신축주택 취득에 대한 양도소득 감면특례를 법인에게는 적용할 수 없음

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 1977.2.9.부터 ○○○에서 제조/전자관(부동산/임대)을 영위하는 법인으로서, 2008사업연도 법인세 신고시 기숙사로 사용하던 아파트 6채를 매각하여 발생한 양도차익 596,687,081원에 대하여 법인세법 제55조의2 의 토지 등 양도소득의 과세특례에 따라 계산한 세액 179,006,120원을 신고하였다.
• 나. 청구법인은 매각한 아파트 4채(이하 “쟁점아파트”라 한다)는 조세특례제한법 제99조 의 규정에 따라 양도소득세를 감면받을 수 있다 하여 2009.8.31. 법인세 61,883,241원을 감액 경정하고 이에 대한 농어촌특별세 12,327,728원을 부과하여 달라는 경정청구를 하였으나 처분청은 2009.11.2. 거부처분하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2009.12.9. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 헌법재판소는 법인세법 규정에 의한 특별부가세(2001.12.31. 법률 제6558호로 개정되기 전의 것)에 대하여 합헌 판결하면서 개인과 법인사이의 과세의 불균형을 바로잡고 토지 등에 대한 투기를 방지하기 위하여 부동산 등의 처분이익에 대하여 법인세를 과세하는 외에 추가로 특별부가세를 과세하여 소득세법상 양도소득에 대한 최고세율과 법인세법상 양도소득에 대한 최고세율이 비슷하게 되도록 함으로써 토지 등에 대한 투기 유인을 제거하는 한편, 법인과 개인간의 조세형평도 달성하게 하는 것이라고 판시(○○○)한 바 있으므로 법인세 특별부가세는 과세목적이나 최고세율이 양도소득세와 형평을 이루도록 하여야 한다. 조세특례제한법 제99조 및 제99조의3은 외환위기 이후 침체되어 있는 국내 건설경기를 활성화하기 위한 일환으로 주택신축을 장려하기 위하여 신설된 특례규정으로 과세목적과 최고세율이 같은 과세특례 법인세와 양도소득세에 대하여 동일하게 적용되지 않는 것은 조세법의 기본이념인 조세공평주의에 반하는 것이며, 동 감면 규정은 공급자와 공급받은 자를 구별하여 적용하는 것이 아니고 그 주택이 감면요건에 해당하면 당해 감면규정에 따라 감면되도록 하는 규정이므로 이 건 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인이 주장하는 신축주택 취득자의 양도소득세 감면과 관련한 조세특례제한법 제99조 는 거주자에게 해당하는 감면규정으로 청구법인은 거주자가 아닌 법인으로서 감면대상이 되지 아니하므로 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 법인에게도 조세특례제한법 제99조 의 신축주택 취득에 대한 양도소득 감면 특례를 적용할 수 있는지 여부
• 나. 관련 법령 (1) 법인세법 제55조의2 【토지 등 양도소득에 대한 과세특례】① 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이 조 및 제95조의2에서 “토지 등”이라 한다)을 양도한 경우에는 당해 각호에 의하여 계산한 세액을 토지 등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조의 규정에 의한 과세표준에 제55조의 규정에 의한 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 2 이상에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다.

2. 대통령령이 정하는 주택(그 부수토지를 포함한다)을 양도한 경우에는 토지 등의 양도소득에 100분의 30(미등기토지 등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액 (2) 법인세법 시행령 제92조의2 【토지 등 양도소득에 대한 과세특례】② 법 제55조의 2 제1항 제2호에서 “대통령령이 정하는 주택”이라 함은 국내에 소재하는 주택으로서 다음 각호의 1에 해당하지 아니하는 주택을 말한다.

2. 주주 등이나 출연자가 아닌 임원(소액주주 등인 임원을 포함한다) 및 사용인에게 제공하는 사택 및 그 밖에 무상으로 제공하는 법인 소유의 주택으로서 사택제공기간 또는 무상제공기간이 10년 이상인 주택

(3) 조세특례제한법 제2조 【정 의】① 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

1. “내국인”이라 함은 소득세법에 의한 거주자 및 법인세법에 의한 내국법인을 말한다 제99조 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면】① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(이에 부수되는 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득한 날부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하며, 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 신축주택이 소득세법 제89조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 자기가 건설한 주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)으로서 1998년 5월 22일부터 1999년 6월 30일까지의 기간(국민주택의 경우에는 1998년 5월 22일부터 1999년 12월 31일까지로 한다. 이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다)사이에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 주택

2. 주택건설사업자로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간내에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 다른 자가 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

(4) 소득세법 제1조 【납세의무】① 다음 각호의 1에 해당하는 개인은 이 법에 의하여 각자의 소득에 대한 소득세를 납부할 의무를 진다.

1. 국내에 주소를 두거나 1년 이상 거소를 둔 개인(이하 “거주자”라 한다)

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 2008사업연도 법인세 신고시 기숙사로 사용하던 아파트 6채를 매각하여 발생한 양도차익 596,687,081원에 대하여 법인세법 제55조의2 의 토지 등 양도소득의 과세특례에 따라 계산한 세액 179,006,120원을 신고하였으나, 2009.8.31. 이 중 4채는 조세특례제한법 제99조 의 규정에 따라 양도소득세를 감면받을 수 있는 아파트라고 하면서 법인세 61,883,241원을 감액 경정하고 이에 대한 농어촌특별세 12,327,728원을 부과하여 달라는 경정청구를 하였으나 처분청은 조세특례제한법 제99조 는 거주자에게 해당하는 감면규정으로 청구법인은 거주자가 아닌 법인으로서 감면대상이 되지 아니한 것으로 보아 2009.11.2. 이를 거부처분한 사실이 심리자료 등에 나타난다.

(2) 청구법인이 매각한 아파트 중 쟁점아파트는 국민주택 규모로서 조세특례제한법 제99조 에 의한 신축주택취득기간(1998.5.22.~1999.12.31.)내에 계약하였으며, 이에 대한 취득 및 양도현황은 아래 <표>와 같이 나타난다.

○○○

(3) 2009.6.25. ○○○이 발행한 미분양주택 계약확인서 및 분양계약서에 의하면 청구법인이 쟁점아파트를 각각 1999.9.3. 및 1999.10.11.에 계약한 것으로 나타난다.

(4) 청구법인은 조세특례제한법제99조의 규정에 대하여 공급받은자를 구별하여 적용하는 것이 아니고 그 주택이 감면요건에 해당하면 당해 감면규정에 따라 적용받아야 한다고 주장한다.

(5) 조세특례제한법제99조 제1항 제2호는 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 주택건설사업자로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간[1998.5.22.~1999.6.30.(국민주택은 1998.5.22.~1999.12.31.)]내에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주택을 취득하여 그 취득한 날부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하며, 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다고 규정하고 있고, 조세특례제한법 제2조 제1항 제1호 는 내국인을 소득세법에 의한 거주자 및 법인세법에 의한 내국법인으로 규정하고 있다.

(6) 살피건대, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 납세자에게 유리하다고 하여 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다고 할 것인 바(○○○), 이러한 입법목적과 법문규정 등에 비추어 볼 때 조세특례제한법 제99조 에 따라 특례가 적용되는 자는 같은 법 제2조 제1항 제1호의 규정에 의한 거주자이어야 할 것이고, 이 경우 거주자는소득세법에서 정의하고 있는 국내에 주소를 두거나 1년 이상 거소를 둔 개인을 의미한다 할 것이므로 거주자를 법인의 경우까지 포함하는 것으로 확대하여 해석할 수 없다고 할 것이다. 따라서 처분청이 쟁점아파트 양도에 대하여 조세특례제한법 제99조 의 감면대상이 되지 아니한 것으로 보아 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.♡♡세무서장이 2009.8.12. 청구인에게 한 2008년 귀속 양도 소득세 59,258,210원의 부과처분은 이를 취소한다.