기업부설연구소용 건물에 대하여 감면신청을 아니한 경우 취득세 및 등록세 등을 과세함이 적법한지 여부(경정)

[주 문] 청구법인이 2008.9.11. 및 2008.11.11. 신고 및 수정신고한 취득세 27,939,894,730원, 농어촌특별세 4,190,984,180원, 등록세 4,281,358,290원, 지방교육세 856,271,650원, 감면분 농어촌특별세 214,067,900원, 합계 37,482,576,750원은 OOO 1320-10 지상 건물 연면적 196,506.88㎡ 중 8층～15층 30,439.97㎡를 기업부설연구소용 부동산으로서 취득세 및 등록세 등의 면제에 해당하는 것으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정한다.

[이 유]

1. 처분 개요

• 가. 청구법인은 2008.8.14. OOO 1320-10 토지 13,108.3㎡ 지상에 본점 사업용 건물(연면적 196,506.88㎡, 이하 “이 건 건물”이라 한다)을 취득함에 따라 2008.9.11. 이 건 건물의 취득가격 601,237,870,806원을 과세표준으로 하고 지방세법제112조 제1항 및 제3항 및 제131조 제1항 제4호의 세율을 적용하여 산출한 취득세 25,102,963,940원, 농어촌특별세 3,765,444,580원, 등록세 3,846,642,370원, 지방교육세 769,328,470원, 감면분 농어촌특별세 192,332,110원, 합계 33,676,711,470원을 처분청에 신고하고, 2008.9.13. 동 세액을 납부하였다.
• 나. 또한, 이 건 건물에 대한 공사비 정산 등에 따라 발생한 추가공사비 67,924,363,235원을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 2,836,930,790원, 농어촌특별세 425,539,600원, 등록세 434,715,920원, 지방교육세 86,943,180원, 감면분 농어촌특별세 21,735,790원, 합계 3,805,865,280원을 2008.11.11. 처분청에 수정신고하고 동 세액을 납부하였다.
• 다. 청구법인은 이 건 건물 중 8층～15층 30,439.97㎡는 청구법인의 디자인연구소가 입주하여 사용하고 있으므로 지방세법제282조에 의한 기업부설연구소용 부동산으로서 취득세 및 등록세 등을 면제하여야 한다고 주장하며, 2008.12.9. 이의신청(2009.3.2. 기각결정)을 거쳐 2009.5.29. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 이 건 건물을 2008.8.14. 취득하고, 처분청에 2008.9.11. 취득세 등의 신고시 기업부설연구소에 대한 감면신청을 아니하였으나, 2008.6.30. 이 건 건물의 일부를 기업부설연구소로 사용하기로 확정한 후 이 건 건물을 취득하였으며, 내부공사를 완료하고 2008.11.21. 청구법인의 디자인연구소가 입주하여 기업부설연구소로 사용되고 있음이 확인되므로 이 건 건물 중 기업부설연구소로 사용되는 8층～15층(30,439.97㎡)에 대하여는 취득세 및 등록세 등을 면제하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 기업부설연구소에 대한 취득세 및 등록세 등의 면제를 적용받기 위해서는 지방세법제292조와 같은 법 시행령 제231조에서 취득일부터 30일 이내에 감면신청을 하도록 규정되어 있음에도 청구법인은 감면신청을 아니하였고, 취득세 및 등록세는 특정시점에서 과세여부를 판단하는 것으로서 지방세 법령이 정한 기간내에 감면신청을 하지 아니한 경우는 그 감면을 적용받을 수 없다 할 것이며, 청구법인이 이 건 건물을 취득하고 처분청에 취득세 등 신고시 첨부서류로 제출한 신축건물신고서의 건물용도란에도 “업무시설”로 기재되어 있어 처분청이 이 건 건물의 일부가 기업부설연구소임을 알 수 있는 상태가 아니었으므로 취득세와 등록세를 면제하지 아니함은 적법하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 기업부설연구소용 건물에 대하여 감면신청을 아니한 경우 취득세 및 등록세 등을 과세함이 적법한지 여부
• 나. 관련 법령

(1) 지방세법 제282조(기업부설연구소용 부동산에 대한 면제) 대통령령이 정하는 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(부속토지는 건축물 바닥면적의 7배 이내의 것에 한한다. 이하 이 조에서 같다)에 대하여는 취득세 및 등록세를 면제하고, 과세기준일 현재 기업부설연구소용에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세를 면제한다. 다만, 연구소 설치후 4년 이내에 정당한 사유없이 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다. 제292조(감면신청) 이 장의 규정에 의하여 지방세의 감면을 받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 지방세 감면신청을 하여야 한다. 다만, 시장ㆍ군수가 감면대상임을 알 수 있을 때에는 직권으로 감면할 수 있다.

(2) 지방세법 시행령 제228조(기업부설연구소) 제282조에서 “대통령령이 정하는 기업부설연구소”라 함은 토지 또는 건축물을 취득한 후 4년 이내에 기술개발촉진법 제7조 제1항 제2호의 규정에 의한 기준을 갖춘 연구소로서 교육과학기술부장관의 인정을 받은 것을 말한다. 제231조(감면신청) 법 제292조의 규정에 의하여 지방세의 감면신청을 하고자 하는 자는 다음 각호에 정하는 기간내에 행정안전부령이 정하는 지방세감면신청서를 관할시장ㆍ군수에게 제출하여야 한다.

1. 취득세ㆍ등록세의 감면을 받고자 하는 경우에는 감면대상 부동산을 취득한 날부터 30일 이내

(3) 기술개발촉진법 제7조(특정연구개발사업의 추진 등) ① 교육과학기술부장관은 핵심산업기술을 중점적으로 개발하기 위한 연구개발사업(이하 “특정연구개발사업”이라 한다)에 관한 계획을 수립하고, 연도별로 연구과제를 선정하여 이를 다음 각 호의 기관 또는 단체와 협약을 맺어 연구하게 할 수 있다. 이 경우 제2호의 기관 중 대표권이 없는 기관에 대하여는 그 기관이 속한 법인의 대표자와 협약할 수 있다.

2. 연구인력ㆍ시설 등 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 기업부설연구소(이하 “기업연구소”라 한다) 및 기업의 연구개발전담부서

(4) 기술개발촉진법 시행령 제15조(특정연구개발사업 참여기관 등의 기준) ① 법 제7조 제1항 제2호에서 “대통령령이 정하는 기준에 해당하는 기업부설연구소”라 함은 다음 각호의 구분에 따른 연구전담요원을 늘 확보하고 독립된 연구시설을 갖춘 기업부설연구기관으로서, 교육과학기술부령이 정하는 사항을 신고하여 교육과학기술부장관의 인정을 받은 기관을 말한다. 제28조 (권한의 위탁) ① 법 제16조의 규정에 의하여 교육과학기술부장관 또는 지식경제부장관은 다음 각 호의 사항에 관한 권한을 민법 제32조 및 공익법인의 설립ㆍ운영에 관한 법률에 따라 과학기술부장관의 허가를 받아 설립된 한국산업기술진흥협회에 위탁한다.

2. 제15조 제1항의 규정에 의한 기업부설연구소의 신고의 수리 및 인정에 관한 사무

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 먼저, 이 건의 사실관계를 보면, (가) 청구법인은 이 건 건물을 신축하여 2008.8.14. 사용승인을 받아 취득하였고, 이 건 건물은 지하 8층, 지상 44층으로서 연면적 196,506.88㎡이며, 지상 8층～15층 연면적 30,439.97㎡는 청구법인의 디자인연구소로 사용하고 있고, 등기부상에는 이 건 건물 전체에 대하여 “철골철근콘크리트조 44층 업무시설, 판매시설, 근린생활시설”로 등재되어 있으며, 건축물대장에는 지상 8층～15층이 “업무시설(사무소)”로 되어 있다. (나) 청구법인의 디자인연구소OOO는 1994.8.19. 한국산업기술진흥협회로부터 기업부설연구소인정서OOO를 교부받았다. (다) 청구법인은 2008.6.30. 이 건 건축물에 디자인연구소의 입주를 확정OOO하고, 2008.7.3. OOO(주)에 디자인연구소의 이전에 따른 인테리어 설계를 요청OOO하였다. (라) 청구법인은 디자인연구소의 이전계획에 따라 종전 소재지의 임대인인 OOO(주)에 2008.7.4. 임대차계약 해지를 통보하였다. (마) 청구법인의 디자인연구소는 2008.9.13. 이 건 건축물로 이전하는 계획을 수립하고, 2008.9.18. OOO(주)와 디자인연구소 인테리어공사 선 착공합의서를 작성하였다. (바) 청구법인은 2008.10.15. OOO(주)와 공사도급계약 체결하면서, 공사금액을 6,600,000,000원(부가가치세 포함)으로 하고 2008.12.31.까지 준공하는 것으로 약정하였다. (사) 청구법인의 디자인 연구소는 2008.11.21. 이 건 건물에 입주하면서, 한국산업기술진흥협회에 2008.12.9. 소재지 변경신고를 하고, 2008.12.26. 기업부설연구소 인정서를 정정 교부받았다 (아) 청구법인은 2008.12.9. 디자인연구소가 기업부설연구소용 부동산에 해당하므로 취득세와 등록세 등을 면제하여야 한다고 주장하며 처분청에 이의신청을 하였고, 처분청은 2009.2.5. 이 건 건물에 출장하여 이 건 건물 중 8층～15층이 디자인연구소로 사용되고 있음을 확인하였다.

(2) 지방세법제282조에서 기업부설연구소에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세 및 등록세를 면제하는 것으로 규정하고 있고, 같은 법 제228조에서 기업부설연구소는 토지 또는 건물을 취득한 후 4년 이내에 기술개발촉진법에 의한 기준을 갖춘 연구소로서 교육과학기술부 장관의 인정을 받은 것을 말하는 것으로 규정하고 있으며, 기술개발촉진법 시행령제15조 및 제28조에서 기업부설연구소는 연구전담요원을 늘 확보하고 독립된 연구시설을 갖춘 기업부설연구기관으로서 한국산업기술진흥협회에 신고하여 인정을 받은 기관을 말하는 것으로 규정하고 있고, 지방세법제292조 및 같은 법 시행령 제231조에서는 취득세․등록세의 감면을 받고자 하는 경우에는 감면대상 부동산을 취득한 날부터 30일 이내에 감면신청서를 관할시장․군수에게 제출하여야 하는 것으로 규정하고 있다.

(3) 청구법인의 디자인연구소는 한국산업기술진흥협회에 신고하여 인정을 받은 기관이며, 지방세법제282조 및 같은 법 시행령 제228조에서 규정하는 기업부설연구소이고, 청구법인이 이 건 건물을 2008.8.14. 취득한 후 2008.11.21. 동 건물의 8층～15층(연면적 30,439.97㎡)에 디자인 연구소가 입주하여 기업부설연구소로 사용하고 있는 사실에 대하여는 청구법인과 처분청 사이에 다툼이 없다.

(4) 처분청은 기업부설연구소에 대한 취득세와 등록세 등의 면제를 받기 위해서는 감면대상 부동산을 취득한 날부터 30일 이내에 감면신청을 하도록 규정하고 있는데 청구법인은 감면신청을 하지 아니하였고, 청구법인이 취득세 등을 신고할 당시 이 건 건물 중 일부를 기업부설연구소로 사용하는 사실을 알 수 없었으므로 직권으로 취득세와 등록세 등을 면제할 수 없는 것으로 보고 있으나, 기업부설연구소용 부동산에 대한 면제에 관하여 규정하고 있는 지방세법제282조 소정의 취득세 및 등록세 면제는 그 면제요건이 충족되면 당연히 감면되고 감면신청이 있어야만 감면되는 것은 아니라고 할 것이고, 그 감면신청에 관한 규정인 같은 법 제292조 및 같은 법 시행령 제231조의 규정은 납세의무자로 하여금 과세표준 및 세액의 결정에 필요한 서류를 정부에 제출하도록 협력의무를 부과한 것에 불과하므로 감면신청서의 제출이 없다고 하더라도 같은 법 제282조 소정의 면제요건에 해당되는 경우에는 취득세와 등록세 등을 면제하여야 할 것OOO이다.

(5) 청구법인의 디자인연구소 공사도급계약서, 처분청의 현지출장 확인내용, 기업부설연구소 인정서, 현황 사진 등에 의하면, 청구법인은 2008.6.30. 이 건 건물의 일부를 기업부설연구소로 사용하기로 확정한 후 이 건 건물을 취득(2008.8.14. 사용승인)하였고, 실제 이 건 건물의 8층～15층을 기업부설연구소로 사용하고 있음이 확인되므로 이 건 건물의 기업부설연구소는지방세법제282조에서 규정하고 있는 “기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산”에 해당한다 할 것이며, 이 건 건물의 기업부설연구소가 이러한 감면요건을 충족하고 있음이 분명하고 청구법인이 취득세 등을 신고한 이후라도 감면대상임을 인지하고 청구기간 이내에 불복청구를 제기한 이상 청구법인이 2008.8.14. 취득한 이 건 건물(연면적 196,506.88㎡) 중 8층～15층(연면적 30,439.97㎡)에 대하여는 기업부설연구소용 부동산으로서 취득세와 등록세를 면제하여야 할 것으로 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세법제77조 제5항과 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.