국세부과 제척기간 10년을 적용하여 과세한 처분의 당부

○○○세무서장이 2009.5.7. 청구법인에게 한 2001년 제2기 부가가치세 45,170,020원 및 2001.1.1. ~ 2001.12.31. 사업연도 법인세 83,018,040원의 부과처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구법인은 자동차 전장(후방감지기, 핸즈프리, MP3관련)제품을 제조하는 법인사업자로서 ○○○를 수취하고, 관련매입세액을 매출세액에서 공제하여 부가가치세 신고를 하였으며, 동 금액을 손금산입하여 2001.1.1 ~2001.12.31. 사업연도 법인세 과세표준 및 세액신고를 하였다.
• 나. 처분청은 ○○○로부터 수취한 쟁점세금계산서를 가공세금계산서로 보아 매입세액불공제 및 동 매입액을 손금불산입하여 2009.5.7. 청구법인에게 2001년 제2기 부가가치세 45,170,020원 및 2001.1.1. ~ 2001.12.31. 사업연도 법인세 83,018,040원을 경정ㆍ고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2009.8.4. 이의신청을 거쳐 2009.11.27. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인이 쟁점세금계산서상 거래대금을 현금으로 지급하였음에도 거래사실을 확인할 수 있는 객관적인 자료를 제시하지 못하였다고 하여 쟁점세금계산서를 가공의 세금계산서로 단정하는 것은 근거과세를 위반한 부당한 처분이다. 처분청은 청구법인이 이 건 부과제척기간(5년) 이내인 2004.11.15. 및 2007.7.31. 제출한 소명자료에 대하여 방치하고 있다가 실지조사 없이 2009.5.7. 쟁점세금계산서를 가공세금계산서라고 단정하여 과세한 처분은 부당하다. 청구법인이 당초 제시한 입금표상의 대금결제 내역과 통장의 현금인출금액이 차이가 나는 이유는 2004년 경 처분청으로부터 쟁점세금계산서 수수경위 조회서를 받은 시점에 청구법인에서 해당업무를 총괄하였던 책임자가 퇴직한 시점이고 창업후 장부의 관리가 제대로 되어 있지 아니하여 사실관계를 확인하기 어려워 거래상대방인 ○○○으로부터 수취한 입금표 등을 참조하여 작성하다 보니 실제 지급시점과 차이가 난 것이며, 그 후 청구법인의 통장내역을 대사하는 과정에 현금으로 인출하여 지급한 내역을 확인하게 되어 추후 통장내역을 제출하였다. 청구법인은 2001.8.6. 개업한 회사로 창업 초기에 대부분의 회사가 그러하듯이 현금흐름이 원활하지 아니하여 통장거래를 할만한 여력이 없어 외상대금을 수령하는 즉시 자금상황을 고려하여 바로 현금으로 거래처에 지급하는 상황이 반복되었는데 ○○○이 현금거래를 원하였기 때문에 매입대금 전액을 현금으로 지급하게 된 것이다.

○○○에게 문의한 결과 확인되었다. 대부분의 사업자가 사업초기에는 운영상의 어려움 등으로 신고소득율이 표준소득율보다 낮은 것이 일반적인 바, 청구법인의 경우 2001.8.6. 사업을 개시한 상태로 쟁점세금계산서상의 거래를 부인할 경우 사업초기연도에 소득율이 16.51%나 되는 상황이 초래되는 점을 보더라도 쟁점세금계산서상 거래를 실물거래 없는 가공거래로 보는 것은 부당하다. 또한, 처분청이 2004년과 2007년 중 청구법인의 소명자료를 받고서도 과세하지 않고 있다가 장부보존기간이 경과된 2009년에 실지거래에 대한 객관적인 자료를 제출하지 못한다는 이유로 가공거래로 보아 국세부과제척기간 10년을 적용하는 것은 부당한바, 가공거래로 확정되지 아니한 경우 국세부과제척기간은 5년이므로 이 건은 국세부과제척기간을 도과한 부당한 처분이다.

• 나. 처분청 의견 청구법인은 ○○○과의 실제거래를 주장하면서 세금계산서 4매, 거래명세서 16매, 입금표 5매, 대금내역 확인서, 통장사본 3매를 제시하였으나, 입금표상의 대금결제내역과 대금지급내역 확인서상의 현금인출금액을 비교하면 <표2>와 같이 현금인출시기와 입금표발행시기가 일치하지 아니하고, 현금결제를 증명할 수 있는 자금의 흐름이 확인되지 아니하므로 실제거래로 인정할 수 없다. 국세청은 2006년 3월에 “국민과 함께하는 열린세정을 위한 거래질서 정상화 조사관리지침(이하 ‘조사관리지침’이라 한다)”을 발행하여 세금계산서 수수위반에 대하여 조사대상자 선정기준 및 조사결과에 대한 조치 등의 내용을 규정하고 있는 바, 쟁점세금계산서는 위 조사관리지침에서 규정하고 있는 조사대상자 선정기준에 해당하지 아니하고, 청구인이 제출한 소명자료에는 ○○○과의 거래가 정상거래임을 확인할 수 있는 객관적인 증빙자료가 부족함을 설명하고 과세하였으므로 근거과세에 위반된다고 볼 수 없다. 청구법인은 국세부과제척기간이 5년이라고 주장하나국세기본법제26조의2 제1항 제1호에서 국세부과의 제척기간에 대하여 “납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날로부터 10년”이라고 규정하고 있다.

○○○과의 거래에 대하여 청구법인이 실제거래로 인정할 수 있는 객관적인 증빙을 제시하지 못하여 가공거래로 판단하였으므로 10년을 국세부과제척기간으로 보아야 한다.

• 가. 쟁 점 쟁점세금계산서에 해당되는 금액을 매입세액공제 및 손금산입 할 수 있는지 여부
• 나. 관련법령 (1) 국세기본법 제14조 【실질과세】② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득癜수익癜재산癜행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다. 제16조【근거과세】① 납세의무자가 세법에 의하여 장부를 비치癜기장하고 있는 때에는 당해 국세의 과세표준의 조사와 결정은 그 비치癜기장한 장부와 이에 관계되는 증빙자료에 의하여야 한다.

② 제1항의 규정에 의하여 국세를 조사癜결정함에 있어서 기장의 내용이 사실과 다르거나 기장에 누락된 것이 있는 때에는 그 부분에 한하여 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다. 제26조의2 【국세부과의 제척기간】① 국세는 다음 각 호에 규정하는 기간이 만료된 날 후에는 부과할 수 없다.(단서 생략)

1. 납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간

2. 납세자가 법정신고기한내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간 제85조의3【장부등의 비치 및 보존】① 납세자는 각 세법이 규정하는 바에 따라 모든 거래에 관한 장부 및 증빙서류를 성실하게 작성하여 비치하여야 한다.

② 제1항의 규정에 의한 장부 및 증빙서류는 그 거래사실이 속하는 과세기간에 대한 당해 국세의 법정신고기한이 경과한 날부터 5년간 보존하여야 한다. (2) 부가가치세법 제17조 【납부세액】② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 1의2. 제16조 제1항ㆍ제2항ㆍ제4항 및 제5항에 따른 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호부터 제4호까지에 따른 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. (3) 법인세법 제19조 【손금의 범위】① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

③ 제1항 및 제2항의 규정에 의한 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인의 부가가치세 신고 현황 및 가공세금계산서로 확정한 내역은 <표3>과 같고, 청구법인은 2004.11.15. 및 2007.7.31.에 처분청에 소명자료(세금계산서 수수경위 확인서 등)를 제출하였으나, 처분청은 청구법인이 소명자료를 제출한 이후로 4년 6월 ~ 1년 10월이 지난 2009.5.7. 실지조사 없이 이 건 부가가치세와 법인세를 과세하였다.

(2) 처분청의 ○○○은 청구법인 외 11개 업체에 2001년 제1기 ~ 2002년 제2기 기간 중 전체매출액(36억9,500만원, 공급가액)의 97.6%인 36억831만원의 가공매출세금계산서 42매(청구법인은 4매 1억7,197만원)를 발행하였고, 총 11개 업체로부터 가공매입세금계산서 35매(공급가액 35억7,567만원, 전체매입액의 99.1%)를 수취한 것으로 조사되어 자료상으로 고발되었는바, 처분청의 조사자와 ○○○이 작성한 2004.12.29.자 전말서에 의하면 “청구법인과 거래한 2001년 2기분 1억7,197만원(쟁점세금계산서상 거래금액)은 실지거래한 것”이라고 진술한 것으로 되어 있다.

(3) 청구법인이 2007.7.31. 작성한 세금계산서 수수경위 확인서에 의하면, 청구법인의 쟁점세금계산서 수취 및 대금지급 내역은 <표2>와 같고, 청구법인은 ○○○과의 거래에 대하여 아는 사람도 없고 사업장이전 등으로 자료보관이 잘 이루어지지 아니하여 어렵게 찾은 자료가 세금계산서 사본과 거래명세서 및 입금증이 전부라고 소명한 것으로 되어 있다.

(4) 청구법인의 법인세 및 부가가치세 신고내용에 의하면 청구법인의 소득율 및 부가가치율은 <표4>, <표5>와 같다.

(5) 청구법인의 대표 김○○○을 제시하였다.

(6) ○○○를 수취한 것으로 나타난다.

(7) 청구법인의 세무대리인 김○○○부터 실제로 매입이 있었다는 취지로 진술하였다.

(8) 위 사실관계와 관련법령 등을 종합하여 보건대, 처분청은 청구법인이 쟁점세금계산서상의 거래에 대하여 실지거래를 인정할 수 있는 객관적인 증빙을 제시하지 못하여 가공으로 판단하였으므로 10년의 국세부과제척기간을 적용하여야 한다는 의견이고 청구법인은 동 거래가 실지거래이고 가공거래로 확정되지 아니한 경우 국세부과제척기간은 5년이므로 이 건은 국세부과 제척기간을 도과한 부당한 처분이라고 주장하므로 이에 대하여 본다. (가) 통상 처분청의 조사에 의하여 거래상대방이 자료상으로 고발되었다면, 실지 거래가 있었다는 점에 대하여는 청구법인이 입증하여야 할 것이나,국세기본법제85조의3 제2항은 납세자가 거래에 관한 장부 및 증빙서류를 당해 국세의 법정신고기한이 경과한 날부터 5년간 보존하도록 하고 있는 점을 감안할 때, 처분청이 문서보존 기간이 지나서 과세함으로써 청구법인이 객관적인 증빙을 제시하지 못하는 경우에도 청구법인에게 장부와 증빙자료의 보존기간이 경과하지 아니한 경우와 동일한 정도의 입증책임을 부담시키는 것은 무리라고 판단되는바, 이러한 경우에는 과세관청이 세금계산서를 발행한 거래상대방으로부터 가공거래를 시인하는 내용의 확인을 받는 등 당해 세금계산서가 실물거래 없이 발행되었음을 확신하기에 충분한 정도의 입증을 하여야 할 것으로 보인다. (나) 이 건의 경우, ○○○이나 청구법인으로부터 쟁점세금계산서가 실물거래 없이 발행되었음을 시인하는 내용의 확인서를 받거나 금융자료 등 쟁점세금계산서가 가공자료임을 확신하기에 충분한 정도의 자료를 확보하여 과세한 것으로도 보기 어려운바, 이러한 경우까지도 사기 기타 부정한 경우로 보아 국세부과제척기간 10년을 적용하여 과세하는 것은 잘못이 있는 것으로 판단된다. (다) 따라서, 이 건의 경우 국세기본법제26조의2 제1항 제3호에 따라 국세부과제척기간을 5년으로 보아야 할 것이므로 2009.5.7. 납세고지일 현재 국세부과제척기간 5년이 경과한 처분은 취소함이 타당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.