취득세 감면분에 대하여 농어촌특별세를 부과고지 한 것이 적법한지 여부(취소)

[주 문] 처분청이 2009.1.10. 및 2009.3.30. 청구법인에게 한농어촌특별세 2,263,730원의부과처분(신고납부)은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분 개요 가.처분청은 청구법인이 OOOO OOO OOO OO 소재 건축물 2915.43㎡(이하 “이 건 부동산”이라 한다)를 2003.11.24.부터2008.9.8.까지취득하고, 2008.12.18. 등기신고한데대하여 경상북도세 감면조례제26조제1호의 규정에 의하여 취득세 및 등록세를 과세면제 하였으나 동 규정에의하여 과세면제 된 취득세 및 등록세에대한 농어촌특별세가 비과세대상에 해당하지 아니하는 것으로 보아이 건 부동산 중 청구법인이2005.7.19.부터 2006.11.15.까지 취득한 건축물의 취득세 과세면제분 농어촌특별세 908,910원을 2009.1.10.청구법인에게 부과고지 하였고, 청구법인은이 건 부동산의 등록세 과세면제분 농어촌특별세 1,327,560원을 2008.12.18. 처분청에 신고하고, 2009.3.30. 이를 납부하였다.

• 나. 청구법인은 이에 불복하여 2009.3.26. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 농어촌특별세법제4조 제12호 및 같은 법 시행령 제4조 제6항제1호에서 조세특례제한법 제121조의2의 규정에 의하여 감면되는취득세 및등록세에대하여 농어촌특별세 비과세 대상으로 규정하고있고, 경상북도세 감면조례 제26조는 외국인의 투자활성화 촉진이라는 조세특례제한법 제121조의2의 당초 입법취지에 따라감면기간을 15년으로 연장한 것인바, 동 조례에 의하여 감면되는취득세 및 등록세에 대하여도 농어촌특별세가 비과세 되어야함에도 처분청이이 건 부동산의취득세 및 등록세 감면분에 대한 농어촌특별세를 비과세하지 아니하는것은 부당할 뿐만 아니라 이 건 부동산 중 2003년 증축분에 대하여취득한지 5년이 지난 시점에서 농어촌특별세를 부과하는 것 또한 부당하다.
• 나. 처분청 의견

(1) 조세특례제한법 제121조의2 제4항에서 외국인투자기업이 신고한 사업을 영위하기 위하여 취득·보유하는 재산에 대한 취득세·등록세 및 재산세는 사업개시일부터 5년 이내에 있어서는 당해 재산에 대한 산출세액에 외국인투자비율을 곱한 금액의 전액을, 그 다음 2년 이내에 있어서는 감면대상세액의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면하거나 일정금액을 과세표준에서 공제하되 지방자치단체가 지방세법 제9조의 규정에 의한 조례가 정하는 바에 따라 감면기간 또는공제기간을 15년까지 연장하거나 연장한 기간내에서 감면비율 또는 공제비율을 높인 때에는 제1호 및 제2호의규정에 불구하고 그 기간 및 비율에 의한다고 규정하고 있다. (2)청구법인의 경우 조세특례제한법 제121조의2 제4항에 의한감면기간이 종료됨에 따라 15년까지 취득세 및 등록세의 감면기간 등을연장하여 규정하고 있는 경상북도세 감면조례 제26조에 의하여취득세 및 등록세를 감면 받았지만 농어촌특별세법 시행령 제4조제6항제6호에서 지방세법 제7조의 규정에 의한 과세면제 및 불균일과세에관한 조례에 의한 감면중 행정안전부장관이 기획재정부장관과 협의하여고시하는 경우에는 농어촌특별세를 비과세 한다고규정하고 있고, 동 고시에서 경상북도세 감면조례 제26조에서 규정하고 있는 외국인투자유치 지원을 위한 감면을 농어촌특별세 비과세 대상으로규정하고 있지 아니하므로 이 건 부동산의 취득세 및 등록세 감면분에 대한 농어촌특별세는 비과세 대상에 해당하지 아니하므로 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 지방세 감면조례에서 조세특례제한법에서 규정하고 있는 외국인투자기업의 사업용 부동산의 감면기간을 연장하여규정하고 있는 경우 동 조례에 의한 취득세 감면분에 대하여 농어촌특별세를 부과고지 한 것이 적법한지 여부
• 나. 관련 법령

(1) 지방세법 제7조(공익 등 사유로 인한 과세면제 및 불균일과세) ① 지방자치단체는 공익상 기타의 사유로 인하여 과세를 부적당하다고 인정할 때에는 과세하지 아니할 수 있다.

② 지방자치단체는 공익상 기타의 사유로 인하여 필요한 때에는 불균일과세를 할 수 있다. 제9조(과세면제 등을 위한 조례)제7조 및 제8조의 규정에 의하여 지방자치단체가 과세면제ㆍ불균일과세 또는 일부 과세를 하고자 할 때에는 행정안전부장관의 허가를 얻어 당해 지방자치단체의 조례로써 정하여야 한다. 제29조 (납세의무의 성립시기) ① 지방세를 납부할 의무는 다음 각 호의 시기에 성립한다.

1. 취득세: 취득세 과세물건을 취득하는 때

2. 등록세: 재산권 기타 권리를 등기 또는 등록하는 때

(2) 조세특례제한법 제121조의2 (외국인투자에 대한 법인세 등의 감면) ④ 외국인투자기업이 신고한 사업을 영위하기 위하여 취득ㆍ보유하는 재산에대한 취득세ㆍ등록세 및 재산세에 대하여는 다음 각호와 같이 그 세액을 감면하거나 일정금액을 과세표준에서 공제한다. 다만, 지방자치단체가 지방세법 제9조의 규정에 의한 조례가 정하는 바에 따라 감면기간 또는 공제기간을 15년까지 연장하거나 연장한 기간내에서 감면비율 또는 공제비율을 높인 때에는 제1호 및 제2호의 규정에 불구하고 그 기간 및 비율에 의한다.

1. 취득세ㆍ등록세 및 재산세는 사업개시일부터 5년 이내에 있어서는 당해 재산에 대한 산출세액에 외국인투자비율을 곱한 금액(이하 이 항, 제5항, 제12항 제3호 및 제4호에서 “감면대상세액”이라 한다)의 전액을, 그 다음 2년 이내에 있어서는 감면대상세액의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면. 다만, 제1항 제2호의 2ㆍ제2호의 3ㆍ제2호의 4ㆍ제2호의 5ㆍ제2호의 6ㆍ제2호의 7 및 제3호의 규정에 의한 감면대상이 되는 사업을 영위하기 위하여 취득ㆍ보유하는 재산에 대한 취득세ㆍ등록세 및 재산세는 사업개시일부터 3년 이내에 있어서는 감면대상세액의 전액을，그다음 2년 이내에 있어서는 감면대상세액의 100분의 50에 상당하는세액을 각각 감면한다. (3)경상북도세감면조례 제26조(외국인투자유치 지원을 위한 감면) 외국인투자기업이 신고한 사업을 영위하기 위하여 취득하는 재산에 대하여는 다음 각 호에서 정하는 바에 의하여 지방세를 감면한다. 다만,조세특례제한법제121조의5 제3항의 규정에 의한 추징대상이 되는 경우에는 감면된 지방세를 추징한다.

1. 조세특례제한법제121조의2 제4항 제1호의 규정에 의한외국인투자비율에 해당하는 취득세와 등록세는 동항단서의 규정에의하여사업 개시일부터 15년간 감면대상세액의 전액을 면제한다.

(4) 농어촌특별세법 제3조(납세의무자)

1. 제2조 제1항 본문에 규정된 법률에 의하여 소득세·법인세·관세·취득세 또는 등록세의 감면을 받는 자

5. 지방세법에 의한 취득세 또는 레저세의 납세의무자 제4조(비과세)다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 농어촌특별세를부과하지 아니한다.

12. 기술 및 인력개발, 저소득자의 재산형성, 공익사업 등 국가경쟁력의 확보 또는 국민경제의 효율적 운영을 위하여 농어촌특별세를 비과세할 필요가 있다고 인정되는 경우로서대통령령이 정하는 것

(5) 농어촌특별세법 시행령 제4조 (비과세) ⑥ 법 제4조 제12호에서 "대통령령이 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 감면을 말한다.

1. 조세특례제한법 제10조, 제10조의2, 제11조, 제12조, 제12조의2，제13조, 제14조, 제18조, 제18조의2, 제30조의3，제33조, 제63조, 제63조의2, 제64조, 제76조 제1항，제91조의9, 제91조의10, 제91조의11, 제96조, 제98조의3，제104조의5, 제104조의8 제1항ㆍ제3항, 제118조 제1항 제1호, 제119조 제1항 제2호(법인세법 제44조 제1항 각 호의 요건을 충족한 합병의 경우에 한정한다)ㆍ제10호ㆍ제19호ㆍ제20호 및 제6항, 제120조 제1항 제9호 및 제4항，제120조의2, 제121조의2부터 제121조의4까지, 제121조의6, 제121조의13, 제121조의15 및 제126조의2에 따른 감면 6.지방세법 제7조의 규정에 의한 과세감면 및 불균일과세에관한 조례에 의한 감면 중 제1호 내지 제5호와 유사한 감면으로서 행정안전부장관이 기획재정부장관과 협의하여 고시하는 것

(6) 농어촌특별세가 비과세되는 과세면제 조례 행정안전부 고시 제2007 -25호 농어촌특별세법제4조제12호 및 동법 시행령 제4조제6항제6호의규정에 의하여 "농어촌특별세가 비과세되는 과세면제 및 불균일과세에관한 조례에 의한 감면"을 다음과 같이 고시합니다. 2007년 5월 31일 행정자치부장관

• 다 음 -

1. 광산지역에 대한 감면

2. 국가유공자 및 그 유족 등에 대한 감면

3. 농어촌특산품생산단지 등에 대한 감면

4. 주거환경개선사업에 대한 감면

5. 평생교육시설 등에 대한 감면

6. 농어촌주택개량 등에 대한 감면

7. 한센정착농원지원을 위한 감면

8. 공동주택에 대한 감면

9. 임대주택에 대한 감면

10. 주택재개발사업에 대한 감면

11. 지방공사 등에 대한 감면

12. 사립학교 교육용 재산에 대한 감면

13. 인천국제공항건설 등 사업지원을 위한 감면

14. 장애인소유자동차에 대한 감면

15. 경상남도 양산시 도시철도 건설사업 지원을 위한 감면

16. 제주국제자유도시 종합계획사업을 위한 감면

17. 부산항만공사에 대한 감면

18. 중소기업종합지원센타에 대한 감면

19. 재래시장 재개발·재건축사업 등에 대한 감면

20. 인천항만공사에 대한 감면

21. 울산항만공사에 대한 감면 부 칙 제1조 (시행일) 이 고시는 2007년 1월 1일부터 시행한다. 제2조 (적용기한) 이 고시중 제17호, 제20호 및 제21호에 대하여는 2008년 12월 31일까지 적용한다. 제3조 (다른 고시의 폐지) 이 고시 시행과 동시에 행정자치부고시 제2006-42호(2006년12월28일)는 폐지한다.

• 다. 사실관계 및 판단 (1)청구법인은1999.6.14. 자동차산업용부품의 설계, 제조, 판매 및일반상업회사로서의 업무수행 등을 목적사업으로 설립된 외국인투자기업(외국인투자금액 및 비율: 121,512,000천원, 100%)으로2003.11.24.부터2008.9.8.까지의 기간 중에 이 건 부동산을 취득한 사실은 제출된 자료에의하여 알 수 있다.

(2) 조세특례제한법 제121조의2 제4항 본문단서에서지방자치단체가지방세법 제9조의 규정에 의한 조례가 정하는 바에 따라 감면기간 또는 공제기간을15년까지 연장하거나 연장한 기간내에서 감면비율 또는 공제비율을높인 때에는 같은 항 제1호 및 제2호의 규정에 불구하고 그 기간및 비율에 의한다고 규정하고 있고, 농어촌특별세법 시행령 제4조 제6항제1호에서 조세특례제한법 제121조의2를농어촌특별세 비과세 대상으로 규정하고있으므로 동 조항에서 규정하고 있는 농어촌특별세 비과세대상은 조세특례제한법 제121조의2 제4항 제1호 및 제2호 뿐만 아니라같은 조 제4항 본문단서에서 규정하고 있는지방자치단체가지방세법제9조의규정에 의한 조례가 정하는 바에 따라감면기간 또는 공제기간을15년까지 연장하거나 연장한 기간내에서 감면비율 또는 공제비율을높인 경우의 농어촌특별세까지 포함하는 것으로 보아야 할 것이다. (3)살피건대, 청구법인이 이 건 부동산을취득하고 조세특례제한법제121조의2제4항 제1호의 규정에 의하여 취득세 등을 감면받지 아니하고경상북도세 감면조례제26조에 의하여취득세 등을 감면받았으나이 건 부동산의 감면분 취득세 등에 대한 농어촌특별세는 농어촌특별세법제4조 제12호 및 같은 법 시행령 제4조 제6항 제1호의 규정에 의하여비과세대상에 해당한다고할 것이다. 따라서, 처분청이 청구법인에게 이 건 농어촌특별세를 부과고지(신고납부)한 것은잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세법제77조 제5항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에의하여 주문과 같이 결정한다.