환지예정지가 목적사업에 부적합하다는 이유로 사업완료 후 현금청산하기로 합의한 상태에서 대체토지를 취득한 경우가 대체취득에 해당되는 지 여부(취소)

[주 문] 청구법인이 2009.3.16. 및 2009.4.15. 신고납부한 취득세 85,500,000원, 농어촌특별세 8,550,000원, 등록세 55,350,000원, 지방교육세 11,070,000원, 합계 160,470,000원은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분 개요 가.처분청은 2005.3.31. 이도 2지구 도시개발사업(이하 “이 건 사업”이라 한다) 구역내 청구법인 소유토지(OOOOOOO OOO OO OO OOOOOO O OOO OO,OOOO)에 대한 환지예정지(165블럭 1롯트 주택용지)를 지정하였다.

• 나. 청구법인은 환지예정지가 제2종 일반주거지역에 지정되었기 때문에 목적사업 수행을 위한 차고지를 설치할 수 없으므로 현금으로 청산하여 줄 것을 요청하였고, 처분청은 2009.2.17. 이 건 사업 준공 후 환지청산금 지급계획에 따라 청산금을 지급하겠다고 회신하였다.
• 다. 청구법인은 2009.3.16. OOOOOOO OOO OO OO OOOO 외 3필지 토지 11,770㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)를 취득한 후 다음 날 이 건 토지의 취득가액 4,275,000,000원을 과세표준으로 하고지방세법제112조 제1항, 제131조 제1항 제3호의 세율을 적용하여 산출한 취득세ㆍ등록세 등을 신고하였으며 같은 날 등록세 55,350,000원, 지방교육세 11,070,000원을 납부하고 2009.4.15. 취득세 85,500,000원, 농어촌특별세 8,550,000원을 납부하였다.
• 라. 청구법인은 이 건 토지의 취득은지방세법제109조 제1항의 규정에 따른 대체취득에 해당되므로 취득세 등이 비과세되어야 한다고 주장하며 2009.6.1. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 등 의견

• 가. 청구법인 주장 차고지 등으로 사용하던청구법인 소유토지를 사업시행자인 처분청이 초등학교 부지 등으로 사용하기 위하여 수용하였고, 지정된 환지예정지에는 청구법인의 목적사업 수행을 위한 차고지를 설치할 수 없게되어 사업준공 후 현금청산하기로 처분청과 합의한 것인바 이는 처분청이 청구법인 소유토지를 매수 또는 수용한 것이므로 청구법인이 취득한 이 건 토지는지방세법제109조 제1항 소정의 대체취득 비과세대상에 해당된다.
• 나. 처분청 및 OOOOOOOOO 의견 지방세법제109조 제1항에서 규정하고 있는 수용 등에 의한 대체취득 비과세는 사업시행자가 수용방식에 의하여 사업을 시행하는 경우에 있어서 토지소유자와 협의가 성립되면 이를 매수하고, 협의가 성립되지 아니하면 토지수용위원회의 재결을 거쳐 수용한 경우에 적용되는 것인바 청구법인의 경우 환지예정지가 사용용도에 맞지 아니한다는 이유로 현금청산을 요청한 것이므로 매수 또는 수용된 경우와 다르고, 환지청산금도 토지보상금과 성격이 다르다 할 것이므로 청구법인이 취득한 이 건 토지는 비과세대상에 해당되지 아니한다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 도시개발사업의 환지예정지가 목적사업에 부적합하다는 이유로 사업완료 후 현금청산하기로 합의한 상태에서 대체토지를 취득한 경우,지방세법제109조 제1항에 규정된 대체취득에 해당되는 지 여부
• 나. 관련 법률

(1) 지방세법 제109조(토지수용 등으로 인한 대체취득에 대한 비과세) ①공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률ㆍ국토의 계획 및 이용에 관한 법률ㆍ도시개발법 등 관계법령의 규정에 의하여 토지 등을 수용할 수 있는 사업인정을 받은 자(관광진흥법 제55조 제1항의 규정에 의한 조성계획의 승인을 얻은 자 및 농어촌정비법 제56조에 따른 농어촌정비사업시행자를 포함한다)에게 부동산(선박ㆍ어업권 및 광업권을 포함한다. 이하 이 조에서 “부동산 등”이라 한다)이 매수 또는 수용되거나 철거된 자(공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률이 적용되는 공공사업에 필요한 부동산 등을 당해 공공사업의 시행자에게 매도한 자 및 동법 제78조 제1항 내지 제4항 및 제81조의 규정에 의한 이주대책의 대상이 되는 자를 포함한다)가 계약일 또는 당해 사업인정고시일(관광진흥법에 의한 조성계획고시일 및 농어촌정비법에 의한 개발계획고시일을 포함한다) 이후에 대체취득할 부동산 등의 계약을 체결하거나 건축허가를 받고 그 보상금을 마지막으로 받은 날(사업인정을 받은 자의 사정으로 대체취득이 불가능한 경우에는 취득이 가능한 날을, 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제63조 제1항에 따라 토지로 보상을 받는 경우에는 해당 토지에 대한 취득이 가능한 날을, 같은 법 제63조 제6항 및 제7항에 따라 보상금을 채권으로 지급받는 경우에는 채권상환기간 만료일을 말한다)부터 1년 이내에 이에 대체할 다음 각 호의 구분에 따른 지역에서 부동산 등을 취득한 때(건축중인 주거용 부동산을 분양받는 경우에는 분양계약을 체결한 때를 말한다)에는 그 취득에 대한 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 새로 취득한 부동산 등의 가액의 합계액이 종전의 부동산 등의 가액의 합계액을 초과하는 경우에 그 초과액에 대하여는 취득세를 부과하며, 초과액의 산정기준과 방법 등은 대통령령으로 정한다.

1. 농지 외의 부동산등

• 가. 매수ㆍ수용ㆍ철거된 부동산등이 소재하는 특별시ㆍ광역시ㆍ도 내의 지역
• 나. 가목 외의 지역으로서 매수ㆍ수용ㆍ철거된 부동산등이 소재하는 시ㆍ군ㆍ구와 연접한 시ㆍ군ㆍ구내의 지역
• 다. 매수ㆍ수용ㆍ철거된 부동산등이 소재하는 특별시ㆍ광역시ㆍ도와 연접한 특별시ㆍ광역시ㆍ도 내의 지역. 다만, 소득세법제104조의 2 제1항의 규정에 따른 지정지역은 제외한다.

2. 농지(제261조 제1항의 규정에 따른 자경농민이 농지경작을 위하여 총 보상금액의 100분의 50 미만의 가액으로 취득하는 주택을 포함한다)

• 가. 제1호의 규정에 따른 지역
• 나. 가목 외의 지역으로서 소득세법 제104조의 2 제1항의 규정에 따른 지정지역을 제외한 지역

② 제1항의 규정에 불구하고 제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 취득한 경우와 대통령령이 정하는 부재부동산 소유자가 부동산을 대체취득하는 경우에는 취득세를 부과한다.

③ 도시개발법에 의한 도시개발사업과 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업(주택재개발사업 및 도시환경정비사업에 한한다)의 시행으로 인하여 당해 사업의 대상이 되는 부동산의 소유자(상속인을 포함한다)가 환지계획 및 토지상환채권에 의하여 취득하는 토지, 관리처분계획에 의하여 취득하는 토지 및 건축물(이하 이 항에서 “환지계획 등에 의한 취득부동산”이라 한다)과 사업시행자가 취득하는 체비지 또는 보류지에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산에 대하여는 취득세를 부과한다.

1. 환지계획 등에 의한 취득부동산의 가액의 합계액이 종전의 부동산가액의 합계액을 초과하여 도시 및 주거환경정비법 등 관계법령에 의하여 청산금을 부담하는 경우 그 청산금에 상당하는 부동산

2. 환지계획등에 의한 취득부동산의 가액의 합계액이 종전의 부동산가액의 합계액을 초과하는 경우 그 초과액에 상당하는 부동산. 이 경우, 사업시행인가(승계취득일 현재 취득 부동산 소재지가 소득세법 제104조의 2 제1항에 따른 지정지역으로 지정된 경우에는 도시개발구역지정 또는 정비구역지정) 이후 환지 이전에 부동산을 승계취득한 자에 한한다.

④ 제3항 제2호의 초과액의 산정기준과 방법 등은 대통령령으로 정한다. 제127조의2(대체취득등기에 대한 비과세) ②제109조의 규정에 의하여 취득세가 비과세되는 부동산 등의 등기ㆍ등록에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다.

(2) 도시개발법 제21조(도시개발사업의 시행 방식) ① 도시개발사업은 시행자가 도시개발구역의 토지 등을 수용 또는 사용하는 방식이나 환지 방식 또는 이를 혼용하는 방식으로 시행할 수 있다. 제35조(환지예정지의 지정) ① 시행자는 도시개발사업의 시행을 위하여 필요하면 도시개발구역의 토지에 대하여 환지 예정지를 지정할 수 있다. 이 경우 종전의 토지에 대한 임차권자등이 있으면 해당 환지 예정지에 대하여 해당 권리의 목적인 토지 또는 그 부분을 아울러 지정하여야 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 환지예정지 지정조서, 부동산매매계약서, 환지예정지 현금청산 요청에 대한 회신 공문 등에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 처분청은 2005.3.31. 이 건 사업구역내 청구법인 소유 토지에 대하여 환지예정지를 지정하였다. (나) 청구법인은 2005.4.12. 지정된 환지예정지(제2종 일반주거지역)에는 차고지를 설치할 수 없으므로 목적사업을 수행할 수 있는 다른 용지로 환지하여 줄 것을 요청하였으며, 이에 처분청은 지구단위계획의 변경이 어렵다고 회신하였다. (다) 이후 청구법인은 환지예정지를 현금으로 청산하여 줄 것을 다시 요청하였고, 이에 처분청은 2008.7.2. 사업완료 후 환지처분에 따른 환지청산금 지급계획에 의한 토지보상은 가능하나, 환지처분 이전 토지보상은 어려운 실정이므로 이에 대한 동의여부를 알려달라고 회신하였다. (라) 처분청은 청구법인이 사업완료 후 환지예정지를 현금청산하는 것에 대하여 동의하자 2009.2.17. 사업완료 후 환지처분에 따른 환지청산금 지급계획에 따라 환지청산금 지급시기를 통보할 예정이라고 회신하였다. (마) 청구법인은 2009.1.20. 이 건 토지에 대한 매매계약을 체결하고 2009.3.16. 잔금을 지급하여 이 건 토지를 취득하였으며, 다음 날 취득신고를 하고 2009.4.7. 이 건 토지에 대한 취득세 등의 감면을 요청하였으나, 처분청은 2009.4.21. 청구법인의 경우 지방세법 제109조 제1항에서 규정하고 있는 매수 또는 수용된 경우가 아니라 환지예정지가 청구법인의 목적사업에 맞지 아니하여 처분청이 환지예정지를 매각하여 금전으로 청산하는 경우에 해당되고 이 경우 청산금은 토지보상금으로 볼 수 없으므로 청구법인이 취득한 이 건 토지는 비과세 대상에 해당되지 아니한다고 회신하였다.

(2) 지방세법 제109조 제1항에 의하면 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률ㆍ국토의 계획 및 이용에 관한 법률ㆍ도시개발법 등 관계법령의 규정에 의하여 토지 등을 수용할 수 있는 사업인정을 받은 자에게 부동산 등이 매수 또는 수용되거나 철거된 자가 계약일 또는 당해 사업인정고시일 이후에 대체취득할 부동산 등의 계약을 체결하거나 건축허가를 받고 그 보상금을 마지막으로 받은 날부터 1년 이내에 이에 대체 부동산 등을 취득한 때에는 그 취득에 대한 취득세를 부과하지 아니한다고 규정되어 있다.

(3) 살피건대, 청구법인의 소유토지는 당초 환지대상 토지로 지정되었으나 환지예정지가 청구법인의 목적사업 수행에 부적합하여 처분청에서 환지예정지를 사업준공 후 현금으로 청산하여 주기로 한 것인바, 환지처분은 사업준공 후 확정되는 것이고 사업시행자가 환지예정지를 현금청산한다는 것은 사업시행자가 당초 환지계획을 철회하여 당해 토지를 환지대상에서 제외하고 이에 대한 대가를 금전으로 보상한다는 것이므로 이는 사업시행자가 청구법인의 소유토지를 수용한 것으로 봄이 타당하다 할 것이다. 따라서, 청구법인이 취득한 이 건 토지는 지방세법 제109조 제1항 소정의 대체취득 비과세 대상에 해당된다 할 것이므로 처분청에서 이 건 토지에 대하여 취득세 등을 비과세하지 아니한 것은 잘못된 것으로 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 지방세법 제77조 제5항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.