변경등기를 한 경우 그 변경등기일을 새로운 법인설립일로 보고 이로부터 5년 이내에 이루어진 대도시내 부동산등기에 대하여 등록세를 중과세한 처분이 적법한지 여부(기각)

[참조결정] 조심2008지0870 /

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분 개요

• 가. 1997.12.5. 상호를 주식회사 OOO산업(1998.9.10. 상호를 OOO OOOO 주식회사로 변경)으로, 본점 소재지를 서울특별시 OO구 OO동 241-3번지 OO빌딩 3층(1998.9.10. 서울특별시 OO구 OOO동 1556-6번지 OO빌딩 4층으로 변경)으로, 목적사업을 학교부지조성사업, 주택건설사업 등으로 하여 설립된 법인이 사업을 영위하다가 2000.4.7. 폐업신고를 하였고, 그 후 사업을 재개하면서 2002.11.7. 상호를 주식회사 OOOOO개발(이하 “종전법인”이라 한다)로, 본점 소재지를 서울특별시 OO구 OO동 235-2번지 O풍빌딩 909호로, 목적사업을 부동산임대업, 부동산분양대행업, 인테리어 시공 등으로 변경하는 등기를 하고 사업을 영위하다가 2003.4.30. 폐업신고를 하였으며, 그 후 사업을 재개하면서 2005.9.27. 목적사업을 부동산매매·관리·임대·개발사업, 주택·상가·빌딩·오피스텔 신축, 판매 임대 및 관리업, 부동산 컨설팅업 등으로, 본점 소재지를 서울특별시 OO구 OO동 643-17번지 OO빌딩 3층으로, 대표이사와 이사 및 감사를 이OO, 김OO, 박OO, 이OO, 윤OO으로 변경하는 등기를 하고 2005.11.7. 상호를 주식회사 OOOO(이하 “청구인”이라 한다)로 변경하는 등기를 한 다음 2006.2.22. 서울특별시 OO구 OO동 1433-1번지외 15필지 토지 3,739.7㎡ 및 그 지상건축물 10,593.74㎡(이하 “이 사건 부동산”이라 한다)에 대한 소유권이전등기절차를 이행하면서 같은 날 그 취득가액(74,663,357,500원)을 과세표준으로 하고 구 지방세법(2006.12.30 법률 제8138호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제131조 제1항의 일반세율을 적용하여 산출한 등록세 등 합계 1,791,192,430원을 신고하고 납부하였다.
• 나. 그 후 처분청은 종전법인이 사업을 재개하면서 청구인으로 변경하는 등기를 한 날인 2005.9.27. 대도시내에서 새로운 법인의 설립등기가 된 것으로 보고 이로부터 5년 이내에 이루어진 대도시내 이 사건 부동산등기가 구 지방세법 제138조 제1항 제3호의 규정에 의한 대도시내 법인 설립 후 5년 이내에 취득하는 부동산등기에 해당된다고 보아 이 사건 부동산 취득가액에 구 지방세법 제138조 제1항의 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 신고납부한 세액을 차감한 등록세 4,279,158,710원, 지방교육세 795,125,320원, 합계 5,075,284,030원(가산세 포함)을 2008.7.10. 청구인에게 부과 고지하였다.
• 다. 청구인은 대도시내 설립 후 5년이 경과한 법인의 부동산등기에 대하여 등록세를 중과세하는 것은 부당하다는 사유로 2008.7.30. 서울특별시장에게 이의신청을 하고, 2008.10.9. 기각결정통보를 받은 후 2008.12.23. 이 사건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인 주장 첫째, 처분청은 구 지방세법 제138조 제1항 제3호 법인의 설립에서 설립의 의미를 설립등기에 의한 설립만을 지칭한다라기 보다는 법인의 실질적인 설립행위 자체로 해석하고, 실질적으로 영업을 중단했던 법인이 다시 사업을 재개하였을 때 상호, 본점 소재지, 대표이사, 기타 임원, 사업목적 등이 변경되었다면 법인격의 동일성이 부정된다고 판단하여 다시 사업을 개시한 시점을 새로운 법인이 설립된 시점으로 간주하였으나, 상법상 주식회사는 그 설립등기를 마침으로써 성립하며, 이로써 회사로서의 법인격을 취득하는 것이므로 설립등기의 효력에 관한 상법 제172조는 강행규정으로 보아야 하겠고, 주식회사는 주식의 양도·양수가 자유로이 허용되고, 주주총회 등을 통하여 회사의 정관, 목적사업, 자본O 등의 변경이 가능하며, 임원이나 본점은 임기만료나 필요에 따라 상시적으로 변경되는 것이므로 이러한 인적·물적변경이 법률의 규정에 따라 이루어진 이상 이로 인하여 회사의 동일성이 상실된다고 볼 수도 없고 청산절차를 거쳐야만 비로소 법인격이 소멸된다 할 것이며, 세법상 법인의 동일성이 상실되는 정도로 법인의 실질이 변경되는 경우를 상정할 수 있다 하더라도 어느 정도의 변경이 있어야 이 경우에 해당되는지에 관한 아무런 규정이 없어조세법률주의의 원칙의 내용인 과세요건법정주의와 과세요건 명확주의에어긋난다 하겠으므로 지방세법 제138조 제1항 제3호의 법인의 설립에 설립등기에 의한 설립만이 아닌 법인의 실질적인 설립행위가 포함된다고 해석하는 것은 조세법률주의에 위배된다고 보아야 할 것이고, 둘째, 국세기본법 제18조 제3항에서 소급과세O지의 원칙을 선언하고 있으며, 구 행정자치부는 대도시내 설립 후 5년이 경과된 휴면법인을 제3자가 승계한 후 부동산등기를 하는 경우 이는 등록세 중과대상이 되지 아니한다는 의미의 유권해석을 지속적으로 하였고, 이를 신뢰한 청구인 역시 설립의 의미를 설립등기일로 받아들여 이 사건 부동산등기 당시 일반세율을 적용하여 등록세 등을 신고하고 납부하였던 것으로, 청구인이 이 사건 부동산에 대한 소유권이전등기절차를 완료한 이후인 2006.5.23. 구 행정자치부에서 휴면법인을 주식을 통해 인수한 경우의 법인설립일을 기존 휴면법인설립일로 보지 않고 인수하여 설립한 날로 본다고 유권해석을 변경하자 이를 근거로 처분청이 이 사건 부동산등기에 대하여 등록세 등을 중과한 것은 소급과세O지의 원칙 및 신의성실의 원칙에 위배된다 하겠고, 셋째, 2006.5.23. 구 행정자치부는 “회사가 외형상으로는 법인의 형식을 갖추고 있으나 이는 법인의 형태를 빌리고 있는 것에 지나지 아니하고 그 실질에 있어서는 완전히 그 법인격의 배후에 있는 타인의 개인기업에 불과하거나 그것이 배후자에 대한 법률적용을 회피하기 위한 수단으로 함부로 쓰여지는 경우에는 비록 외견상으로는 회사의 행위라 할지라도 회사와 그 배후자가 별개의 인격체임을 내세워 회사에게만 그로 인한 법적효과가 귀속됨을 주장하면서 배후자의 책임을 부정하는 것은 신의성실의 원칙에 위반되는 법인격의 남용으로서 심히 정의와 형평에 반하여 허용될 수 없다”는 법인격부인론을 근거로 하여 휴면법인의 인수일을 변경법인의 실질적인 법인신설일로 본다고 하면서 종전 유권해석을 변경하였으나, 휴면법인이라도 법인 청산절차를 거쳐 법인격이 완전히 소멸되기 전까지는 법인격이 계속 존속된다고 보아야 하겠고, 당해 휴면법인을 인수하여 그 인수자가 법인 명칭, 주소, 대표이사, 목적사업 등을 변경하는 경우 이는 당해 법인등기부등본상 등재사항의 변경등록에 해당할 뿐 그 휴면법인의 법인격은 계속 존속한다고 보아야 하므로 청산종결등기를 하여 소멸되지 아니하는 한 휴면법인의 설립일인 당초 법인등기일을 기준으로 등록세 중과여부를 판단하여야 할 뿐만 아니라 청구인은 등록세 중과를 회피하기 위하여 사업을 재개한 법인이 아니라 2004년경 (주)OOO 산업개발이 추진하고 있던 복합쇼핑몰 구축사업에 공동사업자로 참여하기 위하여 사업을 다시 시작한 것이므로, 폐업후 휴면상태에 있던 종전법인을 인수한 다음 이루어진 청구인의 이 사건 부동산등기는 구 지방세법 제138조의 입법취지 및 실질과세원칙의 관점에서 본다 하더라도 등록세 중과대상에 해당되지 아니한다 하겠으므로 이 사건 등록세 등의 부과처분은 취소되어야 한다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 대도시내에서 설립된 지 5년이 경과되었으나 폐업신고 후 휴면상태에 있던 법인이 사업을 재개하면서 목적사업, 대표이사와 임원 등의 변경등기를 한 경우 그 변경등기일을 새로운 법인설립일로 보고 이로부터 5년 이내에 이루어진 대도시내 부동산등기에 대하여 등록세를 중과세한 처분이 적법한지 여부
• 나. 관련 법령

(1) 구 지방세법 제131조【부동산등기의 세율】① 부동산에 관한 등기를 받을 때에는 다음 각 호의 표준세율에 의하여 등록세를 납부하여야 한다.

3. 제1호 및 제2호 이외의 원인으로 인한 소유권의 취득

(2) 기타 부동산가액의 1,000분의 20 구 지방세법 제138조【대도시 지역내 법인등기등의 중과】① 다음 각 호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다. 다만, 수도권정비계획법 제6조 제1항 제1호의 규정에 의한 과밀억제권역(산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률의 적용을 받는 산업단지를 제외한다. 이하 이 조에서 “대도시”라 한다)안에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령이 정하는 업종과 법인이 사원에게 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 대통령령이 정하는 주거용부동산에 관한 등기 및 외국인투자촉진법에 의한 외국인투자기업이 2003년 12월 31일까지 행하는 공장의 신설 또는 증설에 따른 부동산등기(외국인투자비율에 해당하는 부동산의 등기에 한한다)에 대하여는 그러하지 아니하다.

3. 대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기

③ 제1항의 규정에 의한 등록세 중과세의 범위와 적용기준 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정하고, 제1항 제4호의 규정에 의한 공장의 범위와 적용기준은 행정자치부령으로 정한다.

(2) 구 지방세법 시행령(2006.12.30. 대통령령 제19817호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제102조 (대도시내 법인등 중과세의 범위와 적용기준) ② 법 제138조 제1항 제3호에서 “법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기”라 함은 당해 법인 또는 지점등이 그 설립·설치·전입(수도권의 경우 서울특별시외의 지역에서 서울특별시내로의 전입은 대도시내로의 전입으로 본다. 이하 이 조에서 같다)이전에 취득하는 일체의 부동산등기(채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는 부동산등기를 제외한다. 이하 이 조에서 같다)를 말하며, “그 설립·설치·전입이후의 부동산등기”라 함은 법인 또는 지점등이 설립·설치·전입이후 5년 이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말한다. 이 경우 일체의 부동산등기에는 공장의 신설·증설, 공장의 승계취득, 당해 대도시내에서의 공장의 이전 및 공장의 업종변경에 따르는 부동산취득등기를 포함하며, “지점등”이라 함은 행정자치부령이 정하는 사무소 또는 사업장을 말한다.

(3) 상법 제172조【회사의 성립】회사는 본점소재지에서 설립등기를 함으로써 성립한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 주식회사 OOO산업(1998.9.10. 상호를 “OOO OOOO 주식회사”로 변경)은 본점 소재지를 서울특별시 OO구 OO동 241-3번지 OO빌딩 3층(1998.9.10. “서울특별시 OO구 OOO동 1556-6번지 OO빌딩 4층”으로 변경)으로, 목적사업을 학교부지조성사업, 주택건설사업 등으로 하여 1997.12.5. 설립된 법인으로서 그 목적사업을 영위하다가 2000.4.7. 폐업신고를 하였고, 그 후 사업을 재개하면서 2002.11.7. 상호를 주식회사 OOOOO개발(종전법인)로, 본점 소재지를 서울특별시 OO구 OO동 235-2번지 OO빌딩 909호로, 목적사업을 부동산임대업, 부동산분양대행업, 인테리어 시공 등으로 변경하는 등기를 하고 사업을 영위하다가 2003.4.30. 폐업신고를 하였다.

(2) 그 후 종전법인은 사업을 재개하면서 2005.9.27. 목적사업을 부동산매매·관리·임대·개발사업, 주택·상가·빌딩·오피스텔 신축, 판매 임대 및 관리업, 부동산 컨설팅업 등으로, 본점 소재지를 서울특별시 OO구 OO동 643-17번지 OO빌딩 3층으로, 대표이사와 이사 및 감사를 이OO, 김OO, 박OO, 이OO, 윤OO으로 변경하는 등기를 하고, 2005.11.7. 상호를 주식회사 OOOO(청구인)로 변경하는 등기를 한 다음 2006.2.22. 이 사건 부동산에 대한 소유권이전등기절차를 완료하였다. (3)구 지방세법 제138조 제1항 제3호, 같은 법 시행령 제102조 제2항에서 말하는 대도시내에서의 법인의 설립에서의 설립이 반드시등기형식에 있어서의 설립등기만을 의미하는 것으로 볼 수는 없고,설사 변경등기의 형식을 취하였다고 하더라도 이를 실질에 있어 설립등기와 같은 것으로 볼 수 있는 경우에는 위 조항의 법인의 설립으로 보는 것이 오히려 실질과세의 원칙에도 더 부합된다는 점, 비록 법인설립등기는 없었지만 법인격이 계속 유지된 것을 제외하면 동일성을 찾을 수 없을 정도로 변경됨으로서 새로운 법인이 설립된 것과 실질적으로 아무런 차이가 없다는 점에서 중과세 취지에 따라 이러한 인수행위 및 조직변경에 관하여 등록세를 중과함이 합당하다는 점(서울고등법원 2007.12.4. 선고 2007누12691 판결 참조)에 비추어 볼 때, 휴면법인을 주식을 통해 인수한 경우의 법인설립일을 기존 휴면법인설립일로 보지 않고 인수하여 법인등기부등본상 제반사항을 변경한경우에는 그 변경등기일을 법인설립일로 보는 것이 실질과세의 원칙상 타당하다 하겠고(조세심판원 심판결정 조심 2008지870, 2008.12.31. 참조), 또한, 구 행정자치부장관의 질의회신은 전국적으로 통일적인 세정운영을 위하여 특별히 지침적인 성격으로 발할 경우와 단지 납세자의 질의에 따라 회신하는 경우가 있는데, 후자의 경우는 개별적인 질의에 대한 의견이므로 그 의견은 추후 공신력 있는 심판기관 등에 의하여 달리 내려질 수 있는 것일 뿐만 아니라 구 행정자치부장관과 처분청이 청구인에게 이에 대하여 과세하지 않겠다는 공적인 견해표명을 한 사실도 없으므로 이를 새로운 해석에 의한 소급과세O지규정에 위배된 것으로 인정하기도 어렵다 할 것으로, 2003.4.7. 폐업신고를 한 후 휴면상태에 있던 종전법인이 사업을 재개하면서 2005.9.27. 목적사업, 본점 소재지, 대표이사와 임원 등을 모두 변경하는 등기를 하고 2005.11.7. 상호를 변경하는 등기를 한 사실로 볼 때, 청구인이 회사설립등기를 하지 않고 종전법인의 주식을 인수함으로써 당초 종전법인의 법인격이 유지되었다 하더라도 종전법인의 상호, 본점 소재지, 목적사업, 임원 등을 모두 변경한 이상 종전법인과 청구인은 동일성을 찾을 수 없을 정도로 변경되었다 하겠고, 그렇다면 종전법인이 사업을 재개하면서 목적사업, 본점 소재지, 대표이사와 임원 등을 모두변경하는 등기를 한 날인 2005.9.27. 대도시내에서 실질적인 법인설립행위가 있었다고 봄이 타당하다 하겠으므로, 이로부터 5년 이내인 2006.2.22.에 이루어진 청구인의 이 사건 부동산등기는 대도시내 법인 설립 이후 5년 이내에 취득한 부동산등기에 해당된다 할 것이며, 설사 청구인의 주장과 같이 폐업후 휴면상태에 있던종전법인을 인수한 것이 등록세 중과를 회피하기 위한 것이 아니라 하더라도 달리 볼 수도 없다 하겠다. 따라서 처분청이 이 사건 등록세 등을 청구인에게 부과 고지한 것은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론 이 사건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유 없으므로 지방세법 제77조 제5항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.