등록세를 중과세한 처분이 적법한지 여부(기각)

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분 개요

• 가. 1999.5.19. OOO(이하 “법인등기부상 본점 소재지”라 한다)을 본점 소재지로 하여 설립등기절차를 완료한 청구법인은 2003.10.16 OOO상에 건축물 4,631.04㎡(지하 2층․지상 7층 근린생활시설-옥탑면적 100.41㎡ 제외, 이하 “이 사건 부동산”이라 한다)를 신축 취득한 후 2003.11.14 그 취득가액 6,291,388,867원을 과세표준으로 하고 구 지방세법(2003.12.30. 법률 제7013호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제131조 제1항의 세율을 적용하여 산출한 등록세 등 60,397,330원을 신고하고 2003.12.15. 이를 납부하였다.
• 나. 그 후 처분청은 세무조사 결과 청구법인이 설립 당시부터 OOO(이하 “쟁점 소재지”라 한다)에 사실상 본점(대표이사, 경리, 총무, 기획 등)을 두고 사업을 영위하고 있으므로 이 사건 부동산의 등기는 사실상 대도시내 본점 전입 이후 5년 이내에 이루어진 부동산등기에 해당된다고 보아 그 취득가액을 과세표준으로 하고 구 지방세법 제138조 제1항의 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액을 차감한 등록세 120,794,660원, 지방교육세 22,145,680원, 합계 142,940,340원(가산세 포함)을 2008.10.13. 청구법인에게 부과고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2009.1.6. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 1999년 개인기업인 효자종합건설이 쟁점 소재지상의 건축물 등을 현물출자하여 법인으로 전환하면서 1999.5.19. 법인등기부상 본점 소재지인 경기도 파주시에 본점을 두고 설립등기절차를 마친 후 현재까지도 여기에 본점을 두고 사업을 영위하고 있을 뿐더러 구 지방세법 시행규칙(2003.12.31. 행정자치부령 제213호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제55조의2에서 정하고 있는 지점으로서의 요건과 동일한 쟁점 소재지에서의 본점설립등기와 사업자등록을 하지 아니하였으므로 그 형식적 요건을 충족하지 못하였다 하겠고, 또한, 처분청은 쟁점 소재지에 있는 청구법인의 사업장이 법인등기부상 본점 소재지에 비하여 더 넓고 근무인원수도 많다는 점을 들어 청구법인의 본점이 쟁점 소재지로 사실상 전입되었다고 판단하고 있으나, 대도시내에서의 사업활동이 더 활발하다는 이유만으로 본점이 사실상 대도시내로 전입되었다고 단정지을 수는 없다 할 것이며, 설사 청구법인이 설립 당시부터 쟁점 소재지에서 사실상 본점 활동을 하였다고 본다 하더라도 종전에 없던 사무실을 새로이 설치한 것이 아니라 개인기업 당시부터 유지되던 사무실을 단지 법인으로 전환하여 사용한 것에 불과하고, 더구나 쟁점 소재지에 근무하는 인원은 해마다 오히려 감소하였으므로(1998년말 177명, 1999년말 173명, 2000년말 177명, 2001년말 169명, 2002년말 161명, 2003년말 167명), 이를 대도시의 인구집중 억제를 위하여 대도시내 법인이 취득하는 부동산취득등기에 대하여 등록세를 중과하는 구 지방세법 제138조 제1항의 입법취지에 어긋난다고 할 수는 없으므로OOO 이 사건 등록세 등의 부과처분은 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 첫째, 청구법인은 서울특별시내에서 설립등기 및 사업자등록을 하지 아니하였으므로 등록세 중과요건의 하나인 형식적 요건을 충족하지 못한 것으로 보아야 한다고 주장하고 있으나, 구 지방세법 시행규칙 제55조의2의 규정은 지점에 관한 정의 규정일 뿐 본점에 관한 사항이 아니라 하겠으므로 청구법인은 본점과 지점에 대한 등록세 중과요건을 혼동하고 있는 것이라 하겠고, 한편, 청구법인은 1999.5.19. 설립 당시부터 쟁점 소재지에 대표이사, 총무부, 경리부, 토목부, 자재부, 기획관리부 등을 두고 직원 60여명이 근무하는 등 사실상 법인의 본점업무를 직접 수행한 사실이 제출된 관련 증빙자료에 의하여 확인되고 있는 이상, 청구법인은 대도시 외의 지역에 형식상(공부상) 본점을 두었을 뿐 실질적으로는 대도시내로 본점 전입을 하였다고 봄이 타당하다OOO 하겠으므로, 이 사건 부동산등기는 청구법인이 사실상 대도시내로의 전입일로부터 5년 이내에 이루어진 부동산취득등기에 해당된다 할 것이며, 둘째, 청구법인은 쟁점 소재지 사업장은 청구법인의 전신인 개인기업 효자종합건설을 법인으로 전환하면서 종전 사무실을 그대로 사용한 것에 불과하므로 대도시내 부동산등기에 대하여 등록세를 중과하는 입법취지에 어긋난 것은 아니라고 주장하고 있으나, 청구법인이 예시한 대법원 판례는 이미 존재하던 두 법인간의 영업양도․양수계약에 따라 영업 일부를 양수받은 법인이 기존법인의 지점용 사무실을 분사무소 형태로 유지시킨 경우로서 대도시내에서 법인이 신설된 경우가 아니므로 등록세 중과대상에 해당하지 아니한다고 판시한 것이고, 청구법인의 경우는 종전 개인기업의 사업장이 법인으로 전환되면서 사실상 법인의 본점으로 사용된 경우로 이는 자연인에 비하여 인구와 경제력의 집중효과를 초래하는 법인에 대하여 대도시내에서의 신설을 억제하려는 구 지방세법 제138조 제1항 제3호의 입법취지에 어긋나 위 사례를 청구법인에게 그대로 적용하기는 어렵다 할 것이며, 더구나 개인기업인 효자종합건설의 현물출자를 통한 청구법인으로의 전환이 구 지방세법 시행령(2003.12.30. 대통령령 제18194호로 개정되기 전의 것. 이하 같다) 제101조 제1항 제12호에서 정하고 있는 대도시 안에서 사업자등록을 하고 제조업을 영위하던 개인기업이 당해 대도시 안에서 법인으로 전환한 것에 해당된다고 볼 수도 없으므로, 이 사건 부동산의 등기를 등록세 중과대상으로 보아 이 사건 등록세 등을 부과고지한 것은 적법하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 법인등기부상 본점 소재지는 대도시 외의 지역이나 사실상 대도시 내에로 본점 전입을 한 것으로 보아 이로부터 5년 이내의 부동산취득등기에 대하여 등록세를 중과세한 처분이 적법한지 여부
• 나. 관련 법령

(1) 구 지방세법 제131조【부동산등기의 세율】① 부동산에 관한 등기를 받을 때에는 다음 각 호의 표준세율에 의하여 등록세를 납부하여야 한다.

4. 소유권의 보존: 부동산가액의 1,000분의 8 제138조【대도시지역내 법인등기 등의 중과】① 다음 각 호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다. 다만, 수도권정비계획법 제6조 제1항 제1호의 규정에 의한 과밀억제권역(산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률의 적용을 받는 산업단지를 제외한다. 이하 이 조에서 “대도시”라 한다)안에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령이 정하는 업종과 법인이 사원에게 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 대통령령이 정하는 주거용 부동산에 관한 등기 및 외국인투자촉진법에 의한 외국인투자기업이 2003년 12월 31일까지 행하는 공장의 신설 또는 증설에 따른 부동산등기(외국인투자비율에 해당하는 부동산의 등기에 한한다)에 대하여는 그러하지 아니하다.

3. 대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점․주사무소․지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립․설치․전입 이후의 부동산등기

③ 제1항의 규정에 의한 등록세 중과세의 범위와 적용기준 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정하고, 제1항 제4호의 규정에 의한 공장의 범위와 적용기준은 행정자치부령으로 정한다.

(2) 구 지방세법 시행령 제101조【대도시내 법인중과세의 예외】① 법 제138조 제1항 단서에서 “대통령령이 정하는 업종이라 함은 다음 각 호에 해당하는 업종을 말한다.

12. 개인이 영위하던 제조업(소득세법 제19조 제1항 제4호의 규정에 의한 제조업을 말한다). 다만, 행정자치부령이 정하는 바에 의하여 법인으로 전환하는 기업에 한하되 법인전환에 따라 취득한 부동산의 가액(법 제111조 제2항 각 호의 규정에 의한 시가표준액을 말한다)이 법인전환 전의 부동산가액을 초과하는 경우에 그 초과부분과 법인으로 전환한 날 이후에 취득한 부동산에 대하여는 그러하지 아니하다. 제102조【대도시내 법인등 중과세의 범위와 적용기준】② 법 제138조 제1항 제3호에서 “법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점․주사무소․지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기”라 함은 당해 법인 또는 지점등이 그 설립․설치․전입(수도권의 경우 서울특별시외의 지역에서 서울특별시내로의 전입은 대도시내로의 전입으로 본다. 이하 이 조에서 같다)이전에 취득하는 일체의 부동산등기(채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는 부동산등기를 제외한다. 이하 이 조에서 같다)를 말하며, “그 설립․설치․전입 이후의 부동산등기”라 함은 법인 또는 지점 등이 설립․설치․전입 이후 5년 이내에 취득하는 업무용․비업무용 또는 사업용․비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말한다. 이 경우 일체의 부동산등기에는 공장의 신설․증설, 공장의 승계취득, 당해 대도시내에서의 공장의 이전 및 공장의 업종변경에 따르는 부동산취득등기를 포함하며, “지점 등”이라 함은 행정자치부령이 정하는 사무소 또는 사업장을 말한다.

(3) 구 지방세법 시행규칙 제54조의4【법인전환기업】영 제101조 제1항 제12호에서 “행정자치부령으로 정하는 바에 의하여 법인으로 전환하는 기업”이라 함은 법 제138조 제1항의 규정에 의한 대도시 안에서 부가가치세법 또는 소득세법에 의한 사업자등록을 하고 5년 이상 제조업을 영위한 개인기업이 당해 대도시 안에서 법인으로 전환하는 경우의 당해 기업을 말한다. 제55조의2【사무소 등】영 제102조 제2항 후단에서 “행정자치부령이 정하는 사무소 또는 사업장”이라 함은 법인세법․부가가치세법 또는 소득세법의 규정에 의하여 등록된 사업장(법인세법․부가가치세법 또는 소득세법의 규정에 의한 비과세 또는 과세면제대상 사업장을 포함한다)으로서 인적․물적설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업이 행하여지는 장소를 말한다. 다만, 다음의 장소는 제외한다.

1. 영업행위가 없는 단순한 제조․가공장소

2. 물품의 보관만을 하는 보관창고

3. 물품의 적재와 반출만을 하는 하치장

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 쟁점 소재지를 사업장 소재지로 하여 개인사업을 영위하던 OOO이 소유하던 부동산OOO을 현물출자를 통하여 전환(설립)된 법인으로, 1999.5.19. 본점 소재지를 법인등기부상 본점 소재지인 OOO로 하고, 목적사업을 토목 및 건축공사업, 조경공사업, 주택건설업, 전기공사업, 소방설비공사업, 조경작물(관상수) 식재업, 환경방지시설 공사업, 운수서비스업(주차장 운영업)으로 하여 설립등기절차를 완료하였다.

(2) 청구법인은 2003.10.16. 이 사건 부동산에 대한 사용승인을 받은 후 2003.12.15. 이 사건 부동산에 대한 소유권보존등기절차를 완료하였다.

(3) 청구법인의 사업자등록 현황을 보면, 2005.5.18.에는 이 사건 부동산 소재지를 사업장 소재지로 하고, 사업의 종류는 부동산 임대로 하여 사업자등록OOO을 하였고, 2006.11.29.에는 쟁점 소재지를 사업장 소재지로 하고, 사업의 종류는 부동산 임대로 하여 사업자등록OOO2을 하였다.

(4) 청구법인이 2003.10.10. 처분청에 2003년 9월분 급여 및 상여금에 대한 갑종근로소득에 따른 주민세(특별징수)를 납부하면서 제출한 명세서에 의하면 청구법인은 서울특별시내인 쟁점 소재지에 대표이사 및 비서실, 임원실, 총무부, 경리부, 토목부, 자재부, 기획관리부 등을 두고 대표이사를 비롯한 임직원 58명이 근무하고 있는 것으로 나타나고 있다.

(5) 청구법인은 이 사건 부동산을 OOO에게 임대하였고, 임차인OOO은 현재까지 이를 스포츠센타로 운영하고 있으며, 처분청이 사실상 본점으로 사용하고 있다고 주장하는 쟁점 소재지 부동산 중 지분 4분의 1을 OOO 등에게 임대하였고, OOO은 현재까지 이를 스포츠센타로 운영하고 있다.

(6) 청구법인은 2003년 8월 “OOO 도로확․포장공사”, 2003년 10월 “OOO 일반폐기물 매립장 조성공사”, 2005년 12월 “OOO 도로 확포장공사”와 관련하여 행정기관과 공사도급계약을 체결하면서 그 계약자란 주소를 법인등기부상 본점 소재지로 기재하였고, 2008.3.26.부터 법인등기부상 본점 소재지상의 부동산을 임차하여 사용(임차기간 2008.3.26.～2010.3.26.)하고 있으며, 한편 처분청은 이 사건 등록세 납세고지서를 청구법인에게 발송하면서 그 주소를 법인등기부상 본점 소재지로 하였다.

(7) 대도시 내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시 내로의 본점․주사무소․지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립․설치․전입 이후의 부동산취득등기에 대하여 등록세를 중과하는 지방세법의 입법취지는 대도시의 인구팽창의 억제, 환경의 순화보존 및 지역간의 균형적 발전 등을 도모하기 위함에 있으므로 이러한 입법취지에 비추어 볼 때, 구 지방세법 제138조 제1항 제3호, 같은 법 시행령 제102조 제2항에 의하여 등록세 중과대상이 되는 대도시 내로의 법인의 본점 전입 이후 부동산취득등기에는 본점의 전입등기는 이루어지지 아니하였지만 실질적으로 대도시 외에서 대도시 내로 본점을 전입한 법인이 사실상 본점 전입일부터 5년 이내의 부동산취득등기도 포함한다고 보아야 할 것으로, 청구법인은 대도시 외의 지역인 법인등기부상 본점 소재지를 본점으로 하여 법인설립등기절차를 완료하였다고는 하나, 2003.10.10. 처분청에 2003년 9월분 급여 및 상여금에 대한 갑종근로소득에 따른 주민세(특별징수)를 납부하면서 제출한 명세서에서 청구법인은 서울특별시내인 쟁점 소재지에 대표이사 및 비서실, 임원실, 총무부, 경리부, 토목부, 자재부, 기획관리부 등을 두고 대표이사를 비롯한 임직원 58명이 근무하고 있는 것으로 나타나고 있는 것으로 미루어 보면, 청구법인이 설립 당시부터 서울특별시내에서 본점을 설치한 후 사업을 영위하였다고 단정하기에는 무리가 있다 하더라도 적어도 2003년 9월에는 OOO 소재의 본점을 서울특별시내인 쟁점 소재지로 사실상 전입하였다고 봄이 타당하다 하겠고, 더구나 개인기업인 OOO의 현물출자를 통한 청구법인으로의 전환이 구 지방세법 시행령 제101조 제1항 제12호에서 정하고 있는 대도시 안에서 사업자등록을 하고 제조업을 영위하던 개인기업이 당해 대도시 안에서 법인으로 전환한 것에 해당된다고 볼 수도 없다 하겠으므로, 사실상 서울특별시내에로의 본점 전입일로 볼 수 있는 2003년 9월부터 5년 이내인 2003.12.15. 이루어진 이 사건 부동산취득등기는 등록세 중과대상에 해당된다 할 것이다. 또한, 종전의 회사를 흡수합병하면서 그 지점을 소속만 합병회사의 지점으로 바꾸어 유지․존속한 것이 구 지방세법 제138조 제1항 제3호 후단에서 규정하는 대도시 내에서의 지점 설치에 해당된다는 대법원 판례OOO에 비추어 볼 때, 종전에 없던 사무실을 새로이 설치한 것이 아니라 개인기업 당시부터 유지되던 사무실을 단지 법인으로 전환하여 사용한 것에 불과하므로 이 사건 부동산등기가 등록세 중과대상에 해당되지 아니한다는 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다 하겠다. 따라서 처분청이 이 사건 등록세 등을 청구법인에게 부과고지한 것은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론 이 사건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세법 제77조 제5항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.