부동산등기가 등록세 중과세대상에 해당되는 것으로 볼 수 있는지 여부(기각)

[참조결정] 조심2009지0080 /

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분 개요

• 가. 청구법인은 대도시 내인 OOO OOO OOO OOO OOOOOO OOOO 2층(이하 “종전 본점 소재지”라 한다)에 본점을 두고 사업을 영위하다가 2007.12.4. 대도시 외의 지역인 OOOO OOO OOO 66-4로 본점을 이전한 후 2008.2.14. 종전 본점 소재지에 지점(OOOO)을 설치한 후 2008.6.4. 대도시 내에 위치하고 있는 OOO OOO OOO OOO 923-5상의 업무시설용 건축물 601호와 701호(건물 전용면적 각각 810.23㎡, 각각의 부속토지 225.55㎡를 포함하여 이하 “이 건 부동산”이라 한다)를 취득하고 같은 날 그 취득가액 1,596,000,000원(각각 798,000,000원)을 과세표준으로 하고 구 지방세법(2008.12.31. 법률 제9302호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제131조 제1항의 세율을 적용하여 산출한 등록세 등 합계 38,304,000원을 신고·납부하였다.
• 나. 그 후 처분청은 행정안전부 감사결과 청구법인이 2008.9.9. 이 건 부동산으로 지점을 이전 설치한 사실을 확인하고 이 건 부동산등기가 법인이 대도시 내에 지점을 설치한 다음 5년 이내 취득한 부동산등기에 해당되는 것으로 보아 그 취득가액에 구 지방세법 제138조 제1항의 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액을 차감한 등록세 82,219,520원, 지방교육세 15,167,100원, 합계 97,386,620원(가산세 포함)을 2009.3.24. 청구법인에게 부과고지 하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2009.5.20. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 처분청은 청구법인이 대도시 내인 OOO OOO OOO 소재에서 2007.12.4. 대도시 외인 OOOO OOO OOO 소재로 본점을 이전한 후 2008.6.4. 이 건 부동산을 취득하고 이에 지점등기를 한 것이 대도시 내에서의 지점 설치와 관련된 부동산등기에 해당된다고 보아 중과 등록세율을 적용하여 산출한 이 건 등록세 등을 과세하였는데, 법인등기부등본상의 OOOO OOO OOO과 OOO OOO OOO 소재의 본점은 사실상 지방소재 현장사무실로 단지 지방에서의 공사를 수주하기 위해 형식상 본점을 이전한 것으로 하였을 뿐 실질적으로는 종전 본점 소재지에 있던 본점을 계속하여 유지한 채 사업을 영위하고 있으므로 이 건 부동산을 취득한 것은 지점 설치와 아무런 관련성이 없을 뿐만 아니라 사실상 설립한 지 5년이 경과한 법인이 본점용 부동산을 취득한 것에 불과하다 할 것이어서 이를 지점용 부동산으로 보아 이 건 부동산등기에 대하여 등록세를 중과세한 것은 부당하다.
• 나. 처분청 등 의견 대법원 판결(OOOOOO, OOOOOOOOOO)에서 법인이 서울특별시 내에 본점을 두고 업무를 처리하던 중 본점을 서울특별시 외로 이전하고 그 본점자리에 서울사무소를 두고 계속 업무처리를 하여 왔다면 위 본점을 이전한 날 그 본점자리에 서울지점 또는 분사무소를 설치하였다 하겠으므로 그로부터 5년 내에 위 법인이 서울지점 사무소 및 사업장으로 사용하기 위한 대지나 건물을 취득하여 등기를 경료하였다면 이는 등록세 중과세대상에 해당된다고 판시하고 있는바, 청구법인은 2007.12.4. 본점 소재지를 OOOO OOO OOO 667-4로 이전하였다가 다시 2008.9.9. OOO OOO OOO 1662-2 201호로 이전하여 사업자등록(OOOO OOOOOOOOOOOO)을 하였고, 2008.2.14. 종전 본점 소재지에 지점(OOOO)을 설치한 후 지점 사업자등록(OOOO OOOOOOOOOOOO)을 한 다음 2008.6.4. 이 건 부동산을 취득한 다음 2008.9.9. 이 건 부동산으로 지점을 이전 설치하고 이에 인적·물적설비를 갖추어 계속하여 사무 또는 사업을 영위하고 있는 이상, 이 건 부동산등기는 법인이 대도시 내에 지점을 설치한 후 5년 이내에 취득한 부동산등기에 해당된다 할 것이어서 중과세율을 적용하여 산출한 이 건 등록세 등을 부과고지한 것은 적법하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 대도시 내의 법인이 대도시 외의 지역으로 본점을 이전하고 당초 본점 자리에 지점을 설치하여 사업을 영위하다가 이로부터 5년 이내에 대도시 내의 부동산을 취득한 다음 당해 부동산에 지점을 이전 설치한 경우 당해 부동산등기가 등록세 중과세대상에 해당되는 것으로 볼 수 있는지 여부
• 나. 관련 법령 등

(1) 지방세법(2008.12.31. 법률 제9302호로 개정되기 전의 것) 제138조【대도시 지역내 법인등기 등의 중과】① 다음 각 호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다. 다만, 수도권정비계획법 제6조 제1항 제1호의 규정에 의한 과밀억제권역(산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률의 적용을 받는 산업단지를 제외한다. 이하 이 조에서 “대도시”라 한다)안에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령이 정하는 업종과 법인이 사원에게 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 대통령령이 정하는 주거용부동산(취득일부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 당해 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 2년 이상 당해 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하는 경우를 제외한다)에 관한 등기 및 외국인투자촉진법에 의한 외국인투자기업이 2003년 12월 31일까지 행하는 공장의 신설 또는 증설에 따른 부동산등기(외국인투자비율에 해당하는 부동산의 등기에 한한다)에 대하여는 그러하지 아니하다.

3. 대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소 지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기

③ 제1항의 규정에 의한 등록세 중과세의 범위와 적용기준 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정하고, 제1항 제4호의 규정에 의한 공장의 범위와 적용기준은 행정안전부령으로 정한다.

(2) 구 지방세법 시행령(2008.12.31. 대통령령 제21217호로 개정되기 전의 것) 제102조【대도시내 법인 등 중과세의 범위와 적용기준】② 법 제138조 제1항 제3호에서 “법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기”라 함은 당해 법인 또는 지점 등이 그 설립·설치·전입(수도권의 경우 서울특별시외의 지역에서 서울특별시내로의 전입은 대도시내로의 전입으로 본다. 이하 이 조에서 같다)이전에 취득하는 일체의 부동산등기(채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는 부동산등기를 제외한다. 이하 이 조에서 같다)를 말하며, “그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기”라 함은 법인 또는 지점등이 설립·설치·전입 이후 5년 이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말한다. 이 경우 일체의 부동산등기에는 공장의 신설·증설, 공장의 승계취득, 당해 대도시내에서의 공장의 이전 및 공장의 업종변경에 따르는 부동산취득등기를 포함하며, “지점 등”이라 함은 행정안전부령이 정하는 사무소 또는 사업장을 말한다.

(3) 구 지방세법 시행규칙(2008.12.31. 행정안전부령 제55호로 개정되기 전의 것) 제55조의2【사무소 등】영 제102조 제2항 후단에서 “행정안전부령이 정하는 사무소 또는 사업장”이라 함은 법인세법·부가가치세법 또는 소득세법의 규정에 의하여 등록된 사업장(법인세법·부가가치세법 또는 소득세법의 규정에 의한 비과세 또는 과세면제대상 사업장과 부가가치세법 시행령 제6조의3에 따라 승인을 얻은 사업자단위과세적용사업장의 종된 사업장으로 신고된 사업장을 포함한다)으로서 인적·물적설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업이 행하여지는 장소를 말한다. 다만, 다음의 장소는 제외한다.

1. 영업행위가 없는 단순한 제조·가공장소

2. 물품의 보관만을 하는 보관창고

3. 물품의 적재와 반출만을 하는 하치장

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 1999.12.22. 청구법인은 본점 소재지를 OOO OOO OOO OOO 1386-18 근린상가 2층으로 하여 법인설립등기절차를 완료하고사업을 영위하다가 2005.9.13.에는 OOOOO OOOO OOO OOOOOO OOOO 지하층으로, 2006.12.14.에는 OOO OOO OOO OOO OOOOOO OOOO 2층(종전 본점 소재지)으로 본점을 이전하였다가 2007.12.4. OOOO OOO OOO 667-4로 본점을 이전하였다.

(2) 2008.2.14. 청구법인은 종전 본점 소재지에 지점(OOOO)을 설치하고 관할 세무서장에게 사업자등록을 한 다음 2008.6.4. 이 건 부동산을 취득한 후 2008.9.9. 이 건 부동산 소재지로 지점을 이전 설치하였다.

(3) 청구법인의 임대차계약서상 사무실 운영 현황과 전화 및 전기사용 현황은 아래 표와 같다. <표1> 사무실 운영 현황 <표2> 전화요금 납부현황 구분 OOO OOO OOOO OOO 2007년 10월(9월분) 648,100원

• 2007년 11월(10월분) 639,613원

• 2007년 12월(11월분) 758,380원

• 2008년 1월(12월분) 772,710원 92,040원 2008년 2월(1월분) 796,750원 28,320원 <표3> 전기사용 현황 사용기간 OOO OOO 사용기간 OOOO OOO 요금(원) 사용량 (㎾h) 요금(원) 사용량 (㎾h) 공용 전용 2007.12. 5. ～ 2008. 1. 4. 20,148 465,320 4,355 2007.12.17. ～ 2008. 1.16. 96,550 821

2008. 1. 5. ～ 2008. 2. 4. 24,777 581,070 6,007

2008. 1.17. ～ 2008. 2.16. 112,190 1,041

2008. 2. 5. ～ 2008. 3. 4. 24,369 504,160 5,083

2008. 3. 5. ～ 2008. 4. 4. 23,340 373,650 3,702

2008. 4. 5. ～ 2008. 5. 4. 23,415 272,980 2,248

2008. 4.17. ～ 2008. 5.16. 238,640 513

2008. 5. 5. ～ 2008. 6. 4. 23,115 329,200 3,060

2008. 5.17. ～ 2008. 6.16. 69,990 511

2008. 6. 5. ～ 2008. 7. 4. 23,586 401,760 3,851

2008. 7. 5. ～ 2008. 8. 4. 24,156 186,530 696

(4) 한편, 청구법인은 각 연도별 귀속 법인세에 대하여 법인등기부등본상 본점 소재지를 관할하는 세무서장에게 각각 신고납부하였다.

(5) 대도시 내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시 내로의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산취득등기에 대하여 등록세를 중과하는 지방세법의 입법취지는 대도시의 인구팽창의 억제, 환경의 순화보존 및 지역간의 균형적 발전 등을 도모하기 위함에 있으므로 이러한 입법취지에 비추어 볼 때, 등록세 중과대상이 되는 대도시 내로의 법인의 본점 전입 이후 부동산취득등기에는 본점의 전입등기는 이루어지지 아니하였지만 실질적으로 대도시 외에서 대도시 내로 본점을 전입한 법인이 사실상 본점 전입일부터 5년 이내의 부동산취득등기도 포함한다고 보아야 할 것이어서(OO OOOOOOO, OOOOOOOOOO OO O, OOO OOOOOOOOOO OO OOOOOOOOO OO OO), 공부상 대도시 외의 지역으로 본점을 이전한 것으로 등재되어 있다 하더라도 대도시 내에 따로 설치한 사무실에서 본점의 기능을 수행하고 있는 경우 이는 사실상 본점이 대도시 내에서 계속하여 유지되고 있는 것으로 보아야 하겠고, 그 후 당해 법인이 취득하는 부동산등기가 등록세 중과세 대상이 되는지 여부 또한 사실상 본점의 설치 또는 전입일을 기준으로 판단함이 타당하다 할 것이나, 청구법인의 경우 2007.12.4. OOO OOO OOO 소재에서 OOOO OOO OOO 소재로 본점을 이전한 다음 2008.2.14. 종전 본점 소재지에 지점(OOOO)를 설치하였고, 그 후 2008.6.4. 이 건 부동산을 취득하고 사업자등록을 한 다음 2008.9.9. 이 건 부동산 소재지에 지점을 이전 설치한 점, 청구법인의 사무실 운영현황이나 전화 및 전기사용 현황에서 공부상 지점 소재지인 OOO OOO를 관할 기관에 납부한 요금이 공부상 본점 소재지인 OOOO OOO 관할 기관에 납부한 요금보다 많다고는 하나 이러한 사실만으로는 실질적으로 본점을 이전하지 아니하였다고 단정하기는 어려운 점, 청구법인은 각 연도별 귀속 법인세에 대하여 본점 소재지 관할 세무서장에게 각각 신고납부한 점, 청구법인 또한 본점을 이전한 이유가 지방에서의 공사를 수주하기 위함에 있다고 진술하고 있는 점 등을 종합하여 볼 때, 청구법인은 2007.12.4. OOOO OOO 소재로 본점을 이전하였다고 봄이 타당하다 하겠고, 그렇다면 청구법인은 종전 본점 소재지에 지점을 설치하고 이로부터 5년 이내에 이 건 부동산을 취득한 이상, 구 지방세법 제138조 제1항 제3호 및 같은 법 시행령 제102조 제2항에서 등록세 중과세 대상으로 규정하고 있는 대도시 내에서 지점 설치 이후 5년 이내에 취득하는 부동산등기에 해당된다 할 것이다. 따라서 처분청이 이 건 등록세 등을 청구법인에게 부과고지한 것은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 지방세법 제77조 제5항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.