[요지] 특별한 사정이 있었다고 보기는 어렵고, 전체 학교시설용지 결정 면적 중 일부 면적에 대한 불법 점유 임차인과의 명도소송 진행 사실도 법인이 이 건 부동산을 유예기간 내에 용도에 직접 사용하지 못한 정당한 사유에 해당한다고 보기는 어렵다
[요지] 특별한 사정이 있었다고 보기는 어렵고, 전체 학교시설용지 결정 면적 중 일부 면적에 대한 불법 점유 임차인과의 명도소송 진행 사실도 법인이 이 건 부동산을 유예기간 내에 용도에 직접 사용하지 못한 정당한 사유에 해당한다고 보기는 어렵다
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분 개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
3. 심리 및 판단
(1) 지방세법(2000.12.29. 법률 제6312호로 개정된 것) 제107조【용도구분에 의한 비과세】다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세를 부과한다.
1. 제사ㆍ종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득 제127조【용도구분에 의한 비과세】① 다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 등기ㆍ등록일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 등록세를 부과한다.
1. 제사ㆍ종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 등기
(2) 지방세법 시행령(2006.12.30. 대통령령 제19817호로 개정되기 전의 것) 제79조【비영리사업자의 범위】① 법 제107조 제1호에서 “대통령령으로 정하는 비영리사업자”라 함은 다음 각 호의 자를 말한다.
2. 초ㆍ중등교육법 및 고등교육법에 의한 학교를 경영하는 자 및 평생교육법에 의한 교육시설을 운영하는 평생교육단체 제94조【비영리사업자의 범위 등】① 법 제127조 제1항 제1호 본문에서 “대통령령으로 정하는 비영리사업자”라 함은 제79조의 규정에 의한 비영리사업자를 말한다.
(1) 먼저, 이 건의 사실관계를 살펴본다. (가) 청구법인은 2004.8.27. 이 건 부동산인 OOOOO OOO OOO 87 대지 340㎡를 임의경매절차를 통해 매수하여 2004.9.14. 소유권이전등기하였고, 이 건 부동산 외에도 <표1>와 같이 OOOOO OOOOO 부지 조성 목적의 부동산을 매수하였다. (나) 처분청은2004.9.2. 고등교육법에 의해 학교를 경영하는 청구법인이 학교 교육시설을 신축하기 위해 이 건 부동산을 취득한 것으로 보아 이 건 부동산을 포함한 4필지의 토지 및 건물에 대하여 취득세 및 등록세를 비과세 처리하였다. (다) 청구법인은 2006.3.27. OOO 외 3인으로부터 OOOOO OOO OOO 83 대지 63㎡, 같은 동 84 대지 545㎡, 같은 동 147-2 대지 14,149㎡의 각 1/2지분을 OOOOO OOOOO 조성부지의 일부토지로 매수하면서 OOO 외 3인과 임차인 사이에 2004.10.10. 체결한 위의 토지관련 임대차계약에 대해 임대인 지위를 승계하며, 그 임대차 기간은 종전 임대차계약에서 2006.10.10.까지로 하는 임대차권리 양도양수계약을 체결한 후 2006.4.7. 소유권 이전등기한 사실이 있다. (라) 청구법인은OOOOOO 실습림이 OO OOO에 위치한 OOOOO(OOOOO)이어서 평상시 실습장으로 사용이 불가함에따라 OOO 캠퍼스가 조성될때까지 이 건 부동산을 포함한 학교부지를 OOOOOO의 묘포지 등 실습용지로 활용하기 위해2006년 4월OOO 캠퍼스 조성부지에 대한 관련 학과(OOOOOO OOOOOO) 실습교육용 활용방안 연구용역 실시하였고,2007학년도 제1학기부터 이 건 부동산을 포함한 학교부지를 묘포장 및 조림학 실습장용으로 사용하고, 2007년 4월 실습장 활용실태를 OOOOO에게 보고한 사실이 있다. (마) 청구법인은 2006.9.6. 상기 (다)의 부동산 관련 임차인인 OOOO에게 임대차 만료기간 30일 전에 임대차계약 해지를 통보하면서 같은부동산상의 지상건물을 철거한 후 2006.10.10.까지 청구법인에게 인도할 것을 문서로 요청하였고, OOOO은 2006.9.25. 새로 이전할 부지를 찾지 못하여 계약기간 1년 연장을 청구법인에 요구한 사실이 있다. (바) 청구법인은2007.1.9. OOOO을 상대로 적치물 철거 및 토지인도 청구의 소를 법원에 제기하여 2007.11.8. 승소하였고, 2007.11.29.에 대체집행을 신청(OOOOOOOOOO)하여 2008.12.12. 대체집행 결정을 받은 사실이 있으며,2007.3.7.에는 철거단행가처분 신청을 하여 2007.4.24. 철거단행가처분 결정을 받은 사실이 있다. (사) 한편, 청구법인은 2006.11.13. OOO교육청에 도시계획시설인 학교용지 지정계획 변경을 공문으로 요청하였고, OOO교육청은 2007.2.21. 학교용지 지정계획 변경요청에 대한 회신(OOOOOO OOOOOOOOOOOO)에서 당초초·중학교 부지를 대학교 부지로 변경하는 것에 동의한 사실이 관련 공문등에 의해 나타난다. (아) 2009.4.3.처분청은OOO 감사결과에서 학교법인인 청구법인이 2004년 8월 학교 기숙사 건축용 토지를 취득하고도 취득일부터 3년이 지난 2009년 3월까지 기숙사 용도 및 기타 교육용도로 사용하고 있지 아니한 사실이 확인되자,2009.5.8. 기 비과세 처리한 이 건 부동산 취득관련 취득세, 등록세를 부과고지하였다. 취득일 OO동지번 면적(㎡) 공부상지목 비고
2004. 9 87 340 대 쟁점토지
2004. 9 88 3,394 전
2004. 9 88-1 3,386 전
2004. 9 100 1,441 전 1차취득소계 (8,561)
2004. 12 81-1 552 전
2004. 12 81-5 621 전
2004. 12 81-6 392 전
2004. 12 81-7 3 전
2004. 12 82 118 대
2004. 12 82-4 209 전 2차취득소계 (1,895)
2006. 4 147-2* 7,074.5 대 1/2공유지분
2006. 4 145-12* 3,065 대
2006. 4 83* 31.5 대 1/2공유지분
2006. 4 84* 272.5 대 1/2공유지분 3차취득소계 (10,443.5)
2006. 9 145-1 211.5 대 1/2공유지분 4차취득소계 (211.5)
2009. 2 147-2 7,074.5 대 1/2공유지분
2009. 2 145-1 211.5 대 1/2공유지분 5차취득소계 (7,286) 합계 (28,397) 도시계획시설(학교) 결정해당 면적23,356㎡ <표1> 청구법인 OOO 캠퍼스 조성용 토지(28,397㎡)취득 현황 * 취득시 승계한 임대차 계약상 임차인에 대한 명도소송 대상 토지임 (2)지방세법제107조 제1호 및 제127조 제1항 제1호, 같은 법 시행령 제79조 제1항 제2호 및 제94조 제1항에 의하면, 초·중등교육법 및 고등교육법에 따른 학교를 경영하는 자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득·등기에 대하여는 취득세·등록세를 비과세 한다고 규정하면서, 그 단서에서는 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득(등기)일로부터 3년 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우그 해당부분에 대하여 취득세 및 등록세를 부과하도록 규정하고 있는바, 여기에서학교법인이 “그 사업에 직접 사용한다고 함”은 학교법인의 교육용 기본재산에 편입된 당해 토지가 당초 학교법인이 제출한 신규 매입토지 활용계획서상의 용도에 직접 사용되는 것으로서 학교법인이 설치·경영하는 사립학교의 교지, 교사, 체육장 등 교육사업 자체에 직접 사용되는 것을 뜻한다고 보아야 하고, “정당한 사유”라 함은 법령에 의한 금지 제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 토지의 취득목적에 비추어 용도에 직접 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단, 용도에 직접 사용할 수 없는 법령 사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 토지를 용도에 직접사용하기 위해 진지한 노력을 다하였는지의 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 종합적으로 고려하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단함이 타당하다 할 것이다.
(3) 살피건대,비과세 대상인 비영리사업자의 부동산 취득ㆍ등기는 특단의 사정이 없는 한 “그 용도에 직접 사용하기 위한 부동산의 취득ㆍ등기”로 보아야 하고,“그 용도에 직접 사용”한다고 함은 당초 신규매입 토지 활용계획서상 기재된 용도에 직접 사용되는 것을 뜻한다 할 것이므로, 이 건 경우 학교법인인 청구법인이 이 건 부동산을 취득ㆍ등기함에 있어 당초 취득세와 등록세의 비과세대상이 되기 위해서는 당초 신규매입토지 활용계획서상의 용도에 직접 사용되고 있어야 할 것이나,처분청의 청구법인에 대한 ‘비과세 사후관리 사항 확인서’에 의하면청구법인이 2004.9.14. 이 건 부동산을취득한 이후 2009.4.3.까지도 당초 취득 목적인 학교 기숙사 건축및 기타 교육용도로 사용하지 아니하고 있다고 확인하고 있는 점,명도소송 진행과정 중에 이 건 부동산을 포함한 나머지 토지를 일부 단과대학 학과의 교육용 실습장으로 임시 사용했다는 사실만으로는 이 건 부동산의당초 활용계획서상 기재된 용도에 직접 사용한 것으로 보기는 어려운 점 등에서 청구법인이 이 건 부동산을 용도에 직접 사용하였다고 보기는 어렵다 할 것이다. 또한, 청구법인이 이 건 부동산을 용도에 직접 사용하지 아니한 것으로 보는 경우에도 여기에는 정당한 사유가 존재한다는 청구주장의 경우, 청구법인이 이 건 부동산 취득당시 전체 학교시설용지 결정 면적을 취득하지 못하면 OO동 캠퍼스 조성사업이 어렵다는 사실을 알고 있었던 점, 이 건 부동산 취득 이후 유예기간이 경과할 때까지도 전체 학교시설용지 결정 면적의 일부인 OOO 83, 84를 매수하지 못하고 있어 캠퍼스 조성을 위한 토지취득 절차도 완료하지 못한 점 등에서 이 건 부동산 취득 당시부터 존재한 법령상 또는 사실상의 장애사유가 충분히 해소될 가능성이 있었다거나 실제 그 해소를 위하여 노력하여 이를 해소하였는데도 예측하지 못한 전혀 다른 사유로 그 사업에 사용하지 못하였다는 등의 특별한 사정이 있었다고 보기는 어렵고, 전체 학교시설용지 결정 면적 중 일부 면적에 대한 불법 점유 임차인과의 명도소송 진행 사실도 청구법인이 이 건 부동산을 유예기간 내에 용도에 직접 사용하지 못한 정당한 사유에 해당한다고 보기는 어렵다 할 것이다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 지방세법제77조 제5항과 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.