현물출자로 취득한 사업용 재산에 대한 취득세 및 등록세 감면세액에 대하여 농어촌특별세를 신고납부 한 것이 적법 여부(기각)

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분 개요 가.청구법인은2008.11.10. OOO OOO OOO OOO OOOOO 외 1필지 토지 538.467㎡ 및 동 지상 건축물 2,619.483㎡(이하 “이 건 부동산”이라 한다)를 OOO로부터 현물출자방식으로 취득한 후,2008.11.18.조세특례제한법제32조 및 같은 법 제119조 제4항의규정에 따라 이 건 부동산의 등록세438,548,580원을감면받으면서, 동 세액을 과세표준으로 하고농어촌특별세법제5조제1항 제1호의 세율을 적용하여 산출한 농어촌특별세 87,709,710원을 처분청에 신고하고 2008.11.19. 이를 납부하였다.

• 나. 청구법인은 이에 불복하여 2009.2.11. 이의신청을 제기하였으나 2009.3.28. 이의신청 결정권자인 OOOOO로부터 기각 결정을 받고 2009.5.21. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 OOOOO 의견

• 가. 청구법인 주장 거주자의 법인전환시 현물출자로 부동산을 취득할 경우 조세특례제한법제119조 제4항 및 같은 법 제120조 제5항에 의하여 등록세 및 취득세가 면제되며 그 면제된 세액에 대해 농어촌특별세법제5조 제1항 제1호에 의하여 그 감면된 취득세 또는 등록세의 100분의 20에 해당하는 농어촌특별세를 부과하도록 규정하고있으므로 처분청이 청구법인에게 이 건 농어촌특별세를 신고납부토록 하였으나, 농어촌특별세법제5조 제1항 제1호에서 취득세 또는 등록세라고명시하고 있고, “또는”이라는 용어는 어느 한쪽만을 선택한다는 뜻이므로 감면된 취득세와 등록세 중 어느 한 세목에 대하여만 농어촌특별세를 부과하여야 하며, “또는” 이라는 단어의 뜻이 선택이라는 뜻으로 사용될 수도 있고, 모두 다 포함하는 것으로사용할 수 있어 애매모호하다면 납세자가 유리한 쪽으로 해석하는것이 “납세자의 재산권이 부당히 침해되지 아니하도록 하여야 한다.”는 국세기본법제18조 제1항에 부합되는 바, 일반적으로부동산 거래시 농어촌특별세는 취득세에만 부과되는 것이고 등록세에는 농어촌특별세가 부과되지 아니하는 것이므로 이 건 등록세에 감면분에 대하여 부과된 농어촌특별세는 취소·환급 되어야 한다.
• 나. OOOOO 의견 농어촌특별세법 제3조 제1호에서 “취득세 또는 등록세의 감면을 받은 자”는 농어촌특별세를 납부할 의무를 지도록 규정하고 있는바, 위 규정의 취지는 취득세를 감면받는 자와 등록세를 감면받는 자모두에게 농어촌특별세 납세의무를 부여하고자 함에 있다고 보이므로취득세와 등록세를 동시에 감면받은 경우 그 각각의 감면세액에 대해농어촌특별세 납세의무가 있는 것이라 해석함이 합리적이라 할 것이며, 취득세와 등록세는 별개의 세목으로서 각각의 규정에 의거 과세대상, 세율, 감면율 등이 결정되는 것으로 신청인의 주장과 같이취득세와 등록세를 동시에 감면받은 경우 그 중 어느 한 세목에만농어촌특별세를 부과하는 것은 공평과세의 원칙에 어긋나는 것으로서, 청구법인의 경우 조세특례제한법제119조 제4항에 의거 취득세를, 같은 법 제120조 제5항에 의거 등록세를 각각 감면 받았는바, 그 감면세액의100분의 20에 해당하는 농어촌특별세를 각각 납부하여야 하는 것이므로청구인이 이 건 등록세감면세액에 대하여 농어촌특별세를 신고납부 한 것은 적법하다

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 현물출자로 취득한 사업용 재산에 대한 취득세 및 등록세감면세액에대하여 농어촌특별세를 신고납부 한 것이 적법한지 여부
• 나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법 제32조 (법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세) ① 거주자가사업용고정자산을 현물출자하거나 대통령령으로 정하는 사업 양도ㆍ양수의 방법에 따라 2012년 12월 31일까지 법인(소비성서비스업을 영위하는 법인을 제외한다)으로 전환하는 경우 당해 사업용고정자산에 대하여는 이월과세를 적용받을 수 있다. 제119조 (등록세의 면제 등) ④ 제32조의 규정에 따른 현물출자 또는 사업양수도에 따라 취득하는 사업용 재산에 관한 등기에 대하여는 등록세를 면제한다. 다만, 등기일부터 2년 이내에 대통령령이 정하는 정당한 사유없이 당해 사업을 폐지하거나 당해 재산을 처분(임대를 포함한다)하는 경우에는 감면받은 세액을 추징한다. 제120조 (취득세의 면제 등) ⑤ 제32조의 규정에 따른 현물출자 또는 사업양수도에 따라 취득하는 사업용재산에 대하여는 취득세를 면제한다. 다만, 취득일부터 2년 이내에 대통령령이 정하는 정당한 사유없이 당해 사업을 폐지하거나 당해 재산을 처분(임대를 포함한다)하는 경우에는 감면받은 세액을 추징한다.

(2) 농어촌특별세법 제2조(정 의) ① 이 법에서 “감면”이라 함은 조세특례제한법ㆍ관세법 또는 지방세법에 의하여 소득세ㆍ법인세ㆍ관세ㆍ취득세 또는 등록세가 부과되지 아니하거나 경감되는 경우로서 다음 각호의 1에 해당하는 것을 말한다.

1. 비과세ㆍ세액면제ㆍ세액감면ㆍ세액공제 또는 소득공제

2. 조세특례제한법 제72조 제1항의 규정에 의한 조합법인 등에 대한 법인세 특례세율의 적용 또는 동법 제89조 제1항, 제89조의 2, 제89조의3 및 제91조의 규정에 의한 이자ㆍ배당소득에 대한 소득세 특례세율의 적용

② 이 법에서 “본세”라 함은 다음 각호의 것을 말한다.

1. 제5조 제1항 제1호의 규정에 의한 농어촌특별세의 경우에는 감면을 받는 당해 소득세ㆍ법인세ㆍ관세ㆍ취득세 또는 등록세 제3조 (납세의무자)

1. 제2조제1항 본문에 규정된 법률에 의하여 소득세·법인세·관세·취득세 또는 등록세의 감면을 받는 자

5. 지방세법에 의한 취득세 또는 레저세의 납세의무자 제5조 (과세표준과 세율) ① 농어촌특별세는 다음 각호의 과세표준에 해당 세율을 곱하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다. 호별 과 세 표 준 세 율 1 조세특례제한법ㆍ관세법 및 지방세법에 의하여감면을 받는 소득세·법인세·관세·취득세 또는등록세의감면세액(제2호의 경우를 제외한다) 100분의 20

• 다. 사실관계 및 판단 (1)청구법인이 2008.11.10. 설립되었고, 2008.11.13. 청구법인과 OOO간에 현물출자를 포함한 포괄적 사업양수도 계약이 체결되었으며, 2008.11.18.청구법인이 처분청에이 건 농어촌특별세 신고를 한 후, 2008.11.19. 이를 납부한 사실은 제출된 자료에 의하여 알 수 있다.

(2) 농어촌특별세법 제2조 제1항에서 이 법에서 감면이라 함은 조세특례제한법ㆍ관세법 또는 지방세법에 의하여 소득세ㆍ법인세ㆍ관세ㆍ취득세 또는 등록세가 부과되지 아니하거나 경감되는 경우로서 다음 각호의 1에 해당하는 것을 말한다고 규정하면서 그 제1호에서 비과세ㆍ세액면제ㆍ세액감면ㆍ세액공제 또는 소득공제라 규정하고 있고, 같은 법 제3조 제1호에서 제2조 제1항 본문에 규정된법률에 의하여 소득세·법인세·관세·취득세 또는 등록세의 감면을 받는자를 납세의무자로 규정하고 있으며, 같은 법제5조 제1항 제1호에서조세특례제한법ㆍ관세법 또는 지방세법에 의하여 감면을 받는 소득세·법인세·관세·취득세 또는등록세에 100분의 20을 곱하여계산한 금액을 농어촌특별세 세액으로 한다고 규정하고 있는바,동 조항에서 농어촌특별세의 과세표준으로 규정하고 있는 관련법령에의하여 감면을 받은소득세·법인세·관세·취득세 또는등록세라함은 열거된 세목 중 임의적으로 어느 한 세목만을 선택하여 농어촌특별세의 과세표준으로 하여야 함을 의미하는 것이 아니라 포괄적으로열거된모든 세목을 농어촌특별세의 과세표준으로 하여야 함을 의미하는 것으로 보는 것이 공평과세원칙에 부합한다고 할 것이다.

(3) 청구법인이 이 건 부동산을 취득·등기하면서 조세특례제한법 제119조 제4항 및 같은 법 제120조 제5항의 규정에 따라 취득세및 등록세를 면제받은 이상, 청구법인이 면제받은 취득세 및 등록세의면제세액에 대하여 이 건 농어촌특별세를신고납부 한 것은 적법하다고할 것이므로 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다 할 것이다. 따라서, 청구법인이 처분청에 이 건 농어촌특별세를 신고납부한 것은잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세법제77조 제5항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에의하여 주문과 같이 결정한다.