주택을 취득하여 청구법인의 이사 중 1인이 가족과 함께 거주하고 있는 경우 취득세 과세대상 및 등록세의 중과세 대상이 되는지 여부(경정)

[주 문] 1.처분청이 2009.4.17. 청구법인에게 한 등록세 52,880,680원, 지방교육세 9,740,930원의 부과처분은 비영리사업자의 무상으로 소유권취득시 적용되는 세율과 대도시내 법인설립 후 5년 이내에 취득등기시 적용되는 세율을 적용하여 그 세액을 경정한다.

2. 나머지 심판청구는 기각한다.

[이 유]

1. 처분 개요

• 가. 청구법인은 OOOOO OOO OOO 26-5를 주사무소로 하여 불어권지역의 미전도 종족과 무교회지역의 선교 및 복음화를 목적으로 2008.8.14. 설립한 법인으로서 2008.9.1. 당해 법인의 등기부상 이사로 등재되어 있는 OOO으로부터 OOOOO OOO OOO OOO OOOOOOO 6동 1007호(131.93㎡, 이하 “이 건 주택”이라 한다)를 증여받아 취득한 후 종교단체인 청구법인의 대표선교사 사택으로 사용하는 것은 종교목적에 직접 사용하는 것으로 보아 취득세 등을 신고납부하지 아니한채 2008.10.23. 증여를 원인으로 하여 청구법인 명의로 소유권이전등기를 경료하였다.
• 나. 처분청은청구법인이이 건 주택을 취득한 후 청구법인의 이사인 OOO(OOOOOOOOOOOOOO) 및 가족 5명이 사택으로 사용하고 있는 것으로 확인한 후 종교용에 직접 사용하지 아니하고 있으므로 이 건 주택의 공시가격 928,000,000원에지방세법제112조 제1항 규정을 적용하여 산출한 취득세 23,335,480원, 농어촌특별세 2,333,540원과 이 건 주택을 대도시내 법인설립 후 5년 이내에 취득등기한 부동산으로 보아 같은 법 제138조 제1항 규정의 세율을 적용하여 산출한 등록세 52,880,680원, 지방교육세 9,740,930원, 합계 88,290,630원을 2009.4.17. 부과고지하였다. 다.청구법인은이에 불복하여2009.5.15. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 불어권지역에 대한 미전도 종족의 복음전파 및 교회개척을주목적으로 설립된 종교단체로서 이 건 주택을 취득한 후 2008.10.16. 이사회를 개최하여 법인설립목적에 부합하도록 대표선교사의 사택으로 사용하도록 가결한 후 사용하고 있는바, 청구법인의 모든 주업무를 대표선교사(OOO)가 관장함은 물론, 기획, 감독, 조정, 등 선교회 본부업무의 최종결재권자이며 집행자로서 모든 선교사 및 회원들의 지휘감독을 맡고 있는 교회의 담임목사에 해당하는 업무를 하고 있으므로 청구법인의 목적사업을 수행함에 있어 필요불가결한 중추적 존재에 해당하여 종교목적에 직접 사용하고 있다 할 것이므로 이 건 취득세 등을 부과고지한 것은 부당하므로 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 ⑴ 청구법인이 취득한 이 건 주택은 선교활동, 선교사양성을 위한 교육 등에 직접적으로 또는 일상적으로 사용되는 것이 아니고, 대표선교사의 주거용으로 사용되고 있는 것으로 일반교회의 담임목사가 예배, 찬양, 기도, 포교 등의 종교활동을 포괄적으로 수행함으로써 교회의 목적사업을 수행함에 있어 필요불가결한 중추적인 존재라고 할 수 있는 것과는 달리 청구법인의 대표선교사는 종교활동의 일부분인 국외선교만을 목적으로 하고 있음을 비추어 볼 때, 비록 선교활동에 있어서 중요한 역할을 담당하고 있다고 하더라도 청구법인의 대표선교사가 일반교회의 담임목사와 같은 동등한 지위에 있는 것으로 보기는 어렵다 할 것이고, ⑵ 청구법인의 정관 및 법인등기부에서도 청구법인의 이사장이 법인을 대표하고 총회의 이사장이 되며, 이사장 이외에는 대표권이 없다고 명시하고 있으므로 청구법인내에서도 대표선교사가 중추적인 지위에 있다고 보기도 어렵다 할 것이므로 이 건 주택은 종교용에 직접 사용한다고 할 수 없어 이 건 취득세와 등록세 등을 부과고지한 것은 적법하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 불어권 지역의 미전도 종족과 무교회지역의 선교 및 복음화를 목적으로 2008.8.14. 서울특별시내에서 설립된 법인이 2008.10.23. 주택을 취득하여 청구법인의 이사 중 1인이 가족과 함께 거주하고 있는 경우 취득세 과세대상 및 등록세의 중과세 대상이 되는지 여부
• 나. 관련 법령 ⑴ 지방세법 제107조(용도구분에 의한 비과세) 다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세를 부과하지아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 1년(제1호의 경우에는 3년)이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당부분에 대하여는 취득세를 부과한다.

1. 제사·종교·자선·학술·기예·기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득 제127조(용도구분에 의한 비과세) 다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 등기·등록일부터 1년(제1호의 경우에는 3년)이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당부분에 대하여는 등록세를 부과한다.

1. 제사·종교·자선·학술·기예·기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 등기 제131조(부동산 등기의 세율) ① 부동산에 대한 등기를 받은 때에는 다음 각호의 표준세율에 의하여 등록세를 납부하여야 한다.

2. 제1호 이외의 무상으로 인한 소유권의 취득 부동산가액의 1,000분의 15. 다만, 제127조 제1호의 규정에 의한 비영리사업자가 소유권을 취득한 때에는 그 가액의 1,000분의 8로 한다. 제138조 (대도시지역 내 법인등기 등의 중과) ① 다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다. 다만, 수도권정비계획법 제6조 제1항 제1호의 규정에 의한 과밀억제권역(산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률의 적용을 받는 산업단지를 제외한다. 이하 이 조에서 "대도시"라 한다)안에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령이 정하는 업종과 법인이 사원에게 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 대통령령이 정하는 주거용부동산(취득일부터 1년 이내에 정당한 사유없이 당해 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 2년 이상 당해 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하는 경우를 제외한다)에 관한 등기 및외국인투자촉진법에 의한 외국인투자기업이 2003년 12월 31일까지 행하는 공장의 신설 또는 증설에 따른 부동산등기(외국인투자비율에 해당하는 부동산의 등기에 한한다)에 대하여는 그러하지 아니하다.

1. 대도시안에서의 법인의 설립(설립 후 5년 이내에 자본 또는 출자액을 증가하는 경우를 포함한다)과 지점 또는 분사무소의 설치에 따른 등기

2. 대도시외의 법인이 대도시내에로의 본점 또는 주사무소의 전입(전입 후 5년 이내에 자본 또는 출자액을 증가하는 경우를 포함한다)에 따른 등기. 이 경우 전입은 법인의 설립으로 보아 세율을 적용한다.

3. 대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소 지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기 ⑵ 지방세법 시행령 제79조(비영리사업자의 범위) ① 법 제107조 제1호에서 “대통령령이 정하는 비영리사업자”라 함은 다음 각호의 자를 말한다.

1. 종교 및 제사를 목적으로 하는 단체 제102조 (대도시내 법인 등 중과세의 범위와 적용기준) ② 법 제138조 제1항 제3호에서 "법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기"라 함은 당해 법인 또는 지점등이 그 설립·설치·전입(수도권의 경우 서울특별시외의 지역에서 서울특별시내로의 전입은 대도시내로의 전입으로 본다. 이하 이 조에서 같다)이전에 취득하는 일체의 부동산등기(채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는 부동산등기를 제외한다. 이하 이 조에서 같다)를 말하며, "그 설립·설치·전입이후의 부동산등기"라 함은 법인 또는 지점등이 설립·설치·전입이후 5년 이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말한다. 이 경우 일체의 부동산등기에는 공장의 신설·증설, 공장의 승계취득, 당해 대도시내에서의 공장의 신설·증설·공장의 승계취득, 당해 대도시내에서의 공장의 이전 및 공장의 업종변경에 따르는 부동산취득등기를 포함하며, "지점등"이라 함은 행정안전부령이 정하는 사무소 또는 사업장을 말한다.

• 다. 사실관계 및 판단 ⑴지방세법제107조 제1호 및 제127조 제1항 제1호, 같은 법 시행령 제79조 제1항 제1호 및 제94조 제1항에서 종교를 목적으로 하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산 및 등기에 대하여는 취득세와 등록세를 비과세한다고 한 후 각 본문 단서에서 같은 법 시행령 제78조의2 제1항의 취득 등기일부터3년 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세와 등록세를 부과한다고 규정하고 있고, 같은 법 제131조 제1항에서 부동산에 대한 등기를 받은 때에는 다음 각호의 표준세율에 의하여 등록세를 납부하여야 한다고 규정한 후 그 제2호에서 제1호(상속) 이외의 무상으로 인한 소유권의 취득은 1,000분의 15로하고 제127조 제1항 제1호 규정에 의한 비영리사업자가 소유권을 취득한 때에는 그 가액의 1,000분의 8로 한다고 규정하고 있으며, 같은 법 제138조 제1항 제3호 및 같은 법 시행령 제102조 제2항에서 대도시내에서 법인을 설립한 후 5년 이내에 취득하는 업무용·비업무용·사업용·비사업용을 불문한 일체의 등기에 대하여는 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다고 규정하고 있다. ⑵비영리사업자가 당해 부동산을 “그 사업에 사용”한다고 함은 현실적으로 당해 부동산의 사용용도가 비영리사업 자체에 직접 사용되는 것을 뜻하고, “그 사업의 사용” 범위는 비영리사업자의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 할 것(OOO OOOOOOOOOOO OO, OOOOOOOO OO OO O)인바, ⑶청구법인은OOOOO OOO OOO 26-5를 주사무소로 하여 불어권지역의 미전도 종족과 무교회지역의 선교 및 복음화를 목적으로 2008.8.14. 설립한 법인으로서 2008.9.1. 청구법인의 등기부상 이사로 등재되어 있는 OOO으로부터이 건 주택을 증여받은 후 2009.2.20. 청구법인의 이사로 등재되어 있는 OOO 및 그 가족 5명이 이 건 주택으로 주민등록을 이전하여 거주하고 있는바, 청구법인에서 OOO은 청구법인의 대표선교사라고 주장하지만, OOOOOOOOOO(OOO OOO)가2009.4.20. 발행하여 제출한 OOO의 재직증명서(OOOOOOOOOOOO)에서 OOO은 1993.1.1.부터 2009.4.20.까지 OOOOOOO 산하 OOOOOO OOO교회 위임목사로 재직하고 있는 것으로 확인하고 있어 주종교활동은 OOO교회의 목회활동이고 청구법인의 선교활동은 일부에 해당한다 할 것이고, ⑷청구법인의정관 및 법인등기부에서 청구법인의 이사장이 법인을 대표하고 총회의 이사장이 되며, 이사장 이외에는 대표권이 없다고 명시하고 있으므로 청구법인의 등기부에 이사로 등재되어 있으나OOO교회 위임목사로 목회할동을 하고 있는 OOO을 청구법인의 목적사업을 수행함에 있어서 필요불가결한 중추적인지위에 있는 것으로 보기는 어렵다 할 것이므로 처분청에서지방세법제112조 제1항에서 규정한 세율을 적용하여 산출한 이 건 취득세를 부과고지한 것은 적법한 것으로 판단된다. ⑸ 그러나, 청구법인은 2008.7.22.민법제32조 및문화관광부 및 문화재청 소관 비영리법인의 설립 및 감독에 관한 규칙제4조의 규정에 의하여 OOOOOO으로부터 법인설립허가(OOOOOOOO)를 받았고, 법인등기부와 법인의 정관에서 불어권지역 미전도 종족에 대한 기독교 복음전파 및 교회개척지원 등을 목적으로 설립된 비영리법인으로서 2008.9.1. 청구법인의 등기부상 이사로 등재되어 있는 OOO으로부터 이 건 주택을 증여를 원인으로 취득하여 등기하였으므로 이에 대한 청구법인으로의 소유권이전등기시지방세법제131조 제1항 제2호 단서에서 규정한 1,000분의 8에 같은 법 제138조 제1항 규정의 세율을 적용하여 산출한 등록세를 부과고지하여야 하나 비영리사업자 이외의 자가 무상으로 소유권취득시 적용되는 1,000분의 15의 세율에 같은 법 제138조 제1항의 세율을 적용하여 산출한 이 건 등록세 등을 부과고지한 것은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로지방세법제77조 제5항과국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.