[요지] 공장이 대도시 내에서의 법인설립후 5년이내 승계취득함에 따라 등기된 부동산이라면, 법인중과세 예외업종이기는 하나 2년 이상 당해 업종에 직접 사용하지 아니하고 매각하는 부동산에 해당하므로, 같은 법 제138조제1항 규정에 의거 중과세함이 타당
[요지] 공장이 대도시 내에서의 법인설립후 5년이내 승계취득함에 따라 등기된 부동산이라면, 법인중과세 예외업종이기는 하나 2년 이상 당해 업종에 직접 사용하지 아니하고 매각하는 부동산에 해당하므로, 같은 법 제138조제1항 규정에 의거 중과세함이 타당
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분 개요 가.청구법인은 2000.4.22. 설립된 후, 2003.7.3. OOOOO OOO OOO OOOOOO 소재 부동산(건축물 4,887.83㎡, 토지 2,295.3㎡ “이건 부동산”이라 한다)을 취득하면서지방세법 시행령제101조 제1항제19호 규정에 의한 대도시내 법인중과세의 예외인 도시형공장을 영위하는 사업이라 하여,지방세법제131조에 규정에 의한 일반세율을 적용하여 산출한 등록세 등 126,583,390원을 신고납부하고 같은 날 소유권이전등기 하였다. 나.처분청은, 청구법인이 2005.6.14. 이건 부동산을 매각함에 따라, 이를지방세법제138조 제1항 및 같은법 시행령 제101조 제2항에서규정하고있는 2년 이상 당해 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각한 경우로보아,지방세법제138조 제1항에 규정하는등록세 중과세율을 적용하여 산출한세액에서 기납부한 세액을 차감한 등록세 333,990,270원, 지방교육세62,578,590원, 합계 396,568,860원(가산세 포함)을 2009.1.9. 청구법인에게 부과고지하였다. 다.청구법인은 이에 불복하여 2009.2.25. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
3. 심리 및 판단
(1) 지방세법(2005.12.31. 법률 제7843호로 개정되기 전의 것) 제138조【대도시지역내 법인등기 등의 중과】① 다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다. 다만,수도권정비계획법제6조 제1항 제1호의 규정에 의한 과밀억제권역(산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률의 적용을 받는 산업단지를 제외한다. 이하 이 조에서 “대도시”라 한다)안에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령이 정하는 업종과 법인이 사원에게 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 대통령령이 정하는 주거용 부동산에 관한 등기 및외국인투자촉진법에 의한 외국인투자기업이 2003년 12월 31일까지 행하는 공장의 신설 또는 증설에 따른 부동산등기(외국인투자비율에 해당하는 부동산의 등기에 한한다)에 대하여는 그러하지 아니하다. 3.대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후의 부동산등기
4. 대도시(산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률의 적용을 받는 유치지역 및도시계획법의 적용을 받는 공업지역을 제외한다)안에서의 공장의 신설 또는 증설에 따른 부동산등기
③ 제1항의 규정에 의한 등록세 중과세의 범위와 적용기준 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정하고，제1항 제4호의 규정에 의한 공장의 범위와 적용기준은 행정자치부령으로 정한다.
(2) 지방세법시행령(2003.11.29. 대통령령 제18146호로 개정되기 전의 것) 제101조【대도시내 법인중과세의 예외 등】① 법 제138조 제1항 단서에서 “대통령령이 정하는 업종”이라 함은 다음 각호에 해당하는 업종을 말한다. 19.중소기업진흥 및 제품구매촉진에 관한 법률에 의한 협동화사업으로서 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제28조의 규정에 의한 도시형공장을 영위하는 사업
② 제1항의 규정에 의한 업종을 영위하는 자가 당해 업종에 사용하기 위하여 취득한 재산을 그 등기 또는 등록일로부터 정당한 사유없이 1년(제1항 제5호의 규정에 의한 주택건설사업의 경우는 3년)이 경과할 때까지 당해 업종에 직접 사용하지 아니하거나 다른 업종에 사용 또는 겸용하는 경우와 2년 이상 당해 업종에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 업종에 사용 또는 겸용하는 경우에 그 해당 부분에 대하여는 법 제138조 제1항 본문의 규정을 적용한다. 다만, 제1항 제6호의 규정에 의한 전기통신사업자가 전기통신사업법 제34조의3의 규정에 의하여 전기통신설비 또는 시설을 다른 전기통신사업자와 공동으로 사용하기 위하여 임대하는 부동산에 대하여는 그러하지 아니하다.
(3) 지방세법시행규칙(2008.1.22. 행정자치부령 제421호로 개정되기 전의 것) 제55조 【공장의 범위와 적용기준】 법 제138조 제3항의 규정에 의한 공장의 범위와 적용기준에 대하여는 제47조의 규정을 준용한다. 이 경우 동조 제1항 전단 및 제2항 본문 중 “법 제112조 제3항의”는 각각 “법 제138조 제3항의”로 본다.
(4) 지방세법시행규칙(2003.12.31. 행정자치부령 제213호로 개정되기 전의 것) 제47조【공장의 범위와 적용기준】① 법 제112조 제4항의 규정에 의한 공장의 범위는 별표 3에 규정된 업종에 해당하는 공장(공업배치 및 공장설립에 관한 법률제28조의 규정에 의한 도시형공장을 제외한다)으로서 생산설비를 갖춘 건축물의 연면적(옥외에 기계장치 또는 저장시설이 있는 경우에는 그 시설물의 수평투영면적을 포함한다)이 500제곱미터 이상인 것을 말한다. 이 경우 건축물의 연면적에는 당해 공장의 제조시설을 지원하기 위하여 공장경계구역안에 설치되는 부대시설(식당ㆍ휴게실ㆍ목욕실ㆍ세탁장ㆍ의료실ㆍ옥외체육시설 및 기숙사등 종업원의 후생복지증진에 공여되는 시설과 대피소ㆍ무기고ㆍ탄약고 및 교육시설을 제외한다)의 연면적을 포함한다.
② 법 제112조 제4항의 규정에 의한 중과세의 적용기준은 다음 각호와 같다.
1. 공장을 신ㆍ증설하는 경우 중과세할 사업용 과세물건은 다음 각목의 1에 해당하는 것으로 한다. 가.수도권정비계획법제6조의 규정에 의한 과밀억제권역(공업배치 및 공장설립에 관한 법률의 적용을 받는 산업단지 및 유치지역과 국토의 계획 및 이용에 관한 법률의 적용을 받는 공업지역을 제외한다. 이하 이 항에서 “과밀억제권역”이라 한다)안에서 공장을 신설하거나 증설하는 경우에는 신설하거나 증설하는 공장용 건축물과 그 부속토지
2. 다음 각목의 1에 해당하는 경우에는 제1호의 규정에 불구하고 중과세 대상에서 제외한다. 가.기존공장의 기계설비 및 동력장치를 포함한 모든 생산설비를 포괄적으로 승계취득하는 경우
③ 시장ㆍ군수는 공장신설 또는 증설에 따른 중과세 상황부를 비치하여야 한다
(1) 먼저, 이 건의 사실관계를 살펴본다. (가) 청구법인은 OOOOO OOO OOO OOOOOO에 소재하는 법인사업자로 2000.4.22. 금형 제조업(소음·진동배출시설설치)을 사업목적으로 설립되었다. (나) 청구법인은 이 건 부동산을 2003.7.3. 법원으로부터 경락으로 취득하였고,지방세법 시행령제101조 제1항 제19호의 대도시내 법인중과세의 예외 업종인 도시형공장을 영위하는 사업으로 인정되어 일반세율(30/1000)로 이 건 부동산 관련 등록세 105,486,160원, 지방교육세 21,097,230원, 합계 126,583,390원을 신고·납부하였다. (다) 처분청은 청구법인이 이 건 부동산을 2005.6.14. 매각처분한데 대하여지방세법시행령제101조 제2항이 규정하고 있는 2년 이상 당해 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각한 경우로, 이는 대도시내 부동산 등록세의 중과 추징대상에 해당한다고 보아, 중과세율을 적용하여 과세하였다. (다) 이건 부동산은산업집적활성화및 공장설립에관한법률규정에 의한 도시형 공장이고, 청구법인이 법인 설립일부터 5년 이내 공장을 취득(승계취득)하였으며, 공장 취득일부터 2년 이상 당해 업종에 직접 사용하지 아니하고 매각한 사실에 대해서는 처분청과 청구법인간에 다툼이 없다.
(2) 청구법인은지방세법제138조 제3항에서 제1항 제4호의 규정에 의한 중과 대상 공장의 범위와 적용기준은 행정자치부령으로 정한다고 하면서, 같은법시행규칙 제47조 및 제55조에서 기존공장의 기계설비및 동력장치를 포함한 모든 생산설비를 포괄적으로 승계취득하는 경우는 등록세 중과대상에서 제외한다고 규정하고 있고, 대법원 판례(OOO OOOOOOOOOOOO OOOOOOOOOO)에서도지방세법이 규정한중과세 요건인 공장의 신설 또는 증설에기존 공장의 토지, 건축물, 생산설비를 포괄적으로 그대로승계하거나 시설규모를 축소하여 승계하는 것은 포함하지 않는다고 하고 있어, 포괄승계한 것으로 확인되는 이건 부동산에 대해 등록세를 중과세함은 부당하고, 폐업사실증명서상에서도 이건 부동산이 금형제조업을 영위하는 도시형 공장인 사실이 확인되므로 등록세 중과규정을 적용하여 과세한 처분청의 처분은 부당하다는 주장이므로 이에 대해 살펴보기로 한다. (3)산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률에 규정하는 도시형 업종공장에 해당하는 경우에도, 지방세법제138조 제1항 단서 및 같은 법 시행령 제101조제1항제19호 규정에 의한 대도시내 법인 중과세의 예외 업종에 해당하기 위해서는중소기업진흥 및 제품구매촉진에 관한 법률에 의한 협동화 사업임을 전제로 하여야 할 것인데, 기존의 사업자가 협동화 사업의 승인을 받은 경우에도 새로운 사업자가 재취득하는 경우에는중소기업진흥 및 제품구매촉진에 관한 법률에 의한 협동화 실천계획 변경승인을 받아야만지방세법 시행령제101조제1항제19호 규정에 의한 대도시내 법인 중과세 예외 업종에 해당한다 할 수 있을 것이다. 또한,지방세법 시행령제101조제1항제19호 규정에 의한 대도시내 법인 중과세 예외 업종이라 하더라도, 같은 법 시행령 제101조제2항에서는 제1항의 규정에 의한 업종을 영위하는 자가 당해 업종에 사용하기 위하여 취득한 재산을 그 등기 또는 등록일로부터 정당한 사유없이 1년(제1항 제5호의 규정에 의한 주택건설사업의 경우는 3년)이 경과할 때까지 당해 업종에 직접 사용하지 아니하거나 다른 업종에 사용 또는 겸용하는 경우와 2년 이상 당해 업종에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 업종에 사용 또는 겸용하는 경우에 그 해당 부분에 대하여는 같은법 제138조 제1항 본문의 규정을 적용한다고 하고 있어, 대도시내 법인 중과세의 예외업종의 경우도 이건과 같이 2년 이상 당해 업종에 직접 사용하지 아니하고 매각하는 경우 같은 법 제138조 제1항 본문 규정에 따라 중과세 대상임을 알 수 있다. (4)살피건대, 이건 부동산은 위의 사실관계 (다)에 나타난 바와 같이 청구인과 처분청간에 다툼이 없는지방세법 시행령제101조제1항제19호에 규정하는 도시형 업종 공장으로,지방세법제138조제1항제4호의 요건을 충족한 공장에 해당하지 아니하여 같은 호에 의거 중과세할 수 없다 하더라도, 그공장이 대도시 내에서의 법인설립후 5년이내 승계취득함에 따라 등기된 부동산이라면, 이는 같은 법 제138조제1항제3호, 같은 법 시행령제102조제2항에서 정한 공장의 승계취득에 해당하는 것이고, 비록 이건 부동산이 같은 법 시행령 제102조 제1항 각호에서 규정한 대도시내 법인중과세 예외업종이기는 하나 2년 이상 당해 업종에 직접 사용하지 아니하고 매각하는 부동산에 해당하므로, 같은 법 제138조제1항 규정에 의거 중과세함이 타당하다 할 것이다(OOO OOOOOOOOOO OO OOOOOOOOO OO OO).
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 지방세법제77조 제5항과 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.