대표목사의 사택과 사무실 등으로 사용하기 위하여 취득한 아파트와 오피스텔을 종교목적에 직접 사용하는 것으로 볼 수 있는지 여부(취소)

[주 문] 처분청이 2009.5.12. 청구법인에게 한 취득세 25,954,130원, 농어촌특별세 7,536,060원, 등록세 26,072,800원, 지방교육세 4,813,470원, 합계 64,376,460원의 부과처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분 개요

• 가. 청구법인은 1924.6.16. OOO로 설립허가 받아 활동해오던 중 1964.12.1. OOO 1가 64-8을 소재지로 하여 문화공보부장관으로부터 전도사업 등을 목적사업으로 하여 법인설립 허가OOO를 받은 재단법인 OOO으로서 2008.7.6. OOO빌딩 제1623호(건물 41.71㎡, 토지 5.2㎡, 이하 “이 건 오피스1”이라 한다)는 245,000,000원에, 같은 빌딩 제1624호(건물 41.71㎡, 토지 5.2㎡, 이 건 “오피스2”라 하며, “이 건 오피스1”을 포함하여 “이 건 사무실”이라 한다)는 255,000,000원에 각각 취득한 후 같은 날지방세법제107조 제1항 및 제127조 제1항 제1호에서 규정하고 있는 종교용에 직접 사용하기 위하여 취득한 부동산으로 하여 취득세 등을 비과세 받은 후 청구법인 명의로 소유권 이전등기를 필하였고,
• 나. 2008.10.20. OOO에서 OOO에 파송된 목사OOO의 사택으로 사용하기 위하여 OOO 106동 1302호(건축물 144.52㎡, 토지 46.53㎡, 이하 “이 건 주택”이라 한다)를 1,005,400,000원에 취득한 후 2008.11.3.지방세법제107조 제1항 및 제127조 제1항 제1호에서 규정하고 있는 종교용에 직접 사용하기 위하여 취득한 부동산으로 취득신고 하여 취득세 등을 비과세 받은 후 2008.11.7. 청구법인 명의로 소유권이전등기하였다.
• 다. 2009.4.9. 처분청에 대한 OOO 감사에서 이 건 사무실에는 직원 3명이 근무하면서 OOO의 사무실로 사용하고 있고, 종교단체가 공동주택을 취득하여 선교사 사택으로 사용하는 경우에는 종교목적에 직접 사용하는 것으로 볼 수 없다는 구행정자치부심사결정OOO이 있어 이 건 사무실과 이 건 주택은 청구법인이 종교목적에 사용하는 것에 해당되지 않는다는 이유로 이 건 사무실과 이 건 주택의 취득가액을 합한 1,505,400,000원을 과세표준으로 하고,지방세법제112조 제1항 및 제131조 제1항 제3호 (2)목의 세율을 적용하여 산출한 취득세 25,954,130원, 농어촌특별세 7,536,060원, 등록세 26,072,800원, 지방교육세 4,813,470원, 합계 64,376,460원을 2009.5.12. 부과고지하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2009.5.15. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 ⑴ 청구법인이 취득한 이 건 사무실은 OOO 64-8 소재 건물이 재단사무실로 사용하고 있는 상태에서 부족한 공간을 확장하여 재단사무를 총괄하는 사무총장OOO의 사무실을 마련하고 선교사들의 예배 및 교육장소로 사용하기 위하여 취득하였고,OOO는 일제시대의 명칭으로서 재단의 초대선교사였던OOO의 이름과 그의 여성리더쉽 교육에 대한 유업을 이어가는 의미에서OOO라는 명칭을 사용한 것이며, ⑵ 이 건 주택은 청구법인의 재단사무를 총괄하는 OOO에서 OOO에 파송한 OOO 목사의 사택으로 사용하기 위하여 취득한 후 미국에서 OOO으로 출장 오는 선교사들이 잠시 체류하는 경우가 있으나, 이는 부수적일 뿐, 이 건 주택은 청구법인의 대표목사가 미국본회 출장기간을 제외하고는 연중 계속하여 거주하는 사실이 OOO이 발급한 거소증명서에서도 확인되고 있음에도 선교사들만이 사용하기 위하여 취득한 주택으로 보아 이 건 취득세 등을 부과고지한 것은 부당하므로 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 ⑴ 이 건 사무실은 예배장소가 없이 여직원 3명을 두고 장학사업을 지원하는 OOO의 사무실로 사용하고 있으므로 종교목적에 직접 사용하는 것으로 볼 수 없고, ⑵ 종교법인이 아파트를 취득하여 선교사 사택으로 사용하는 경우에는 종교목적에 직접 사용하는 것으로 볼 수 없다는 구 행정자치부의 지방세심사결정OOO과, 종교법인이 아파트를 취득한 후 지역전담신부의 사택으로 사용하는 경우 종교용에 직접 사용하는 것으로 볼 수 없다는 구 행정자치부의 지방세심사결정OOO사례가 있으므로 이 건 사무실과 주택은 종교용에 사용하는 것으로 볼 수 없다 할 것이므로 이 건 취득세 등을 부과고지한 것은 적법하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 OOO에서 OOO에 파견된 대표목사의 사택과 사무실 등으로 사용하기 위하여 취득한 아파트와 오피스텔을 종교목적에 직접 사용하는 것으로 볼 수 있는지 여부
• 나. 관련 법령 ⑴ 지방세법 제107조(용도구분에 의한 비과세) 다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 1년(제1호의 경우에는 3년)이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당부분에 대하여는 취득세를 부과한다.

1. 제사․종교․자선․학술․기예․기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득 제127조(용도구분에 의한 비과세) 다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 등기․등록일부터 1년(제1호의 경우에는 3년)이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당부분에 대하여는 등록세를 부과한다.

1. 제사․종교․자선․학술․기예․기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 등기

• 다. 사실관계 및 판단 ⑴ 지방세법제107조와 그 제1호 및 제127조와 그 제1호에서 다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다고 규정한 후 그 단서에서 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 1년(제1호의 경우에는 3년)이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당부분에 대하여는 취득세와 등록세를 부과한다고 규정한 후 그 제1호에서 제사․종교․자선․학술․기예․기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득․등기라고 규정하고 있다. ⑵ 청구법인은 1924.6.16. OOO로 설립허가 받은 후 1964.12.1. OOO 1가 64-8을 소재지로 하여 OOO으로부터 전도사업 등을 목적사업으로 하여 법인설립 허가OOO를 받은 재단법인 OOO으로서 2007.10.1. OOO에서 한국에서의 선교와 아시아, 그리고 그 외 나라의 선교사역을 책임맡아 운영토록 하기 위하여 청구법인의 사무국장 겸 OOO 사무총장으로 OOO를 파송한 사실이 확인된다. ⑶ 한국에 파송된 OOO 목사는 이 건 주택을 취득하기 전까지 OOO에 투숙하여 거주(2007.9.11.부터 2007.10.22.까지, 2007.12.9.부터 2007.12.12.까지, 2008.1.16.부터 2008.3.11.까지, 2008.4.8.부터 2008.5.13.까지)하던 중 2008.7.6.과 2008.10.20. 이 건 주택과 사무실을 취득한 것으로 확인되고 있고, 서울출입국관리사무소 OOO이 발급한 외국동포국내거소증에 체류기간은 2007.6.18.～2011.6.18.로, 거소지는 이 건 주택 소재지인 OOO 106-1302호로 기재하고 있는 것으로 볼 때, 한국에서 선교활동의 책임을 맡아 파송된 OOO목사가 거주하고 있는 것으로 확인된다. ⑷ 처분청에서 이 건 사무실을 종교목적이 아닌 OOO 사무실로 사용하고 있다고 주장하고 있으나, 이 건 사무실의 명칭을 OOO로 사용하고 있는 이유는 청구법인의 초대선교사였던OOO의 이름과 그의 여성리더쉽 교육에 대한 유업을 이어가는 의미에서 사용한 것이고, 이러한 유업을 이어가기 위하여 청구법인의 목적사업의 일환인 자선사업, 기타 복리를 위한 사업으로서 2008년도에는 개발도상국 기독교대학 지원금으로 61,479,987원과 아시아전도부인 지도자훈련, 북가주, 하와이, 필리핀, 여성선교지도자훈련강습 등에 소요된 총비용이 152,601,663원인 사실이 청구법인의 2008회계연도 세출결산서 산출내역서 등에 의하여 입증된다. ⑸ 청구법인의 OOO 사무총장으로 파송된 OOO 목사는 2007.6.20.부터 2009.12.15.까지 기독교기관 여성지도자 대표모임 예배인도를 시작으로 OOO 강연 등 총 139회에 달하는 강연, 예배, 설교 등 기독교선교활동을 하여온 것으로 확인되고 있고, 청구법인의 등기부등본상 이사장은 OOO으로 등재되어 있으나 목회자가 아닌 OOO 이사장은 명예직으로서 재단에 상근하지 아니함은 물론, 청구법인으로부터 급여 또는 수당을 지급받은 사실이 없는 점 등에 비추어 볼 때, 청구법인의 필요불가결한 중추적인 지위에 있는 자는 OOO목사라 할 것이고, OOO목사가 거주하기 위하여 취득한 이 건 주택과 전도활동목적으로 OOO로 사용하기 위하여 취득한 이 건 사무실은 선교활동에 필수적으로 수반되는 부동산으로서 청구법인이 종교목적에 직접 사용하고 있다 할 것이므로 처분청에서 이 건 취득세 등을 부과고지한 것은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로지방세법제77조 제5항과국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.