[주 문] 1.처분청이 2009.2.12. 청구법인에게 한 등록세 47,930,090원, 지방교육세 8,917,730원의 부과처분은 OOOOO OOO OOO OOO OOOOOOO B101호와 B102호를 등록세 중과세 대상에서 제외하여 그 과세표준 및 세액을 경정한다.
2. 나머지 심판청구는 기각한다.
[이 유]
1. 처분 개요
- 가. 청구법인은1994.9.29.토목공사업, 부동산매매 및 임대업 등을 목적사업으로 하고 OOO OOOO OOOO 166-4를 본점소재지로 하여 설립된 법인(OOOO OO O OOOO OOOOOOOOOO OOOOOOOOOO OOO OOOOOOOO OOO OOO)으로써 2002.4.26. OOOOO OOO OOO 574 토지 1,889㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)를 취득하여 그 취득가액 1,618,000,000원을 과세표준으로 하고지방세법제131조 제1항 제2호의 세율을 적용하여 산출한 등록세 48,540,000원, 지방교육세 9,708,000원, 합계 58,248,000원을 취득당일 신고납부한 후 이 건 토지상에 지하 5층 지상 20층 주상복합건축물 18,059.6㎡(아파트 67세대, 상가 14호, 이하 “이 건 부동산”이라 한다)를 신축하여 2004.7.19. 사용승인과 함께 2004.7.30 취득신고를 한 후 2004.8.2. 그 취득가액 17,397,300,939원을 과세표준으로 하고지방세법제131조 제1항 제2호의 세율을 적용하여 산출한 등록세 139,178,400원, 지방교육세 27,835,680원, 합계 167,014,080원을 납부하였다.
- 나. 처분청은2006.2.21. 청구법인이 이 건 부동산의 일부인 OOOOO OOO OOO OOO OOOOOOO B103호로 본점소재지를 이전등기한 것을 확인하고 미분양된 이 건 부동산 중 상가건물 B101호, B102호, B103호 1,609.80㎡(부속토지 168.12㎡를 포함하여 이하“이 건 쟁점부동산”이라 한다)는 구지방세법제138조 제1항 제2호에서 규정하고 있는 대도시내 법인전입에 따른 부동산등기로 보아 이 건 주상복합건축물의 연면적 중에서 이 건 쟁점 부동산의 건축물 취득가액을 건축물의 연면적으로 안분하여 산출한1,548,359,784원과 이 건 토지의 취득가액을 부속토지면적으로 안분하여 산출한 1,444,002,000원을 과세표준으로 하고지방세법제138조 제1항의 규정을 적용하여 산출한 세액에서 기 신고납부한 세액을 차감한 등록세 47,930,090원, 지방교육세 8,917,730원, 합계 56,847,820원(가산세 포함)을 2009.2.12. 부과고지하였다.
- 다. 청구법인은 이에 불복하여 2009.4.28. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
- 가. 청구법인 주장 ⑴ 청구법인은 이 건 토지 취득당시부터 주상복합 건축물 전체면적을 분양목적으로 신축하였음이 (주)OOOOO 및 (주)OOO와의 위탁분양용역계약 및 분양광고를 체결한 사실에서 확인되고 있고, 이 건 쟁점 부동산은 매각직전 까지 청구법인의 재무재표상 고정자산이 아닌 재고자산으로 계상되다가 매각시 매출원가에 계상되어 있기 때문에 이 건 쟁점부동산은 청구법인의 본점 전입에 따라 취득한 것이 아니라 분양을 목적으로 신축한 것으로 확인되고 있으므로 등록세 중과세 대상에 해당되지 아니한다 할 것이며, ⑵ 청구법인이 2006.2.21. OOOOO내로 본점을 이전하기 전 OOO OOO시소재 건물은 건물주와의 마찰로 비워줄 수 밖에 없는 상황이 되어서 때마침 이 건 쟁점부동산 중B103호가 미분양되어 공실로 있고, 관리비 등의 부대비용이 발생되고 있어 낭비를 줄이기 위하여 일시적으로 본점 사업장으로 사용한 적이 있으나, 청구법인의 본점 설립·설치·전입과 관련 없이 취득한 것이고, 이 건 쟁점부동산은 2006.8.31. OOOO(O)(OOO OOO OOO OOO OOOOOOOOOOOOOO)에게 매매된 직후 바로 OOOOO OOO OOO OOOOOOO OOOO 2층으로 본점 소재지를 이전하였으므로 부과고지한 이 건 등록세는 취소되어야 한다.
- 나. 처분청 및 OOOOOO 의견 청구법인은 2006.2.21. 이 건 쟁점부동산 소재지인 OOOOO OOO OOO OOO OOOOOOOB103호로 본점소재지를 이전하여 업무용으로 직접 사용하여 왔기 때문에 청구법인의 이 건 쟁점 부동산은 대도시내로의 본점 전입에 따른 일체의 부동산 등기에 해당된다 할 것이므로 중과세율을 적용하여 이 건 등록세를 부과고지한 것은 적법하다.
3. 심리 및 판단
- 가. 쟁 점 OOO시내에 본점 소재지가 있는 법인이 OOOOO내 소재 토지를 취득하여 주상복합건물을 신축한 후 토지 및 건축물 취득일부터 5년 이내에 미분양된 주상복합건물의 일부로 법인의 본점소재지를 이전등기한 경우 등록세 중과세 대상이 되는지 여부
- 나. 관련 법령 등
(1) 구 지방세법(2006.12.30. 법률 제8147호로 개정되기 전의 것) 제138조 (대도시지역 내 법인등기 등의 중과) ① 다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다. 다만, 수도권정비계획법 제6조 제1항 제1호의 규정에 의한 과밀억제권역(산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률의 적용을 받는 산업단지를 제외한다. 이하 이 조에서 "대도시"라 한다)안에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령이 정하는 업종과 법인이 사원에게 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 대통령령이 정하는 주거용부동산에 관한 등기 및 외국인투자촉진법에 의한 외국인투자기업이 2003년 12월 31일까지 행하는 공장의 신설 또는 증설에 따른 부동산등기(외국인투자비율에 해당하는 부동산의 등기에 한한다)에 대하여는 그러하지 아니하다.
1. 대도시안에서의 법인의 설립(설립후 5년이내에 자본 또는 출자액을 증가하는 경우를 포함한다)과 지점 또는 분사무소의 설치에 따른 등기
2. 대도시외의 법인이 대도시내에로의 본점 또는 주사무소의 전입(전입후 5년 이내에 자본 또는 출자액을 증가하는 경우를 포함한다)에 따른 등기. 이 경우 전입은 법인의 설립으로 보아 세율을 적용한다.
3. 대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소 지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기
(2) 구 지방세법시행령(2009.5.21. 대통령령 제21498호로 개정되기 전의 것) 제102조 (대도시내 법인 등 중과세의 범위와 적용기준) ② 법 제138조 제1항 제3호에서 "법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기"라 함은 당해 법인 또는 지점 등이 그 설립·설치·전입(수도권의 경우 OOOOO외의 지역에서 OOOOO내로의 전입은 대도시내로의 전입으로 본다. 이하 이 조에서 같다)이전에 취득하는 일체의 부동산등기(채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는 부동산등기를 제외한다. 이하 이 조에서 같다)를 말하며, "그 설립·설치·전입이후의 부동산등기"라 함은 법인 또는 지점 등이 설립·설치·전입이후 5년 이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말한다. 이 경우 일체의 부동산등기에는 공장의 신설·증설, 공장의 승계취득, 당해 대도시내에서의 공장의 이전 및 공장의 업종변경에 따르는 부동산취득등기를 포함하며, "지점 등"이라 함은 행정자치부령이 정하는 사무소 또는 사업장을 말한다.
(3) 지방세법 시행규칙 제55조의2 (사무소 등) 영 제102조 제2항 후단에서 "행정자치부령이 정하는 사무소 또는사업장"이라 함은법인세법·부가가치세법또는소득세법의 규정에 의하여 등록된 사업장(법인세법·부가가치세법 또는 소득세법의 규정에 의한 비과세 또는 과세면제대상 사업장을 포함한다)으로서 인적·물적설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업이 행하여지는 장소를 말한다. 다만, 다음의 장소는 제외한다.
1. 영업행위가 없는 단순한 제조·가공장소
2. 물품의 보관만을 하는 보관창고
3. 물품의 적재와 반출만을 하는 하치장
- 다. 사실관계 및 판단 ⑴ 구지방세법(2006.12.30. 법률 제8147호로 개정되기 전의 것) 제138조 제1항 제3호는 대도시 내로의 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기를 등록세 중과세 대상의 하나로 규정하고, 구지방세법 시행령제102조 제2항은 법 제138조 제1항 제3호에서 “… 대도시 내로의 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기”라 함은 당해 법인 또는 지점 등이 그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이전에 취득하는 일체의 부동산등기를 말한다고 규정하고 있고, 여기서 말하는 일체의 부동산등기라 함은 법인 또는 지점 등이 그 설립ㆍ설치ㆍ전입과 관련하여 그 이전에 취득하는 부동산의 등기를 뜻한다(OOO OOOOOOOOOOO OOOOOOOOO OO)다 할 것이므로, 반드시 그 부동산의 전부가 법인 또는 지점 등의 업무에 사용되어야 하는 것은 아니라 하더라도 그 설립·설치·전입과 관련 없이 취득한 부동산의 등기는 포함되지 않는다 할 것인바, ⑵ 청구법인은 2002.5.14. (주)OOOOO와 이 건 부동산의 전체면적에 대하여 분양대행용역계약을 체결한 후 계약기간인 2002.5.14.～2002.10.14.까지 (주)OOOOO에서 청구법인에게 청구한 분양대행수수료 내역을 보면, 아파트는 67세대 중 3세대만 미분양되었으나 분양대상 상가 12호는 모두 미분양된 것으로 확인되고 있는 점, 청구법인의 2005년 결산보고서 제11기(2005.1.1～2005.12.31.)재무재표상 이 건 쟁점부동산이 청구법인의 고정자산이 아닌 재고자산으로 등재되어 있는 점, 2006.2.21. 이 건 쟁점 부동산으로 청구법인의 본점 소재지를 이전한 날부터 6개월 후인 2006.8.16. 이 건 쟁점부동산이 (주)OO(OO)OO(OOO OOO OOO OOO)에 매각되어 2006.8.31. 소유권이전등기되었고, 2006.9.2. 청구법인의 본점소재지를 OOOOO OOO OOO OOOOOOO OOOO 2층으로 이전한 것으로 확인되고 있는 점, 청구법인이 보증금 10,000,000원에 월 500,000원으로, 계약기간은 2003.11.1.부터 24개월로 하여 본점사무실로 사용하고 있던 OOO OOOO OOOO 166-3외 1필지상 OOOO(O)(OOOOOO OOOOOOOOOOOOO)소유의 사무실 54.71㎡에 대한 임대차계약 기간의 만료일이 2005.10.30.으로 확인되고 있어 미분양된 이 건 쟁점부동산으로 본점소재지를 임시로 옮겼다는 청구법인의 주장이 수긍이 가는 점 등에 비추어 볼 때, 이 건 쟁점부동산을 취득하여 등기한 날부터 5년 이내에 OOO OOOO OOOO 166-4에 소재하고 있던 청구법인의 본점 소재지를 OOOOO내에 소재한 이 건 쟁점부동산 중B103호로 이전하여 사용한 사실이 확인되고 있는 이상, B103호는 등록세 중과세 대상이 된다 할 것이나, 이 건 쟁점부동산 중청구법인의 본점용도로 사용하지 아니한 채 제3자에게 분양(매각)한B101호와 B102호는청구법인이 OOOOO내로의 전입과 관련하여 취득한 일체의 부동산 등기에 해당되는 것으로 보기 어렵다 할 것이므로 등록세를 중과한 것은 잘못이 있는 것으로 판단된다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로지방세법제77조 제5항과국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.