물의 일부에 해당되는 경우 안분대상 공용면적의 범위는 당해 과세대상과 타용도에 공동으로 이용되는 면적을 의미하는 것인바, 이 사건의 경우 청구인이 종교용과 학교용으로 공용하는 1층의 식당ㆍ주방ㆍ목사 사무실ㆍ복도 및 계단ㆍ화장실(238.28㎡)이 이에 해당된다 할 것이므로 동 면적은 이 사건 부동산의 면적 중 학교로 사용하는 면적으로 안분하는 것이 타당하다 할 것인데 처분청의 경우 그러하지 아니하고 위 면적에 옥탑안분면적(5.66㎡)을 포함(241.94㎡)하여 이를 1층에 있는 학교ㆍ청년부실ㆍ교육관의 면적(120.94㎡) 중 학교로 사용하는 면적(31.16㎡)으로 안분하여 과세대상 공용면적을 과다하게 산출하였는바, 추징대상 공용면적은 1층의 공용면적(238.28㎡)을 이 사건 부동산의 면적(2027.61㎡) 중 학교로 사용하는 면적(31.16㎡)으로 하여 산출하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로 지방세법 제77조 제5항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.