[요지] 당해 포괄승계에 따른 등기는 단순한 명의인 표시변경 등기에 해당되므로, 무상취득에 따른 소유권 이전 등기 대상으로 보아 이 건 등록세 등을 과세한 처분은 잘못된 것으로 판단됨
[요지] 당해 포괄승계에 따른 등기는 단순한 명의인 표시변경 등기에 해당되므로, 무상취득에 따른 소유권 이전 등기 대상으로 보아 이 건 등록세 등을 과세한 처분은 잘못된 것으로 판단됨
[주 문] 처분청이 2008.10.12. 청구인에게 한 등록세 114,175,480원, 지방교육세 20,982,180원 합계 135,157,660원의 부과처분은 이를 취소한다.
[이 유]
1. 처분 개요 가.청구법인은 당초 (재)OOOOOOOO OO OOOOOO(OO OOO OOOOOO OO)으로서 사업을 영위하여 오다가 방사선 및 방사성동위원소 이용진흥법(2006.12.26 법률 제8078호로 개정, 2007. 3.27. 시행)이 개정됨에 따라 (재)OOOOOOOO(OO OO OOOOOO OO)으로 2007.3.27. 설립되었으며, 같은 법 부칙 제3조에 따라 종전 OOO의 재산 및 사업일체를 승계하여 승계한 부동산의 명의를 변경하면서 지방세법제131조 제1항 제8호에 의하여 명의인 표시변경에 따른 기타 등록세 498,000원, 지방교육세 99,600원 합계 597,600원을 2008.6.24. 신고납부하고, 같은 날 등기명의인 표시변경 등기를 하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
(1) 현 OOO은 방사선 및 방사성동위원소 이용진흥법에 의해 2007.3.27 설립되었고, 같은 법 부칙 제3조와 양도·양수 기본협약서에 따라 종전 OOO의 재산 및 사업 일체를 승계하였으며, 승계된 재산과 권리·의무에 관한 등기부 그밖의 공부에 표시된 OOOOOOOO의 명의는 이를 현 OOO의 명의로 본다고 규정하였으므로 현 OOO으로의 등기는 단순 명칭변경에 불과하고, 등록세는 재산권 기타 권리의 취득, 이전, 변경 또는 소멸에 관한 사항을 공부에 등기 또는 등록하는 경우에 그 등기 또는 등록이라는 단순한 사실의 존재를 과세물건으로 하는 세금이므로 부동산 등기부에 명의인 표시변경한 행위자체에 대하여 지방세법제131조 제1항 제8호에 의해 명의인 표시변경에 따른 기타 등록세를 신고납부함은 정당하다.
(2) 설령, 청구법인의 부동산 포괄승계가 무상취득에 의한 소유권 이전에 해당되어 소유권이전등기에 따른 등록세를 과세하더라도 청구인이 이러한 사실을 인지하지 못하고 단순 명의표시인 변경등기 신청을 하였고, 등기소에서 이를 받아들여 변경등기가 완료되었으므로 처분청이 신고·납부불성실가산세를 부과함은 부당하다.
(1) 등기명의인 표시변경 등기는 등기명의인의 동일성이 유지되는범위내에서 등기부상의 표시를 실제와 합치시키기 위하여 행하여지는것에 불과할 뿐 권리변동이 있어서는 아니되는 바, 청구법인은 (재)OOOOOOOO에서 별도의 법인으로 분리·독립하였으므로 각각 별도의 법인격을 가진 별개의 법인으로 보아야 하며, 지방세법에서 별도의 비과세 및 감면을 규정하고 있지 않는 한 법인간의 부동산 소유권 변동은 지방세법104조 제8호에서 규정하는 취득에 해당하고, 등록세 또한 지방세법제131조 제1항 제2호의 무상취득에 따른 등록세를 과세함이 타당하다. (2)등기소에서 명의인 표시변경등기를 받아들였다 하여도 등기소는 등기신청에 관한 형식적 심사권 밖에 없고, 조세의 부과처분권을 가지고 있지 않아 등록세액의 부족 여하를 가려내기는 어렵다 할 것이며, 청구법인의 부동산 포괄승계가 무상취득에 의한 소유권 이전에 해당됨을 인지하지 못하였다 하더라도 법령의 부지·착오 등은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니하므로 처분청이신고·납부불성실가산세를 과세함은 정당하다.
3. 심리 및 판단
(2) 신고·납부불성실가산세 부과의 적법 여부
(1) 지방세법 제104조 (정 의) 취득세에서 사용하는 용어의 정의는 다음 각호와 같다.
8. 취득: 매매, 교환, 상속, 증여, 기부, 법인에 대한 현물출자, 건축, 개수, 공유수면의 매립, 간척에 의한 토지의 조성 등과 기타 이와 유사한 취득으로서원시취득，승계취득 또는 유상무상을 불문한 일체의 취득을말한다. 제124조 (납세의무자) 등록세는 재산권 기타 권리의 취득ㆍ이전ㆍ변경 또는 소멸에 관한 사항을 공부에 등기 또는 등록(등재를 포함한다. 이하 같다)하는 경우에 그 등기 또는 등록을 받는 자에게 부과한다. 제128조 (형식적인 소유권의 취득등기등에 대한 비과세) 다음 각호의 1에 해당하는 것에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다.
4. 행정구역의 변경, 주민등록번호의 변경, 지적소관청의 지번변경, 계량단위의 변경, 등기ㆍ등록 담당공무원의 착오 및 이와 유사한 사유로 인한 등기ㆍ등록으로서 주소，성명, 주민등록번호, 지번, 계량단위 등의단순한 표시변경ㆍ회복 또는 경정등기ㆍ등록 제130조 (과세표준)
① 부동산ㆍ선박ㆍ항공기ㆍ자동차 및 건설기계에 관한 등록세의 과세표준은 등기ㆍ등록당시의 가액으로 한다.
② 제1항의 규정에 의한 과세표준은 조례가 정하는 바에 의하여 등기ㆍ등록자의 신고에 의한다. 다만,신고가 없거나신고가액이 제111조 제2항 각호의 규정에 의한 시가표준액에 미달하는 경우에는시가표준액을 과세표준으로 한다. 제131조 (부동산등기의 세율)
① 부동산에 관한 등기를 받을 때에는 다음 각호의 표준세율에 의하여 등록세를 납부하여야 한다. 2.제1호이외의 무상으로 인한 소유권의 취득: 부동산가액의 1,000분의 15.다만, 제127조 제1항 제1호의 규정에 의한 비영리사업자가 소유권을 취득한 때에는 그 가액의 1,000분의 8로 한다.
8. 제1항 제1호 내지 제7호 이외의 등기 매 1건당 3,000원 제151조 (부족세액의 추징 및 가산세) 등록세 납세의무자가 제150조의 2 제1항 내지 제3항의 규정에 의한 신고 또는 납부의무를 다하지 아니한 때에는 제130조 내지 제143조, 제145조 및 제146조의 규정에 의하여 산출한 세액(이하 이 조에서 “산출세액”이라 한다) 또는 그 부족세액에 다음 각호의 가산세를 합한 금액을 세액으로 하여 보통징수의 방법에 의하여 징수한다.
1. 제150조의 2 제1항 내지 제3항의 규정에 의하여 신고하지 아니하였거나 신고한 세액이 산출세액에 미달하는 때에는 당해 산출세액 또는 부족세액의 100분의 20에 상당하는 신고불성실가산세
2. 제150조의 2 제1항 내지 제3항의 규정에 의하여 납부하지 아니하였거나 산출세액에 미달하게 납부한 때에는 그 납부하지 아니하였거나 부족한 세액에 제121조 제1항 제2호의 규정에의한 가산율과 납부지연일자를 곱하여 산출한 납부불성실가산세 제288조 (사회단체등에 대한 감면)
② 정부로부터 허가 또는 인가를 받거나 민법 외의 법률에 의하여 설립 또는 그 적용을 받는 학술연구단체ㆍ장학단체ㆍ기술진흥단체ㆍ문화예술단체ㆍ체육진흥단체ㆍ청소년단체가 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 과세기준일 현재 그 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세ㆍ도시계획세 및 공동시설세를 면제(기술진흥단체와 체육진흥단체가 사용하는 부동산에 대하여는 공동시설세를 과세한다)한다. 제82조 (국세기본법 등의 준용) 지방세의 부과와 징수에 관하여 이 법 및 다른 법령에서 규정한 것을 제외하고는 국세기본법과 국세징수법을 준용한다.
(2) 국세기본법 제14조 (실질과세)
① 과세의 대상이 되는 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.
② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다.
(3) 부동산등기법 제31조 (등기명의인 변경등기의 신청) 등기명의인(登記名義人)의 표시(表示)의 변경(變更) 또는 경정(更正)의 등기는 등기명의인 단독으로 신청할 수 있다. 제48조 (명의인 표시의 변경, 경정)
① 등기명의인의 표시의 변경 또는 경정의 등기를 신청하는 경우에는 신청서에 그 표시의 변경 또는 경정을 증명하는 시ㆍ구ㆍ읍ㆍ면의 장의 서면 또는 이를 증명할 수 있는 서면을 첨부하여야 한다.
② 소유권이전등기를 신청할 때 등기명의인의 주소 변경으로 신청서상의 등기의무자 표시가 등기부와 일치하지 아니한 경우에 그 등기신청시 제출한 시ㆍ구ㆍ읍ㆍ면의 장이 발행한 주소를 증명하는 서면에 등기의무자의 등기부상 주소가 신청서상의 주소로 변경된 사실이 명백히 나타날 때에는 등기관이 직권으로 등기명의인 표시의 변경등기(變更登記)를 하여야 한다.
(1) 먼저 관계법령의 규정을 보면, 지방세법제104조 제8호에서 취득은 매매, 교환, 상속, 증여, 기부, 법인에 대한 현물출자, 건축, 개수, 공유수면의 매립, 간척에 의한 토지의 조성 등과 기타 이와 유사한 취득으로서 원시취득, 승계취득 또는 유상무상을 불문한 일체의 취득을 말한다고 규정하고 있고, 등록세에 대하여는 같은 법 제124조에서 등록세는 재산권 기타 권리의 취득ㆍ이전ㆍ변경 또는 소멸에 관한 사항을 공부에 등기 또는 등록하는 경우에 그 등기 또는 등록을 받는 자에게 부과한다고 규정하고 있다.
(2) 한편, 방사선 및 방사성동위원소 이용진흥법이2006.12.26. 법률 제8078호로 개정(2007.3.27. 시행)되면서 제13조의2 제1항에서방사선등의 의학적 이용 및 연구개발 업무를 효율적으로 추진하기위하여 청구법인을 설립하는 것으로 규정하고 있고, 같은 법 부칙 제3조 제1항에서 이 법 시행당시 OOOOOOOO법에 따른 OOOOOOOO의 재산과 권리·의무 중 OOOOOOOO 이사회에서 청구법인에 양도 또는 인계하기로 의결한 재산과 권리·의무는 청구법인의 설립등기와 동시에 청구법인이 이를 승계하고, 같은 조 제2항에서 제1항의 규정에 따라 승계된 재산과 권리·의무에 관한 등기부 그 밖의 공부에 표시된 OOOOOOOO의 명의는 이를 OOO의 명의로 본다고 규정하고 있다.
(3) 청구법인의 경우 특별법인 방사선 및 방사성동위원소 이용진흥법에 의해 설립되면서 같은 법 부칙 제3조 제1항과 제2항에서 OOOOOOOO 이사회에서 청구법인에게 양도 또는 인계하기로 한 재산과 권리·의무에 관한 등기부 그 밖의 공부에 표시된 OOOOOOOO의 명의는 이를 OOO의 명의로 본다는 규정은 특수한 예외적 규정으로 당해 포괄승계에 따른 등기는 단순한 명의인 표시변경으로 간주한다는 취지로 해석된다.
(4) 청구법인은 설립되기전 OOOOOOOOO OO OOOOOO으로 국세청에 법인사업자 등록을 하고, OOOOOOOO와는 별도로 독립채산제를 시행하여 부동산 등을 사용·수익하였으며, 2007년 3월 OOOOOOOO(갑)와 청구법인(을)간의 양도·양수기본협약서에서 『“갑”은 부설 OOO의 업무 및 이와 관련된 사업, 인력, 및 재산 등을 을에게 포괄적으로 양도하고 “을”은 이를 양수한다』라고 명시하고 있음을 감안하면 종전 OOO과 청구법인의 동일성이 인정되므로 청구법인이 포괄승계 받은 부동산 등은 실질적으로 소유권이 이전되는 것으로 보기는 어렵다 할 것이어서, 이 건의 경우 등록세는 명의인 표시변경 등기에 해당되어지방세법제131조 제1항 제8호에 의한 세율을 적용하여야 할 것이다.
(5) 따라서, 청구법인이 승계한 부동산의 명의변경 등기를 하면서 명의인 표시변경에 따른 기타 등록세를 신고납부한 것은 정당하고, 처분청이 무상취득에 따른 소유권 이전 등기 대상으로 보아 이 건 등록세 등을 과세한 처분은 잘못된 것으로 판단된다.
(6) 앞에서 본 바와 같이 이 건 등록세 등의 부과처분이 부당하므로 신고·납부불성실가산세의 적법여부에 대한 심리는 생략한다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유 있으므로 지방세법제77조 제5항과 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.