“경영상담업”을 영위하는 청구법인이 입주자 모집공고 등에 의하여 아파트형 공장을 분양받은 경우 취득세 등의 감면대상에 해당되는지 여부(취소)

[주 문] 처분청이 2008.9.30. 청구법인에게 한 취득세 14,827,420원, 농어촌특별세 1,482,740원, 등록세 14,827,420원, 지방교육세 2,965,480원, 합계 34,103,060원의 부과처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분 개요

• 가. 청구법인은 2008.9.30. OOOOO OOOO OOO OOOOOO OOOO OOO OOOOOO OOOO(건축물 104.02㎡, 토지 13.01㎡, 이하 “제1아파트형 공장”이라 한다) 및 OOOO(건축물 211.7㎡, 토지 26.48㎡, 이하 “제2아파트형 공장”이라 하고 제1아파트형 공장을 포함하여 이하 “이 사건 아파트형 공장”이라 한다)를 취득한 후 같은 날 그 취득가액 741,371,000원을 과세표준으로 하고 지방세법 제112조 제1항 및 같은 법 제131조 제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 14,827,420원, 농어촌특별세 1,482,740원, 등록세 14,827,420원, 지방교육세 2,965,480원, 합계 34,103,060원을 신고하였다.
• 나. 청구법인은 이에 불복하여 2008.11.12. OOOOOO에게 이의신청을 하고, 2008.12.31. 기각결정통보를 받은 후, 2009.1.19. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 OOOOOOOOOO 내의 아파트형 공장 설립자인 주식회사 OOOOOO(OOOO OOO)로부터 이 사건 아파트형 공장을 최초로 분양받은 청구법인이 영위하는 주된 업종은 “경영상담업”으로, OOOOO세 감면 조례에서 중소기업자가 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제28조의5 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 사업 또는 벤처기업을 영위할 목적으로 아파트형 공장 설립자로부터 최초로 분양받아 취득하는 아파트형 공장용 부동산에 대하여는 취득세를 면제하고, 취득일부터 2년 이내에 등기하는 경우에는 등록세를 면제한다고 규정하고 있고, 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제28조의5 제1항 및 같은 법 시행령 36조의4 제1항 제2호에서 “제6조 제2항 및 동조 제3항의 규정에 의한 지식산업 및 정보통신산업”과 “특정 산업의 집단화 및 지역경제의 발전을 위하여 아파트형 공장에의 입주가 필요하다고 시장·군수 또는 구청장이나 관리기관이 인정하는 사업”으로 규정하고 있는바, OOOOOOOOOO 관리기관인 OOOOOO은 OOOOOOOOOO 개발계획을 고시하면서 주요유치업종으로 “주식 및 정보통신산업”으로 하고, 구 한국표준산업분류(통계청 고시 제2000-1호)상의 “74. 전문과학 및 기술서비스업”등을 포함한 세부적인 유치업종을 계획을 고시하였는데, 여기에 “경영상담업”이 포함되어 있고, OOOOOO이 OOOO 내 산업시설용지를 아파트형 공장 용도로 이 사건 아파트형 공장 설립자에게 분양할 당시 입주계약서 및 용지매매계약서상에 특약사항으로 아파트형 공장 입주업종은 OOOOOOOOOO 입주대상업종으로 하도록 지정하였을 뿐만 아니라, 처분청에서도 산업단지 내에 설립된 아파트형 공장 입주자 모집공고 승인신청에 대하여 관리기관인 OOOOOO과의 협의를 거쳐 이를 승인하면서 아파트형 공장 입주대상 업종을 OOOOOOOO 유치업종과 동일하게 하였으며, 지식경제부장관의 질의회신도 관리기관이 “법무 및 회계관련 서비스업”과 “시장조사 및 경영상담업” 등의 업종을 영위하는 업체와 입주계약을 체결하고 아파트형 공장 입주자 모집공고안을 승인한 것은 관리기관에서 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 시행령 제36조의4 제5호를 적용하여 입주시킨 것으로 판단된다고 회신하고 있음에도, 처분청에서 “경영상담업”을 영위하는 청구법인은 입주자 모집공고 등에 의하여 아파트형 공장을 분양받아 입주할 수는 있지만 그렇다고 하여 이러한 청구법인의 아파트형 공장 취득(등기)이 바로 위 OOOOO세 감면 조례에 의한 취득세와 등록세의 감면대상에 해당되지는 아니한다고 판단하여 청구법인으로 하여금 이 사건 취득세 등을 신고하도록 한 것은 부당하므로 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 OOOOO세 감면 조례 제18조 제2항의 규정에 의한 취득세 등의 감면대상은 중소기업자가 산업집적 활성화 및 공장설립에 관한 법률 제28조의5 제1항 제1호 및 제2호, 같은 법 시행령 제36조의4 제1항 제2호 및 제5호, 같은 법 시행령 제6조 제2항에서 규정하고 있는 제조업, 연구개발업, 지식산업 및 정보통신산업과 기타 특정산업의 집단화 및 지역경제의 발전을 위하여 아파트형 공장에의 입주가 필요하다고 시장ㆍ군수 또는 구청장이나 관리기관이 인정하는 사업과 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조 제1항의 규정에 의한 벤처기업을 영위하기 위한 시설”이라 하겠으므로, 청구법인이 이 사건 아파트형 공장에 입주하여 영위하고자 한 경영상담업은 위 법령에서 규정하고 있는 사업에 해당되지 아니한다 하겠고, 더구나 이 사건 아파트형 공장용 토지의 최초 계약자인 OOO 건설 주식회사(OOOO OOO)와 당시 관리기관인 OOOOOO이 2003.6.9. 체결한 입주계약 및 용지매매계약서의 특약사항 중 “④ 아파트형공장 입주업종은 공업배치 및 공장설립에 관한 법률 제28조의5 및 같은 법 시행령 제36조의4의 규정에 의하되 지원시설 외의 시설은 OOOOOOOOOO 입주대상업종(별표#1)으로 제한한다.”고 규정한 것은 이 사건 아파트형 공장이 OOOOOOOOOO 내에 있는 관계로 비록 법령에서 아파트형 공장에 입주를 허용하고 있다 하더라도 산업단지 입주대상 업종이 아닌 경우에는 제한한다는 것으로 보아 산업단지 내의 아파트형 공장은 위 법령에 의한 아파트형 공장 입주업종과 OOOOOOOOOO 입주업종 모두에 해당하는 공통된 업종만 입주대상으로 하겠다는 것으로 판단하여야 하겠으므로, 청구인의 주장과 같이 추후 완공될 아파트형 공장의 입주업종을 OOOOOOOOOO 입주대상 업종과 일치시키려는 의도가 있었던 것은 아니라 할 것이며, 또한, 청구법인은 아파트형 공장 입주자 모집공고에 승인된 입주대상 업종이 “특정산업의 집단화 및 지역경제의 발전을 위하여 아파트형 공장에의 입주가 필요하다고 시장ㆍ군수 또는 구청장이나 관리기관이 인정하는 사업에 해당된다”고 주장하고 있으나, 산업집적 활성화 및 공장설립에 관한 법률 제28조의4 제1항에서 아파트형 공장을 설립한 자가 아파트형 공장을 분양 또는 임대하고자 하는 경우에는 공장건축물 착공 후 지식경제부령이 정하는 바에 의하여 모집공고안을 작성하여 시장·군수 또는 구청장의 승인을 얻어 공개로 입주자를 모집하여야 한다고 규정하고 있고, 같은 법 제28조의5 제1항에서 아파트형공장에 입주할 수 있는 시설은 그 제1호에서 제조업, 연구개발업 그 밖에 대통령령이 정하는 사업을 영위하기 위한 시설, 그 제2호에서 벤처기업육성에 관한 특별조치법제2조 제1항의 규정에 의한 벤처기업을 영위하기 위한 시설, 그 제3호에서 기타 입주업체의 생산 활동을 지원하기 위한 시설로서 대통령령이 정하는 시설로 규정하고 있으며, OOOOO세 감면 조례제18조 제2항에서 아파트형 공장 입주자에 대한 취득세 등의 감면은 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률제28조의5 제1항 제1호 및 제2호로 규정하고 있는 이상, 아파트형 공장 입주자 모집공고에서 승인받은 입주대상 업종 모두를 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 시행령 제36조의4 제1항 제5호에서 규정하고 있는 “기타 특정산업의 집단화 및 지역 경제의 발전을 위하여 아파트형 공장에의 입주가 필요하다고 시장ㆍ군수 또는 구청장이나 관리기관이 인정하는 사업”이라 보기는 어렵다 하겠으므로, 이 사건 취득세 등의 부과처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 지방산업단지 실시계획서 및 아파트형 공장 입주자 모집 공고(안)에 입주대상 업종으로 열거된 경영상담업을 목적사업으로 하는 법인이 당해 사업을 영위하기 위하여 산업단지 내 아파트형 공장을 설립자로부터 최초 분양 취득한 경우 취득세 등의 감면대상에 해당되는 것으로 볼 수 있는지 여부
• 나. 관련 법령

(1) OOOOO세 감면 조례 제18조【아파트형 공장 등에 대한 감면】② 중소기업기본법 제2조의 규정에 의한 중소기업자가 산업집적 활성화 및 공장설립에 관한 법률 제28조의5 제1항 제1호 및 제2호 규정에 의한 사업 또는 벤처기업을 영위할 목적으로 아파트형 공장 설립자로부터 최초로 분양받아 취득하는 아파트형 공장용 부동산에 대하여는 취득세를 면제하고, 취득한 날부터 2년 이내에 등기하는 경우에는 등록세를 면제한다. 다만, 그 취득한 날부터 1년 이내에 정당한 사유없이 당해 사업 또는 벤처기업용에 직접 사용하지 아니하는 경우와 5년 이내에 매각하거나 다른 용도에 사용하는 경우 그 해당부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다.

(2) 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제2조【정의】이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

6. “아파트형 공장”이라 함은 동일 건축물 안에 다수의 공장이 동시에 입주할 수 있는 다층형 집합건축물로서 대통령령이 정하는 것을 말한다.

11. “입주기업체”라 함은 산업단지안에 입주하여 제조업ㆍ지식산업ㆍ정보통신산업ㆍ자원비축시설 기타 대통령령이 정하는 산업을 영위하고자 하는 자중 대통령령이 정하는 자격을 가진 자로서 제38조 제1항 또는 제3항의 규정에 의하여 입주계약을 체결한 기업체를 말한다. 제28조의5【아파트형 공장에의 입주】① 아파트형 공장에 입주할 수 있는 시설은 다음 각 호의 시설로 한다.

1. 제조업, 연구개발업 그 밖에 대통령령이 정하는 사업을 영위하기 위한 시설

2. 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조제1항의 규정에 의한 벤처기업을 영위하기 위한 시설

3. 기타 입주업체의 생산활동을 지원하기 위한 시설로서 대통령령이 정하는 시설

② 제1항 제1호의 규정에 의하여 아파트형 공장에 입주할 수 있는 시설의 범위 및 규모는 대통령령으로 정한다. 제28조의7【입주자 등의 의무】① 아파트형 공장의 입주자 또는 관리자는 다음 각 호의 행위를 하여서는 아니된다.

1. 아파트형 공장의 내력벽 기타 대통령령이 정하는 주요구조부를 철거하거나 파손 또는 훼손하는 행위

2. 건축물의 건축허가시의 설계도서에 정하여진 적재하중등을 초과하는 중량물 또는 진동발생장치를 설치하는 행위

3. 제28조의5 제1항의 규정에 따른 입주대상시설이 아닌 용도로 아파트형 공장을 활용하거나 입주대상시설이 아닌 용도로 활용하고자 하는 자에게 아파트형 공장의 전부 또는 일부를 양도ㆍ임대하는 행위

4. 권한 없이 공유시설부분을 점용하는 행위 제38조【입주계약 등】① 산업단지 안에서 제조업을 영위하거나 영위하고자 하는 자는 지식경제부령이 정하는 바에 의하여 관리기관과 그 입주에 관한 계약(이하 “입주계약”이라 한다)을 체결하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

② 입주기업체 및 지원기관이 입주계약사항 중 지식경제부령이 정하는사항을 변경하고자 할 때에는 새로이 변경계약을 체결하여야 한다.

③ 제1항 및 제2항의 규정은 산업단지 안에서 제조업 외의 사업을 영위하거나 영위하고자 하는 자에 대하여 이를 준용한다.

(3) 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 시행령 제6조【산업단지의 입주자격】① 법 제2조 제11호 및 제12호에서 “대통령령이 정하는 자격”이라 함은 다음 각 호의 자격을 말한다.

1. 당해 산업단지의 관리기본계획에 의한 입주대상산업 및 시설 또는 입주기업체의 사업지원에 필요한 사업일 것

3. 당해 사업의 시행을 위하여 관련법규에 의한 인·허가 등을 받았거나 받을 수 있을 것

② 법 제2조 제11호에서 “지식산업”이라 함은 창의적 정신활동에 의하여 고부가가치의 지식서비스를 창출하는 산업으로서 다음 각 호의 산업을 말한다.

1. 자연과학 연구개발업

2. 고등교육법 제25조에 따른 연구소의 연구개발업

3. 기술개발촉진법 제7조 제1항 각 호에 따른 기관 또는 단체(동법 제7조 제1항 제4호에 따른 대학을 제외한다)의 연구개발업

4. 건축기술 및 엔지니어링 서비스업

5. 과학 및 기술서비스업

6. 광고물 작성업

7. 영화 및 비디오 제작업

8. 오디오 기록매체 출판업

9. 전문 디자인업

③ 법 제2조 제11호에서 “정보통신산업”이라 함은 정보의 수집·가공·저장·검색·송신·수신 및 그 활용과 이에 관련되는 기기·기술·역무 그 밖에 정보화를 촉진하기 위한 산업으로서 다음 각 호의 산업을 말한다.

1. 컴퓨터시스템 설계 및 자문업

2. 소프트웨어 자문·개발 및 공급업

3. 자료처리 및 컴퓨터시설 관리업

4. 데이터베이스 및 온라인 정보제공업

5. 기타 컴퓨터 운영 관련업

6. 전기 통신업

④ 법 제2조 제11호에서 “자원비축시설”이라 함은 석탄·석유·원자력·천연가스 등의 에너지자원의 비축을 위한 시설을 말한다.

⑤ 법 제2조 제11호에서 “기타 대통령령이 정하는 산업”이라 함은 다음 각 호의 산업을 말한다.

1. 폐기물 수집운반 및 처리업

2. 창고업, 화물터미널 기타 물류시설을 설치·운영하는 사업

3. 운송업(여객운송업을 제외한다)

4. 산업용기계장비임대업

5. 부동산임대 및 공급업

6. 시장·군수 또는 구청장(자치구의 구청장을 말한다. 이하 같다)이 특화산업육성을 위하여 농공단지관리기본계획에 따라 농공단지에 입주시키는 농림어업등의 산업(이하 “지역특화산업”이라 한다)

7. 전기업

8. 관리기본계획에서 산업단지의 조성목적, 지역경제의 활성화 등을 위하여 당해 산업단지에의 유치업종으로 지정한 산업

9. 중소기업 창업지원법 제2조 제7호에 따른 창업보육센터를 설치·운영하는 사업 제36조의4【아파트형 공장에의 입주】① 법 제28조의5 제1항 제1호에서 “대통령령이 정하는 사업”이라 함은 다음 각 호의 사업을 말한다.

2. 제6조 제2항 및 동조 제3항의 규정에 의한 지식산업 및 정보통신산업

5. 기타 특정 산업의 집단화 및 지역경제의 발전을 위하여 아파트형 공장에의 입주가 필요하다고 시장·군수 또는 구청장이나 관리기관이 인정하는 사업

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 1990.3.13. 청구법인은 목적사업을 “운수보관업, 수출입 화물 운송 주선업, 통관업, 일반화물 운송사업, 특수화물 운송사업, 콘테이너 운송사업” 등으로 하여 설립등기절차를 완료하였고, 그 후 2007.4.3. 목적사업에 “경영상담업”을 추가하는 변경등기를 하였다.

(2) 2003.6.9. OOOOO 주식회사는 OOOOOO과 OOOOOOOOOO 용지매매계약 및 OOOOOOOOOO 입주계약을 체결하였는데, 그 용지매매계약서 내용 중 특약사항을 보면, “아파트형 공장 입주업종은 공업배치 및 공장설립에 관한 법률 제28조의5 및 동법 시행령 제36조의4의 규정에 의하되, 지원시설 외의 시설은 OOOOOOOOOO 입주대상 업종(별표＃1)으로 제한하고, 공업배치 및 공장설립에 관한 법률 제28조의4의 규정에 의하여 아파트형 공장의 모집공고안 승인신청 및 공고시 OOOOOOOOOO의 입주대상 업종의 제한, 소유권 이전 가능 시기, 분양받은 자(아파트형 공장 입주대상자)는 관리기관인 OOOOO와 별도로 입주계약을 체결하여야 하는 등 법적사항을 명확히 하여 모집 공고하여야 하며, 임대사업을 영위코자 할 때는 별도로 임대사업계획서를 제출하고 임차인(입주자)은 관리기관인 OOOOO와 입주계약을 체결하여야 하며, 별표＃1 OOOOOOOOOO 입주대상 업종을 아래와 같이 열거하면서 시장조사 및 경영상담업을 포함”하고 있으며, 한편, 입주계약서 내용을 보면, 입주형태는 “분양”으로, 유치업종(분양대상업종)은 “지식 및 정보통신산업(별첨＃1)”으로, 그 특약사항으로 “아파트형 공장 입주업종은 공업배치 및 공장설립에 관한 법률 제28조의5 및 같은 법 시행령 제36조의4의 규정에 의하되, 지원시설 외의 시설은 OOOOOOOOOO 입주대상 업종(별표＃1)으로 제한하고, 별표＃1 OOOOOOOOOO 입주대상 업종에 시장조사 및 경영상담업을 포함”하는 것으로 되어 있다. <별표＃1> OOOOOOOOOO 입주대상 업종 산입법상 한국표준산업분류(통계청고시 제2000-1호) 산업분류 대 분 류 중 분 류 소 분 류 지식산업 M. 사업서비스업

72. 정보처리 및 기타 컴퓨터운용 관련업 (기재 생략)

73. 연구 및 개발업 〃

74. 전문과학 및 기술 서비스업

741. 법무 및 회계관련 서비스업

742. 시장조사 및 경영상담업

743. 건축기술 및 엔지니어링 서비스업

744. 과학 및 기술서비스업

743. 광고업

746. 전문디자인업 749.기타 전문과학 및 기술서비스업 O. 교육서비스업

80. 교육서비스업 (기재 생략) 정 보 통신산업 (기재 생략)

(3) 2005.12.28. OOOOOO은 지방산업단지(OOOO)지정(개발계획)변경 및 실시계획변경승인 고시(고시 제2005-394호)를 하였는데, 그 내용을 보면, 산업단지의 지정목적은 “부산지역의 산업구조를 고도화시켜 지역경제 활성화와 21세기 세계화·정보화 시대에 부응하는 중추관리기능 유치, 부산·경남권 광역개발계획에 반영된 정보단지조성사업 시행”으로, 산업단지 개발사업의 시행자는 “OOOOOO”으로, 주요유치업종은 “지식 및 정보통신산업”으로, 유치업종계획(세분)에 “시장조사 및 경영상담업”을 포함하는 것으로 되어 있다.

(4) 2006.4.3. 처분청은 아파트형 공장 입주자 모집공고(안)을 승인하고 이를 주식회사 OOOO건설에 통보(OOOOOOOOOO)하였는데, 그 OOOOOO 입주자 모집공고(안)을 보면, 아파트형 공장 입주자격은 “산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 시행령 제6조의 자격을 갖춘 자로서 OOOOOOOOOO 관리기본계획에 의한 입주대상 업종”으로, 입주대상 업종에 “시장조사 및 경영상담업”을 포함하는 것으로 되어 있다.

(5) 청구법인은 2007.3.21.과 2007.4.30.에 아파트형 공장 설립자인 주식회사 OOOOOO과 이 사건 아파트형 공장에 대한 공급계약을 체결하였는데, 그 계약서 내용을 보면 “청구법인이 부정한 방법으로 분양받거나 입주자격이 없음이 판명된 때에 계약을 해제하고, 청구법인)은 입주자공고 및 입주(분양)열람서 상의 입주대상업종이 아닌 업종으로 양도하거나 임대 또는 용도를 변경할 수 없다”고 되어 있다.

(6) 처분청은 2007.5.7. 청구법인에게 OOOOOOOOOO 입주계약 체결사항을 통보(OOOOOOOOOOO)하였는데, 그 산업단지 입주계약서 내용을 보면, 신청업종은 “경영상담업(74222)”으로, 입주형태는 “분양”으로, “법 제42조의 규정에 의한 입주계약 해지사유가 발생하였을 때, 본 입주계약내용을 위반한 때, 부동산 소유자와 체결한 매매계약이 해지 또는 해제된 때, OOOO산업시설용지내 유치업종(입주대상업종)에 해당되지 않는 업종을 영위하거나 영위하고자 할 때”에는 입주계약을 해지하는 것으로 되어 있다.

(7) OOOOO세 감면 조례 제18조 제2항, 산업집적 활성화 및 공장설립에 관한 법률 제28조의5 제1항 제1호 및 제2호, 같은 법 시행령 제36조의4 제1항 제2호 및 제5호를 종합하여 볼 때, 위 감면조례에 의한 감면대상 사업은 제조업, 연구개발업, 지식산업, 정보통신산업 및 기타 특정 산업의 집단화 및 지역경제의 발전을 위하여 아파트형 공장에의 입주가 필요하다고 구청장 또는 관리기관이 인정하는 사업이라 하겠고, 위 법령에서 열거하고 있는 특정 산업의 집단화 및 지역경제의 발전을 위하여 아파트형 공장에의 입주가 필요하다고 인정하는 사업에 대하여 구청장 또는 관리기관이 취하여야 할 구체적인 절차와 형식을 명문으로 규정하고 있지는 아니하지만, 이 사건 아파트형 공장이 소재하고 있는 OOOO지방산업단지의 관리기관인 OOOOOO이 2003.6.9. OOOOO 주식회사와 체결한 용지매매계약서와 입주계약서, 2005.12.28. OOOOOO이 승인 고시(OOOOOOOOOO)한 지방산업단지(OOOO)지정(개발계획)변경 및 실시계획, 2006.4.3. 처분청이 승인한 입주자 모집공고(안) 등에서 입주업종의 범위에 “시장조사 및 경영상담업”을 열거하고 있음을 볼 때, 이 사건 아파트형 공장이 소재하고 있는 OOOO지방산업단지 관리기관인 OOOOOO 또는 처분청은 “시장조사 및 경영상담업”을 특정 산업의 집단화 및 지역경제의 발전을 위하여 아파트형 공장에의 입주가 필요하다고 인정한 것으로 봄이 타당하다 하겠으므로, 청구법인이 “경영상담업”을 영위하기 위하여 취득한 이 사건 아파트형 공장은 위 OOOOO세 감면 조례 제18조 제2항에서 정하고 있는 취득세 등의 감면대상에 해당된다 할 것이다. 따라서 청구법인이 이 사건 취득세 등을 부과한 것은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결 론 이 사건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세법 제77조 제5항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.