여름에 폭우로 인해 청구법인의 원시 지출증빙자료 보관소가 침수되어 유실되었음이 확인되므로 청구법인의 주장을 받아들여 동업자권형을 사용하여 법인세를 경정함
여름에 폭우로 인해 청구법인의 원시 지출증빙자료 보관소가 침수되어 유실되었음이 확인되므로 청구법인의 주장을 받아들여 동업자권형을 사용하여 법인세를 경정함
○○○세무서장이 2009.8.19. 청구법인에게 한 법인세 2004사업연도 878,327,180원, 2005사업연도 27,685,970원의 부과처분과 법인소득금액 계산상 익금산입한 금액 중 2,205,441,349원을 대표자에 대한 상여로 소득처분하여 청구법인에게 한 소득금액변동통지는 청구법인의 소득금액을 법인세법 시행령 제104조 제2항 제2호 에 규정된 추계방법에 의하여 재계산하는 것으로 하여 그 과세표준과 세액 및 소득금액변동통지 대상금액을 경정한다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) (주위적 청구) 청구법인은 2007년 여름에 내린 폭우로 인한 산사태로 인하여 청구법인의 레미콘공장 보일러실 빈 창고에 보관중이던 2004~2006사업연도 법인세 등의 신고와 관련된 원시 지급증빙자료의 주요부분이 유실되었는 바, 조사관서는 2008.1.10. 사전통지없이 청구법인의 사무실을 압수수색하여 보관서류 일체와 컴퓨터 내장자료 일체를 영치하였음에도 불구하고, 영치한 서류에 부가가치세 및 법인세 등의 신고관련서류 이외에 각종 지출증빙서철, 노무비 지급대장 등 원시 지출증빙자료가 포함되어 있지 아니하자, 청구법인에게 원시증빙자료의 복원 내지는 추가 제출을 계속 요구하다가, 청구법인이 1년여 동안 수차에 걸쳐 조사기간의 연장을 요청하면서 작업반장의 작업노트 등을 참조하고 당시 노무제공자 등을 역으로 추적하여 공사도급계약서 등의 사본을 받고, 사실확인서를 받는 등 최선을 다하여 복원한 일용노무비 지급대장 등의 지급증빙자료가 원시증빙자료가 아니라는 이유로 청구법인의 소득금액을 추계결정하면서, 영치한 신고서류를 전산대조하고 거래상대방에 대한 확인을 한 결과 청구법인이 당초 신고한 경비 중 일반근로자의 인건비, 재료비 및 임차료 등의 주요경비는 허위가 없다는 사실이 확인되자 주요경비를 실지조사하는 추계방법(기준경비율)을 채택하고, 주요경비 중 일용노무비는 처분청의 자의적인 기준에 의하여 주요경비 추인 여부를 결정하였는 바, 청구법인은 수해로 인하여 원시 지출증빙자료의 주요부분이 멸실된 경우로서, 조사관서가 현장조사를 통하여 수해로 인하여 청구법인의 원시증빙자료 보관장소가 침수된 사실을 확인하였고, 원시증빙자료가 수해로 인하여 유실되었다는 증빙이 존재하며, 청구법인이 원시증빙자료를 은익하거나 고의로 폐기할 이유가 전혀 없음에도 수해장소에 원시증빙자료가 보관되어 있었는지 여부가 불분명하다는 이유로 청구주장을 수용하지 아니한 것은 부당하므로 청구법인의 소득금액을 추계결정하는 경우에는 법인세법 시행령 제104조 제2항 제2호 의 방법에 의하여야 한다.
(2) (예비적 청구) 만약, 청구법인의 소득금액을 법인세법 시행령 제104조 제2항 제1호 의 방법에 의하여 추계결정할 수 밖에 없다고 볼 경우에는, 조사관서가 1년여에 걸친 조사를 하였음에도 불구하고, 청구법인이 일반근로자의 인건비, 재료비, 임차료 등으로 신고한 공사원가 중 허위자료가 발견되지 아니하였고, 쟁점노무비는 쟁점외노무비와 그 지급방법 등에 있어 큰 차이가 없을 뿐만 아니라, 노무비 수령자가 수령 사실을 확인하였음에도 쟁점노무비를 현금으로 지급하여 금융자료가 존재하지 않는다는 이유로 주요경비로 인정하지 아니한 것은 부당하므로 청구법인이 당초 신고한 노무비 중 최소한 쟁점노무비는 주요경비로 인정하여야 한다.
(1) (주위적 청구) 청구법인은 2007년 여름에 내린 폭우로 인하여 2004~2006사업연도 법인세 신고와 관련된 원시장부의 주요부분이 유실되었다고 주장하나, 조사관서가 조사착수 당시인 2008.1.8.에 영치한 일시보관서류 목록에 부가가치세 신고서철, 갑근세 신고서철, 세금계산서철, 전산전표 등 청구법인의 회계처리와 관련된 장부 및 증빙서류가 상당부분 존재하고 있었고, 이에 의하여 주요경비 중 일반근로자의 인건비, 재료비 및 임차료 등의 경비는 허위신고가 없었다는 사실을 확인하였으나, 주요경비 중 청구법인이 조사과정에서 증빙자료를 추가로 제출한 일용노무비에는 가공혐의자료가 상당부분 포함되어 있어 과세쟁점자문위원회의 자문을 거쳐 청구법인의 소득금액을 추계결정한 것은 정당하며, 법인의 소득금액을 추계결정할 경우에는 천재·지변에 의하여 장부와 증빙자료가 멸실되었다는 명백한 근거가 없는 한 주요경비를 실지조사하는 추계방법인 기준경비율에 의한 추계가 적용되어야 하고, 청구법인의 원시증빙자료가 폭우로 인하여 유실되었는지 여부가 분명하지 아니하므로 청구법인의 소득금액을 추계결정함에 있어 법인세법 시행령 제104조 제2항 제2호 의 방법에 의하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다.
(2) (예비적 청구) 또한, 조사관서는 청구법인의 소득금액을 법인세법 시행령 제104조 제2항 제1호 의 방법에 의하여 추계결정하면서 노무비를 제외한 공사원가 등 다른 계정과목은 제반장부 및 관련증빙자료, 거래처 현지확인조사 등을 통하여 정상거래인 것으로 확인하여 주요경비로 인정하였고, 인건비는 지급조서가 제출된 일반근로자의 인건비만 주요경비로 인정하였던 것인데, 과세전 적부심사 과정에서 청구법인의 인건비 반영비율이 너무 낮다고 지적됨에 따라 청구법인이 당초 조사과정에서 추가로 증빙자료를 제출한 일용노무비 17,326백만원의 실제 지급여부를 확인하기 위하여 청구법인이 추가로 제출한 공사계약서와 도급계약서 사본 29건과 공사현장별 노무자 619명의 인적사항과 신분증을 첨부한 확인서 등을 검토한 결과, 제출한 증빙자료의 상당부분이 신빙성이 없다고 보았으나, 이를 모두 부인할 경우 동종업종의 평균에 비하여 노무비 반영비율이 너무 낮은 점을 감안하여 과세쟁점자문위원회의 자문을 거쳐 쟁점노무비(품떼기 노임 중 약정서 미징취자에 대한 현금지급분 438백만원 및 직영노임 중 현금지급분 1,817백만원)를 제외한 쟁점외노무비를 주요경비로 인정하였던 것이지 쟁점외노무비와 관련된 증빙자료가 모두 진실하다고 간주해서 주요경비로 인정한 것은 아닌 바, 쟁점노무비를 청구법인의 주요경비로 추가 인정하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다.
① (주위적 청구) 청구법인의 소득금액을 추계결정할 경우에는 법인세법 시행령 제104조 제2항 제2호 의 방법에 의하여야 한다는 청구주장의 당부
② (예비적 청구) 청구법인의 소득금액을 법인세법 시행령 제104조 제2항 제1호 의 방법에 의하여 추계결정할 경우에는 쟁점노무비를 주요경비로 인정하여야 한다는 청구주장의 당부
(1) 법인세법(2006.12.30. 법률 제8141호로 개정되기 전의 것) 제66조【결정 및 경정】② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조의 규정에 의한 신고를 한 내국법인이 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.
1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때
③ 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부 기타 증빙서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 추계할 수 있다. 제67조【소득처분】제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여·배당·기타 사외유출·사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다. 제68조 【추계에 의한 과세표준 및 세액계산의 특례】 제66조 제3항 단서의 규정에 의하여 법인세의 과세표준과 세액을 추계하는 경우에는 제13조 제1호 및 제57조의 규정은 이를 적용하지 아니한다. 다만, 천재·지변등으로 장부 기타 증빙서류가 멸실되어 대통령령이 정하는 바에 따라 추계하는 경우에는 그러하지 아니하다. (2) 법인세법 시행령(2006.12.30. 대통령령 제19815호로 개정되기 전의 것) 제104조【추계결정 및 경정】① 법 제66조 제3항 단서에서 "대통령령이 정하는 사유"라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 경우를 말한다.
1. 소득금액을 계산함에 있어서 필요한 장부 또는 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우
2. 기장의 내용이 시설규모, 종업원수, 원자재·상품·제품 또는 각종 요금의 시가 등에 비추어 허위임이 명백한 경우
3. 기장의 내용이 원자재사용량·전력사용량 기타 조업상황에 비추어 허위임이 명백한 경우
② 법 제66조 제3항 단서의 규정에 의한 추계결정 또는 경정을 하는 경우에는 다음 각 호의 1의 방법에 의한다.
1. 사업수입금액에서 다음 각목의 금액을 공제한 금액을 과세표준으로 하여 그 세액을 결정 또는 경정하는 방법. 이 경우 공제할 금액이 사업수입금액을 초과하는 경우에는 그 초과금액은 없는 것으로 본다.
2. 기준경비율이 결정되지 아니하였거나 천재·지변 기타 불가항력으로 장부 기타 증빙서류가 멸실된 때에는 기장이 가장 정확하다고 인정되는 동일업종의 다른 법인의 소득금액을 참작하여 그 과세표준을 결정 또는 경정하는 방법. 다만, 동일업종의 다른 법인이 없는 경우로서 과세표준신고후에 장부 기타 증빙서류가 멸실된 때에는 법 제60조의 규정에 의한 신고서 및 그 첨부서류에 의하고 과세표준신고전에 장부기타 증빙서류가 멸실된 때에는 직전사업연도의 소득률에 의하여 과세표준을 결정 또는 경정한다. 제106조【소득처분】① 법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.
1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(괄호 생략)에게 귀속된 것으로 본다.(이하 생략)
② 제104조 제2항의 규정에 의하여 결정된 과세표준과 법인의 대차대조표상의 당기순이익과의 차액(법인세상당액을 공제하지 아니한 금액을 말한다)은 대표자에 대한 이익처분에 의한 상여로 한다. 다만, 법 제68조 단서의 규정에 해당하는 경우에는 이를 기타사외유출로 한다.
(1) 청구법인은 2004~2006사업연도분 법인세를 아래 <표1>과 같이 신고하였다.
○○○
(2) 조사관서는 2008.1.10. 사전통지없이 청구법인에 대한 2004~2006사업연도분 법인세 통합조사에 착수하여 청구법인의 사업장에 보관 중이던 부가가치세 신고서철, 갑근세 신고서철, 세금계산서철, 전산전표 등 청구법인의 회계처리와 관련된 장부와 증빙자료를 영치하였으나, 영치한 증빙자료에 공사도급계약서, 지출증빙서 및 노무비 지급대장 등 회계처리의 기초가 되는 원시 지출증빙자료가 포함되어 있지 아니한 사실을 확인하고, 청구법인에게 원시 지출증빙자료의 추가 제출을 요청하는 한편, 영치한 장부 및 관련 증빙자료와 거래처 현지확인조사 등을 통하여 청구법인이 신고한 수입금액 및 원재료비 등으로 반영한 공사원가는 정상거래인 것으로 확인하였으나, 청구법인이 조사과정에서 2008.3.18. 제출한 노무비 증빙자료 중 상당부분에 가공혐의가 있다고 보아 2008.5.23. 조세범칙조사로 전환하고, 과세쟁점자문위원회의 자문을 거쳐 청구법인의 소득금액을 추계결정하였는 바, 그 과정은 아래와 같다. (가) 조사관서가 원시증빙자료의 제출을 계속 독촉(2008.1.22.부터 2008.3.17.까지 7회 독촉)하자 청구법인은 수재로 인하여 원시증빙자료가 소멸되었다고 소명하면서, 2008.3.18.에 1차로 청구법인이 당초 신고한 노무비 전액에 대하여 현장별 일용노무비 지급명세서를 작성하여 제출하였다가, 조사관서가 그 중 4,955백만원(2004년 3,629백만원, 2005년 1,326백만원)에 대하여 가공혐의가 있다고 보아 이를 인정하지 아니하고 2008.5.23. 조세범칙조사로 전환하자, 2008.6.9.에 2차로 조사관서가 가공혐의가 있다고 본 인건비 중 상당부분을 제외한 일용노무비 17,326백만원에 대한 지급명세서를 재작성하여 제출하면서 기 제출(2008.3.18)한 일용노무비 지급명세서가 폭우로 인한 관련서류의 유실로 현장관계자의 단편적인 기억 및 촉박한 제출기한으로 사실관계를 충분히 확인하지 못한 것이어서 가공혐의자를 제외하고 다시 작성한 것이라고 소명하였다. (나) 조사관서는 청구법인이 재작성하여 제출한 일용노무비 지급명세서가 허위임을 근거로 청구법인의 법인세 과세표준을 추계결정할 수 있는지 여부에 대하여 중부지방국세청에 과세쟁점자문신청을 하였고, 청구법인은 2001년에 대주주에 대한 세무조사와 2005년에 통합세무조사 등을 받은 사실이 있어 항상 회계장부에 대한 세무조사를 염두에 두고 장부를 관리하여 왔으나, 사무실이 비좁은 관계로 법인세 신고후 과세관청으로부터 반환받은 장부와 증빙자료 중 분량이 많은 원시증빙자료의 대부분을 별도의 장소에 보관해 왔는데, 2007년도 장마로 인한 보관장소의 폐수 유출로 노무비지급대장 등의 원시증빙자료의 주요부분이 훼손되었는 바, 금번 세무조사에 즈음하여 과세관청으로부터 수차에 걸쳐 원시증빙자료의 제출을 요구받고 거래상대방으로부터 확인이 가능한 자료들은 사본을 구하여 제출하는 등 조사에 적극 협조하였으나 노무비의 경우 거래상대방으로부터 확인을 받을 수 있는 항목이 아니어서 당초 신고한 지급내역에 대한 원시증빙자료를 제대로 복원하지 못하였고, 노무비 이외에 주요경비 등은 허위로 작성하여 제출한 사실이 없음이 확인되었으므로 청구법인의 소득금액은 실지조사결정하되, 청구법인이 당초 신고한 노무비를 청구법인의 손금으로 인정하여야 한다는 취지의 의견을 제출하였으나, 과세쟁점자문위원회는 청구법인이 조사시 제출한 지출증빙자료의 주요부분이 사후에 작성된 것으로 허위라는 조사관서의 의견을 수용하여 청구법인의 소득금액은 추계결정함이 타당하다고 결정하였다. (다) 조사관서는 청구법인의 소득금액을 법인세법 시행령 제104조 제2항 제1호 의 방법에 의하여 추계결정하면서 청구법인이 신고한 인건비 중 일반근로자의 인건비 1,980백만원만 주요경비로 인정하여 청구법인의 소득금액을 아래 <표2>와 같이 결정하여 2008.7.28. 청구법인에게 과세예고통지를 하였다.
○○○
(3) 조사관서로부터 과세예고통지를 받은 청구법인은 2008.8.28. 중부지방국세청장에게 과세전 적부심사를 청구하여 (가) 청구법인의 원시 지출증빙자료가 수해로 인하여 유실되었고, 조사관서가 수차에 걸친 현장확인을 통하여 수해로 인하여 원시증빙자료 보관장소가 침수된 사실을 확인하였음에도 수해 장소에 증빙자료가 보관되어 있었는지 확인이 불가능하고, 조사관서의 요구에 따라 청구법인이 최선을 다하여 복원하여 제출한 노무비지급대장을 신뢰할 수 없다는 이유로 청구법인의 소득금액을 기준경비율에 의하여 추계결정하면서 현장소장 등이 지급사실을 확인하고 있는 노무비를 청구법인의 손금으로 인정하지 아니한 것은 부당하므로, 청구법인의 소득금액은 실지조사 결정하되 청구법인이 당초 신고한 노무비를 전액 청구법인의 손금으로 인정하고, 청구법인의 소득금액을 기준경비율에 의하여 추계결정할 경우에는 이 건 세무조사시 청구법인이 2차로 작성하여 제출한 노무비지급명세서상의 일용노무비 17,326백만원은 수령자가 수령사실을 확인하고 있으므로 청구법인의 주요경비로 인정하여야 한다고 주장하였다. (나) 이에 대하여 중부지방국세청장은 2009.3.16. 아래와 같은 이유로 “청구법인이 지급하였다고 주장하는 일용노무비 17,326백만원이 실제로 지급된 노무비인지 여부와 기 인정된 인건비에 포함된 금액이 있는지 여부 등을 재조사하고, 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정”하라고 결정하였다.
1. 조사관서가 청구법인에 대하여 법인제세 통합조사를 실시하고 기준경비율에 의한 추계결정방법으로 청구법인의 소득금액을 계산하면서 원재료비와 임차료 및 급여를 주요경비로 인정하였으나, 인건비의 경우 청구법인이 원천징수이행상황보고서에 의하여 신고한 6,196백만원 중 일반근로자의 지급조서 제출분인 1,980백만원만 주요경비로 인정한 결과 아래 <표3>에 나타난 바와 같이 공사원가 대비 인건비의 비율이 1.9%로 동종업종의 그 비율(27.9%)에 비하여 너무 낮게 반영되었다.
○○○
2. 청구법인이 현장소장 ○○○ 등 27명에게 지급하였다고 주장하는 일용노무비 17,326백만원에 대한 증빙내역을 보면, 이 중 4,209백만원은 금융증빙자료 등에 의하여 지급된 사실이 확인되고, 이를 제외한 13,117백만원은 현장소장들로부터 받은 확인서 이외에는 지급여부를 확인할 수 있는 객관적인 증빙의 제시는 없으나, 일부 소규모 건설업체를 제외한 대부분 건설업체의 경우 일용노무자에 대한 노무비 지급 등은 공사현장별로 현장소장이 본사로부터 일괄 수령하여 지급하고 있는 것으로 보이며, 청구법인이 원천징수이행보고서상 신고한 2004~2006년 일용노무비 신고금액이 4,209백만원으로 확인되고 있는 점 등으로 보아 쟁점노무비는 현장소장들이 본사로부터 계좌이체를 통해 지급받거나 현금 등으로 수령하여 일용노무자들에게 실제로 지급한 노무비일 개연성을 부인하기 어렵다.
(4) 위 과세전 적부심사결정에 따라 처분청은 쟁점노무비가 실제로 지급되었는지 여부 등에 대하여 재조사를 실시하고, 그 중 쟁점외노무비 15,071백만원을 청구법인의 노무비로 추가 인정하였는 바, 그 과정은 아래와 같다. (가) 처분청은 청구법인이 제출한 확인서를 검토한 결과, 허위지출 혐의금액을 아래 <표4>와 같이 확인하고, 청구법인에게 소명을 요구하였다.
○○○ (나) 청구법인은 위 ①의 사망자의 경우는 2005.12.31.이후 사망자이고, 위 ②의 다른 사업장에서의 근로소득자는 2004년과 2005년 중도퇴직자이며, 위 ③의 해외출국자는 일용근로제공 연후에 출국한 자이고, 위 ④의 타 일용소득자는 청구법인외에 타 법인에도 일용근로를 제공한 자라고 소명하는 한편, 당초 직영노임으로 자료를 제출하였던 노무비 중 일부를 아래 <표5>와 같이 품떼기 노임으로 정정하면서 그 지급내역에 대하여 아래와 같이 소명하였다.
○○○
1. 직영노임 5,074백만원 중 3,257백만원에 대하여는 무통장입금증 및 은행출금전표를 제시하는 한편, 나머지 1,817백만원은 현금으로 지급하여 노무비 수령자의 사실확인서 이외에 금융증빙 등은 제출하기 어렵다.
2. 품떼기노임 12,252백만원 중 9,979백만원에 대하여는 공사사실 확인서와 및 노무비 수령자의 사실확인서를 제출하는 한편, 나머지 2,273백만원의 지급방법과 관련하여 1,392백만원에 대한 무통장입금증, 443백만원에 대한 통장 인출내역을 제시하였고, 나머지 483백만원에 대하여는 거래처 매출채권 수령후 직접 현금으로 지급하여 금융증빙 등은 제출하기 어렵다. (다) 이에 대하여 처분청은 청구법인의 일용노무비 지급내역을 아래 <표6>과 같이 확인하고, 청구법인이 제출한 입증자료가 기 제출된 명세서와 다르고, 실제 지급여부도 금융자료에 의하여 확인할 수 없는 상태이므로 청구법인의 소득금액을 기준경비율에 의하여 추계 결정함에 있어 청구법인이 자료를 제출한 일용노무비 중 얼마를 주요경비로 인정할 것인지 여부에 대하여 과세쟁점 자문신청을 하였는 바, 과세쟁점자문위원회는 동종업종의 평균 노무비 지급비중에 비추어 쟁점노무비(직영노임 중 현금지급분 1,817백만원과 품떼기 노임 중 약정서가 없는 현금지급분 438백만원 합계 2,255백만원)을 제외한 쟁점외노무비를 주요경비로 인정하는 것이 합리적이라는 의견을 제시하였다.
○○○
(5) 쟁점①에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인은 조사관서의 조사당시부터 청구법인의 사무실에 보관도중 조사관서가 영치하였던 각종 신고서철 이외에 청구법인의 레미콘공장 보일러실 창고에 보관 중이던 2004~2006사업연도 법인세 신고와 관련된 지출결의서 및 노무비 지급대장 등 원시 지출증빙자료가 수해로 인하여 유실된 사실을 수차 소명하였고, 처분청이 이로 인하여 청구법인의 소득금액을 실지조사하기 어렵다고 보았으므로 청구법인의 소득금액을 추계결정할 경우에는 법인세법 시행령 제104조 제2항 제2호 의 방법에 의하여야 한다고 주장하면서, 그 근거로 청구법인의 현장책임자가 대표이사 보고용 및 납품업체 제출용으로 작성하였다는 레미콘공장 침수 및 해체경위서와 당시 현장책임자가 촬영하였다는 사진(수십매) 및 레미콘공장 실험실장 및 기사의 사실확인서와 기상청이 발행한 기상월보 등을 제출하였으므로 먼저 이에 대하여 살펴본다.
1. 청구법인이 제출한 기상청의 기상월보에는 2007년 6~7월 중의 일자별 강수량이 나타나 있는데, 2007년 6월의 강수량은 80.1㎜, 7월의 강수량은 367.2㎜로 나타난다.
2. 청구법인은 납품처에 레미콘 납품 가능여부의 사전심사를 받는 과정에서 공장KS 항목에 해당하는 자료목록 중 하나인 온수에 제공되는 보일러의 존재 유무와 가동 유무를 확인하고자 2007년 10월경 레미콘공장 침수 및 해체경위서를 작성하고, 보일러실 내부 전경사진 등을 촬영하여 납품처 등에 KS심사 관련 서류로 제출한 사실이 있는 바, 동 레미콘공장 침수 및 해체경위서에는 레미콘공장의 침수 경위와 개보수 내역이 상세히 기록되어 있고, 이 때 현장책임자인 시험실장 ○○○이 촬영하였다는 사진의 우측 측면 부위에 푸른색의 파손된 서류박스로 보이는 물체가 나타나 있다.
3. 시험실장 ○○○의 확인서에는○○○이 레미콘공장 침수당시 촬영한 현장사진은 납품업체에 제공하거나 기타 KS심사 등의 첨부자료로 사용하기 위하여 촬영한 것으로 당시 사진중 일부에 푸른색의 서류박스가 나타나 있으나, 당시에는 동 서류박스가 어떤 종류의 서류인지 전혀 몰랐다’는 취지의 확인내용이 기재되어 있고, 페이로더 담당 작업반장 ○○○의 확인서에는 ‘동 서류박스가 물에 젖어 도저히 쓸 수 없으므로 쓰레기장에 버린 사실이 있다’는 취지의 확인내용이 기재되어 있다. (나) 청구법인은 2010.5.4.(화) 개최된 조세심판관회의에 출석하여 2007년 여름에 내린 폭우로 인하여 가건물의 형태로 되어 있는데다 낮은 지대에 위치하고 있어 산에서 흘러내리는 물에 취약할 수 밖에 없었던 청구법인의 보일러실이 침수된 것이 사실이고, 동 보일러실 창고에 보관중이던 각종 지출결의서와 노무비 지급대장 등 원시 지출증빙자료가 유실된 것도 사실이며, 조사관서의 조사당시 조사담당자가 청구법인의 사무실에 상주하면서 수재현장을 수차 확인한 바 있음에도 실지조사를 이유로 원시 지출증빙자료의 제출을 계속 요구하고, 원시 지출증빙자료를 제출하지 아니하면 조세범칙조사로 전환하겠다고 통보하여 청구법인은 부득이 조사에 협조하는 차원에서 수해로 인하여 유실된 원시 지출증빙자료를 복원하여 제출할 수 밖에 없었으며, 이러한 자료가 제대로 복원되기 어려운 것이 사실이므로 처분청이 청구법인의 소득금액을 추계결정한 것은 받아들일 수 있으나, 청구법인은 업종의 특성상 노임공사가 대부분으로 공사원가의 상당부분이 일용노무비인데, 이것을 기준경비율로 추계결정하면 충분히 공제되지 아니하는 점이 있고, 청구법인의 원시 지출증빙자료가 수해로 인하여 유실된 것이 움직일 수 없는 사실인데도 처분청이 직접적인 증빙이 부족하다 하여 이를 인정하지 아니하는 것은 부당하므로 청구법인의 소득금액을 추계결정할 경우에는 법인세법 시행령 제104조 제2항 제2호 의 방법이 적용될 수 있도록 하여 달라는 취지의 의견진술을 하였다. (다) 이상의 내용을 종합하여 살피건대, 청구법인의 소득금액은 아래와 같은 이유로 법인세법 시행령 제104조 제2항 제2호 에 규정된 추계방법에 의하여 재산정하는 것이 합리적이라고 판단된다.
1. 조사관서의 조사담당자가 청구법인에 대한 현지확인 조사과정에서 확인한 바와 같이, 2007년 여름에 폭우가 있었고, 그로 인하여 청구법인의 원시 지출증빙자료 보관장소인 레미콘공장 보일러실이 침수되었음이 사실로 확인된 점
2. 청구법인의 시험실장 및 작업반장이 수해로 인하여 침수된 서류의 폐기사실을 확인하고 있으며, 청구법인이 수재당시 내부 보고용 및 거래처에 대한 KS심사 등의 자료로 제출하기 위하여 촬영하였다는 사진에 서류박스로 보이는 물체가 나타나 있는 점
3. 조사관서가 청구법인에 대한 법인세 통합조사 착수당시인 2008.1.8. 사전 예고없이 청구법인의 사무실에 보관중이던 서류를 모두 영치하였음에도 여기에 일용노무비의 지급 등과 관련된 원시 지출증빙서류는 없었으며(조사관서가 청구법인에게 교부한 일시보관서류 등의 목록에 회계처리와 관련된 각종 신고서철, 공사도급계약서철 등 증빙자료의 일부가 존재하였으나, 일용노무비의 지급 등과 관련된 원시 지출증빙서류는 없었음), 과세쟁점자문위원회에서도 조사관서가 조사시 확보한 증빙자료만으로는 청구법인의 소득금액을 실지조사하기 어려우므로 청구법인의 소득금액은 추계결정함이 합리적이라고 본 점
4. 청구법인은 조사관서의 조사당시부터 일용노무비 관련 원시 지출증빙자료가 수해에 의하여 유실되었음을 일관되게 소명하였으나, 이후 조사과정 및 청구법인의 소득금액 결정과정에서 이와 같은 문제가 심도있게 논의된 적이 없는 것으로 보이고, 조사관서가 영치한 서류에 의하여 확인한 청구법인의 신고내용 중 원재료비, 임차료 및 일반근로자의 인건비 지급과 관련된 신고내용은 모두 신고내용이 사실에 부합하는 것으로 판명되었는데, 청구법인이 유독 일용노무비와 관련된 원시증빙자료만 고의로 폐기하였거나 은폐하였다고 보기 어려우며, 그 정황도 확인되지 않는 점
5. 천재·지변으로 장부 등이 멸실된 경우에는 그 업종에 대한 기준경비율이 정해져 있더라도 법인세법 시행령 제104조 제2항 제1호 의 방법에 의하여 추계할 수 없고, 같은 항 제2호의 방법에 의하여 추계하여야 하는 점(국세청 심사 법인2004-4, 2004.4.6. 참조)
(6) 쟁점②에 대하여 살펴본다. 쟁점①에서 청구법인의 주장이 받아들여져 쟁점②는 심리의 실익이 없어졌으므로 이하 쟁점②에 대한 심리는 생략하기로 한다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.