창업중소기업이 취득한 부동산을 유예기간 내에 당해 사업에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있었는지 여부(기각)

[주 문] 처분청이 2008.12.12. 청구인에게 한 취득세 35,096,190원, 농어촌특별세 3,509,600원, 등록세 35,096,190원, 지방교육세 6,457,190원, 합계 80,159,170원(가산세 포함)의 부과처분은 쟁점부동산 중 본관 2층 2,058.19㎡를 그 취득일부터 2년 이내에 당해 사업에 직접 사용한 것으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정한다.

[이 유]

1. 처분 개요

• 가. 청구인은 2006.5.26. OOO세무서장에게 사업자등록(OOOO O OOOOOOOOOOOO, OOO O OOO, OOOOO O OOOOOOOO)을 하고 그 다음 날인 2006.5.30. OOOOO OOO OOO 357 외 2필지 토지 4,063㎡와 그 지상건축물 5,199.48㎡(본관 지상 3층, 별관, 이하 “이 건 부동산”이라 한다)를 취득한 후 처분청으로부터 구 조세특례제한법(2006.12.30. 법률 제8146호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제119조 제3항 제1호 및 제120조 제3항의 규정에 의하여 취득세와 등록세를 면제받았다.
• 나. 그 후 처분청은 2008.6.3. 현지확인 결과 청구인이 이 건 부동산 중 건축물 2,543.11㎡(본관 2층 전체, 본관 3층 일부, 별관 전체, 부속토지 1,987.25㎡를 포함하여 이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 취득일부터 2년 이내에 정당한 사유없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니한 것으로 판단하여 이 건 부동산의 취득가액(2,872,746,528원)에서 쟁점 부동산의 면적으로 안분계산한 가액(1,405,084,821원)을 과세표준으로 하고 지방세법 제112조 제1항 및 제131조 제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 35,096,190원, 농어촌특별세 3,509,600원, 등록세 35,096,190원, 지방교육세 6,457,190원, 합계 80,159,170원(가산세 포함)을 2008.12.12. 청구인에게 부과고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2009.2.27. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인 주장 2007.4.16.자 처분청의 기록에 공장(이 건 부동산) 전체를 리모델링 후 전혀 사용하지 않고 있고, 기존 사업자의 기계설비도 일부 철거되지 않은 상황이라고 되어 있으나, 연구개발업체는 초기에 막대한 자금을 투입하지만 개발이 완성되지 아니한 상태에서 기술유출이 발생하는 경우 그동안의 연구개발이 허사가 되므로 특별한 사정이 없는 한 연구개발하는 장소는 공개하지 않는 것이 원칙이어서 내부를 확인하지 아니하고 외관만 보고 판단하여서는 안된다 하겠고, 또한, 2008.6.3.자 처분청 담당공무원의 출장복명서에 쟁점부동산 중 본관 2층과 별관 1층은 전체가 공실상태로 있었고, 본관 3층 일부는 기존사업자의 시설물을 보관하는 공간으로 사용되고 있다고 되어 있으나, 쟁점부동산 중 본관 2층은 2006.6.30. 구입한 연마기를 설치한 후 모바일용 유리 등의 연마공간으로 사용하던 중 기계적 결함이 발견되어 이를 수리하고자 2008.5.27. 반출함으로써 2008.6.3. 처분청 담당공무원 현장점검 당시에는 현장에 없었고, 2008.6.26. 이에 대한 보수를 완료한 후 재설치하여 2009.1.31.에 완성품에 대한 매출이 최초로 발생하였으며, 본관 3층은 설비부품 및 치공구 보관창고로, 별관인 OOOOOOO 1층은 설비 및 원·부자재 창고로, 2층은 직원휴게실로 이용하고 있고, 더구나 연구개발업체는 시설투자는 계속 이루어지는 반면에 개발이 완료되지 아니하는 경우 매출 없이 매입만 발생하는 것은 당연한 것이라 할 것임에도, 쟁점부동산을 그 취득·등기일부터 2년 이내에 정당한 사유없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니하였다고 보아 면제된 취득세 등을 추징하는 것은 연구개발부문의 전문성과 당해 사업장의 전후 상황을 전혀 고려하지 아니한 채 일방적으로 판단한 부당한 행정처분에 해당된다 하겠으므로 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 공장 전체를 리모델링한 후에 전혀 사용하지 아니하고 있고, 기존 사업자의 기계설비도 일부 철거되지 않은 상태로 되어 있다는 이 건 부동산에 대한 비과세·감면 사후관리카드상 2007.4.16.자 기록과 쟁점 부동산 중 본관 2층 2,058.19㎡, 별관(OOOOOOO) 1층 129.96㎡과 2층 129.96㎡는 전체가 공실상태로 있었고, 본관 3층 일부 225.0㎡는 기존 사업자의 시설물을 보관하는 공간으로 사용되고 있다는 2008.6.3.자 담당공무원(OOOOOO OOO O OO)의 출장복명서 및 현장사진, 청구인이 OOO세무서장에게 제출한 2006년 제2기분부터 2008년 제2기분 부가가치세 신고내역서에 매입세액만 있고 매출세액이 없는 점 등을 종합적으로 고려해볼 때, 청구인이 쟁점부동산을 그 취득·등기일부터 2년 이내에 당해 사업에 직접 사용하였다고 볼 수는 없다 하겠고, 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있다고 보기도 어렵다 하겠으므로, 쟁점부동산을 취득·등기일부터 2년 이내에 정당한 사유없이 당해 업무에 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 면제된 취득세 등을 부과한 처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 창업중소기업자인 청구인이 취득한 부동산 일부를 그 취득·등기일부터 2년 이내에 정당한 사유없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 면제된 취득세 등을 추징한 것이 적법한지 여부
• 나. 관련 법률

(1) 구 조세특례제한법 제6조【창업중소기업 등에 대한 세액감면】① 2006년 12월 31일 이전에 수도권정비계획법 제6조 제1항 제1호의 규정에 의한 과밀억제권역(이하 “수도권 과밀억제권역”이라 한다) 외의 지역에서 창업한 중소기업(이하 “창업중소기업”이라 한다)과 중소기업창업 지원법 제5조 제2항의 규정에 의하여 창업보육센터사업자로 지정받은 내국인에 대하여는 당해 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 당해 사업에서 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 종료하는 과세연도까지 당해 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.

③ 창업중소기업과 창업벤처중소기업의 범위는 제조업, 광업, 부가통신업, 연구 및 개발업, 과학 및 기술서비스업, 전문디자인업, 방송법에 의한 방송사업, 방송프로그램제작업, 대통령령이 정하는 엔지니어링사업(이하 “엔지니어링사업”이라 한다), 정보처리 및 기타 컴퓨터운영관련업, 대통령령이 정하는 물류산업(이하 “물류산업”이라 한다), 영화산업(영화 및 비디오제작업, 영화 및 비디오 제작관련 서비스업, 영화배급업에 한한다), 공연산업(자영예술가를 제외한다), 관광진흥법에 의한 관광숙박업·대통령령이 정하는 관광객이용시설업·국제회의업·유원시설업, 광고업, 노인복지법에 의한 노인복지시설을 운영하는 사업, 무역거래기반 조성에 관한 법률에 의한 무역전시산업, 학원의 설립·운영 및 과외교습에 관한 법률에 의한 직업기술분야를 교습하는 학원을 영위하는 중소기업으로 한다. 제119조【등록세의 면제 등】③ 다음 각 호의 1에 해당하는 등기에 대하여는 등록세를 면제한다. 다만, 제1호의 경우 등기일부터 2년 이내에 당해 재산을 정당한 사유 없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니하거나 다른 목적으로 사용·처분(임대를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)하는 경우 또는 정당한 사유 없이 최초 사용일부터 2년간 당해 사업에 직접 사용하지 아니하고 다른 목적으로 사용하거나 처분하는 경우에는 면제받은 세액을 추징한다.

1. 창업중소기업, 창업벤처중소기업 및 고용창출형창업기업(수도권과밀억제권역내에 소재하는 고용창출형창업기업을 제외한다. 이하 이 조, 제120조 및 제121조에서 같다)이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일(창업벤처중소기업의 경우에는 벤처기업으로 확인받은 날을 말한다. 이하 같다)부터 2년 이내에 취득하는 사업용 재산에 관한 등기 제120조【취득세의 면제 등】③ 창업중소기업, 창업벤처중소기업 및 고용창출형창업기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일부터 2년 이내에 취득하는 사업용 재산에 대하여는 취득세를 면제한다. 다만, 취득일부터 2년 이내에 당해 재산을 정당한 사유 없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니하거나 다른 목적으로 사용·처분(임대를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)하는 경우 또는 정당한 사유 없이 최초 사용일부터 2년간 당해 사업에 직접 사용하지 아니하고 다른 목적으로 사용하거나 처분하는 경우에는 면제받은 세액을 추징한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 2006.5.29. 청구인은 상호는 OOO로, 사업장 소재지는 OOOOO OOO OOO 357-6으로, 사업의 종류 중 업태는 제조로, 종목은 윈도그라스로 하여 사업자등록(OOOO OOOOOOOOOOOO)을 한 후 그 다음 날인 2006.5.30. 이 건 부동산을 취득하였다.

(2) 2008.6.3. 처분청 담당공무원(OOOOOO OOO O OO)이 현지출장한 후 작성한 출장복명서에는 “출장일 현재 1층(2,156.8㎡)은 생산작업이 이루어지지 않고 샘플링 작업은 가능하도록 기계장치 등이 배치되어 있고(보안상의 문제로 사진촬영 거부), 2층은 공실상태이며, 3층 일부(478.94㎡)는 사무실로 사용하고 있으며, 나머지는 기존업자의 시설물을 넣어 두는 공간으로 이용되고 있고, 별관 건물(OOOOOOO)은 전체가 공실상태로 존재하고 있다”라고 되어 있다.

(3) 처분청이 작성 관리하고 있는 이 건 부동산에 대한 비과세·감면 사후관리카드상 2007.4.16.자는 “공장 전체를 리모델링 후 아직 전혀 사용하고 있지 않으며, 기존 사업자의 기계설비도 일부 철거되지 않은 상황”으로, 2008.6.3.자는 “이 건 부동산의 48.91%(2층 전체, 3층 일부, 별관건물 전체)가 정당한 사유없이 2년 이내에 당해 사업에 직접 사용하지 않음”으로, 2009.5.12.자는 “당해 사업에 직접 사용함”이라고 되어 있다.

(4) (주)OO은 2006.10.2. 청구인에게 품목은 GLASS GRADING으로, 공급가액은 334,500,000원(부가가치세 별도)으로 기재되어 있는 세금계산서를 교부하였고, 한편 청구인은 2006.7.19. (주)OO에게327,968,000원을 송금(OOOO O OOOO OOOOOOOOOOOOOOOOO)하였다.

(5) 2008.5.17. 청구인은 OOOOOO(OO OOO)와 수량은 3대로, 계약금액은 95,000,000원으로, 장비철거일은 2008.5.27.로, 장비설치일은 2008.6.26.로 하는 내용의 WINDOW GLASS 연마기 개조 및 보수에 관한 물품계약을 체결하였고, 한편 청구인은 2008.5.7. OOO에게 100,000,000원을 송금(OOOO O OOOO OOOOOOOOOOOOOOO)하였다.

(6) (주)OO이 물품대금 미수령을 이유로 청구인을 상대로 소를 제기한 사건(OOOOOOOOOOO OOOO)에 대하여 2009.10.23. 선고한 OOOO법원 서부지원 판결문에 “원고가 2006.5.11.경 피고에게 GLASS GRADING M/C 3세트, GLASS ROBOT AUTO SYSTEM 1세트, JIG ＆ FIXTURE 3세트 등의 기계를 매매대금 합계 334,500,000원에 납품하되, 부가가치세 33,450,000원은 위 대금과 별도로 매수인인 피고가 원고에게 지급하기로 하는 계약을 피고와 체결한 후, 2006.6.20.경 피고에게 위 각 기계를 납품하여 같은 달 25.경 설치를 완료한 사실, 피고는 위 각 기재의 대금으로 위 계약 무렵 135,000,000원, 2006.7.19. 110,000,000원, 2006.9.29. 92,000,000원, 합계 334,500,000원을 지급하였으나, 위 각 기계에 대한 부가가치세 금액에 상당하는 잔대금 33,450,000원은 현재까지 지급하지 아니하고 있는 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 2호증의 1,2,3, 을 2호증의 1 내지 5의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 인정되므로, …”라고 되어 있다.

(7) 2006.10.2. (주)OO이 청구인에게 교부한 세금계산서, 2008.5.17.자 청구인과 OOOOOO 사이의 물품계약서, 청구인과 (주)OO 및 OOOOOO 사이의 금융거래내역, 2009.10.23. OOOO법원 서부지원 판결내용, 2008.6.3.자 처분청 담당공무원의 출장복명서 등을 종합하여 볼 때, 청구인은 쟁점부동산 중 본관 2층 부분은 연마기를 설치하여 사용하는 등 그 취득·등기일부터 2년 이내에 당해 사업에 직접 사용하였다고 봄이 타당하다 할 것이나, 다만, 쟁점부동산 중 본관 2층을 제외한 나머지 본관 3층 일부 및 별관 건축물은 공실상태이거나 종전 사업자의 시설물 보관장소로 이용하고 있을 뿐 청구인의 당해 사업에 직접 사용하였다고 볼 수 있는 자료를 찾아 볼 수 없고, 청구인이 제출한 사진 또한 날짜 미상으로 직접 사용한 것으로 인정할 수 있는 객관적인 자료라고 보기는 어려워 이 부분은 청구인이 그 취득·등기일부터 2년 이내에 당해 사업에 직접 사용하였다고 볼 수는 없다 하겠고, 이에 정당한 사유가 있다고 할 수도 없다 하겠다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로 지방세법 제77조 제5항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.