청구법인이학술연구단체에 해당되는지 여부(취소)

[주 문] 처분청이 2008.7.9. 청구법인에게 한 공동시설세 5,559,450원의 부과처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분 개요 가.처분청은 청구법인을 지방세법 제288조 제2항의 재산세 면제대상에 해당하나 공동시설세 면제대상에서 제외되는 기술진흥단체에 해당되는 것으로 보아, 청구법인이 2008년도 재산세 과세기준일(6.1.) 현재 소유하고 있는 OOO OOO OOO OOO 451-1번지상의 건축물 7,905.92㎡(이하 “이 건 건축물”이라 한다)에 대하여 그 과세표준액을 2,386,373,306원으로 하고 지방세법제240조 제1항을 적용하여 산출한 공동시설세 5,559,450원을 2008.7.9. 청구법인에게 부과고지 하였다.

• 나. 청구법인은 이에 불복하여 2008.10.1. 처분청에 이의신청을 하고, 처분청은 2008.12.26. 이를 기각하는 결정을 하고, 같은 날 그 결정서를 청구법인에게 송달하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2009.3.25. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) 지방세법제288조 제2항의 학술단체에 해당하는지 여부는 단체명칭여부에 불문하고 설립근거인 법령, 정관의 목적사업, 주된 수행업무 등 실질적인 활동내역, 예산집행 현황 등을 종합적으로 고려하여 판단하여야 한다.

(2) 청구법인은 건설관련 기초기술연구 및 응용연구를 통하여 사회공익증대를 목적으로 과학기술분야 정부출연연구기관 등의 설립·운영 및 육성에 관한 법률 제8조 제1항에 근거하여 설립된 건설기술 부문 전문연구기관으로서 주요기능은 건설기술연구개발, 건설산업의 발전에 관한 연구 및 조사, 건설산업의 정보화·효율화에 관한 연구 및 개발, 국가 건설기술정책개발수립 및 지원, 국외 건설관련 기구 및 연구기관과의 기술협력·제휴 등 학술 연구를 주된 목적으로 하고 있고, 정관에서는 청구법인의 목적을 대부분 학술연구사업으로 하고 있고, 즉 정관목적 사업은 학술연구와 조사를 기반으로 건설관련 기초기술연구 및 응용연구, 학계 공동연구 등 학술성격의 연구를 수행하는 것이 주된 사업으로 하고 있다.

(3) 청구법인의 구성원 중 약 86%가 연구원에 해당하며, 연구원들은 정부로부터 출연 받은 출연금으로 연구활동을 하고 있고, 청구법인의 예산 중 95% 정도를 학술연구활동에 사용하고 있으나, 기술진흥 부문은 약 0.5%정도에 불과하고, 첨부한 학술지 게재 리스트에서 보는 바와 같이 연구성과물을 학술지에 게재하거나 학회에 발표하고, 또한 산업재산권 리스트에서 보는 바와 같이 연구성과물 중 약 400여건에 대하여 특허 및 실용신안 등 산업재산권 등록을 하여 산업재산권을 취득하였다.

(4) 국세청장은 지정기부금 해당여부 질의회신(OO OOOOOOOOOO OOOOOOOOOO)에서 OOOOOOOOO은 법인세법 시행령 제42조 제4호에서 규정하는 학술연구단체에 해당한다고 한 사실이 있고, 또한, 지방세심사청구 결정(OOOOOOOOOO OOOOOOOOOO)에서는 청구법인과 유사한 성격의 연구단체인 OOOOOOO를 학술단체라고 한 사실을 보더라도 청구법인은 학술연구단체에 해당한다.

(4) 청구법인은 학술연구단체에 해당하므로 이 건 공동시설세 부과처분은 위법하다.

• 나. 처분청 의견 (1)지방세법령에서는 학술연구단체나 기술진흥단체를 구체적으로 명시하고 있지 아니함에 따라 법인의 정관상 목적사업과 관련하여 사업실적 및 예산의 사용용도 등에 있어 그 비율이 높은 사업을 주된 사업으로 판단하여야 할 것이고, 지방세법 제288조 제2항에서 정한 ‘기술진흥단체’란 그 규정의 취지에 비추어 ‘과학 및 산업기술을 연구·개발하여 이를 보급하거나 지원하는 것을 주된 목적으로 하는 단체’를 의미하고, 과학 및 산업기술의 연구·개발 등이 그 부대사업의 하나에 불과한 단체는 위 조항에서 정한 ‘기술진흥단체’에 해당한다고 볼 수 없으며, 어느 단체가 ‘기술진흥단체’에 해당하는지 여부는 단체의 명칭 여하에 불문하고 설립근거인 법령, 정관의 목적사업, 주된 수행업무 등 실질적인 활동내역, 예산집행상황 등을 종합적으로 고려하여 판단하여야 할 것이다(OOO OOOOOOOOOO OO OOOOOOOOO OO). (2)청구법인의 정관에서는 건설기술 분야의 전문연구기관으로서 건설기술의 연구·개발, 정책개발, 건설 기자재의 조사·시험 및 품질관리, 시설물 유지관리 기법에 대한 연구개발 및 기술보급을 통하여 국가 과학기술 및 경제발전, 국민의 삶이 질 향상에 이바지함을 목적으로 하고 있으며, 청구법인의2008년 실행예산서에서 2008년 총지출액 99,647백만원 중 연구직접비가 62,103백만원이고, 그 사업으로는 기관고유사업이 6,815백만원, 정부수탁연구사업이 48,225백만원, 민간수탁연구사업이 3,936백만원, 수탁기술지원사업이 3,127백만원으로 주된 사업이 과학 및 산업기술을 연구·개발하여 이를 보급하거나 지원하는 것을 목적으로 하고 있으며, 이는 청구법인의 설립목적 및 사업을 볼 때 기술진흥단체에 해당되고, 단지 연구활동을 한다고 해서 학술연구단체로 볼 수 없다 할 것이므로 이 건 공동시설세 부과처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 청구법인이 지방세법 제288조 제2항에 규정된 학술연구단체에 해당되는지 여부
• 나. 관련 법령

(1) 지방세법 제288조 (사회단체 등에 대한 감면) ② 정부로부터 허가 또는 인가를 받거나 민법 외의 법률에 의하여 설립 또는 그 적용을 받는 학술연구단체·장학단체·기술진흥단체·문화예술단체·체육진흥단체·청소년단체가 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 과세기준일 현재 그 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세·도시계획세 및 공동시설세를 면제(기술진흥단체와 체육진흥단체가 사용하는 부동산에 대하여는 공동시설세를 과세한다)한다. 다만, 그 취득일부터 1년내에 정당한 사유없이 그 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 고유업무에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다. (2)과학기술분야 정부출연연구기관 등의 설립·운영 및 육성에 관한 법률 제1조 (목적) 이 법은 과학기술분야 정부출연연구기관의 설립·지원·육성과 체계적인 관리 및 책임경영에 관한 기본적인 사항을 정함으로써 효과적인 국가과학기술혁신체제의 구축과 과학기술분야 정부출연연구기관의 경영합리화 및 발전을 도모함을 목적으로 한다. 제2조 (정의) 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

1. "과학기술분야 정부출연연구기관"이라 함은 정부가 출연하고 과학기술분야 연구를 주된 목적으로 하는 기관을 말한다.

2. "연구회"라 함은 정부가 출연하고 과학기술분야 정부출연연구기관(이하 "연구기관"이라 한다)의 지원·육성 및 관리를 주된 목적으로 하는 기관을 말한다. 제3조 (연구기관의 설립제한) 이 법에 의하지 아니하고는 연구기관을 설립하지 못한다. 제4조 (법인격) 이 법에 의하여 설립되는 연구기관 및 연구회는 법인으로 한다. 제5조 (운영재원) ① 연구기관 및 연구회는 정부의 출연금 그 밖의 수익금으로 운영한다.

② 정부는 연구기관 및 연구회의 설립·운영에 소요되는 경비에 충당하기 위하여 예산의 범위 안에서 연구기관 및 연구회에 출연금을 교부할 수 있다. 제8조 (연구기관의 설립) ① 이 법에 의하여 설립되는 연구기관은 별표와 같다.

② 연구기관은 그 주된 사무소의 소재지에서 설립등기를 함으로써 성립한다. [별표] 이 법에 의해서 설립되는 연구기관(제8조제1항) 기관명

1. 한국과학기술연구원 11. 한국표준과학연구원

2. 한국기초과학지원연구원 12. 한국식품연구원

3. 한국천문연구원 13. 한국해양연구원

4. 한국생명공학연구원 14. 한국지질자원연구원

5. 한국과학기술정보연구원 15. 한국기계연구원

6. 한국한의학연구원 16. 한국항공우주연구원

7. 한국생산기술연구원 17. 한국에너지기술연구원

8. 한국전자통신연구원 18. 한국전기연구원

9. OOOOOOOOO 19. 한국화학연구원

10. 한국철도기술연구원 20. 한국원자력연구원

• 다. 사실관계 및 판단 (1)청구법인과 처분청이 제출한 관련 증빙자료에 의하면 아래의 사실이 확인된다. (가) 청구법인 정관의 목적과 사업은 아래와 같다.

1. 제2조 (목적) 연구원은과학기술분야 정부출연연구기관 등의 설립·운영 및 육성에 관한 법률(이하 “법”이라 한다) 제8조 제1항”에 근거하여 설립된 건설기술 부문 전문연구기관으로서 건설기술의 연구개발·보급, 정책개발, 건설기자재의 조사·시험 및 품질관리, 시설물 유지관리 기법에 대한 연구개발 및 기술보급을 통하여 국가 과학기술 및 경제발전, 국민의 삶의 질 향상에 이바지함을 목적으로 한다.

2. 제4조 (사업) 연구원은 제2조의 규정에 의한 목적을 달성하기 위하여 다음 각호의 사업을 행한다.

1. 건설기술연구개발·보급 및 건설산업의 발전에 관한 연구 및 조사

2. 국가 건설기술정책 개발수립 및 지원

3. 건설사업의 정보화·효율화에 관한 연구 및 개발

4. 국외 건설 관련 기구 및 연구기관과의 기술협력 및 개발

5. 건설공사 및 건설기자재의 품질인증, 인정, 지정, 검사 및 시험

6. 건설기술에 관한 자료 및 정보의 종합적 유통체계 구축 및 보급,

7. 건설기술 개발성과에 대한 교육 및 훈련

8. 국내 연구기관, 산업체, 대학, 전문 단체와의 기술협력 및 제휴

9. 국내·외의 건설기술 연구 및 기술용역에 대한 수탁 및 위탁

10. 정부가 위탁하는 사업

11. 과학기술분야의 전문인력 양성

12. 건설관련 계획, 설계, 시공, 감리, 사업관리, 안전진단, 유지관리, 건설기술진흥 등에 관한 연구와 전 각 호의 부대사업 및 연구원의 목적달성을 위하여 필요한 사업 (나) 청구법인의 조직, 인원현황,연구사업비 집행 현황 등은 아래와 같다

1. 조직도

2. OOOOOOOOO 인원현황(2009. 03. 23. 현재) 수입(백만원) 지출(백만원) 항목 2007 예산 2008 예산 항목 2007 예산 2007예산중비중(%) 2008 예산 2008예산중비중(%)

1. 정부출연금 23,622 26,764

1. 인건비 21,895 23.3% 24,722 24.8%

2. 자체수입 70,311 72,910

2. 직접경비 62,411 66.4% 62,103 62.3%

• 가. 정부수탁연구사업 58,870 59,473
• 가. 기관고유사업 6,815 7.3% 6,815 6.8%
• 나. 민간수탁연구사업 5,991 6,981
• 나. 정부수탁연구사업 48,606 51.7% 48,225 48.4%
• 다. 수탁기술지원사업 4,450 5,196
• 다. 민간수탁연구사업 3,885 4.1% 3,936 3.9%
• 라. 기타수입 1,000 1,260
• 라. 수탁기술지원사업 3,105 3.3% 3,127 3.1%

3. 경상운영비 4,477 4.8% 4,849 4.9%

4. 일반사업비 2,250 2.4% 3,600 3.6%

• 가. 화재실험연구동시설운영사업 1,500 1.6% 1,500 1.5%
• 나. 저비용장수명하이브리드기술개발 750 0.8% 2,100 2.1%

5. 시설비 2,900 3.1% 4,400 4.4%

• 가. 시설보수및장비교체 900 1.0% 900 0.9%
• 나. 한국형다기능하천실험장건설 2,000 2.1% 2,000 2.0%
• 다. 건축물안전성능실험지원센타건설

• 23.3% 1,500 1.5% 합계 93,933 99,674 93,933 100.0% 99,674 100.0%

3. 연구사업비 집행 현황

4. 청구법인이 제출한 학술지 등 연구논문 게재 리스트에 의하면, 학술지 등에 게재된 연구논문은 2007년 1,740건, 2008년 1,628건을 게재한 것으로 보이고, 산업재산권 리스트에 의하면, 산업재산권(특허, 의장, 실용신안)을 400여건을 취득한 것으로 보인다.

(2) 쟁점에 대하여 본다. (가)지방세법 제288조 제2항에는 정부로부터 허가 또는 인가를 받거나 민법 외의 법률에 의하여 설립 또는 그 적용을 받는 학술연구단체ㆍ장학단체ㆍ기술진흥단체ㆍ문화예술단체ㆍ체육진흥단체ㆍ청소년단체가 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다고 규정되어 있고, 학술연구단체라 함은 같은 규정의 취지에 비추어 학술의 연구와 발표를 그 주된 목적으로 하는 단체를 의미한다고 할 것이고 학술의 연구와 발표가 부대사업의 하나에 불과한 경우에는 이를 같은 조항에 정한 학술연구단체로 볼 수 없다 할 것이고(OOO OOOOOOOOOO OO OOOOOOO OO OO), 기술진흥단체라 함은 ‘과학 및 산업기술을 연구ㆍ개발하여 이를 보급하거나 지원하는 것을 주된 목적으로 하는 단체’를 의미하고, 과학 및 산업기술의 연구ㆍ개발 등이 그 부대사업의 하나에 불과한 단체는 ‘기술진흥단체’에 해당한다고 볼 수 없으며, 어느 단체가 ‘기술진흥단체’에 해당하는지 여부는 단체의 명칭 여하에 불문하고 설립근거인 법령, 정관의 목적사업, 주된 수행업무 등 실질적인 활동내역, 예산집행상황 등을 종합적으로 고려하여 판단하여야 할 것이다(OOO OOOOOOOOOO OO OOOOOOOOO OO OO). (나)과학기술분야 정부출연연구기관 등의 설립·운영 및 육성에 관한 법률에서는 정부가 출연하고 과학기술분야 연구를 주된 목적으로 하는 "과학기술분야 정부출연연구기관"을 설치하고, 다른 법률에 의하여 연구기관을 설립하는 것을 제한하고 있으며, 그 운영재원을 정부의 출연금 그 밖의 수익금으로 운영하는 것으로 규정하고 있고, 제출된 청구법인의 정관 등 관련 자료에 의하면,청구법인은 위법률에 의하여 설립된 과학기술분야 정부출연연구기관인 사실을 알 수 있다. (다) 청구법인의 정관에서는 건설기술의 연구개발·보급, 정책개발, 건설기자재의 조사·시험 및 품질관리, 시설물 유지관리 기법에 대한 연구개발 및 기술보급을 통하여 국가 과학기술 및 경제발전, 국민의 삶의 질 향상에 이바지함을 목적으로 하고 있고, 사업은 건설기술 연구개발·보급 및 건설산업의 발전에 관한 연구·조사 등으로 하고 있고, 청구법인의 인적구성현황은 전체 814명 중 연구직이 700명으로 85.9%에 달하고, 2008년 연구사업비 집행 현황은 인건비에 24.8%를 사용하나 기관고유사업 등 직접경비로 62.3%를 지출하였고, 학술지 등에 연구논문을 게재한 실적(2007년 1,740건, 2008년 1,628건), 산업재산권을 취득한 실적(특허, 의장, 실용신안 400여건)이 있는 것으로 보이고, 이에 반하여 청구법인의 2008년도 사업계획 및 예산(안)에 의 하면, 품질안정·지정 및 시험조사사업을 내용으로 하는 수탁기술지원사업의 수입예산은 2007년 4,450백만원, 2008년 5,196백만원으로, 수탁기술지원사업의 지출예산은 2007년 3,105백만원(전체 지출예산의 3.3%), 2008년 3,127백만원(전체 지출예산의 3.1%)으로 정부 민간연구수탁사업에 비하여 미미한 사실 등으로 보아청구법인은연구개발업무를 주로 하는 단체로 볼 수 있다 할지라도 연구개발과 보급·지원 업무를 주로 하는 단체로 보기는 어렵다 할 것이므로 청구법인을 과학 및 산업기술을 연구·개발하여 이를 보급하거나 지원하는 것을 주된 목적으로 하는 단체로 보기보다는 학술의 연구와 발표를 그 주된 업무로 하는 단체로서 학술연구단체로 보는 것이 타당하다할 것이다.

(3) 따라서, 처분청이 청구법인을 기술진흥단체에 해당하는 것으로 보아이 건 건축물을 공동시설세 과세대상으로 하고 그 시가표준액을과세표준액으로 하여 산출한 이 건 공동시설세 부과처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세법 제77조 제5항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.