공업지역에 속하는 토지를 취득등기한 경우 대도시내에서의 법인설립 이후의 부동산등기에 해당되는지 여부(기각)

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분 개요 가.청구법인은 2000.2.21. 대도시 내인 OOO OOO OOO OOO OOOOOOO OOOO을 본점 소재지로 하여 설립된 법인으로서 그 설립일로부터 5년 이내인 2004.12.10. OOO OOO OOO OOOOOO 공장용지 1,990㎡ 및 고천동 439-11 공장용지 51㎡, 합계 2필지 2,041㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)를 취득(매매)하고, 같은 날 그 취득가액 1,750,000,000원에 구지방세법(2005.1.5. 법률 제7332호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제131조 제1항의 일반세율(3%)을 적용하여 산출한 등록세 52,500,000원, 지방교육세 10,500,000원, 합계 63,000,000원을 신고·납부하였다. 나.처분청은 이 건 토지의 소유권이전등기가 대도시내에서의 법인설립 이후 5년 이내에 취득하는 부동산 등기에 해당되는 것으로 보아 구지방세법제138조 제1항의 중과세율(9%)을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액을 차감한 등록세 172,273,500원, 지방교육세 32,354,700원, 합계 204,628,200원(가산세 포함)을 2008.12.18. 청구법인에게 부과고지하였다.

• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2009.1.29. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 (1)청구법인은 2002.2.21. 가방 및 보호용 케이스 등의 제조와 도매 등을 목적으로 하여 설립된 법인으로 2002년 도시형 업종으로 공장등록과 사업자등록을 하여 그 사업을 하던 중 2004.12.10. 이 건 토지를 취득하고 등록세 등을 납부하였으며, 그 후, 이 건 토지상에 공장을 건축하기 위하여 공장 건축허가를 신청하였고, 처분청은 뚜렷한 이유도 없이 차일피일 미루던 끝에 13개월이 지난 후인 2008년에 건축허가를 하였으나, 그 동안 자금사정이 어렵게 되었음은 물론 공장의 지방이전 등을 준비하기위하여 부득이 2008.4.30. 이 건 토지를 매각하였다. (2)구지방세법제138조 제1항 제4호 및 동법 시행규칙 제47조 규정에 의거 중과세 제외되는 도시형업종 공장의 경우에는 동법 제138조 제1항 제3호 규정에 의한 대도시내에서의 법인의 설립 후 5년 이내에 취득하는 부동산 등기의 중과세 적용대상에서도 제외하는 것이라는 구 행정자치부장관의 유권해석(세정13430-129, 1996.3.29)이 있고, 지방세법 기본통칙에서도 대도시내 도시형 공장은 중과세 대상이 아님을 명시하고 있고, 일선 세무부서에서도 공장의 신·증설에 따른 중과세 대상에 해당하지 않는 공장에 대하여는 대도시내 법인 설립 이후 5년 이내에 취득하는 부동산등기에 해당하는 경우에도 중과세 제외대상으로 운영하고 있음에도, 구지방세법제138조 제1항 제4호에 의한 중과세 제외대상인 도시형업종 공장등록을 한 청구법인이 공업지역 안의 토지를 취득하고 등기한데 대하여 중과세율을 적용한 이 건 등록세 등의 부과처분은 위법하다. (3)청구법인의 공장 건축허가 신청에 대하여 처분청은 아무런 이유 없이 13개월이나 지나 허가처리 하였으므로, 청구법인이 이 건 토지를 취득한 날부터 1년 이내에 직접 사용하지 못한 “정당한 사유”가 있는 경우에 해당되므로 이 건 등록세 등의 부과처분은 위법하다.
• 나. 경기도지사 의견 (1)구지방세법제138조 제1항 제3호 후단은 "법인 등의 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후의 부동산등기"라고 규정하여 그 대상에 아무런 제한을 두고 있지 아니하므로, 같은 조 제1항 제4호가 "대도시 내에서의 공장의 신설 또는 증설에 따른 부동산등기"를 규정하고 있다고 하여 제3호에서 말하는 부동산등기가 공장에 관한 부동산등기를 제외한 등기만을 가리키는 것이라고 볼 수 없다 할 것인바(OOO OOOOOOOOOO OO OOOOOOOOO OO O OOOO OOOOOOOOO OO OOOOOOOOOO OO OO), (2)청구법인은 대도시내 법인 설립일(2000.2.21.)로부터 5년 이내에 이 건 토지를 취득·등기(2004.12.10.)하였으며, 구지방세법 시행령제101조 제1항에 규정된 “대도시내 법인 중과세 예외업종”과 관련이 없는 창고 건축허가를 득한 것으로서, 이는 구지방세법제138조 제1항 제4호 규정에 의한 등록세 중과세 대상 여부 및 구지방세법 시행령(2008.2.29. 대통령령 제20708호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제101조 제2항 규정에 의한 정당한 사유 유무에 관계없이 구지방세법제138조 제1항 제3호 규정에 의한 등록세 중과세 대상에 해당된다 할 것이므로 처분청의 이 건 등록세 등의 부과처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 대도시 내에서 공장등록을 한 법인이 그 설립일로부터 5년 이내에 대도시 내의 공업지역에 속하는 토지를 취득등기한 경우 대도시내에서의 법인설립 이후의 부동산등기에 해당되는지 여부
• 나. 관련 법령 (1)구 지방세법(2002.12.30. 법률 제8835호로 개정된 것) 제138조 (대도시지역 내 법인등기 등의 중과) ① 다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다. 다만, 수도권정비계획법 제6조 제1항 제1호의 규정에 의한 과밀억제권역(산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률의 적용을 받는 산업단지를 제외한다. 이하 이 조에서 "대도시"라 한다)안에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령이 정하는 업종과 법인이 사원에게 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 대통령령이 정하는 주거용부동산에 관한 등기 및 외국인투자촉진법에 의한 외국인투자기업이 2003년 12월 31일까지 행하는 공장의 신설 또는 증설에 따른 부동산등기(외국인투자비율에 해당하는 부동산의 등기에 한한다)에 대하여는 그러하지 아니하다.

3. 대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기

4. 대도시(산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률의 적용을 받는 유치지역 및 도시계획법의 적용을 받는 공업지역을 제외한다)안에서의 공장의 신설 또는 증설에 따른 부동산등기

③ 제1항의 규정에 의한 등록세 중과세의 범위와 적용기준 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정하고, 제1항제4호의 규정에 의한 공장의 범위와 적용기준은 행정자치부령으로 정한다.

(2) 구 지방세법 시행령(2008.2.29. 대통령령 제20708호로 개정되기 전의 것) 제101조 (대도시내 법인중과세의 예외) ① 법 제138조 제1항 단서에서 "대통령령이 정하는 업종”이라 함은 다음 각 호에 해당하는 업종을 말한다.

19. 중소기업진흥 및 제품구매촉진에 관한 법률에 의한 협동화사업으로서 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 시행령 제34조 제1호의 규정에 의한 도시형공장을 영위하는 사업

② 제1항의 규정에 의한 업종을 영위하는 자가 당해 업종에 사용하기 위하여 취득한 재산을 그 등기 또는 등록일로부터 정당한 사유없이 1년(제1항제5호의 규정에 의한 주택건설사업의 경우는 3년)이 경과할 때까지 당해 업종에 직접 사용하지 아니하거나 다른 업종에 사용 또는 겸용하는 경우와 2년 이상 당해 업종에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 업종에 사용 또는 겸용하는 경우에 그 해당부분에 대하여는 법 제138조 제1항 본문의 규정을 적용한다. 다만, 제1항제6호의 규정에 의한 전기통신사업자가 전기통신사업법 제34조의3의 규정에 의하여 전기통신설비 또는 시설을 다른 전기통신사업자와 공동으로 사용하기 위하여 임대하는 부동산에 대하여는 그러하지 아니하다. 제102조 (대도시내 법인등 중과세의 범위와 적용기준) ② 법 제138조 제1항 제3호에서 "법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기"라 함은 당해 법인 또는 지점등이 그 설립·설치·전입(수도권의 경우 서울특별시외의 지역에서 서울특별시내로의 전입은 대도시내로의 전입으로 본다. 이하 이 조에서 같다)이전에 취득하는 일체의 부동산등기(채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는 부동산등기를 제외한다. 이하 이 조에서 같다)를 말하며, "그 설립·설치·전입이후의 부동산등기"라 함은 법인 또는 지점등이 설립·설치·전입이후 5년이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말한다. 이 경우 일체의 부동산등기에는 공장의 신설·증설, 공장의 승계취득, 당해 대도시내에서의 공장의 이전 및 공장의 업종변경에 따르는 부동산취득등기를 포함하며, "지점등"이라 함은 행정자치부령이 정하는 사무소 또는 사업장을 말한다.

• 다. 사실관계 및 판단 (1)청구법인과 처분청이 제출한 관련 증빙자료에 의하면 아래의 사실이 확인된다. (가)청구법인 2000.2.21. 본점을 OOO OOO OOO OOO OOOOOOO OOOO으로 하여 설립되었다. (나) 경기도안양시장은 2002.3.7. 청구법인에게 아래와 같은 내용으로 공장 제조시설설치 승인서를 교부하였다.

1. 공장소재지: OOO OOO OOO OOO OOOOO

2. 업종: 가방 및 보호용케이스제조업(분류번호: 19211) (다) 청구법인은2004.12.10. 공업지역에 속하는 이 건 토지를 1,750,000,000원에 취득한 다음, 일반세율에 의한 등록세 등을 신고·납부하였다. (라) 청구법인이 2007.2.23. 이 건 토지를 대지로 하고, 용도 및 건축연면적을 창고시설 195.5㎡로 하여 건축허가신청서 제출하였으나, 아래와 같은 연유로 2007.8.13. 반려되었다.

1. 처분청은 2007.5.1. 보완할 사항을 OOOOOO도로 진출입부의 가감속차로 배치계획도면제출, 가감속차로설치계획에 따른 토지주의 동의서 첨부하라는 내용으로 보완요구를 하였다.

2. 청구법인은 2007.6.5. 위 보완요구에 대하여 보완연기신청서(2007.6.30.까지) 제출하였다.

3. 처분청은 2007.6.29. 2차 보완요구를 하였다.

4. 청구법인은 2007.7.10. 2차 연기신청서를 제출하였다

5. 처분청 2007.7.9. 2차 연장신청에 대하여 연장통지(2007.8.10.까지)를 하였다.

6. 처분청은 2007.8.13. 청구법인이 보완기간 내 보완서류를 제출하지 않아 건축허가신청서를 반려하였다. (마) 청구법인은 2007.11.12. 2차 건축허가신청서 제출하고, 처분청은 2008.3.7. 아래와 같은 내용으로 건축허가(OOO OOOOOOOO) 및 건축허가사항 변경(OOO OOOOOOOOO)을 하였다.

1. 처분청은 2008.8.7. 건축물 착공신고 수리(OOO OOOOOOOOO)를 하였다.

2. 처분청의 2008.6.2. 건축주 변경(청구법인 →OOO)신고 수리(OOO OOOOOOOOO)를 하였다.

3. 처분청은 2008.10.30. 건축허가사항 변경(OOO OOOOOOOOO)을 하였다. 구분 건축주 층수 바닥면적 건축면적 연면적 용도 2008.3.7. 허가 청구법인 지상1층 195.5㎡ 195.5㎡ 195.5㎡ 창고시설 2008.10.30. 변경 OOO 지상3층 952.58㎡ 625.2㎡ 952.58㎡ 일반공장 (바) 청구법인은2008.4.30. 이 건 토지를 매각하였다.

(2) 쟁점에 대하여 본다. (가) 청구법인은 이 건 토지는 공업지역에 위치한 토지이고 공장을 신축하기 위하여 취득하였고, 공장건축을 하고자 하였으나, 처분청이 별다른 이유 없이 차일피일 미룬 끝에 13개월이나 경과하여 건축허가를 하였으나 자금사정과 지방이전 등의 사유로 부득이하게 매각하였으므로 구 지방세법 제138조 제1항 제4호에 의하여 중과대상에서 제외되고, 위 규정에 의하여 중과대상에서 제외된 이상, 같은 조 제1항 제3호의 규정을 적용하여 등록세를 중과세하는 것은 부당하다고 주장한다. (나) 구지방세법제138조 제1항 본문은 다음 각 호의 1에 해당하는 등기에 대하여 중과세하는 것으로 규정하면서, 그 제3호에서는 대도시내에서의 법인의 설립 이후의 부동산등기를, 그 제4호에서는 대도시(산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률의 적용을 받는 유치지역 및 도시계획법의 적용을 받는 공업지역을 제외한다)안에서의 공장의 신설 또는 증설에 따른 부동산등기를 중과세대상으로 규정하고 있으며, 그 단서에서는 대통령령이 정하는 업종 등에 대하여는 본문의 각 호의 1에 해당하는 경우에도 중과하지 않는 것으로 규정하고 있고, 구 지방세법 시행령 제101조 제1항에서는 법 제138조 제1항 단서에서 중과대상에서 제외되는 대통령령이 정하는 업종에 대하여 열거하고 있다. (다) 우선, 청구법인이 구 지방세법 제138조 제1항 단서의 규정에 의하여 중과대상에서 제외되는지에 대하여 보면, 청구법인은 2000.2.21. 본점소재지를 OOO OOO OOO OOO OOOOOOO OOOO으로 하여 설립등기를 하고, 2002.3.7. 안양시장으로부터 공장 제조시설설치 승인서(공장소재지: OOO OOO OOO OOOOO, 업종: 가방 및 보호용케이스제조업 분류번호: 19211)를 교부받고, 공업지역에 속한 이 건 토지를 2004.12.10. 취득·등기를 한 다음, 2008.3.7. 건축물의 용도를 창고시설로 하여 건축허가를 받고, 그 창고시설을 완공하기 전인 2008.4.30. 이 건 토지를 OOO에게 매각한 사실로 보아 구지방세법 시행령 제101조 제1항 각 호의 규정에 해당하는 사실을 달리 발견할 수 없으므로 청구법인의 이 건 토지 취득등기는 구 지방세법 제138조 제1항 단서의 규정에 의한 중과대상에서 제외되는 등기에 해당되지 않는다 할 것이다. (라) 다음은 청구법인이 구 지방세법 제138조 제1항 제4호의 규정에 의하여 중과대상에 해당하는지 여부에 대하여 보면, 구 지방세법 제138조 제1항 제4호에서는 대도시(산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률의 적용을 받는 유치지역 및 도시계획법의 적용을 받는 공업지역을 제외한다)안에서의 공장의 신설 또는 증설에 따른 부동산등기에 대하여 등록세를 중과하는 것으로 규정하고 있고, 청구법인은 공업지역 내에 있는 이 건 토지를 취득하였으므로 위 규정에 의한 중과대상에 해당하지 아니한다 할 것이다. (라) 마지막으로 청구법인이 구 지방세법 제138조 제1항 제3호의 규정에 의하여 중과대상에 해당하는지 여부에 대하여 보면, 구 지방세법 제138조 제1항 제3호 및 구지방세법 시행령 제102조 제2항에서는 대도시내에서 법인설립 이후 5년 이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산등기에 대하여 등록세를 중과하는 것으로 규정하고 있고, 청구법인은 2000.2.21. 본점을 OOO OOO OOO OOO OOOOOOO OOOO으로 하여 설립하고, 대도시 내에서 법인 설립 후 5년 이내인 2004.12.10. 공업지역에 속하는 이 건 토지의 취득등기를 하였으므로 구 지방세법 제138조 제1항 제3호의 대도시내에서의 법인의 설립 이후의 부동산등기에 해당한다 할 것이다.

(3) 따라서, 청구법인의 이 건 토지의 취득등기가 공업지역의 토지를 취득하여 구지방세법제138조 제1항 제4호의 적용에서 제외된다 할지라도, 같은 조 제1항 단서 규정에 해당하지 아니하고 같은 조 제1항 제3호 규정에 의한 등록세 중과세 대상에 해당되므로 처분청이 이 건 토지의 취득가액을 과세표준액으로 하여 산출한 이 건 등록세 등의 부과처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세법 제77조 제5항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.