원천징수된 이자소득에 대하여 기한후 신고로 손금산입할 수 있는지 여부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 1999.12.28. 설립된 비영리법인으로, 2005~2007사업 연도 법인세 신고기한이 지난 2009.8.13. 2005 ~ 2007사업연도 강원도 문화예술진흥기금의 금융기관(우리은행·농협·신한은행)예치에서 발생한 이자소득 1,857,863,377원(2005사업연도 492,463,414원, 2006사업연도 525,107,249원, 2007사업연도 840,292,714원, 이하 “쟁점이자소득”이라 한다)을 고유목적사업준비금으로 하여 손금에 산입하고, 쟁점이자소득에 대한 원천납부세액 245,926,067원(2005사업연도 54,770,072원, 2006 사업연도 73,515,015원, 2007사업연도 117,640,980원)에 대 한 환급을 구하는 기한후 신고를 하였다.
• 나. 처분청은 청구법인이 2005~2007사업연도별 법정신고기한내에 법인세를 적정신고 하였으므로 본 제출 건은 기한후 신고에 해당하지 아니하고, 비영리법인이 법인세 신고시 이자소득을 과세표준에 포함 하지 않은 경우 법인세법 시행령 제99조 제2항 에 의거 이자소득을 수정신고 또는 경정 등에 의하여 과세표준에 포함할 수 없고, 기한후 신고 대상도 아니라고 하여 2009.8.27. 청구법인의 기한후 신고를 받아 들이지 아니하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2009.10.28. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구법인 주장 청구법인의 부설기관인 ○○○○○○○○는 2001.7.7. 개소할 당시 사업자등록번호를 ‘국가기관’으로 부여받아 법인세 신고 및 납부대상 기관에 제외되었으나 처분청이 2004사업연도 중 청구법인을 조사하는 과정에서 ○○○○○○○○가 수익사업인 문화재발굴사업을 영위하고 있음에 따라 2004.12.22.자로 청구법인과 ○○○○○○○○의 사업자등록번호를 ‘국가기관’에서 ‘비영리법인’으로 직권 변경하였는 바, 청구 법인은 2005~2007사업연도 법인세 과세표준 신고시 부설 독립 운영 기관인 ○○○○○○○○ 소관만 신고하고 청구법인은 법인회계에 대한 개념부족으로 신고하지 아니하였다. 따라서, 청구법인의 당초 법인세 신고서는 부설인 ○○○○○○○○만의 신고서이고, 청구법인의 비수익사업에 대한 신고는 실질적으로 이루어지지 아니하였으므로 국세기본법 저145조3 제1항 법정 신고기한내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 자에 해당한다고 할 수 있어 청구법인의 본건 신고는 기한후 신고 대상에 해당하고 쟁점이자소득을 고유목적사업준비금으로 손금에 산입하여 법인세를 기한후 신고를 하였는 바, 쟁점이자소득에 대하여 원천징수된 이자소득세액을 환급해 주어야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 법인세 과세표준 신고시 원천징수된 쟁점이자소득을 신고하지 아니하였는 바, 법인세법 시행령 제99조 제2항 의 규정에 의하여 청구법인의 쟁점이자소득 관련 납세의무는 원천징수에 의하여 종결되었다고 보아야 하므로, 원천징수세액 환급을 거부한 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 비영리법인인 청구법인이 원천징수된 쟁점이자소득에 대하여 법인세 신고기간이 지난 후 기한후 신고로 고유목적사업준비금으로 손금산입하여 원천납부세액의 환급을 청구할 수 있는지 여부
• 나. 관련법률

○ 국세기본법 제45조의3 【기한후 신고】

① 법정신고기한내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 자는 관할 세무서장이 세법에 의하여 당해 국세의 과세표준과 세액(이 법 및 세법에 의한 가산세를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 결정하여 통지하기 전까지 기한후 과세표준신고서를 제출할 수 있다. 다만 자산재평가법 제15조 의 규정에 따른 재평가신고의 경우에는 그러하지 아니하다.

○ 법인세법 제29조 【고유목적사업준비금의 손금산입】

① 비영리 내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령이 정하는 단체에 한한다)이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업 또는 지정기부금 (이하 이 조에서 “고유목적사업 등”이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액의 범위 안에서 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다.

1. 소득세법 제16조 제1항 제1호 로부터 제11호까지의 이자소득의 금액

○ 법인세법 제60조 【과세표준 등의 신고】

① 납세의무 있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월 이내에 대통령령이 정하는 바에 따라 당해 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다.

○ 법인세법 제62조 【비영리내국법인의 과세표준신고 특례】

① 비영리내국법인은 제3조 제2항 제2호의 규정에 따른 이자·할인액 및 이익(소득세법 제16조 제1항 제12호 의 비영업대금의 이익을 제외하고, 투자신탁의 이익을 포함하며 이하 이 조에서 “이자소득”이라 한다)으로서 제73조의 규정에 따라 원천징수된 이자소득에 대하여는 제60조 제1항에 불구 하고 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준의 신고를 하지 아니한 이자소득은 제14조의 규정에 따른 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 포함하지 아니한다.

② 제1항의 규정에 의한 비영리내국법인의 이자소득에 대한 법인세의 과세표준의 신고와 징수에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 법인세법 제73조 【원천징수】

① 다음 각 호의 금액(금융보험업을 영위하는 법인의 수입금액을 포함하되, 대통령령으로 정하는 금융회사 등에게 지급되는 소득으로서 대통령령으로 정하는 것과 법인세가 부과되지 아니하거나 면제되는 소득 등 대통령령으로 정하는 것은 제외한다)을 내국법인에 지급하는 자(이하 이 조에서 “원천징수의무자”라 한다)가 그 금액을 지급하는 때에는 지급하는 금액에 100분의 14(소득세법 제16조 제1항 제11호 의 비영업대금의 이익인 경우에는 100분의 25)의 세율을 적용하여 계산한 금액에 상당하는 법인세를 원천징수하여 그 징수일이 속하는 달의, 다음 달 10일까까지 납세지 관할세무서등에 납부하여야 한다.

1. 소득세법제127조 제1항 제1호의 이자소득금액

○ 법인세법 시행령 제56조 【고유목적사업준비금의 손금산입】

① 법 제29조 제1항 본문 중 “대통령령이 정하는 단체”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 단체를 말한다.

1. 제36조 제1항 제1호에 해당하는 단체

○ 법인세법 시행령 제36조 【지정기부금의 범위 등】

① 법 제24조 제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령이 정하는 기부금”이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 다음 각 목의 비영리법인(단체를 포함하며, 이하 이 조에서 “지정 기부금단체 등”이라 한다)에 대하여 당해 지정기부금단체 등의 고유 목적사업비로 지출하는 기부금. 다만 사목에 따라 지정된 법인에 지출하는 기부금은 지정일이 속하는 사업연도와 그 다음 5개 사업 연도 동안 지출하는 기부금에 한한다.

• 라. 정부로부터 허가 또는 인가를 받은 문화·예술단체(문화,예술진흥법 에 의하여 지정을 받은 전문예술법인 및 전문예술단체를 포함한다) 또는 환경 보호운동단체

○ 법인세법 시행령 제99조 【비영리내국법인의 과세표준신고의 특례】

① 법 제62조 제1항의 규정을 적용함에 있어서 비영리내국법인은 원천징수된 이자 소득 중 일부에 대하여도 과세표준신고를 하지 아니할 수 있다.

② 법 제62조 제1항의 규정에 의하여 과세표준신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여는 수정신고 또는 경정 등에 의하여 이를 과세표준 에 포함시킬 수 없다.

• 다. 사실관계 및 판단 처분청은 청구법인이 법정기한내에 법인세 과세표준을 신고한 자에 해당함으로 기한후 신고 대상이 아니라 하여 이 건 처분을 하였고, 청구법인은 당초 법인세 신고시 부설인 ○○○○○○○○만을 대상으로 신고하여 기한후 신고 대상자에 해당한다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 살펴본다.

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 2005~2007사업연도 중 강원도 문화예술진흥 기금에서 발생한 쟁점이자소득을 우리은행·농협·신한은행에서 지급 받았고, 동 금융기관은 쟁점이자소득에 대한 원천납부세액 245,926,067원 (2005사업 연도 54,770,072원, 2006사업 연도 73,515,015원, 2007사업 연도 117,640,980원)을 원천징수하여 처분청에 신고·납부하였다. (나) 청구법인의 2005~2007사업연도 법인세 신고와 경정청구 신청내역은 아래 [표]와 같다. [표] 법인세 신고와 경정청구 신청내역 구 분 2005사업연도 2006사업연도 2007사업연도 당초 경정청구 당초 경정청구 당초 경청청구 신고일 2006.3.31. 2009.10.29. 2007.3.31. 2009.10.29. 2008.3.31. 2009.10.29. 이자소득금액

• 492,463,414 179,663,612 723,337,499 112,798,393 953,091,107 준비금손금산입액

• 492,463,414 179,663,612 723,337,499

• 844,967,820 과세표준 △495,656,044 좌동 93,582,413 좌동 114,923,808 좌동 원천납부세액 14,481,431 69,251,503 11,905,470 85,420,485 16,906,968 134,547,948 차감납부세액 △13,732,415 △68,502,487 260,243 △73,254,772 △306,136 △117,947,116 청구법인은 2005~2007사업연도 법인세 신고시 별도 고유번호를 부여받은 ○○○○○○○○(수익사업: 문화재발굴사업)만 신고하였다가 2008.8.13. 기한후 신고시 청구법인(○○○○○○)과 부설 ○○○○○○○○를 합하여 신고하면서 원천징수된 쟁점이자소득을 고유목적 사업준비금으로 손금산입하고, 쟁점이자소득에 대한 위 원천납부세액에 대한 환급을 신청하였다. (다) 처분청은 ‘청구법인이 당초 각 사업연도별 법정신고기간 내에 법인세를 적정신고 하였으므로 본 건은 기한후 신고에 해당하지 아니 하여 이자소득에 대한 법인세 환급대상이 아니고 아울러 비영리법인의 법인세 신고시, 이자소득을 과세표준에 포함하지 않은 경우 법인세법 시행령 제99조 제2항 에 의거 이자소득을 수정신고 또는 경정 등에 의하여 과세표준에 포함할 수 없으며, 국세기본법 저145조의3 기한 후 신고대상도 아니라 하여 2009.8.27. 청구법인의 기한후 신고를 거부 하였다. (2) 법인세법 제62조 에 “비영리내국법인은 원천징수된 이자 소득에 대하여는 같은 법 제60조 제1항에 불구하고 과세표준의 신고를 하지 아니 할 수 있다”고 규정 하였고, 같은 법 시행령 제99조 제2항은 “ 법인세법 제62조 제1항 의 규정에 의하여 과세표준신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여는 수정신고 또는 경정 등에 의하여 이를 과세표준에 포함시킬 수 없다”고 규정하고 있는바, 비영리내국법인이 원천징수된 이자소득에 대하여 분리과세를 할지 아니면 합산과세를 할지 여부를 법인세 신고기한 내에 선택할 수 있으나, 기한내에 원천 징수된 이자소득을 고유목적사업준비금으로 손금산입하여 법인세를 신고하지 아니하면 이에 따라 동 이자소득에 대한 과세절차는 원천징수에 의한 분리과세로 종결되었다고 보아야 하고(국심 2002광580, 2002.5.22. 같은 뜻임) 이와 같이 쟁점이자소득에 대하여 법인세법 제62조 와 같은 법 시행령 제99조 제2항에 따라 기한내 무신고하여 원천징수에 의한 분리과세로 종결되었다면, 비록 국세기본법 제45조의2 에서 환급받을 세액이 있는 자도 기한후 신고를 할 수 있다고 규정하였다 하더라도, 기한후신고로 원천징수된 쟁점이자소득에 대하여는 과세표준에 포함시킬 수는 없다 할 것이다.

(3) 또한, 청구법인은 당초 법인세 신고시는 부설인 ○○○○○○○○만을 대상으로 신고하였으므로 청구법인이 법정신고기한내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 자에 해당한다고 주장하나, 부설인 ○○○○○○○○는 청구법인의 지점과 같은 것으로 청구법인과 별도의 법인세 과세표준 신고대상이 아니라고 할 것이어서 청구법인은 법정 기간 내에 법인세 과세표준을 신고한 자에 해당한다 할 것이고, 청구 법인이 법정신고기한내에 과세표준 신고서를 제출한 이상 국세기본법 제45조의3 【기한후 신고】 제1항에 의한 기한후 신고대상으로 볼 수 없다 할 것이다.

(4) 따라서, 청구법인은 2005~2007사업연도 법인세 과세표준을 법정신고 기간내에 신고한 자에 해당하고 당초 법인세 과세표준 신고시 쟁점이자소득은 각 사업연도 소득과 손금에서 제외하였음에 따라 쟁점이자소득에 대한 과세절차는 원천징수에 의한 분리과세로 이미 종결되어 기한후 신고 대상자에 해당하지 아니한다 할 것이므로 이 건 처분에 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.