토지와 건물가액의 구분이 불분명한 경우에 해당하는지 여부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인과 김○○ 외 1인은 2007.1.1.부터 현재까지 부동산임대업을 영위하고 있는 사업자로, 2006.12.29. 부동산임대업에 사용할 ○○시 ○○구 ○○동 59 근린상가 대지 480㎡, 건물 965.59㎡(지하~5층, 이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 대한 ○○도시개발건설 주식회사(이하 “쟁점거래처”라 한다)로부터 23억원[토지 6억 5,000만원, 건물 16억 5,000만원(공급가액)]에 매입하면서 건물분 공급가액 16억 5,000만원(김○○ 외 1인 14억, 청구인 2억 5,000천만원)을 수취하여 2006년 제2기 부가가치세 신고시 매입세액으로 공제하였다.
• 나. 처분청은 2008년 12월 쟁점거래처를 조사하는 과정에서 쟁점부동산의 토지 및 건물의 가액이 불분명한 것으로 보아 기준시가로 안분하여 토지 1,467,166,584원, 건물 공급가액 907,121,288원(김○○외 1인 769,678,668원, 청구인 137,442,620원)으로 재계산하고, 2009.9.7. 청구인에게 2006년 제2기 부가가치세 16,429,070원을 경정고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2009.12.1. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 부가가치세법 시행령 제48조의2 【과세표준의 안분계산】 제4항에 사업자가 토지와 그 토지위에 정착된 건물을 함께 공급하는 경우에는 그 건물 등의 공급가액은 실지거래가액에 의한다고 규정하고 있고, 쟁점부동산 매매계약서상 토지, 건물가액은 구분하지 아니하였으나 특약사항에 잔금시 가액을 구분하기로 한 계약내용에 따라 토지, 건물가액을 잔금결제시 구분하였으며, 청구인은 해당 부가가치세를 양도자에게 실제 지급하였는 바, 청구인의 입장에서 본다면 적법하게 거래하였음에도 처분청에서 토지 및 건물가액의 구분이 불분명하다는 사유로 매입세액 불공제한 것은 부당하다. 또한, 처분청은 동 건과 관련하여 매입세액 불공제 처분한 후, 이의신청 단계에서 동 건 매입세액 공제는 적법하다고 결정한 사실이 있었음에도, 수년이 지난후 동일건에 대하여 종전 이의신청 결정을 존중하지 아니하고 상반된 처분을 한 것은 중복조사금지, 신의성실 및 일사부재리원칙에 위배되므로 이 건 처분은 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 쟁점부동산 매매계약서상 토지가액과 건물가액을 구분 기재없이 특약사항에 “재세공과금은 잔금시 정산하낟”라는 내용은 계약서 일반사항 제4조를 재차 확인한 내용에 불과하고, 청구인이 매매계약서상 기재된 가액을 실지거래가액으로 본다 하더라도, 쟁점거래처의 장부가액 및 소득세법 제99조 의 규정에 의한 기준시가에 비하여 현저한 차이가 있으므로 토지와 건물가액의 구분이 불분명한 것으로 보는 것이 타당하다. 2007년 2월경 부가가치세 환급현지확인에 따른 환급거부는 포괄양도양수건과 관련하여 양도자가 부가가치세를 신고납부하지 아니하여 불공제하였던 것으로, 당시는 포괄양수도 해당여부가 쟁점이었음에 따라 동건 처분과 상이하다고 할 것이어서 부가가치세법 제21조 【결정 및 경정】 제3항에 의해 당초 처분을 다시 경정할 수 있으므로 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 청구인이 양수한 쟁점부동산의 토지와 건물가액의 구분이 불분명한 것으로 보아 기준시가에 비례하여 안분계산한 처분의 당부
• 나. 관련 법령 (1) 부가가치세법 제13조 【과세표준】

① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각 호의 가액(가액)을 합한 금액(이하 "공급가액"이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

1. 금전으로 대가를 받는 경우: 그 대가

2. 금전 외의 대가를 받는 경우: 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가(시가) (2) 부가가치세법 시행령 제48조 의2 【과세표준의 안분계산】

④ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그 밖의 구축물 등(이하 이 조에서 "건물등"이라 한다)을 함께 공급하는 경우에 그 건물등의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액중 토지의 가액과 건물등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각호에 정하는 바에 의한다.

소득세법 제99조 의 규정에 의한 기준시가(이하 이 조에서 "기준시가"라 한다)가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액[제21조에 규정된 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 따른 감정평가법인이 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 항에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다.

2. 토지와 건물등중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대하여는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분계산한다.

• 다. 사실관계 및 판단 처분청은 쟁점부동산의 토지와 건물가액의 구분이 불분명한 것으로 보아 이 건을 처분한 데 대하여 청구인은 부당하다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 살펴본다.

(1) 처분청의 심리자료를 보면, 처분청은 2008년 12월 쟁점매입처 2006사업연도 법인세 무신고에 따른 현지확인을 실시하는 과정에서 법인장부상 쟁점부동산 관련 재고자산 및 토지계정액에 비해 쟁점부동산 건물분에 대한 세금계산서를 과다 발행하여 매수인이 부가가치세를 부당공제 받게 한 혐의가 있는 것으로 판단하고, 쟁점부동산 매매가액 23억원을 토지와 건물의 기준시가로 각각 안분계산하여 건물가액을 907,121,288원으로 하고 쟁점부동산 건물분인 쟁점세금계산서 공급가액 중 742,878,712원에 해당한 매입세액을 불공제한 것으로 나타난다. (2) 부가가치세법 제13조 제1항 과 같은 법 시행령 제48조의 2 제4항을 보면, 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그 밖의 구축물 등을 함께 공급하는 경우에 그 건물 등의 공급가액은 실지거래가액에 의하되, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 토지와 건물 등에 대한 소득세법 제99조 의 규정에 의한 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 안분계산한다고 규정하고 있다.

(3) 쟁점부동산의 매매계약서(2006.12.18.)에 의하면, 쟁점부동산을 토지 및 건물가액의 구분없이 매매대금 23억원(부가가치세 별도)매매하는 것으로 기재되어 있고, 대금결제는 계약금 1억원(2006.12.18.)이며, 잔금은 2006.12.29., 22억원(임차보증금을 제외하고 지불하기로 함)이고, 특약사항란 3호에 ‘제세공과금은 잔금시 정산한다’라고 기재되어 있을 뿐, 토지와 건물가액에 대한 명확한 구분기재가 없는 것으로 나타난다.

(4) 청구인은 청구주장에 대한 증빙으로 제출한 잔금 및 건물분 부가가치세 간이영수증[일금 23억원(기계약금 1억원 포함). 건물분 부가가치세 165,000,000원 별도지불함]을 제시하고 있으나, 위 자료는 매매계약서가 아닌 간이영수증으로서 토지와 건물가액을 구분기재한 것으로 보기 어렵다.

(5) 한편, 청구인은 부가가치세 환급 현지확인 및 이의신청과정에서 토지와 건물가액이 결정되어 환급되었으므로 중복조사금지와 신의성실 및 일사부재리원칙에 위배된다고 주장하나, 처분청의 2007년 2월경 부가가치세 환급현지확인에 따른 환급거부는 포괄양도양수건과 관련하여 양도자가 부가가치세를 신고납부하지 아니하여 불공제하였던 것이어서 동건 처분과 상이하다고 할 것이고, 이 건은 부가가치세법제21조 【결정 및 경정】 제3항에 의해 당초 처분을 경정한 것이므로 이 건 처분에 잘못이 없다.

(6) 위의 내용을 종합하면, 쟁점부동산 매매계약서상 토지와 건물가액의 구분이 기재되어 있지 아니하고, 특약사항란에 ‘제세공과금은 잔금시 정산한다’는 내용은 부동산 양수도에 따른 일반적인 내용 등으로 토지와 건물가액에 대한 것으로 볼 수 없으며, 청구인들과 쟁점거래처가 쟁점부동산에 감정평가법인의 감정평가가액에 비례하여 안분계산한 것으로 보이지 아니한 점 등으로 보아 쟁점부동산은 토지가액과 건물가액의 구분이 불분명한 경우에 해당한다 할 것이므로 처분청의 이 건 처분에는 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.