고가주택의 부수토지에 대한 장기보유특별공제율

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 청구인 소유의 ○○○ 대지 1,567㎡(이하 “전체토지”라 한다)와 그 지상 주거용 건물 233.43㎡(이하 “쟁점건물”이라 하고, 이하 전체토지를 포함하여 “쟁점주택”이라 한다)가 2008.7.29. ○○○에 수용됨에 따라 전체토지를 1세대 1주택인 고가주택의 부수토지로 보아 6억원 초과분에 대하여 양도차익을 계산하고 1세대 1주택에 대한 장기보유특별공제율(80%)을 적용하여 2008.8.27. 양도소득세를 신고하였다.
• 나. 처분청은 전체토지 중 쟁점건물 정착면적(169.6㎡)의 5배(도시지역 안)를 초과한 719㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)에 대하여 1세대 1주택 비과세 대상에서 제외하고 장기보유특별공제율 30%를 적용하여 2009.9.11. 청구인에게 2008년 귀속 양도소득세 156,424,410원을 경정·고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2009.11.27. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 1971.4.26. 전체토지를 취득하여 1972.10.13. 쟁점건물을 짓고 30년간 1세대 1주택으로 거주하였으며, 1976.12.4. 개발제한구역 지정으로 전체토지를 1주택의 부수토지로만 사용하도록 건축행위 금지 및 제한이 되었다가 2008.7.29. ○○○가 쟁점주택을 수용하였는바, 소득세법 시행령제168조의14 제1항 제1호 규정에 따라 전체토지가 비사업용 토지에서 제외되는 것이므로 전체토지를 1세대 1주택의 부수토지로 보고소득세법제95조 제2항 표2의 장기보유특별공제율(최고 80%)을 적용하여야 함에도 전체토지 중 쟁점토지에 대하여 위 같은 항 표1의 장기보유특별공제율(30%)을 적용하여 양도소득세를 과세한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 1세대 1주택의 고가주택 여부를 판정할 경우에는 주택부수토지 전체(도시지역의 경우 주택 정착면적의 5배 초과분 포함)를 포함하여 판정하는 것이나, 1세대 1주택의 고가주택 계산에 대한 양도차익 등의 계산 및 장기보유특별공제율을 적용할 경우에는 주택정착면적의 5배(도시지역의 경우) 이내에 대하여만 적용하고, 그 초과 면적부분은 1세대 1주택에서 제외하여 장기보유특별공제율(최고 30%)을 적용하는 것이 타당하므로, 쟁점토지에 대하여 장기보유특별공제율 30%를 적용하여 양도소득세를 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 고가주택의 부수토지로서 도시지역안의 건물정착면적 5배 초과토지에 대하여 1세대 1주택에 대한 장기보유특별공제율(80%)을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 소득세법(2008.12.31. 법률 제9897호로 개정되기 전의 것) 제89조 【비과세양도소득】

① 다음 각 호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 대통령령이 정하는 1세대 1주택(가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득 제95조 【양도소득금액】

① 양도소득금액은 제94조의 규정에 의한 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조의 규정에 의한 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 "장기보유특별공제액" 이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제1항 제2호의3부터 제2호의8까지와 같은 항 제3호에 따른 세율을 적용받는 자산은 제외한다)으로서 그 자산의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 해당 자산의 양도차익에 다음 표1에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 해당 자산의 양도차익에 다음 표2에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. <표1> 보유기간 공제율 10년 이상 100분의 30 <표2> 보유기간 공제율 20년 이상 100분의 80 제104조의3 【비사업용 토지의 범위】

① 제96조 제2항 제8호 및 제104조 제1항 제2호의7에서 “비사업용 토지”라 함은 당해 토지를 소유하는 기간 중 대통령령이 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지(이하 이 조에서 “비사업용 토지”라 한다)를 말한다. 5.지방세법제182조 제2항의 규정에 의한 주택부속토지 중 주택이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적을 초과하는 토지

② 제1항의 규정을 적용함에 있어 토지의 취득 후 법률의 규정으로 인한 사용의 금지 그 밖에 대통령령이 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다. (2) 소득세법 시행령(2008.10.7. 대통령령 제21062호로 개정되기 전의 것) 제154조 【1세대 1주택의 범위】

⑦ 법 제89조 제1항 제3호에서 “지역별로 대통령령이 정하는 배율”이라 함은 다음의 배율을 말한다.

1. 도시지역안의 토지 5배

2. 도시지역밖의 토지 10배 제156조 【고가주택의 범위】

① 법 제89조 제1항 제3호에서 “가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택”이라 함은 주택 및 이에 부수되는 토지의 양도당시의 실지거래가액의 합계액(중간 생략)이 6억원을 초과하는 것을 말한다. 제159조의2 【장기보유특별공제】 법 제95조 제2항 표 외의 부분 단서에서 “대통령령으로 정하는 1세대 1주택”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우의 그 주택(제155조ㆍ제155조의2ㆍ제156조의2 및 그 밖의 규정에 의하여 1세대 1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 말한다. 제168조의12 【주택부수토지의 범위】 법 제104조의3 제1항 제5호에서 “지역별로 대통령령이 정하는 배율”이라 함은 다음 각 호의 배율을 말한다.

1. 도시지역안의 토지 5배

2. 도시지역밖의 토지 10배 제168조의14 【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등】

① 법 제104조의3 제2항의 규정에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간 동안 법 제104조의3 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 동항의 규정에 따른 비사업용 토지(이하 “비사업용 토지”라 한다)에 해당하는지 여부를 판정한다.

1. 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지: 사용이 금지 또는 제한된 기간

③ 법 제104조의3 제2항의 규정에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 비사업용 토지로 보지 아니한다.

3. 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 및 그 밖의 법률에 따라 협의매수 또는 수용되는 토지로서 사업인정고시일이 2006년 12월 31일 이전인 토지 또는 취득일(상속받은 토지는 피상속인이 해당 토지를 취득한 날을 말한다)이 사업인정고시일부터 5년 이전인 토지

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 쟁점토지 양도소득세 경정결정 내용(2009년 10월)을 보면, 다음과 같이 되어 있다. (가) 청구인은 전체토지에 대하여 1세대 1주택의 부수토지로 보아 6억 초과분에 대하여 과세대상 양도차익을 계산하고 20년 이상 보유에 따른 장기보유특별공제율 80%를 적용하여 양도소득금액을 산정한 후 양도소득세를 신고하였다. (나) 처분청은 전체토지 중 주택정착면적의 5배를 초과한 쟁점토지에 대하여 비사업용 토지의 양도로 보아 장기보유특별공제를 배제하고 중과세율(60%)을 적용하여야 하나, 법률에 따라 협의매수 또는 수용되는 경우로서 취득일이 사업인정고시일로부터 5년 이전인 토지는 비사업용 토지로 보지 않도록 규정하고 있으므로 쟁점토지를 사업용 토지로 보되, 1세대 1주택의 범위에서 제외하여 20년 이상 보유에 따른 장기보유특별공제율 30%를 적용하여 양도소득세를 경정하였다.

(2) ○○○지역본부장이 발급한 전체토지 등에 대한 토지수용 확인서(2008.8.13.)를 보면, ○○○장관은 2007.6.4. ○○○호로 ○○○를 사업시행자로 하는 ○○○사업에 대하여 사업인가를 하였으며, 전체토지 등의 수용에 따른 보상금액이 2,260,942,770원(토지 2,101,128,290원, 지장물 159,814,480원)으로 나타난다.

(3) 전체토지에 대한 등기부 등본을 보면, 전체토지가 2008.7.8. 공공용지의 협의 취득을 원인으로 2008.7.17. ○○○ 명의로 소유권 이전된 것으로 나타난다.

(4) 청구인은 고가주택인 쟁점주택의 부수토지로서 도시지역안의 쟁점건물 정착면적 5배 초과토지인 쟁점토지에 대하여도 1세대 1주택으로 보아 장기보유특별공제율(100분의 80)을 적용하여야 한다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 살펴보면, 소득세법제95조 제2항에서 자산의 보유기간이 3년 이상인 경우에는 당해 자산의 양도차익에 장기보유특별공제율을 최고 100분의 30으로 하되 소득세법 시행령제159조의2에서 1세대 1주택으로 보는 주택에 대하여는 최고 100분의 80으로 하도록 규정하고 있고, 소득세법제89조 제1항 제3호 및 소득세법 시행령제154조 제7항 제1호 규정에서 1세대 1주택으로서 도시지역안의 부수토지의 범위를 건물이 정착된 면적의 5배로 한정하고 있는바, 도시지역안에 있는 쟁점주택의 부수토지인 전체토지 중 쟁점건물정착면적의 5배에 해당하는 토지에 대하여는 1세대 1주택으로 보아 장기보유특별공제율 100분의 80을 적용하고 전체토지 중 쟁점건물정착면적의 5배를 초과하는 쟁점토지에 대하여는 1세대 1주택에 해당하지 않는 것으로 보아 장기보유특별공제율 100분의 30을 적용하는 것이 타당하다고 하겠으므로, 처분청이 쟁점토지에 대한 장기보유특별공제율을 100분의 30으로 하여 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.