원천징수된 이자소득에 대하여 신고기간이 지난 후에 손금산입할 수 있는지 여부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 1999.12.28. 설립된 비영리법인으로 2005~2007사업연도 법인세 신고기한이 지난 2009.10.29. 2005 ~ 2007사업연도 강원도 문화예술진흥기금의 금융기관(우리은행·농협·신한은행)예치에서 발생한 이자소득 1,857,863,377원(2005사업연도 492,463,414원, 2006사업연도 525,107,249원, 2007사업연도 840,292,714원, 이하 “쟁점이자소득”이라 한다)을 고유목적사업준비금으로 하여 손금에 산입하고, 쟁점이자소득에 대한 원천납부세액 245,926,067원(2005사업연도 54,770,072원, 2006 사업 연도 73,515,015원, 2007사업 연도 117,640,980원)에 대한 환급을 구하는 경정청구를 하였다.
• 나. 처분청은 2009.11.10. 비영리법인이 법인세법 제62조 제1항 의 특례규정에 따라 과세표준의 신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여는 법인세법 시행령 제99조 제2항 의 규정과 같이 수정신고 또는 경정 등에 의하여 이를 과세표준에 포함시킬 수 없는 것으로 보아 청구 법인의 경정청구를 거부하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2009.11.27. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구법인의 부설기관인 ○○○○○○○○는 2001.7.7. 개소할 당시 사업자등록번호를 ‘국가기관’으로 부여받아 법인세 신고 및 납부대상 기관에 제외되었으나,‘처분청이 2004사업연도 중 청구법인을 조사하는 과정에서 ○○○○○○○○가 수익사업인 문화재발굴사업을 영위하고 있음에 따라 2004.12.22.자로 청구법인과 ○○○○○○○○의 사업자등록번호를 ‘국가기관’에서 ‘비영리법인’으로 직권 변경하였는 바, 청구 법인은 2005~2007사업연도 법인세 과세표준 신고시 부설 독립 운영 기관인 ○○○○○○○○ 소관만 신고하고, 청구법인은 법인회계에 대한 개념부족으로 신고하지 아니하였다. 따라서, 쟁점이자소득을 고유목적사업준비금으로 손금에 산입하여 법인세를 신고하고 원천납부세 액 245,926,067원(2005사업 연도 54,770,072원, 2006사업 연도 73,515,015원, 2007사업 연도 117,640,980원)의 환급을 구하는 경정청구를 하였는 바 쟁점이자소득에 대하여 원천징수된 이자소득세액을 환급함이 정당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 법인세 과세표준 신고시 원천징수된 쟁점이자소득을 신고하지 아니하였는 바, 법인세법 시행령 저199조 제2항의 규정에 의하여 청구법인의 쟁점이자소득 관련 납세의무는 원천징수에 의하여 종결되었다고 보아야 하므로, 원천징수세액 환급을 거부한 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 비영리법인인 청구법인이 원천징수된 쟁점이자소득에 대하여 법인세 신고기간이 지난 후에 고유목적사업준비금으로 손금산입하고 원천납부세액의 환급을 구하는 경정청구를 할 수 있는지 여부
• 나. 관련법률

○ 국세기본법 제45조의2 【경정등의 청구】

① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기한 경과후 3년 이내에 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세 표준 및 세액을 초과하는 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미달하는 때

○ 법인세법 제29조 【고유목적사업준비금의 손금산입】

① 비영리 내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령이 정하는 단체에 한한다)이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업 또는 지정기부금 (이하 이 조에서 “고유목적사업 등”이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액의 범위 안에서 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다.

1. 소득세법 제16조 제1항 제1호 로부터 제11호까지의 이자소득의 금액

○ 법인세법 제60조 【과세표준 등의 신고】

① 납세의무 있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월 이내에 대통령령이 정하는 바에 따라 당해 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다.

○ 법인세법 제62조 【비영리내국법인의 과세표준신고 특례】

① 비영리내국법인은 제3조 제2항 제2호의 규정에 따른 이자·할인액 및 이익(소득세법 제16조 제1항 제12호 의 비영업대금의 이익을 제외하고, 투자신탁의 이익을 포함하며 이하 이 조에서 “이자소득”이라 한다)으로서 제73조의 규정에 따라 원천징수된 이자소득에 대하여는 제60조 제1항에 불구 하고 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준의 신고를 하지 아니한 이자소득은 제14조의 규정에 따른 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 포함하지 아니한다.

② 제1항의 규정에 의한 비영리내국법인의 이자소득에 대한 법인세의 과세표준의 신고와 징수에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 법인세법 제73조 【원천징수】

① 다음 각 호의 금액(금융보험업을 영위하는 법인의 수입금액을 포함하되, 대통령령으로 정하는 금융회사 등에게 지급되는 소득으로서 대통령령으로 정하는 것과 법인세가 부과되지 아니하거나 면제되는 소득 등 대통령령으로 정하는 것은 제외한다)을 내국법인에 지급하는 자(이하 이 조에서 “원천징수의무자”라 한다)가 그 금액을 지급하는 때에는 지급하는 금액에 100분의 14(소득세법 제16조 제1항 제11호 의 비영업대금의 이익인 경우에는 100분의 25)의 세율을 적용하여 계산한 금액에 상당하는 법인세를 원천징수하여 그 징수일이 속하는 달의, 다음 달 10일까까지 납세지 관할세무서등에 납부하여야 한다.

1. 소득세법제127조 제1항 제1호의 이자소득금액

○ 법인세법 시행령 제56조 【고유목적사업준비금의 손금산입】

① 법 제29조 제1항 본문 중 “대통령령이 정하는 단체”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 단체를 말한다.

1. 제36조 제1항 제1호에 해당하는 단체

○ 법인세법 시행령 제36조 【지정기부금의 범위 등】

① 법 제24조 제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령이 정하는 기부금”이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 다음 각 목의 비영리법인(단체를 포함하며, 이하 이 조에서 “지정 기부금단체 등”이라 한다)에 대하여 당해 지정기부금단체 등의 고유 목적사업비로 지출하는 기부금. 다만 사목에 따라 지정된 법인에 지출하는 기부금은 지정일이 속하는 사업연도와 그 다음 5개 사업 연도 동안 지출하는 기부금에 한한다.

• 라. 정부로부터 허가 또는 인가를 받은 문화·예술단체(문화,예술진흥법 에 의하여 지정을 받은 전문예술법인 및 전문예술단체를 포함한다) 또는 환경 보호운동단체

○ 법인세법 시행령 제99조 【비영리내국법인의 과세표준신고의 특례】

① 법 제62조 제1항의 규정을 적용함에 있어서 비영리내국법인은 원천징수된 이자 소득 중 일부에 대하여도 과세표준신고를 하지 아니할 수 있다.

② 법 제62조 제1항의 규정에 의하여 과세표준신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여는 수정신고 또는 경정 등에 의하여 이를 과세표준 에 포함시킬 수 없다.

• 다. 사실관계 및 판단 처분청은 청구법인이 당초 법인세 과세표준 신고시 신고하지 아니한 쟁점이자소득에 대하여는 수정신고 또는 경정 등에 의하여 이를 과세표준에 포함시킬 수 없다고 보아 이 건 처분을 하였고, 청구법인은 원천징수된 쟁점이자소득에 대한 원천납부세액이 경정 청구 대상이라고 주장하고 있으므로 이에 대하여 살펴본다.

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 2005~2007사업연도 중 강원도 문화예술진흥 기금에서 발생한 쟁점이자소득을 우리은행·농협·신한은행에서 지급 받았고, 동 금융기관은 쟁점이자소득에 대한 원천납부세액 245,926,067원 (2005사업 연도 54,770,072원, 2006사업 연도 73,515,015원, 2007사업 연도 117,640,980원)을 원천징수하여 처분청에 신고·납부하였다. (나) 청구법인의 2005~2007사업연도 법인세 신고와 경정청구 신청내역은 아래 [표]와 같다. [표] 법인세 신고와 경정청구 신청내역 구 분 2005사업연도 2006사업연도 2007사업연도 당초 경정청구 당초 경정청구 당초 경청청구 신고일 2006.3.31. 2009.10.29. 2007.3.31. 2009.10.29. 2008.3.31. 2009.10.29. 이자소득금액

• 492,463,414 179,663,612 723,337,499 112,798,393 953,091,107 준비금손금산입액

• 492,463,414 179,663,612 723,337,499

• 844,967,820 과세표준 △495,656,044 좌동 93,582,413 좌동 114,923,808 좌동 원천납부세액 14,481,431 69,251,503 11,905,470 85,420,485 16,906,968 134,547,948 차감납부세액 △13,732,415 △68,502,487 260,243 △73,254,772 △306,136 △117,947,116 청구법인은 2005~2007사업연도 법인세 신고시 별도 고유번호를 부여받은 ○○○○○○○○(수익사업: 문화재발굴사업)만 신고하였다가 2009.10.29. 청구법인(강원문화재단)과 부설 ○○○○○○○○를 합하여 신고하면서 원천징수된 쟁점이자소득을 고유목적사업준비금으로 손금산입하고, 쟁점이자소득에 대한 원천납부세액 245,926,067원(2005사업 연도 54,770,072원, 2006사업 연도 73,515,015원, 2007사업 연도 117,640,980원)에 대한 환급을 구하는 경정청구를 하였다. (다) 청구법인의 위 경정청구에 대하여 처분청은 2009.11.10. ‘ 법인세법 제62조 제1항 과 같은 법 시행령 제99조 【비영리내국법인의 과세표준신고 특례】 에 의해 비영리내국법인의 법인세 신고시 이자소득을 과세표준에 포함하지 않은 경우에 경정청구에 의해 과세표준에 포함할 수 없다’고 하여 청구법인의 경정청구를 거부하였다. (2) 법인세법 제62조 에 “비영리내국법인은 원천징수된 이자 소득에 대하여는 같은 법 제60조 제1항에 불구하고 과세표준의 신고를 하지 아니 할 수 있다”고 규정 하였고, 같은 법 시 행 령 제99조 제2항은 “ 법인세법 제62조 제1항 의 규정에 의하여 과세표준신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여는 수정신고 또는 경정 등에 의하여 이를 과세표준에 포함시킬 수 없다”고 규정하고 있는바, 비영리내국법인이 원천징수된 이자소득에 대하여 분리과세를 할지 아니면 합산과세를 할지 여부를 법인세 신고기한 내에 선택할 수 있으나, 기한내에 원천 징수된 이자소득을 고유목적사업준비금으로 손금산입하여 법인세를 신고하지 아니하면 이에 따라 동 이자소득에 대한 과세절차는 원천징수에 의한 분리과세로 종결되었다고 보아야 하고(국심 2002광580, 2002.5.22. 같은 뜻임) 이와 같이 법인세법 제62조 와 같은 법 시행령 제99조 제2항에 따라 기한내 무신고하여 원천징수에 의한 분리과세로 종결되었다면, 비록 국세기본법 제45조의2 에서 환급받을 세액이 있는 자가 경정청구를 할 수 있다고 규정하였다 하더라도, 경정청구로 원천징수된 쟁점이자소득에 대하여는 과세표준에 포함시킬 수는 없다 할 것이다.

(3) 한편, 국세기본법 제45조의2 【경정등의 청구】 제1항에 과세 표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하거나, 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미달하는 때 에 법정선고기한 경과후 3년 이내에 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다고 규정하고 있는 바, 청구법인은 당초 법인세 신고시 부설인 ○○○○○○○○만을 대상으로 신고하여 쟁점이자소득에 대하여는 각 사업연도 소득금액과 고유목적사업준비금으로 손금에 산입하지 아니하여 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하거나 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손 금액 또는 환급세액에 미달하지 아니하여 경정청구 대상이 아니라고 할 것이다.

(4) 따라서, 청구법인은 2005~2007사업연도 법인세 과세표준 신고시 쟁점이자소득을 각 사업연도 소득과 손금에서 제외하였음에 따라 쟁점이자소득에 대한 과세절차는 원천징수에 의한 분리과세로 종결 되었고, 당초 과세표준 신고시 신고하지 아니한 쟁점이자소득에 대하 여는 경정에 의하여 이를 과세표준에 포함시킬 수 없다 할 것이므로 이 건 처분에는 잘못이 없는것으로 판단 된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.