유예기간 내에 이를 고유업무에 사용하지 아니한 경우 정당한 사유가 있다고 볼 수 있는지 여부(취소)

[주 문] 청구법인이 2009.2.27. 처분청에 신고납부한 취득세 24,000,000원, 농어촌특별세 2,400,000원, 등록세 24,000,000원, 지방교육세 4,800,000원, 합계 55,200,000원은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분 개요

• 가. 청구법인은 2008.1.30. OOO OOO OOO OOO OOOOO 외 1필지 토지 301㎡(이하 “이 건 토지”라 한다) 및 그 지상건축물 523.5㎡(지상 2층, 부동산등기부에 누락된 지상 1층 창고면적 41.6㎡이 포함된 면적임. 이하 “종전 건축물”이라 하고, 이 건 토지를 포함하여 이하 “이 건 부동산”이라 한다)를 취득(경락)한 후 처분청으로부터 지방세법제266조 제5항 본문의 규정에 의하여 OOOOOO이 고유업무에 사용하기 위하여 취득(등기)하는 부동산에 해당되는 것으로 하여 취득세와 등록세 등을 면제받았다가, 2009.2.10. 처분청으로부터 이 건 부동산을 유예기간인 취득일부터 1년 내에 정당한 사유없이 고유업무에 직접 사용하지 아니하였으므로 면제된 취득세 등의 추징요건이 성립되었다는 안내를 받고 2009.2.19. 이 건 부동산의 취득가액(1,200,000,000원)을 과세표준으로 하고 지방세법 제112조 제1항 및 제131조 제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 24,000,000원, 농어촌특별세 2,400,000원, 등록세 24,000,000원, 지방교육세 4,800,000원, 합계 55,200,000원을 신고한 다음 2009.2.27. 이를 납부하였다.
• 나. 청구법인은 이에 불복하여 2009.3.6. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 목적사업 중 하나인 신용사업에 활용할 목적으로 2008.1.30. 이 건 부동산을 경락 취득하였으나 종전 소유자가 경매절차가 종결된 이후에도 청구법인과의 합의 및 동의없이 불법으로 종전 건축물 중 지상 1층 2개 점포를 OOO, OOO에게 임대함으로써 명도가 이루어지지 아니함에 따라 폭력행위 등 처벌에 관한 법률 위반을 이유로 관할 경찰서에 고소를 하였으나 무혐의판정으로 인해 어려움을 겪다가 2008.10.7. 자진 퇴거함으로써 건물 명도가 이루어졌고, 종전 소유자가 부동산인도절차를 이행하지 아니하자 2008년 5월 법원에 부동산인도명령을 신청하여 2008.11.27. 강제집행으로 종전 건축물 중 지상 2층을 명도받는 등 취득 이후 상당한 기간이 소요되었으며, 그 이후 제반 절차에 소요되는 시간적 비용을 절감하기 위하여 설계용역업체에 대한 용역기간 단축 종용, 종전 건축물 철거기간 단축 등의 노력을 경주하여 2009.1.30. 처분청으로부터 건축허가를 받았고, 같은 날 처분청에 착공신고를 하고 건축물 신축 공사를 진행하여 2009.11.5. 처분청으로부터 신축 건축물에 대한 사용승인을 받은 다음 현재 이를 고유업무에 직접 사용하고 있는바, 이 건 부동산을 취득한 이후 종전 소유자 및 불법점유자에 대한 고소, 부동산인도명령 신청, 설계·건축허가 등 고유업무에 직접 사용하기 위하여 정상적이고 진지한 노력을 다하였으나 물리적인 시간이 부족하여 유예기간 내에 착공하지 못한 것이므로 이는 취득일부터 1년 이내에 고유업무에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다 할 것임에도 이러한 사정을 감안하지 아니한 채 청구법인으로 하여금 이 건 취득세 등을 신고납부토록 한 것은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 이 건 부동산을 고유업무에 사용하기 위하여 정상적이고 진지한 노력을 다하였음에도 물리적인 시간이 부족하여 유예기간 내에 공사착공을 하지 못하였다고 주장하고 있으나, 2008.1.30. 이 건 부동산을 취득한 후 청구법인은 즉시 명도를 받기위한 일련의 노력을 다하였어야 함에도 4개월 이상 경과한 2008.5.9.에서야 법원에 부동산인도명령신청을 하였고, 부동산 인도절차와 별도로 진행할 수 있는 설계계약도 유예기간을 1개월여 남긴 2008년 12월에서야 체결한 점, 유예기간을 넘긴 2009.2.5. 종전 건축물을 철거하고도 2009.3.6.까지 착공 등 추가적인 공사를 진행하지 아니한 점 등을 종합해 볼 때, 청구법인이 이 건 부동산을 고유업무에 직접 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였다고 보기도 어렵고, 이 건 부동산을 고유업무에 사용하는 데 대한 행정관청의 사용금지·제한 등 외부적인 사유 또한 없어 유예기간을 넘긴 정당한 사유가 있다고 도 인정할 수도 없다 하겠으므로 청구법인이 이 건 취득세 등을 신고납부한 것은 적법하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 OOOOOO이 부동산을 경락취득하였으나 종전 소유자와 기존 세입자의 건물 명도불응 등으로 인해 유예기간 내에 이를 고유업무에 사용하지 아니한 경우 정당한 사유가 있다고 볼 수 있는지 여부
• 나. 관련 법령

(1) 지방세법 제266조【농어민관련사업 등에 대한 감면】⑤ OOOOOO법에 의하여 설립된 조합(조합공동사업법인을 포함한다), 수산업협동조합법에 의하여 설립된 조합(어촌계를 포함한다), 산림조합(산림계를 포함한다) 및 엽연초생산협동조합(이들 조합의 중앙회를 제외한다)이 고유업무(법령에서 개별적으로 규정하는 업무와 법인등기부에 목적사업으로 정하여진 업무를 말한다. 이하 이 장에서 같다)에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(임대용 부동산을 제외한다. 이하 이 항에서 같다)에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 과세기준일 현재 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세를 면제한다. 다만, 그 취득일부터 1년 내에 정당한 사유없이고유업무에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상고유업무에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다.

(2) OOOOOO법 제57조【사업】① 지역농협은 그 목적을 달성하기 위하여 다음 각 호의 사업의 전부 또는 일부를 행한다.

3. 신용사업

• 가. 조합원의 예금과 적금의 수입
• 나. 조합원에게 필요한 자금의 대출
• 다. 내국환
• 라. 어음할인
• 마. 국가·공공단체 및 금융기관의 업무의 대리
• 바. 조합원을 위한 유가증권·귀금속·중요물품의 보관 등 보호예수업무

(3) 민사집행법 제135조【소유권의 취득시기】매수인은 매각대금을 다 낸 때에 매각의 목적인 권리를 취득한다. 제136조【부동산의 인도명령 등】① 법원은 매수인이 대금을 낸 뒤 6월 이내에 신청하면 채무자ㆍ소유자 또는 부동산 점유자에 대하여 부동산을 매수인에게 인도하도록 명할 수 있다. 다만, 점유자가 매수인에게 대항할 수 있는 권원에 의하여 점유하고 있는 것으로 인정되는 경우에는 그러하지 아니하다.

② 법원은 매수인 또는 채권자가 신청하면 매각허가가 결정된 뒤 인도할 때까지 관리인에게 부동산을 관리하게 할 것을 명할 수 있다.

③ 제2항의 경우 부동산의 관리를 위하여 필요하면 법원은 매수인 또는 채권자의 신청에 따라 담보를 제공하게 하거나 제공하게 하지 아니하고 제1항의 규정에 준하는 명령을 할 수 있다.

④ 법원이 채무자 및 소유자 외의 점유자에 대하여 제1항 또는 제3항의 규정에 따른 인도명령을 하려면 그 점유자를 심문하여야 한다. 다만, 그 점유자가 매수인에게 대항할 수 있는 권원에 의하여 점유하고 있지 아니함이 명백한 때 또는 이미 그 점유자를 심문한 때에는 그러하지 아니하다.

⑤ 제1항 내지 제3항의 신청에 관한 결정에 대하여는 즉시항고를 할 수 있다.

⑥ 채무자·소유자 또는 점유자가 제1항과 제3항의 인도명령에 따르지 아니할 때에는 매수인 또는 채권자는 집행관에게 그 집행을 위임할 수 있다. 제144조【매각대금 지급 뒤의 조치】① 매각대금이 지급되면 법원사무관등은 매각허가결정의 등본을 붙여 다음 각 호의 등기를 촉탁하여야 한다.

1. 매수인 앞으로 소유권을 이전하는 등기

2. 매수인이 인수하지 아니한 부동산의 부담에 관한 기입을 말소하는 등기

3. 제94조 및 제139조 제1항의 규정에 따른 경매개시결정등기를 말소하는 등기

② 제1항의 등기에 드는 비용은 매수인이 부담한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 2008.1.30. 이 건 부동산을 경락 취득하였는데, 건축물대장상 종전 건축물의 주용도는 지상 1층은 점포, 주택, 목욕탕으로, 지상 2층은 소매점으로 등재되어 있다.

(2) 청구법인은 2008.3.27. 이 건 부동산 종전 소유자인 OOO에게 2008.4.30.까지 부동산인도절차를 이행하도록 통보하였다.

(3) 청구법인은 OOO가 이를 이행하지 아니하므로 2008년 5월 법원에 이 건 부동산인도명령신청을 하였고, 이에 법원은 2008.5.13. “OOO(종전 소유자)은 청구법인에게 이 건 부동산을 인도하라”는 부동산인도명령(OOOOOOOOOO) 결정을 하였다.

(4) 청구법인은 위 판결에 근거하여 부동산인도 강제집행 신청을 하였고, 이에 법원 집행관은 2008.6.16. OOO에게 2008.7.7.까지 자진 이행하도록 부동산인도 강제집행 예고(OO OOOOOOOO)를 하였다.

(5) 청구법인은 2008.7.14. OOO와 OOO와 임대차계약을 체결하고 건축물을 점유 사용하고 있는 세입자 OOO, OOO를 OOOOOO에게 고소를 하였는데, 그 내용은 “OOO가 이 건 부동산 소유자로 있을 당시 OOO, OOO는 이에 대한 임대차계약(2개월 주기적 만료)을 체결하여 이를 점유하였는데, 청구법인이 이 건 부동산을 취득한 이후에도 종전 소유자와의 임대차계약을 고집하고 점유를 계속하고 있어 청구법인은 재산권 행사를 방해받고 있다”고 되어 있다.

(6) 청구법인은 2008.7.28. OOO(지상 1층 36평을 신발가게로 사용)과 OOO(지상 1층 36평을 속옷 및 잡화가게로 사용)에게 2008.7.31.까지 자진 퇴거할 것을 요구하는 내용의 내용증명우편물을 발송하였다.

(7) 청구법인은 2008.8.4. OOO을 OOOOOO에게 고소를 하였는데, 그 내용은 “청구법인은 이 건 부동산에 대하여 2008.2.22.자로 소유권이전을 받아 건물을 인수하고자 하였으나, 종전 소유자인 OOO가 청구법인에게 명도하여 주질 아니하여 OOO를 상대로 인도명령을 법원 집행관실에 요청하여 그 집행을 기다리고 있던 참에 OOO이 청구법인의 허락도 없이 2008.5.7. 종전 건축물 중 지상 1층 동쪽 약 36평을 불법으로 점유하고 있어 이에 대하여 퇴거를 구두로 수십 차례에 걸쳐 통보하고 내용증명으로도 퇴거를 요청하였으나 OOO이 이에 불응하고 있다. 청구법인은 1996.5.29.부터 2006.2.21.까지 종전 건축물 지상 1층에서 중앙지점 영업을 하다가 소유주인 OOO와 임대조건이 맞지 않아 할 수 없이 많은 돈을 소모하여 가며 다른 곳으로 이전을 하였지만 OOO가 전세보증금 200,000,000원을 변제하지 않고 있어 부득이 이 건 부동산을 경매로 낙찰을 받아 소유하게 된 것인데 OOO은 이러한 내막을 알고 불법으로 점유하여 청구법인이 수십 차례에걸쳐 조용히 해결하고자 하였지만 OOO은 법으로 해결하라고 하면서지금까지 퇴거에 불응하고 있어 고소를 하게 되었다”라고 되어 있다.

(8) 청구법인은 2008년 12월 건축사사무소 OOO(OO OOO)와 건축물 설계 표준계약과 공사감리계약을, 2009.1.16.에는 (합자)문화산업과 지장물 철거계약을 각각 체결하였고, 2009.1.30. 처분청으로부터 건축허가(건축녹지과-1357)를 받고 건축물(제2종근린생활시설-금융업소) 착공신고를 하였다.

(9) 2009.11.5. 청구법인은 이 건 토지상에 건축물 신축공사를 완료하고 처분청으로부터 신축 건축물(주용도: 제2종근린생활시설-금융업소, 연면적: 366.47㎡)에 대한 사용승인을 받았다.

(10) 한편, 처분청 담당공무원(OOOOOOO OOO)이 2009.2.9.과 2009.3.6. 두 차례에 걸쳐 건축물 신축공사 진행현황을 확인한 후 작성한 복명서에는 “2009.1.29.부터 2009.1.30.까지 기존 건축물 철거공사 비계 구조물 설치, 2009.1.30. 건축물 착공신고 완료, 2009.2.2.부터 2009.2.5.까지 종전 건축물 철거공사 완료, 2009.2.9. 출장복명 이후 공사 진행사항 없음”이라고 되어 있다.

(11) 지방세법 제266조 제5항 본문 단서에서 취득세와 등록세를 면제받은 토지를 그 취득일부터 1년 내에 정당한 사유 없이 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 면제된 취득세와 등록세를 추징하도록 규정하고 있는 바, 여기에서 “정당한 사유”라 함은 부동산의 취득 목적에 비추어 고유업무에 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단, 고유업무에 사용할 수 없는 법령상 또는 사실상의 장애 사유와 장애 정도, 청구법인이 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지의 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 및 당해 법인이 영리법인인지 등을 참작하여 판단하여야 할 것으로, 청구법인은 종전 소유자인 OOO가 이 건 부동산 인도절차를 이행하지 아니하자 2008.3.27.에 2008.4.30.까지 부동산인도절차를 이행하도록 통보하였으나 이에 불응하자 2008년 5월 법원에 이 건 부동산 인도명령신청을 하여 2008.5.13. 부동산인도명령(OOOOOOOOO) 결정을받았고, 계속하여 OOO가 이를 이행하지 아니하자 위 결정에 근거하여부동산인도 강제집행 신청을 하였으며, 이에 법원 집행관은 2008.6.16. OOO에게 2008.7.7.까지 자진 이행하도록 하는 부동산인도 강제집행 예고를 한 점, 2008.7.14.에는 재산권 행사를 방해하고 있다는 사유로 OOO를 OOOOOO에게 고소한 점, 2008.7.14. 이 건 부동산 경락 취득 당시 OOO와 임대차계약을 체결하여 종전 건축물 1층을 신발가게와 속옷 및 잡화가게로 사용하고 있던 OOO과 OOO를 OOOOOO에게 고소하였다가 2008.7.28. 이들에게 2008.7.31.까지 자진 퇴거할 것을 요구하는 내용증명우편물을 발송하였으나 종전 소유자와의 임대차계약을 이유로 이에 불응한 채 계속 점유 사용하자 2008.8.14. 이들을 다시 OOOOOO에게 고소한 점, 그후 청구법인은 세입자에 의한 불법점유상태가 해소되자 2008년 12월 설계 및 공사감리계약을 체결하고 처분청에 건축허가신청을 하여 2009.1.30. 건축허가를 받아 같은 날 착공신고를 하고 건축물 신축공사를 진행하여 2009.11.5. 사용승인을 받아 현재 청구법인의 고유업무에 사용하고 있는 점 등으로 미루어 볼 때, 청구법인이 이 건 부동산을 취득 후 1년 이내에 고유업무에 직접 사용하지 아니한 것은 사실이나, 이는 종전 소유자 및 그와 임대차계약을 체결하고 종전 건축물을 점유 사용하고 있던 임차인들의 완강한 명도거부와 이에 대한 법적절차를 수행함에 있어 많은 기간을 소요한 것과 청구법인이 지역사회에 기반을 둔 법인이라는 특수한 입장으로 인하여 법적 강제력을 쉽게 사용할 수 없는 사정으로 인한 것으로 보아야 하겠고(OOO OOOOOOOOOO OO OOOOOOO OO OO O), 그렇다면 청구법인이 취득한 후 1년 이내에 이 건 부동산을 고유업무에 직접 사용하지 못한 데에는 정당한 사유가 있다고 봄이 타당하다 할 것이다. 따라서 청구법인이 이 건 취득세 등을 처분청에 신고납부한 것은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 지방세법 제77조 제5항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.