[주 문] 처분청이 2008.10.16. 청구인에게 한 취득세 509,541,300원, 농어촌특별세 46,707,940원, 합계 556,249,240원의 부과처분은 이를 취소한다.
[이 유]
1. 처분 개요
- 가. 처분청은 청구인이 OOOOO OOO OOO OOOOO OOOO 7층 주식회사 OOO(OO (O)OOOOO OOOOOOOOOO OOOO OOOO OO OOOO,OOOO OOO, OO OO O OOOOO OO)의 총주식 30,000주 중 40%인 12,000주를 소유하고 있는 상태에서 2003사업연도 결산서(2003.12.30.기준)상의 주식 등 변동상황명세서에서 이 건 법인 발행주식의 100%인 30,000주 전체를 소유하고 있는 것으로 명의개서하여 과점주주가 되었음에도 취득세 등을 신고납부하지아니함에 따라 2003.12.30. 현재 이 건 법인의 취득세 과세대상 물건에 대한 장부상가액 21,230,887,910원을 과세표준으로 하고지방세법제112조 제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 509,541,300원, 농어촌특별세 46,707,940원, 합계 556,249,240원(가산세 포함)을 2008.10.16. 부과고지하였다. 나 청구인은2009.1.12. OOOOOO에게 이의신청하였으나 2009.2.24.기각결정서를 수령한 후 2009.3.20. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
- 가. 청구인 주장 ⑴ 청구인이 2001.11.19.(주)OOOO(OOOO OOO)의 주식을 단독으로 인수하면서 청구인의 주식소유비율이 100%가 되었으므로2001.11.19.에이미 과점주주에 해당되었고, ⑵ 2002.2.28. OOO 외 4인이 소유하고 있던 이 건 법인의 주식지분 72%를 인수하여 100% 과점주주가 되었음이 법원판결문(OOOOOOOOOOOOOOO OOOOOOOOOO OO,OOO OOOOOOOOOOO OO OOOOOOOOOOO)에서 명백히 확인되고 있어 2001.11.19.자 및 2002.2.28.자 과점주주 성립은 이 건 취득세 부과고지일인 2008.10.16. 이미 부과제척기간 5년이 경과되어 취득세 등의 과세대상이 되지 아니하고, 2003.12.30.자 과점주주 성립은 2001.11.19. 최초과점주주 성립일부터 5년 이내에 다시 과점주주가 된 것이어서 취득세 과세대상이 되지 아니함에도 부과고지한 이 건 취득세 등은 취소되어야 한다.
- 나. 처분청 및 OOOOOO 의견 ⑴ 주식의 소유여부는 객관적으로 제3자가 공신력있는 주식 등 변동상황명세서 또는 법인등기부등본 등 확인 가능한 공부에 의하여 판단하여야 할 것이므로 이 건 법인의 2001사업년도 사업종료에 따라 관할세무서에 제출한 주식 등 변동상황명세서에 의하면, 이 건 법인 총 주식 5,000주 중 40%인 2,000주를 소유하고 있는 것으로 확인되고 있으므로 청구인이 이 건 법인설립 당시부터 100%를 소유하고 있었다는 주장은 인정할 수 없고, ⑵ 2003년도 주식 등 변동상황명세서를 보면, 2003.12.30. 청구인이 주식회사 OOO의 주식 100%를 모두 취득하여 보유하고 있는 것으로 확인되고 있으므로 2003.12.30. 최초로 과점주주가 되어 이 건 취득세 등의 납세의무가 발생되었다 할 것이며, ⑶ 청구인은 2003.12.30. 이 건 법인의 자금 7억원을 주식취득자금으로 사용함에 따른 형사사건의 업무상횡령혐의를 해명하면서 그 대금을 상환하는 과정에서 주식을 취득하였다고 하는 것은 오로지 범죄여부에 관한 사건의 진실을 가리기위한 것일 뿐, 주식의 소유여부를 다툰 것은 아니므로 이 또한 받아 들이기 어렵다할 것이므로 이 건 취득세 등을 부과고지한 것은 적법하다.
3. 심리 및 판단 가 쟁 점 법인의 2003사업연도 결산서상의 주식상황변동명세서에 등재되어 있는 청구인의 주식소유비율을 근거로 과점주주에 해당되는 것으로 보아 취득세를 부과고지한 것이 적법한지 여부
- 나. 관련 법령 ⑴지방세법 제22조(출자자의 제2차 납세의무)(2007.12.31. 법률 제8835호로 개정되기 이전의 것) 법인(주식을 한국증권거래소에 상장한 법인을 제외한다)의 재산으로 그 법인에게 부과되거나 그 법인이 납부 또는 납입할 지방자치단체의 징수금에 충당하여도 부족한 경우에는 그 지방자치단체의 징수금의 과세기준일 또는 납세의무성립일(이에 관한 규정이 없는 세목에 있어서는 납기개시일)현재 다음 각호의 1에 해당하는 자는 그 부족액에 대하여 제2차 납세의무를 진다. 다만, 제2호의 규정에 의한 과점주주의 경우에는 그 부족액을 그 법인의 발행주식총수(의결권이 없는 주식을 제외한다) 또는 출자 총액으로 나눈 금액에 과점주주의 주식소유수(의결권이 없는 주식을 제외한다) 또는 출자액(제2호 가목의 과점주주의 경우에는 당해 과점주주가 실질적으로 권리를 행사하는 주식수 또는 출자액)을 곱하여 산출한 금액을 한도로 한다.
2. 과점주주(주주 또는 유한책임사원 1인과 그와 대통령령이 정하는 친족 기타 특수관계에 있는 자들의 주식소유의 합계 또는 출자액의 합계가 당해 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하는 자들을 말한다) 중 다음 각목의 어느 하나에 해당하는 자
- 가. 당해 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하는 주식 또는 출자지분에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자 제30조의4(부과의 제척기간) ① 지방세는 부과할 수 있는 날부터 다음 각호에 정하는 기간이 만료되는 날까지 부과하지 아니하는 경우에는 이를 부과할 수 없다.
1. 납세자가 사기 그 밖의 부정한 행위로 지방세를 포탈하거나 환부 또는 경감받은 경우에는 10년
2. 납세자가 법정신고기한내에 소득세 또는 법인세의 과세표준시고서를 제출하지 아니하여 해당 주민세 소득세할 또는 법인세할을 부과할 수 없는 경우에는 7년
3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 5년 제105조(납세의무자 등)(2005.1.5. 법률 제7335호로 개정되기 이전의 것) ⑥법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 때에는 그 과점주주는 당해 법인의 부동산·차량·기계장비·입목·항공기·선박·광업권·어업권·골프회원권·콘도미니엄회원권 또는 종합체육시설이용회원권을 취득한 것으로 본다. ⑵지방세법 시행령(1999.12.31. 대통령령 제16673호로 개정된 것) 제78조(과점주주의 취득 등) ① 법인의 과점주주가 아닌 유한책임사원이 다른 주주 또는 유한책임사원의 주식을 취득함으로써 최초로 과점주주가 된 경우 또는 증자 등으로 인하여 최초로 과점주주가 된 경우에는 최초로 과점주주가 된 날 현재 당해 과점주주가 소유하고 있는 법인의 주식 또는 지분을 모두 취득한 것으로 보아 법 제105조 제6항의 규정에의하여 취득세를 부과한다.
② 이미 과점주주가 된 주주 또는 유한책임사원이 당해 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 당해 법인의 주식 또는 지분의 총액에 대한 과점주주가 가진 주식 또는 지분의 비율이 증가된 경우에는 그 증가된 분을 취득으로 보아 법 제105조 제6항의 규정에 의하여 취득세를 부과한다. 다만, 증가된 후의 주식 또는 지분의 비율이 그 증가된 날을 기준으로 그 이전 5년 이내에 당해 과점주주가 가지고 있던 주식 또는 지분의 최고비율보다 증가되지 아니한 경우에는 그러하지 아니하다.
- 다. 사실관계 및 판단 ⑴지방세법(2007.12.31. 법률 제8835호로 개정되기 이전의 것) 제22조 및 그 제2호 가목에서 과점주주(주주 또는 유한책임사원 1인과 그와 대통령령이 정하는 친족 기타 특수관계에 있는 자들의 주식소유의 합계 또는 출자액의 합계가 당해 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하는 자들을 말한다) 라 함은 당해 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하는 주식 또는 출자지분에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자로 규정하고 있고, 같은 법(2005.1.5. 법률 제7335호로 개정되기 이전의 것) 제105조 제6항에서법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 때에는 그 과점주주는 당해 법인의 부동산·차량·기계장비·입목·항공기·선박·광업권·어업권·골프회원권·콘도미니엄회원권 또는 종합체육시설이용회원권을 취득한 것으로 본다고 규정하고 있으며,같은 법 시행령(1999.12.31. 대통령령 제16673호로 개정된 것) 제78조 제1항에서 법인의 과점주주가 아닌 유한책임사원이 다른 주주 또는 유한책임사원의 주식을 취득함으로써 최초로 과점주주가 된 경우 또는 증자 등으로 인하여 최초로 과점주주가 된 경우에는 최초로 과점주주가 된 날 현재 당해 과점주주가 소유하고 있는 법인의 주식 또는 지분을 모두 취득한 것으로 보아 법 제105조 제6항의 규정에의하여 취득세를 부과한다고 규정하고 있고, 같은 조 제2항에서 이미 과점주주가 된 주주 또는 유한책임사원이 당해 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 당해 법인의 주식 또는 지분의 총액에 대한 과점주주가 가진 주식 또는 지분의 비율이 증가된 경우에는 그 증가된 분을 취득으로 보아 법 제105조 제6항의 규정에 의하여 취득세를 부과한다. 다만, 증가된 후의 주식 또는 지분의 비율이 그 증가된 날을 기준으로 그 이전 5년 이내에 당해 과점주주가 가지고 있던 주식 또는 지분의 최고비율보다 증가되지 아니한 경우에는 그러하지 아니하다고 규정하고 있으며, 같은법 제30조의4 제1항에서 지방세는 부과할 수 있는 날부터 다음 각호에 정하는 기간이 만료되는 날까지 부과하지 아니하는 경우에는 이를 부과할 수 없다고 규정한 후 그 제3호에서 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 5년으로 규정하고 있다. ⑵ 청구인은 2001.11.19. 휴면법인인 (주)OOOO(OOOO OOO)의 총주식 5,000주(OOOO OOO OO O,OOOO, OO OOO OO O,OOOO, OO OOO OO O,OOOO)를 10,000,000원에 양수하기로 하는 계약을 OOO, OOO, OOO 3인과 각각 체결한 다음, (주)OOOO의 회계와 결산업무 등을 맡고 있던 공인회계사 OOO에게 10,000,000원을 지급하였고, OOO은 2001.11.20. (주)OOOO가 체납하고 있던 부가가치세 5,104,040원을 OO세무서에 납부(OOOOOO OOOOO)한 후 잔여 4,800,000원은 OOO이 (주)OOOO의 미회수채권과 상계하는 것으로 하여 청구인에게 영수증을 발행함으로써 청구인이 (주)OOOO(OOOO OOO)의 주식 100%(5,000주)를 취득한 것이 확인되고 있고, ⑶ 같은 날인 2001.11.19.청구인이 인수한 (주)OOOO의 상호를 주식회사 OOO로, 대표이사는 OOO으로 변경등록하면서 주주 및 출자자를 대표이사 OOO 1,400주(28%), 이사 OOO 1,950주(39%), 이사 OOO 500주(10%), 이사 OOO 500주(10%), 감사 OOO 150주(3%), 일반출자자 OOO 500주(10%)로 하여 이 건 법인의 사업을 영위하여오던 중 2002.2.28. 이 건 법인의 대표이사인 청구인이 소유하고 있는 주식 28%(1,400주)를 제외한 나머지72%(3,600주)를 청구인이 주주 OOO 외 4인으로부터 7억원에 취득하면서 2002.2.28. OO은행 OOOO지점에서 발행한 자기앞수표 2장(OOO OOOO OOOOOO, OOOOOOOOOO, OOO OOOOOOOOOO)을 OOO의 남편 OOO에게 입금(OOOO OOOOOOOOOOOOOOOO)한 후2002.6.19. 25,000주를 유상증자하여 이 건 법인의 총주식은 5,000주에서 30,000주로 되면서 대표이사 OOO 12,000주(40%), 이사 OOO 12,000주(40%), 이사 OOO 3,000주(OOO, OO OOO O,OOOO(OOO)의 주식을 보유한 상태에서 2002.9.14. 이 건 법인의 상호를 (주)OOO에서 주식회사 OOO(OOOO OOO)으로 변경하였다. ⑷ 처분청에서는 이 건 법인의 2003사업연도(2003.1.1.～2003.12.31.)결산서의 주식 등 변동상황명세서상 2003.12.30.에 청구인이 이 건 법인의 주식 100%를 소유한 것으로 명의개서되어 있다는 이유로 이 건 법인의 주식 30,000주 전체를 소유하여 과점주주가 된 것으로 보아 2003.12.30. 현재 이 건 법인이 소유하고 있던 OOOOO OOO OOO 26 토지 12,402.2㎡의 장부가액 21,230,887,910원을 과세표준으로 하여 산출한 이 건 취득세 등을 부과고지하였다. ⑸ 그러나,이 건법인의 대표이사인 청구인이 소유하고 있는 주식 28%(1,400주)를 제외한 나머지 72%(3,600주)는 2002.2.28. 주주 OOO 외 4인으로부터 취득하였으나 주식취득자금 7억원은 청구인의 개인자금이 아닌 청구인이 대표이사로 있던 (주)OOO의 공금을 횡령하여 취득한 것으로 밝혀져 구속기소된 후 진행된 청구인에 대한 형사재판 판결문(OOOOOOOOOOOOOOO OOOOOOOOOO OO,OOOOOOOOOOOOOO OO OOOOOOOOOOO)에서 2002.2.28. OOO 외 4인으로부터 이 건 법인의 주식 72%(3,600주)를 취득하면서 (주)OOO의 자금을 횡령하여 7억원을 지급하였으나 추후 횡령한 회사자금 모두를 반환하였다고 판결하고 있음을 미루어보면, 이 건 법인의 주식 72%(3,600주)는 청구인이 2002.2.28. 취득한 것으로 판단되는 바, ⑹ 행정재판에있어서 관련 형사판결이 그대로 확정된 이상, 관련 형사판결의 사실판단을 채용하기 어렵다고 볼 특별한 사정이 없는 한 이와 배치되는 사실을 인정할 수 없다(OOO OOOOOOOOOO OO OOOOOOOO OO)할 것이므로 청구인이 이 건 법인의 과점주주가된 최초의 시기는 이 건 법인의 2003사업연도(2003.1.1.～2003.12.31.)결산서의 주식 등 변동상황명세서상 명의개서일인 2003.12.30.이 아니라 위 서울고등법원 및 대법원 판결문(OOOOOOOOOOOOOOO OOOOOOOOOO OO,OOO OOOOOOOOOOO OO OOOOOOOOOOO)에서 확인되고 있는2002.2.28.이 명백하고, 청구인은 2002.2.28.부터 이 건 법인의 주식 100%(30,000주)를 소유하고 있던 중 15,000주는 2007.6.29. OOO(OOOOOOOOOOOOOO OOOOO OOO OOO OOOOOO OOOOO OOOOOOOO)에게, 나머지 15,000주는 OOO(OOOOOOOOOOOOOO OOOOO OOO OOOO OOO OOOOO OOOOO)에게 매각한다음, 2007.7.4. 증권거래세법 제10조 제1항의 규정에 의거 OO세무서장에게 신고하고, 2007.7.10. 증권거래세를 납부한 사실이 주식양수도계약서, 증권거래세과세표준신고서, 증권거래세납부영수증 등에서 확인되고 있으므로 사실상과점주주가 된 날인 2002.2.28.부터 처분청에서 과점주주가 된 날로 판단한 2003.12.30.까지 청구인이 이 건 주식을 매각하여 과점주주가 되지 아니하다가 증자 등으로 새로이 과점주주가 되지 아니하였음에도 처분청에서 2003.12.30.을 청구인이 최초로 과점주주가 된 때로 보아 이 건 취득세 등을 부과고지한 것은 잘못이 있다 할 것이므로 청구인이 이 건 법인의 과점주주가 된 날인 2002.2.28.부터지방세법제30조의4 제1항에서 규정하고 있는 부과권의 제척기간 5년을 경과하여 부과고지한 이 건 취득세는 취소되어야 할 것으로 판단된다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로지방세법제77조 제5항과국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.