사업양수도 계약에 따라 종전 사업자에게 토지 대금 외에 지급한 인·허가 관련 비용을 당해 토지 취득비용으로 볼 수 있는지 여부(취소)

[참조결정] 조심2008지1076/조심2008지0017

[주 문] 처분청이 2008.12.12. 청구법인에게 한 취득세 323,173,330원, 농특세 32,317,330원, 등록세 323,173,330원, 지방교육세 64,634,660원, 합계 743,298,650원(가산세 포함)의 부과처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분 개요

• 가. 청구법인은 2006.11.20. OOO 외 88필지 토지 58,056㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)를 취득한 후 2006.11.23. 그 취득가액을 32,879,200,000원으로 하여 산출한 취득세 등을 신고납부하였다가 2006.12.20. 법인장부가액 산정오류를 이유로 그 취득가액을 31,667,800,000원으로 하여 수정신고를 하였다.
• 나. 그 후 처분청은 세무조사 결과 이 건 토지 취득 신고 당시 청구법인이 취득가액에서 제외한 자산양수도에 따른 인허가권의 승계금액 11,397,000,000원이 이 건 토지 취득에 소요된 비용에 해당되는 것으로 보아 이를 과세표준으로 하고 지방세법(2006.12.30. 법률 제8147호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제112조 제1항 및 제131조 제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 323,173,330원, 농특세 32,317,330원, 등록세 323,173,330원, 지방교육세 64,634,660원, 합계 743,298,650원(가산세 포함)을 2008.12.12. 청구법인에게 부과고지 하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2009.3.12. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 2005.7.13. OOO 외 64필지상에서 시행된 공동주택 및 근린생활시설 신축 분양사업에 시공사로 참여하여 2006.6.14. 모델하우스를 신축하여 분양을 개시하는 등 사업을 진행하였으나, 분양율이 극히 저조(4.8%, 609세대 중 29세대)하여 시행사인 OOO이 대출이자도 부담할 수 없는 상황이 발생함에 따라 청구법인과 OOO은 위 분양사업에 대하여 사업성이 없는 것으로 판단하여 이와 관련된 사업약정을 해제 또는 해지하였고, 이에 청구법인은 미수기성공사비를 확보하기 위하여 시행사의 사업용 자산과 인허가권 일체를 인수하고 그 대금을 미수채권과 상계한 후 차액을 현금으로 정산한 후 당시 인수한 자산 중 건축물 관련 자산성이 없는 인허가권을 제외한 이 건 토지에 대하여는 취득세 등을 신고납부하였는바, 2006.12.9. 청구법인과 OOO이 작성한 자산양수도 계약서상에 양수도 목적물을 사업부지와 인허가권으로 구분하고 있지만 청구법인은 수년 내에 위 분양사업을 원안대로 추진할 계획이 없는 관계상 인허가권에 대하여는 자산성이 없는 것으로 판단하여 비용으로 회계처리하였는데, 인허가권은 위 아파트 분양사업 시행중 중단한 공사원가와 시공사의 매출이익으로서 시행사인 OOO의 미완성건축물 공사원가에 해당되고, 이러한 인허가권은 건축중인 자산에 해당되는 것이어서 장래에 중단된 공사를 다시 시작하는 경우 당해 가액을 건축물 가액에 포함할 것인지는 별론으로 하더라도 미완성공사비일 뿐이며, 구 OOO에서도 사업양수도를 하면서 토지 가격 외에 별도로 지급한 사업권 양수비용은 토지 취득비용에서 제외된다고 하고 있으므로, 이 건 토지와 함께 취득한 건축물의 기초공사비일 뿐만 아니라 건설중인자산가액인 인․허가권 취득비용을 이 건 토지에 소요된 비용으로 보아 이 건 취득세 등을 부과고지한 것은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인의 경우 2006.12.19. 자산양수도 계약을 체결하면서 양수도의 목적물을 사업부지(토지 및 사업부지위의 부지정지공사, 기부채납도로 개설공사 등)와 인․허가권(사업부지위의 사업시행관련 인허가권 등 일체의 권리)으로 하여 인․허가권에 대한 대금의 처리는 2006.11.14. 중도타절합의서에 따라 OOO이 청구법인에게 지급해야하는 기성금과 상계처리하고 위 분양사업과 관련된 사업계획 승인 등 제반 인․허가 및 사업시행과 관련 일체의 권리를 양수하기로 한 점 등으로 미루어 볼 때, OOO이 사업을 포기함에 따라 청구법인이 지급한 양수도 대금은 이 건 토지의 취득을 위해 추가로 지급한 비용으로 실질적으로는 토지 취득 대가의 일부에 해당하는 것으로 봄이 타당하다 하겠고, 양수인이 아파트 사업승인을 받은 토지를 취득하는 것은 전 소유자의 토지 취득가액 이외에 아파트 사업에 따른 기대이익 및 아파트 사업을 가능하게 하는 제반비용 등이 토지가액에 포함되어 있다고 볼 수 있으며, 이러한 제반비용 등은 토지 취득과 직․간접적으로 관련되었다고 보는 것이 합리적이어서 아파트 사업시행권 명목의 금액도 토지 취득가액에 포함되는 것으로 보아야 할 것이며OOO, 또한, 사업시행과 관련한 직․간접적인 부대비용이 부동산 승계취득과 긴밀히 연결되어 부담하거나 부담하여야 할 것이라면, 비록 그 비용이 향후 건축물 건설원가에 포함되는 성질을 가지고 있다고 하더라도 신축중인 부동산을 매각할 경우는 그간 투입된 순수시공비는 물론 이러한 신축과 관련된 부대비용도 통상적으로 토지매매가격에 포함하는 것에 비추어 볼 때, 이를 부동산 취득가격에 포함하는 것이 합리적인 상당성이 있다고 할 것으로OOO, 청구법인의 경우 시공사로서 사업을 진행하던 중 분양율 저조와 시행사의 사업 진행능력 부족, 공사 진행으로 인한 추가적인 손실을 최소화하기 위해 사업을 포기하고 미수기성공사비 확보를 위해 터파기 공사 마무리 시점에 이 건 토지를 인수한 것으로, 인수한 토지상에 별도의 과세대상 물건이 존재하지 않을 뿐만 아니라 현재까지 추가적인 사업재개의 계획이 없는 점으로 미루어 당해 개발사업을 위한 각종 인․허가 등의 비용과 매입 전까지 투입된 공사비 등은 이 건 토지 취득을 위한 직․간접적인 부대비용에 해당한다 하겠으므로 이 건 취득세 등의 부과처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 사업양수도 계약에 따라 종전 사업자에게 토지 대금 외에 지급한 인․허가 관련 비용을 당해 토지 취득비용으로 볼 수 있는지 여부
• 나. 관련 법령

(1) 지방세법(2006.12.30. 법률 제8147호로 개정되기 전의 것) 제111조【과세표준】① 취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 한다. 다만, 연부로 취득하는 경우에는 연부금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 취득 당시의 가액은 취득자가 신고한 가액에 의한다. 다만, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 그 신고가액이 다음 각 호에 정하는 시가표준액에 미달하는 때에는 그 시가표준액에 의한다. 1.․2. (생략)

⑤ 다음에 게기하는 취득(증여․기부 기타 무상취득 및 소득세법 제101조 제1항의 규정에 의한 거래로 인한 취득을 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항의 규정에 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액에 의한다.

3. 판결문․법인장부 중 대통령령이 정하는 것에 의하여 취득가격이 입증되는 취득 제130조【과세표준】① 부동산․선박․항공기․자동차 및 건설기계에 관한 등록세의 과세표준은 등기․등록 당시의 가액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 과세표준은 조례가 정하는 바에 의하여 등기․등록자의 신고에 의한다. 다만, 신고가 없거나 신고가액이 제111조 제2항 각 호의 규정에 의한 시가표준액에 미달하는 경우에는 시가표준액을 과세표준으로 한다.

③ 제111조 제5항의 규정에 해당하는 경우에는 제2항의 규정에 불구하고 동조 동항의 규정에 의한 사실상의 취득가액을 과세표준으로 한다. 다만, 등기․등록 당시에 자산재평가 또는 감가상각 등의 사유로 그 가액이 달라진 경우에는 변경된 가액을 과세표준으로 한다.

(2) 지방세법 시행령(2006.12.30. 대통령령 제19817호로 개정되기 전의 것) 제73조【취득의 시기 등】① 유상승계취득의 경우에는 다음 각 호에 정하는 날에 취득한 것으로 본다.

1. 법 제111조 제5항 제1호 내지 제4호의 어느 하나에 해당하는 유상승계취득의 경우에는 그 사실상의 잔금지급일 제82조의2【취득가격의 입증 등】① 법 제111조 제5항 제3호에서 “판결문․법인장부 중 대통령령이 정하는 것”이라 함은 다음 각 호에 정하는 것을 말한다.

2. 법인장부: 법인이 작성한 원장․보조장․출납전표, 결산서 제82조3【취득가격의 범위】① 취득세의 과세표준이 되는 취득가격은 과세대상 물건의 취득시기를 기준으로 그 이전에 당해 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 일체의 비용{소개수수료, 설계비, 연체료, 할부이자 및 건설자금에 충당한 금액의 이자 등 취득에 소요된 직접․간접비용(부가가치세를 제외한다)을 포함하되, 법인이 아닌 자가 취득하는 경우에는 연체료 및 할부이자를 제외한다}을 말한다. 다만, 매매계약서상의 약정금액을 일시급등의 조건으로 할인한 경우에는 그 할인된 금액으로 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 2005.7.13. OOO 외 64필지 토지상의 이 건 아파트 신축사업과 관련하여 시행사인 OOO과 시공사인 청구법인 및 대주인 OOO는 사업약정을 체결하였는데, 그 약정서에 OOO로부터의 대출금으로 사업부지 및 그 지상물 일체에 대한 매매대금 지급 및 완전한 소유권 확보, 각종 제한물권 말소, 그 지상건물 및 지하 지장물을 포함한 부대시설 철거, 그 소유자 및 점유자․임차인․세입자들로부터 동 사업부지를 명도받는 업무 및 관련 행정처리, 제1종지구단위계획 승인, 사업계획 승인 및 분양승인 등 대관청 인허가 관련 행정업무, 청구법인과의 공사도급계약체결, 감리계약 등 부대업무계약 체결” 등을, 청구법인은 “OOO이 본 사업부지의 소유권을 확보한 후 OOO과의 공사도급계약에 의한 공사기간내 건축물의 책임준공, 공사도급계약에 따른 공사수행, 시공과 관련된 인허가업무, 공사민원 처리 및 이에 따른 비용부담” 등을, OOO는 “사업부지 매입비 및 토지소유권 이전에 따른 비용 및 초기사업 추진비를 OOO에게 대출”을 각각의 업무 및 의무로 하는 것으로 기재되어 있다.

(2) 2006년 11월 청구법인과 OOO은 청구법인이 OOO 신축사업부지인 이 건 토지와 이 건 토지 위의 사업시행관련 각종 인허가권 등 일체의 권리를 44,276,200,000원[사업부지 32,879,200,000원(지상물외등 포함), 인허가권 11,397,000,000원(부가가치세 별도)]에 양수하기로 하면서, 인허가권 대금 11,397,000,000원은 2006.11.15.까지 지급하되, 다만 위 대금은 2006.11.14.자 중도타절합의서에 따라 OOO이 청구법인에게 지급해야 하는 기성금 11,397,000,000원으로 상계처리한다는 등을 내용으로 하는 자산 양수도계약을 체결하였다.

(3) 2006.11.15. 청구법인과 OOO은 매매대금은 32,879,200,000원으로 하고, 잔금지급일을 2006.11.20.로 하는 내용의 이 건 토지 매매계약을 체결하였다.

(4) 청구법인은 2006회계년도 용지명세서를 보면, OOO 부지 32,835,669,800원(기말잔액)으로 기재되어 있고, 한편 청구법인은 위 인허가권 취득비용 11,397,000,418원을 건축물 공사원가 계정에 계상하였다.

(5) 살피건대, 지방세법 시행령 제82조의3 제1항에서 말하는 취득가격에는 과세대상물건의 취득 시기 이전에 거래상대방 또는 제3자에게 지급원인이 발생 또는 확정된 것으로서 당해물건 자체의 가격(직접비용)은 물론 그 이외에 실제로 당해 물건 자체의 가격으로 지급되었다고 볼 수 있거나 그에 준하는 취득절차비용도 간접비용으로서 이에 포함된다 할 것이나, 그것이 취득의 대상이 아닌 물건이나 권리에 관한 것이어서 당해 물건 자체의 가격이라고 볼 수 없는 것이라면 과세대상물건을 취득하기 위하여 당해 물건의 취득시기 이전에 그 지급원인이 발생 또는 확정된 것이라도 이를 당해 물건의 취득가격에 포함된다고 보아 취득세 과세표준으로 삼을 수 없다 할 것으로OOO, 법인이 주택건설사업을 추진하기 위해서 직접 토지를 개별 토지 소유자들로부터 매수하는 경우 상당한 기간에 걸쳐 비용과 노력이 소요될 수 있어 종전 사업시행자가 이러한 토지 매수작업을 상당히 진척한 상태에서 이를 승계하는 경우 종전 사업자가 토지 구매를 위하여 지급한 직접적인 매수비용 이외에 유무형적으로 매수에 소요된 비용 등을 보전하여 줄 필요성이 있다고 보여지는 점, 청구법인은 이 건 토지대금 지출금액은 계정별원장의 용지계정에 기재되어 있는 반면, 아파트건설 및 분양사업과 관련한 사업권양수도비용으로 지급된 11,397,000,000원은 공사원가계정에 기재되어 있는 등 각각 회계처리가 구분되어 있는 점, 청구법인과 OOO이 체결한 자산양수계약서에 청구법인이 아파트건설 사업부지인 이 건 토지와 사업부지 위의 사업시행관련 각종 인․허가권 등 일체의 권리를 승계하기로 합의한다고 기재되어 있는 점 등으로 볼 때, 인허가권 양수대금으로 지출한 위 금액은 추후 건축물 공사비용에 해당되는 것으로 보는 것은 별론으로 하더라도 사업양수도에 따라 사업권 양수의 대가로 지급한 영업권의 대가라고 보는 것이 타당하다 하겠고, 이 건 토지와는 별개의 권리에 대한 대가로써 이 건 토지 취득에 소요된 비용으로 볼 수는 없다OOO. 따라서 처분청이 이 건 취득세 등을 청구법인에게 부과고지한 것은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 지방세법 제77조 제5항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.