쟁점직원 등에게 지급된 쟁점인건비는 일반적인 관리 및 지원업무, 시장조사 및 판촉활동, 경영이나 사업의 효율성을 조사 분석하는 활동을 한 것으로 판단되므로 연구 및 인력개발비 세액공제를 배제하여 과세한 처분은 정당함
쟁점직원 등에게 지급된 쟁점인건비는 일반적인 관리 및 지원업무, 시장조사 및 판촉활동, 경영이나 사업의 효율성을 조사 분석하는 활동을 한 것으로 판단되므로 연구 및 인력개발비 세액공제를 배제하여 과세한 처분은 정당함
심판청구를 기각한다.
○○○지방국세청장으로부터 과세자료를 통보받은 처분청은 2009.7.13. 청구법인에게 법인세 2004사업연도 27,502,650원, 2005사업연도 163,741,050원, 2006사업연도 380,063,830원, 2007사업연도 20,430,110원, 2008사업연도 46,968,760원을 각 경정․고지하였다.
- 다. 청구법인은 이에 불복하여 2009.10.1. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
- 가. 청구법인 주장 청구법인은 일반 매출활동 부서와는 별개로 연구를 전담시킬 목적으로 쟁점연구소를 설치하였고, 쟁점연구소에서는 일반 매출활동부서와는 구분되는 연구활동을 수행하고 있으며, 쟁점인건비는 실제로 연구개발업무에 전임하여 종사한 연구전담요원의 인건비로서 청구법인의 ‘직무 및 직무분장 규정’에 분명히 나타나 있음에도, 처분청이 청구법인의 연구개발(자체기획품 및 개발의뢰품 개발) 과정을 고려하지 아니하고, 쟁점직원등이 자신의 연구결과가 타당한지를 점검하는 과정에서 단순히 거래처에 A/S출장을 나갔다는 이유로 쟁점직원등에게 지급된 쟁점인건비에 대하여 연구 및 인력개발비 세액공제를 배제하고 이 건 과세처분을 한 것은 부당하다.
- 나. 처분청 의견 청구법인은 자체기술개발 등의 연구실적 및 결과물을 객관적으로 제시하지 못하고 있으며, 쟁점연구소 소속 연구원들이 거래처로부터 납품의뢰받은 제품에 대한 견본제작과 단순한 개량이나 개선에 의한 신제품 출시 및 수익성개선 등 통상적인 생산활동을 수행하는 사실이 직무분장표 등에 의하여 확인되고, 부서간 전보내용 및 출장복명서 등에 의하여 쟁점직원등은 전업적으로 연구개발 업무에 종사하지 아니하고 영업활동을 수행한 사실이 확인되므로, 쟁점직원등에게 지급된 쟁점인건비에 대하여 연구 및 인력개발비 세액공제를 배제하고 이 건 과세처분을 한 것은 정당하다.
(1) 조세특례제한법(2008.12.26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것)제10조 (연구 및 인력개발비에 대한 세액공제)
① 내국인[도박장ㆍ무도장ㆍ유흥주점업 등 대통령령이 정하는 소비성서비스업(이하 “소비성서비스업”이라 한다)을 영위하는 내국인을 제외한다]이 2009년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령이 정하는 비용(이하 “연구ㆍ인력개발비”라 한다)이 있는 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다.
1. 중소기업: 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액
2. 제1호 외의 내국인: 가목과 나목에 해당하는 금액을 합한 금액. 다만, 해당 과세연도의 수입금액(법인세법 제43조 에 따른 기업회계기준에 따라 계산한 매출액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)에서 연구ㆍ인력개발비가 차지하는 비율이 직전 과세연도의 수입금액에서 연구ㆍ인력개발비가 차지하는 비율보다 높거나 같을 때에는 가목과 나목에 해당하는 금액을 합한 금액과 다목에 해당하는 금액 중에서 선택하는 금액으로 한다.
② 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 따른 4년간 발생한 연구ㆍ인력개발비의 연평균발생액의 구분 및 계산 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
③ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 내국인은 대통령령이 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다. (2) 조세특례제한법 시행령(2009.2.4. 대통령령 제21307호로 개정되기 전의 것) 제9조 (연구 및 인력개발비에 대한 세액공제)
② 법 제10조 제1항 본문에서 "대통령령이 정하는 비용" 이라 함은 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 별표 6의 비용을 말한다.
④ 법 제10조 제2항의 규정에 의한 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 연평균발생액의 계산은 다음 산식에 의한다. 이 경우 당해 내국인의 연구 및 인력개발비용이 최초로 발생한 과세연도의 개시일부터 당해 과세연도개시일까지의 기간이 48월 미만인 경우에는 동 기간에 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액을 48월로 환산한 금액을 당해 과세연도개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액으로 본다. 당해 과세연도개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액 당해 과세연도의 월수 ────────────── × ─────────── 4 12 [별표 6] 연구․인력개발비세액공제를 적용받는 비용(시행령 제9조 제2항 관련) 구 분 비 용
① 전담부서에서 근무하는 직원으로서 기획재정부령이 정하는 자의 인건비
② 전담부서에서 연구용으로 사용하는 견본품ㆍ부품ㆍ원재료와 시약류구입비(시범제작에 소요되는 외주가공비를 포함한다)
③ 전담부서에서 직접 사용하기 위한 연구ㆍ시험용 시설 (제10조 제1항의 규정에 의한 시설을 말한다. 이하 같다)의 임차 또는 나목 ①에 규정된 기관의 연구ㆍ시험용시설의 이용에 필요한 비용
① ～② (생략)
① ～⑤(생략) 나.～바.(생략) (3) 조세특례제한법 시행령(2009.2.4. 대통령령 제21307호로 개정된 것)제8조 (연구 및 인력개발준비금의 범위 등)
① 법 제9조 제2항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 비용”이란 법 제9조 제5항에 따른 연구개발활동 및 인력개발활동을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다.
② 제1항의 연구개발활동에는 다음 각 호의 활동을 포함하지 아니한다.
2. 시장조사와 판촉활동 및 일상적인 품질시험
4. 경영이나 사업의 효율성을 조사ㆍ분석하는 활동
5. 특허권의 신청ㆍ보호 등 법률 및 행정 업무
6. 광물 등 자원 매장량 확인, 위치확인 등을 조사ㆍ탐사하는 활동
(4) 조세특례제한법 시행규칙(2009.4.7. 기획재정부령 제70호로 개정되기 전의 것)제7조 (연구 및 인력개발비의 범위)
① 영 제9조 제2항에 따른 영 별표 6의 제1호 가목에서 “전담부서”라 함은 기술개발촉진법 시행규칙제7조에 따라 인정받은 기업부설연구소와 동 규칙 제8조에 따라 교육과학기술부장관에게 신고한 기업내의 연구개발전담부서(이하“전담부서”라 한다)를 말한다.
② 영 제9조 제2항에 따른 영 별표 6의 제1호 가목 ①에서 "기획재정부령이 정하는 자" 라 함은 과학기술분야의 연구업무에 종사하는 연구요원 및 이들의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자(주주인 임원으로서 영 제13조 제8항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 제외한다)를 말한다. (5) 기술개발촉진법 제2조 (정의) 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.
1. “기술개발”이라 함은 산업기술의 연구 및 그 성과를 이용하여 재료․제품․장치시스템 및 공정 등에 적용할 수 있는 새로운 방법을 찾아내는 활동을 말하며, 시범제작 및 공업화 중간시험의 과정까지를 포함한다.
2. “도입기술의 소화개량”이라 함은 외국으로부터 도입된 기술을 분석하여 이를 보완하고 발전하게 하여 새로운 기술을 창조하는 활동을 말한다.
3. “신기술”이라 함은 국내에서 최초로 이루어진 기술개발의 성과와 도입기술의 소화개량에 의한 새로운 기술로서 지식경제부장관이 인증하는 것을 말한다. (6) 기술개발촉진법 시행규칙 제7조 (기업부설연구소의 신고 등)
② 영 제15조 제1항에 따라 기업부설연구소로 인정을 받으려는 자는 별지 제7호 서식에 따른 신고서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 협회장에게 제출(정보통신망에 의한 제출을 포함한다)하여야 한다. 1.～8. (생략)
③ 협회장은 제2항의 규정에 의한 신고를 받고 기업부설연구소로 인정하는 때에는 별지 제8호 서식에 의한 기업부설연구소인정서를 교부하여야 한다. 제8조 (기업의 연구개발전담부서의 신고 등)
① 영 제15조 제2항에 따라 기업의 연구개발전담부서를 신고하려는 자는 별지 제8호의2 서식의 연구개발전담부서 신고서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 협회장에게 제출(정보통신망에 의한 제출을 포함한다)하여야 한다. 1.～5. (생략)
② 협회장은 제1항에 따른 신고를 받고 연구개발전담부서로 인정한 때에는 별지 제8호의3 서식의 연구개발전담부서인정서를 교부하여야 한다.
(1) 2002.8.1. 한국산업기술진흥협회장이 발급한 ‘기업부설연구소인정서’를 보면, 청구법인의 쟁점연구소는기술개발촉진법제16조 및 같은 법 시행령 제15조 제1항의 규정에 의하여 청구법인의 기업부설연구소로 인정한다는 것으로 되어 있고, 2003.11.22. 쟁점직원등이 포함된 연구원의 변경 등에 대하여 한국산업기술진흥협회에 신고한 것으로 되어 있다.
(2) 2009년 5월 ○○○지방국세청 조사공무원이 작성한 청구법인의 연구 및 인력개발비 세액공제의 적정여부에 대한 조사서를 보면, 청구법인은 자체기술개발 등의 연구실적 및 결과물을 객관적으로 제시하지 못하고 있으며, 기술연구소 소속 연구원들이 거래처로부터 납품을 의뢰받은 제품에 대한 견본제작과 단순한 개량이나 개선에 의한 신제품 출시 및 수익성개선 등 통상적인 생산활동을 수행하는 사실이 직무분장표 등에 의하여 확인되고, 부서간 전보내용 및 출장복명서 등에 의하여 일부 직원들은 전업적으로 연구개발 업무에 종사하지 아니하였을 뿐만 아니라 영업활동을 수행한 사실이 확인되므로, 해당 직원들(쟁점직원등)에게 지급된 인건비에 대하여는 연구 및 인력개발비 세액공제를 배제하는 것이 타당하다고 판단되는 것으로 되어 있다.
(3) 청구법인은 이에 대하여 쟁점연구소의 연구활동 과정은 단순히 원재료의 우연한 배합비율에 의하여 색상과 물성이 결정되는 단순과정이 아니라, 그에 배합되는 원재료의 물리적․화학적 특성을 분석하고 그 비율에 따른 합성물질의 기초성능을 평가하여 최적 배합비율을 도출하는 과정으로, 도료배합비율 자체가 신제품 개발을 위한 노하우(knowhow)에 해당하는 것이며 연구원들이 자신의 연구결과가 타당한지를 점검하는 과정에서 신제품 납품처에 출장하여 이루어지는 업무협의 과정 역시 기술개발의 범위에 포함된다고 할 것이고, 개발된 제품에 근본적인 문제가 발생할 경우 연구원이 영업사원의 요청을 받아 지원하는 경우가 있으며, 개발된 제품의 홍보를 위하여 거래처 또는 현장 직원들을 대상으로 교육을 실시하는 경우도 있을 수 있음에도, 연구원들의 근무일수에서 극히 몇 일에 불과한 출장을 하였다는 사실에 근거하여 쟁점직원등이 연구업무가 아닌 타 업무에 종사한 것으로 본 것은 부당하다는 주장이므로 이에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인의 조직도를 보면, 본사의 경우 관리부문, 영업/연구부문○○○, 생산부문으로 되어 있고, ○○○공장의 경우 관리팀, 품질보증팀, 공무, 생산팀으로 되어 있으며, 기술연구소의 경우 연구1팀, 연구2팀, 연구3팀으로 되어 있다. (나) 청구법인이 2001～2008사업연도에 쟁점연구소 소속 직원에게 지급한 인건비 및 각 사업연도 법인세 신고시 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 신고 내역은 다음 <표1> 및 <표2>와 같다. <표1> 쟁점연구소 소속 직원에게 지급한 인건비 내역
○○○ <표2> 연구 및 인력개발비 세액공제 신고 내역
○○○ (다) ○○○지방국세청장이 쟁점연구소 소속 직원에게 지급된 인건비 내역 중 연구 및 인력개발비 세액공제 제외대상 인건비를 경정한 내역은 다음 <표3>과 같고, 그 세부내역은 다음 <표4>와 같다. <표3> 각 사업연도별 연구개발 인건비 및 제외대상 내역
○○○ <표4> 제외대상인 쟁점직원등의 인건비 세부내역
○○○ (라) 청구법인의 쟁점연구소에 대한 직무분장규정 상의 업무내용을 보면, 연구1․2․3팀의 경우 신제품 개발 계획수립 및 실시, 신기술도입 계획수립 및 실시, 품질안정화 업무, 설계배합 발행 및 관리, 기술자료(사양서, MSDS, 일위대가표) 등록 및 관리, 원료대체 및 단순화 업무, 연구활동 및 출장보고서 기록 관리, 상품개발 시험, 기술교육 훈련계획 수립 및 실시로 되어 있고,
○○○분소의 경우 기술자료 관리, 시험기기의 유지 보수 및 관리, 기기 분석 및 분석자료 관리, 연구활동 및 출장보고서 기록관리, 피혁 응용관련 신규 RECIPE 개발 및 개선활동, 피혁동 수지합성 및 제조기술 관리, U.V 관련 수지합성 및 제조기술 관리, 원가절감, 원재료 대체실험, 설계배합 개선․개량으로 되어 있다. (마) 쟁점직원등에 대한 인사기록 내용을 살펴보면
1. ○○○의 경우 1998.10.16. 청구법인에 입사(이사)한 후 특수도료사업부, 영업담당 임원을 거쳐, 2003.11.1. 부설연구소 소장(상무)으로 발령된 후 2006.1.16. 위촉이 해지된 것으로 되어 있고,
2. ○○○의 경우 1993.11.8. 청구법인의 기술부에 입사한 후 1994.2.1. ○○○공장 기술2팀 등을 거쳐, 1998.4.6. 부설연구소 연구3팀, 2001.7.13. 연구1팀, 2006.1.16. ○○○공장 개발1팀, 2008.11.3. 기술1팀으로 발령된 후 2009.3.31. 사직한 것으로 되어 있으며,
3. ○○○의 경우 2000.8.14. 청구법인의 부설연구소 연구4팀에 입사한 후, 2001.4.12. 연구2팀, 2002.1.2. 연구3팀, 2006.1.16. ○○○공장 응용기술팀, 2007.1.16. 품질보증팀으로 발령된 후 2009.3.31. 사직한 것으로 되어 있고,
4. ○○○의 경우 1985.9.5. 청구법인의 기술부에 입사한 후, 1998.1.1. ○○○공장(공장장)을 거쳐, 1999.8.1. 응용기술팀, 2002.2.1. ○○○분소 개발팀장, 2006.1.16. 부설연구소 개발3팀(총괄)으로 발령된 후 2007.7.18. 사직한 것으로 되어 있으며,
5. ○○○의 경우 1995.5.9. ○○○공장 건축팀에 입사한 후1996.1.6. 대리점사업부, 1998.1.5. ○○○공장 기술팀, 1998.4.6. 부설연구소 1팀, 2003.1.2. 연구2팀을 거쳐 2005.8.1. ○○○지점에 근무하고 있는 것으로 되어 있고,
6. ○○○의 경우 1999.2.8. 청구법인의 부설연구소 2팀에 입사한 후 2000.2.1. 연구1팀, 2002.1.2. 연구2팀, 2006.1.16. ○○○공장 개발2팀을 거쳐 2008.11.3. 연구1팀에 근무하고 있는 것으로 되어 있으며,
7. ○○○의 경우 1991.12.2. 부설연구소에 입사한 후 1994.4.1. 제관사업부, 1996.9.1. 생산기술팀, 1998.4.6. 부설연구소 2팀, 2004.7.1. ○○○지점, 2007.1.16. ○○○지점을 거쳐 2007.12.3 ○○○지점에 근무하고 있는 것으로 되어 있고,
8. ○○○의 경우 1993.9.1. ○○○공장 기술부에 입사한 후 1995.1.3. 자동차공업팀, 1998.1.5. 기술팀, 1998.4.6. 부설연구소 2팀, 3팀 등을 거쳐, 2006.1.16. ○○○공장 응용기술팀(기술2팀)에 근무하고 있는 것으로 되어 있으며,
9. ○○○의 경우 2000.2.1. 부설연구소 2팀에 입사한 후 3팀, 2006.1.16. ○○○공장 개발2팀 등을 거쳐 2008.11.3. 기술2팀에 근무하고 있는 것으로 되어 있다. (바) 청구법인은 심리자료로 ○○○가 실험을 수행한 것으로 되어 있는 연구개발 일일보고서(R&D REPORT), ○○○이 작성한 연구보고서, 연구1팀의 보고서, 지식경제부가 시행하고 청구법인이 주관한 기술개발 보고서, ○○○ 주식회사가 주관하고 청구법인과 ○○○ 산학협력단이 위탁기관으로 된 개발보고서, 개발2팀이 작성한 도료 품질확보를 통한 매출증대 보고서 등을 제시하고 있다. (사) ○○○지방국세청장이 조사한 쟁점직원등의 출장내역을 보면, 쟁점직원등은 거래처에 출장하여 청구법인의 제품을 타사제품 대신 사용하도록 하거나, 새로운 제품의 샘플을 제시하고 제품을 선택하도록 한 사실, 제품생산 및 추후 공급제품을 협의한 사실, 도료의 기포발생문제를 해결한 사실, 제품 발주관계 논의 및 발주 약속을 한 사실, 거래처의 도장라인 A/S를 위하여 방문한 사실 등으로 되어 있다(청구법인은 쟁점직원등의 출장일수는 근무일수에서 극히 몇 일에 불과한 출장으로 업무협의 과정 역시 기술개발의 범위에 포함된다는 주장이다). (4)조세특례제한법제10조(연구 및 인력개발비에 대한 세액공제) 제1항, 같은 법 시행령 제9조(연구 및 인력개발비에 대한 세액공제) 제2항에 따른 별표 6(연구․인력개발비 세액공제를 적용받는 비용)의 제1호 가목 ①에서 ‘전담부서에서 근무하는 직원으로서 기획재정부령이 정하는 자의 인건비’를 연구․인력개발비 세액공제를 적용받는 비용으로 규정하고 있고, 같은 법 시행규칙 제7조(연구 및 인력개발비의 범위) 제2항을 보면, 기획재정부령이 정하는 자라 함은 ‘과학기술분야의 연구업무에 종사하는 연구요원 및 이들의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자로 규정하고 있으며, 기술개발촉진법제2조(정의) 제1호에서 “기술개발”이라 함은 산업기술의 연구 및 그 성과를 이용하여 재료․제품․장치시스템 및 공정 등에 적용할 수 있는 새로운 방법을 찾아내는 활동을 말하며, 시범제작 및 공업화 중간시험의 과정까지를 포함하는 것으로 규정하고 있다. 한편, 2009.2.4. 대통령령 제21307호로 개정된 조세특례제한법 시행령제8조(연구 및 인력개발준비금의 범위 등) 제2항의 규정에서 일반적인 관리 및 지원활동, 시장조사와 판촉활동 및 일상적인 품질시험, 반복적인 정보수집 활동, 경영이나 사업의 효율성을 조사ㆍ분석하는 활동, 특허권의 신청ㆍ보호 등 법률 및 행정 업무, 광물 등 자원 매장량 확인, 위치확인 등을 조사ㆍ탐사하는 활동, 위탁받아 수행하는 연구활동을 위한 비용은 연구개발활동에 포함하지 아니하는 것으로 되어 있고, 이는 그동안 “기술개발”에 대한 개념정의를 조세특례제한법 기본통칙(9-8…1) 제1항 제1호를 준용하여 사용하던 것을 명확히 한 것으로 보여진다.
(5) 위의 사실관계 및 관련 법령등을 종합하여 살피건대, 청구법인의 쟁점연구소는 2002.8.1.기술개발촉진법제16조 및 같은 법 시행령 제15조 제1항의 규정에 의하여 한국산업기술진흥협회장으로부터 기업부설연구소로 인정받은 사실 및 연구원의 변경 등에 대하여 한국산업기술진흥협회에 신고한 사실이 있으나, 쟁점연구소에 소속된 연구원 중 쟁점직원등은 그 인사기록 내용으로 보아 청구법인의 일반사업부서에 입사하여 여러 부서를 거치거나 하여 쟁점연구소에 근무한 것으로 나타나고 쟁점연구소에 소속되었다가 다시 일반사업부서로 이동한 것으로 나타나는 점이 있고, 쟁점연구소의 직무분장 상에서 기술개발관련 업무 이외에 일반적인 행정지원업무 등이 상당수 포함되어 있는 점이 있으며, 특히 서울분소의 경우 기술자료 관리, 시험기기의 유지 보수 및 관리, 기기 분석 및 분석자료 관리, 원가절감 등 연구업무 보다는 행정지원업무 위주로 구성되어 있는 점이 있고, 청구법인이 제시한 ○○○ 등의 일일보고서 및 연구보고서의 내용으로 보아 그 실험기간이 극히 단기간인 점 및 거래처의 개발의뢰에 따라 실험을 추진한 내용이 상당수 나타나는 점, 기타 지식경제부나 ○○○ 주식회사가 시행하거나 주관한 연구에 참여하고 있는 점에 비추어, 이러한 활동을기술개발촉진법제2조(정의)에서 규정하고 있는 재료․제품․장치시스템 및 공정 등에 적용할 수 있는 새로운 방법을 찾아내는 기술개발 활동으로 보기는 어려운 점이 있고, 쟁점직원등의 출장내용이 청구법인의 영업활동과 관련된 점이 상당하다고 볼 때, 쟁점직원등에게 지급된 쟁점인건비는 일반적인 관리 및 지원업무, 시장조사 및 판촉활동, 경영이나 사업의 효율성을 조사 분석하는 활동을 한 것으로 판단되므로, 처분청이 쟁점인건비 중 국세부과제척기간 이내에 지급된 인건비에 대하여 연구 및 인력개발비 세액공제를 배제하여 과세한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.