토지 및 건물 등 사업용 자산의 양도가액과 영업권의 양도가액은 합의에 따라 각각 결정된 실지거래가액으로 판단되므로, 처분청이 매매계약서상의 개별자산별 구분가액이 불분명한 것으로 보아 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단됨
토지 및 건물 등 사업용 자산의 양도가액과 영업권의 양도가액은 합의에 따라 각각 결정된 실지거래가액으로 판단되므로, 처분청이 매매계약서상의 개별자산별 구분가액이 불분명한 것으로 보아 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단됨
1. ○○○세무서장이 2008.12.5. 청구인 ○○○에게 한 2006.2.6. 증여분 증여세 1,073,653,630원의 부과처분과 청구인 ○○○에게 한 2006년 귀속 양도소득세 2,201,799,770원 및 2006년 제1기 부가가치세 218,390,440원의 부과처분은 이를 취소한다.
2. 나머지 과세처분 관련 청구는 이를 기각한다.
(1) 청구인 ○○○과 ○○○가 2006.1.25. ○○○의 사업장 소재지 토지, 건물, 시설물과 ○○○ 명의의 ○○○ 영업권을 ○○○에게 양도함에 있어 각 자산의 양도가액 구분이 불분명한 것으로 보아, 위 자산들의 총 양도가액(74억원)을 개별자산의 기준시가 비율에 따라 안분(위의 토지, 건물, 시설물, 영업권 가액을 각각 58억원, 6억원, 8억5천만원, 1억5천만원으로 안분)하는 한편, 그에 따른 영업권 가액의 감액분 41억원(42억5천만원 → 1억5천만원) 중 ○○○로부터 차용하여 ○○○이 ○○○ 건물신축자금 등으로 사용한 것으로 확인된 금액 15억9천만원을 차감한 금액 25억1천만원을 2006.2.6. ○○○가 배우자인 ○○○로부터 증여받은 것으로 보았다.
(2) 청구법인이 2004.11.1. ○○○를 ○○○에게 양도함에 있어 17억5천만원(이하 “쟁점금액”이라 한다) 상당의 액화석유가스충전사업허가권 등 영업권을 ○○○에 양도하였음이 영업프리미엄으로 17억5천만원이 기재된 ○○○의 매입가격 타당성 검토서 등에 의하여 확인됨에도 청구법인이 이를 별도의 영업권으로 신고하지 아니하고, ○○○의 양도가액에 포함하여 신고한 것으로 보았다.
(3) 청구법인이 2003년 제2기부터 2006년 제2기까지의 부가가치세 과세기간에 청구법인의 충전원들이 가스판매시 차량번호, 수량 및 금액을 입력·저장하는 POS(Point of Sales) 시스템상의 금액과 청구법인의 매출신고한 금액과의 차이 등에 의하여 청구법인이 위 과세기간 중 622백만원의 매출신고를 누락한 것으로 보았다.
(4) 또한, 세무조사시 확보된 전산파일 중 ‘경리일보 지출청산’ 및 ‘경리일보’ 등에 따라 2005.9.1. 개업하여 ○○○를 운영한 청구인 ○○○이 2006년 제1기 20,645천원, 2006년 2기 62,597천원 상당의 가스충전 관련 매출액을 누락신고한 것으로 보았다.
(1) 제1처분과 관련하여, 법률상 영업권에 관한 평가방법이 명확히 정해지지 않은 상황에서, 당사자들이 일반적인 영업권 평가방법 중 한 가지 방법을 택하여 영업권을 평가한 것에 대하여 그 가액이 부당한 근거를 제시하지 않은 채, 합리적 이유 없이 계약상의 양도가액의 적정성을 부인하여 각 자산의 양도가액을 재계산한 이 건 처분은 위법한 바, 여러 자산을 양도하는 경우 각 자산별 양도대금 산정 문제는 사적자치의 영역으로 당사자가 합의를 통하여 자유롭게 정할 수 있고, 이 건 십정동충전소 토지, 건물, 시설물 양도가액은 공시지가나 장부가액과 계약서상 가액 사이에 큰 차이가 없으며, 영업권은 공인회계사 ○○○이 2006년 1월경 미래현금흐름의 현재가치 평가방법에 따라 산정한 6,382백만원을 참고하여 거래당사자들의 상호합의하에 4,253백만원으로 감액결정된 것으로 위 자산의 양도가액이 특별히 부당하게 산정된 것이 아니며, 각 사업소별 거래상대방, 거래물건의 특징, 기타 제반 상황에 따라 물건(영업권) 평가방법을 달리할 수도 있는 것인 바, 이 건 ○○○를 ○○○에 양도함에 있어 그 양도가액의 산정방법이 현저하게 합리성을 결여하고 있다거나 시가와 현저한 차이가 있는 것이 아니므로 이를 법률상 가장행위에 해당한다고 볼 수 없고 그 거래의 실질을 부인할 수 있다는 구체적인 법률규정이 존재하지도 아니하는 점 등에 비추어, 청구인들의 ○○○에 대한 이 건 각 양도거래의 실질을 부인하고 과세한 처분은 부당하다.
(2) 제2처분과 관련하여, ○○○이 개인사업으로 영위하던 ○○○ 사업을 1999.10.26. 법인으로 전환하면서, 저유소 시설은 청구법인의 명의로 취득하였으나 당해 충전소에 관한 사업허가권 등 영업권과 충전소의 부동산 등의 소유권은 여전히 ○○○이 소유하고 있었는 바, ○○○과 ○○○ 사이의 2004.10.14.자 부동산 매매계약 체결로 위 부동산 등의 소유권만이 ○○○에 이전되었을 뿐, 청구법인으로부터 ○○○로의 사업양도가 이루어지지 아니하여 ○○○에 관한 사업허가권 등 영업권이 ○○○에 양도되었다고 보기 어렵고, 오히려 청구법인은 ○○오일로부터 충전소 시설물 등을 임차하여 계속하여 가스충전사업을 영위하였으며, ○○○이 ○○○과의 충전소용 부동산 등에 대한 매매계약 체결 당시 청구법인은 사업허가권 등 영업권을 보유하고 있지도 아니하여 이를 ○○○에 양도할 수도 없었으며, 충전사업 허가권 양수도에 관한 매매계약이 체결된 사실도 없고, ○○○이 영업권을 회계장부에 계상하지도 아니하였는데도, 처분청은 충전소 임대차계약서의 임대차목적물 목록에 ‘액화석유가스충전사업허가증’이 기재되어 있다는 점만으로 충전사업허가권이 사실상 ○○○에 양도되었다고 보았는 바, ○○○ 매입가격 타당성 검토’ 문건 등은 ○○○이 당시 검토했던 내부자료이고, ○○○의 내부문건에서 기재된 영업프리미엄이라는 용어는 ○○○ 부지의 특수한 가치를 반영하여 산출한 위 부지의 가치상승요소에 불과할 뿐 위 충전소 관련 사업권을 포함한 영업권의 매매가액에 대한 평가액을 의미하는 것이 아니라는 점 등으로 볼 때, 청구법인으로부터 ○○○에 충전사업허가권 등 영업권이 양도되었음을 전제로 한 이 건 처분은 위법하고, 설사, ○○○에게 액화석유가스충전사업 허가권이 양도된 것으로 본다 하더라도 ○○○이 2004.10.14. 부동산 매매계약 체결이전까지 액화석유가스충전사업자로써 등록이 되어 허가권을 소유하고 있었던 점 등 청구법인이 이를 소유한 사실이 없으므로, 액화석유가스충전사업 허가권의 양도 주체는 ○○○로 보는 것이 타당하다.
(3) 제3처분 및 제4처분과 관련하여, 할인판매가 성행하는 충전소의 상관행에 비추어, POS시스템상의 매출액과 청구인들이 신고한 매출액이 일치하지 않는 것이 이상할 것이 없음에도 처분청이 이에 대한 조사도 없이 그 차액을 ○○○의 매출누락으로 보아 이루어진 이 건 처분은 위법하고, 설사 위 차액을 매출액에 포함시킨다고 하더라도 위 차액이 사회통념상 부득이하다고 인정되는 범위 내이므로 판매촉진을 위해 한 매출에누리 등에 관한 비용은 적어도 법인세법상 손금으로 인정되어야 한다.
(1) 제1처분과 관련하여, 양도자인 청구인 ○○○와 ○○○은 부부로서 실지거래가액 과세에 따른 고액의 양도소득세 부담을 회피하고자 부동산 가액 상당부분을 영업권 프리미엄 가액으로 부당하게 과대계상한 것이고, ○○○ 과다하게 영업권 프리미엄 가액 계상시 이를 감가상각을 통해 조기에 비용으로 처리할 수 있으며, 조사과정에서 청구인도 계약서상의 영업권프리미엄 가액에 대한 구체적인 내용에 대하여 언급을 회피하고 있으며, 청구인이 현재 제시한 매매계약서는 실질내용과는 달리 영업권 가액을 임의 배분하여 매매계약서를 작성한 것이며, 양도당시 감정평가 등이 없이 토지가액은 개별공시지가에 근접하게, 건물 및 시설물가액은 장부가액에 근접하게 매매가액을 정하고 (총 양도가액 중) 나머지 잔여액은 영업권 프리미엄 가액에 임의로 배분하여 영업권 프리미엄이 상당히 과대계상되었으며, 자산별 구분없이 토지·건물 등 주유소 시설물 일체를 74억원에 일괄거래하였으며 매매계약서상에 개별자산별로 가액을 구분하여 기재한 것은 세부담 등을 고려하여 형식상 세분화한 것에 불과한 점 등에 비추어, 당해 거래의 경우 일괄매매되어 개별자산별 거래가액을 알 수 없는 경우에 해당되는 것으로 보아 부가가치세법 시행령 제48조 2 제4항의 규정에 따라 개별자산의 기준시가 등을 기준으로 안분하여 과세대상 금액을 결정하여 과세한 이 건 처분은 정당하다.
(2) 제2처분과 관련하여, 매수자인 ○○○의 내부품의서 및 가격결정 기초자료(○○○과의 협의과정이 언급됨)에는 토지가액을 시가조사를 통하여 토지시가 40억원과 영업권 프리미엄(톤당 250만원, 예상물량은 700톤으로 하여 영업권 대가 17.5억원)을 합하여 57.5억원으로 확정하였고, 2004.11.1. 이 건 부지 및 건물 소유권이전등기 후 2004.11.19. 액화석유가스충전사업허가증상 명의가 ○○○ 대표 ○○○에서 ‘○○○ 대표 ○○○’로 변경된 것으로 허가증상 변경사항에 나타나는 바, 이는 청구법인과 ○○○이 2004.11.1. 체결한 임대차계약서 제3조 및 제12조에 의해 허가증상 명의를 변경한 것으로 확인되며, 조사청 질문에 ○○○은 임대종료시 영업허가권에 대한 대가를 지급하지 아니한다고 답변함으로써, 허가증상 명의가 ○○○로 변경되지 아니하였다고 하여 영업권 양도가 없었다고 할 수 없고, 액화석유가스의 안전관리 및 사업법 제7조 에 따라 사업을 양수하거나 저장소를 양수하는 경우에는 사업자 등의 지위를 승계하는 것이며, 위와 같이 이 건 토지가액에는 영업프리미엄 17.5억원이 포함된 것으로 ○○○의 문건 등에 나타나고, 매입가격 타당성 검토서에 따른 토지 가액이 40억원으로 이는 충전소 부지의 2004년 공시지가 15억 5천만원(469천원/㎡)의 2.5배에 달하며, ○○○은 영업프리미엄을 월 판매물량(톤)으로 평가하였음이 나타나고 있어 동 영업프리미엄이 매매가액 산정을 위한 평가액이 아니라 충전소 부지의 가치상승요소에 대한 내부 평가자료일 뿐이라는 청구주장은 받아들일 수 없으므로 이 건 영업권이 ○○○에 양도되었다고 할 것이고, 사업허가권 등 이 건 영업권의 소유자는 ○○○이 아니라 청구법인(법인으로 전환된 1999년 10월 이후에도 ○○○ 및 특수관계인이 주식의 90%를 소유)인 바, ○○○이 1997.8.6. 사업허가권을 취득하여 사업을 해 오던 중 1999.10.26. 청구법인에 위 충전소에 관한 사업을 양도하여 사업허가권이 청구법인에 이전된 것으로 청구인들도 이를 인정하고 있고, 또한 그 후 ○○○에 이 건 ○○○가 양도될 때까지 약 4년 간 청구법인이 가스충전사업을 영위하였으므로 사업허가권과 그에 따라 발생된 초과수익력(영업권)은 당연히 청구법인 소유로서 이 건 사업허가권 등 영업권의 양도주체를 ○○○로 볼 수는 없으며, 임대차계약서, 매수인의 문서 등에 의할 때 저장소 등 사업용고정자산과 함께 허가증이 양도되고 양도가액에 영업권 가액이 포함된 사실 등으로 보아 청구법인이 보유하던 영업권이 분명히 ○○○에 양도된 것이므로 이에 따라 과세된 이 건 처분은 정당하다.
(3) 제3처분 및 제4처분과 관련하여, ○○○의 경우 매출누락액 결정은 청구인이 주장하는 POS시스템에 의하여 매출누락액을 계산한 것이 아니라 조사시 현장에서 확보한 ○○○에 의하여 매출누락액을 산정한 것이고, 청구법인에 있어 POS파일에 저장되어 있는 단가를 보면 법인택시의 경우 ℓ당 단가 자체가 일반 단가에 비해 약 10%정도 저렴하게 산정되어 있어 청구법인이 주장하는 에누리 부분이 POS매출액에 이미 반영되어 있고, 조사과정에서 위 POS매출액과 신고금액과의 차이에 대한 구체적인 증빙자료를 제시하도록 수차례 소명요구하였음에도 구체적인 증빙자료를 제시한 바 없는 등, 이 건 POS매출액과 신고금액과의 차이에 대하여 청구법인에게 법인세 등을 과세하고, 조사시 현장에서 확보한 ○○○에 의하여 청구인 ○○○(○○○)의 매출누락액을 산정하여 과세한 처분은 정당하다.
① ○○○ 부동산, 영업권 등의 양도와 관련하여 각 양도가액 의 구분이 불분명한 것으로 보아 기준시가 비율로 가액을 재산정하여 청구인들에게 증여세, 양도소득세 등을 과세한 처분의 당부
② 청구법인이 충전사업 허가권 등 영업권을 ○○○에게 양도한 것으로 보아 법인세 등을 과세한 처분의 당부
③ 청구법인과 ○○○이 매출신고를 누락한 것으로 보아 부가가치세 등을 과세한 처분의 당부
(1) 쟁점① 관련 (가) 소득세법 제96조 【양도가액】
① 제94조 제1항 각 호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 “실지거래가액”이라 한다)에 의한다.
② 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산을 2006년 12월 31일까지 양도하는 경우에 그 자산의 양도가액은 제1항의 규정에 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 제외하고는 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다.
6. 양도자가 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 증빙서류와 함께 제110조 제1항의 규정에 의한 확정신고기한까지 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우
7. 제104조의 2 제2항의 규정에 의한 지정지역 안의 부동산인 경우 제100조 【양도차익의 산정】
① 양도차익을 계산함에 있어서 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항의 규정에 의한 가액 및 제114조 제5항의 규정에 의하여 매매사례가액ㆍ감정가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액ㆍ감정가액 등을 포함한다)에 의하는 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항의 규정에 의한 가액 및 제114조 제5항의 규정에 의하여 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산가액 등을 포함한다)에 의하고, 양도가액을 기준시가에 의하는 때에는 취득가액도 기준시가에 의한다.
② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 취득 또는 양도당시의 기준시가 등을 감안하여 대통령령이 정하는 바에 따라 안분계산한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 당해 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.
③ 양도차익을 산정함에 있어서 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (나) 소득세법 시행령 제166조 【양도차익의 산정 등】
④ 법 제100조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 부가가치세법 시행령 제48조 의 2 제4항 단서의 규정에 의하여 안분계산한다. (다) 부가가치세법 시행령 제48조 의 2 【과세표준의 안분계산】
④ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그밖의 구축물 등(이하 이 조에서 "건물 등" 이라 한다)을 함께 공급하는 경우에 그 건물 등의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각호에 정하는 바에 의한다.
소득세법 제99조 의 규정에 의한 기준시가(이하 이 조에서 “기준시가”라 한다)가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액(지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 평가한 가액을 말한다. 이하 같다)이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다.
2. 토지와 건물 등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대하여는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분계산한다.
3. 제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우에는 국세청장이 정하는 바에 따라 안분계산한다. (라) 상속세 및 증여세법 제2조 【증여세 과세대상】
① 타인의 증여(증여자의 사망으로 인하여 효력이 발생하는 증여를 제외한다. 이하 같다)로 인하여 증여일 현재 다음 각호의 1에 해당하는 증여재산이 있는 경우에는 그 증여재산에 대하여 이 법이 정하는 바에 의하여 증여세를 부과한다.
1. 재산을 증여받은 자(이하 “수증자”라 한다)가 거주자(본점 또는 주된 사무소의 소재지가 국내에 있는 비영리법인을 포함한다. 이하 이 항과 제54조 및 제59조에서 같다)인 경우에는 거주자가 증여받은 모든 증여재산
2. 수증자가 비거주자(본점 또는 주된 사무소의 소재지가 국내에 없는 비영리법인을 포함한다. 이하 이 항과 제4조 제2항, 제6조 제2항ㆍ제3항 및 제81조 제1항에서 같다)인 경우에는 비거주자가 증여받은 재산 중 국내에 있는 모든 재산
③ 이 법에서 “증여”라 함은 그 행위 또는 거래의 명칭ㆍ형식ㆍ목적 등에 불구하고 경제적 가치를 계산할 수 있는 유형ㆍ무형의 재산을 타인에게 직접 또는 간접적인 방법에 의하여 무상으로 이전(현저히 저렴한 대가로 이전하는 경우를 포함한다)하는 것 또는 기여에 의하여 타인의 재산가치를 증가시키는 것을 말한다. 제31조 【증여재산의 범위】
① 제2조의 규정에 의한 증여재산에는 수증자에게 귀속되는 재산으로서 금전으로 환가할 수 있는 경제적 가치가 있는 모든 물건과 재산적 가치가 있는 법률상 또는 사실상의 모든 권리를 포함한다. 제64조 (무체재산권 등의 평가)
① 매입한 무체재산권의 가액은 매입가액에서 매입한 날부터 평가기준일까지의 법인세법상의 감가상각비를 차감한 금액으로 평가한다.
② 제1항외의 공업소유권 등 기타 무체재산권의 평가는 당해 재산의 취득을 위하여 소요된 가액 또는 장래의 경제적 이익 등을 감안하여 대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한다. (마) 상속세 및 증여세법 시행령 제49조 【평가의 원칙 등】
① 법 제60조 제2항에서 “수용ㆍ공매가격 및 감정가격 등 대통령령이 정하는 바에 의하여 시가로 인정되는 것”이라 함은 평가기준일 전후 6월(증여재산의 경우에는 3월로 한다. 이하 이 항에서 “평가기간”이라 한다) 이내의 기간 중 매매ㆍ감정ㆍ수용ㆍ경매(민사집행법에 의한 경매를 말한다. 이하 이 항에서 같다) 또는 공매(이하 이 항에서 "매매 등" 이라 한다)가 있는 경우에 다음 각호의 1의 규정에 의하여 확인되는 가액을 말한다. 다만, 평가기간에 해당하지 아니하는 기간 중에 매매 등이 있는 경우에도 평가기준일부터 제2항 각호의 1에 해당하는 날까지의 기간 중에 주식발행회사의 경영상태, 시간의 경과 및 주위환경의 변화 등을 감안하여 가격변동의 특별한 사정이 없다고 인정되는 때에는 제56조의 2 제2항의 규정에 의한 평가심의위원회의 자문을 거쳐 당해 매매 등의 가액을 다음 각호의 1의 규정에 의하여 확인되는 가액에 포함시킬 수 있다.
1. 당해 재산에 대한 매매사실이 있는 경우에는 그 거래가액. 다만, 그 거래가액이 제26조 제4항에 규정된 특수관계에 있는 자와의 거래 등 그 가액이 객관적으로 부당하다고 인정되는 경우를 제외한다.
2. 당해 재산(법 제63조 제1항 제1호에 규정된 재산을 제외한다)에 대하여 2 이상의 재정경제부령이 정하는 공신력 있는 감정기관(이하 “감정기관”이라 한다)이 평가한 감정가액이 있는 경우에는 그 감정가액의 평균액. 다만, 다음 각목의 1에 해당하는 것을 제외하며，당해 감정가액이 법 제61조ㆍ법 제62조ㆍ법 제64조 및 법 제65조의 규정에 의하여 평가한 가액의 100분의 80에 미달하는 경우(100분의 80 이상인 경우에도 제56조의 2 제2항의 규정에 의한 평가심의위원회의 자문을 거쳐 감정평가목적 등을 감안하여 동 가액이 부적정하다고 인정되는 경우를 포함한다)에는 세무서장(관할지방국세청장을 포함하며, 이하 “세무서장 등”이라 한다)이 다른 감정기관에 의뢰하여 감정한 가액에 의하되, 그 가액이 상속세 또는 증여세 납세의무자가 제시한 감정가액보다 낮은 경우에는 그러하지 아니하다.
3. 당해 재산에 대하여 수용ㆍ경매 또는 공매사실이 있는 경우에는 그 보상가액ㆍ경매가액 또는 공매가액. 다만, 법 제73조의 규정에 의하여 물납한 재산을 상속인ㆍ증여자ㆍ수증자 또는 그와 특수관계에 있는 자(제19조 제2항 각호의 1의 관계에 있는 자를 말한다. 이 경우 제19조 제2항 중 "주주 등 1인" 은 “상속인 등”으로 본다)가 공매받은 경우에는 당해 공매가액은 이를 제외한다.
④ 제1항 각호의 가액에 2 이상의 재산가액이 포함됨으로써 각각의 재산가액이 구분되지 아니하는 경우에는 각각의 재산을 법 제61조 내지 제65조의 규정에 의하여 평가한 가액에 비례하여 안분계산하되 각각의 재산에 대하여 감정가액(동일감정기관이 동일한 시기에 감정한 각각의 감정가액을 말한다)이 있는 경우에는 감정가액에 비례하여 안분계산한다. 다만，토지와 그 토지에 정착된 건물 기타 구축물의 가액이 구분되지 아니하는 경우에는 부가가치세법 시행령 제48조 의 2 제4항 단서의 규정에 따라 안분계산한다. 제59조 (무체재산권 등의 평가)
① 매입한 무체재산권의 가액은 매입가액에서 매입한 날부터 평가기준일까지의 감가상각비상당액을 차감한 가액에 의한다.
② 영업권의 평가는 다음 산식에 의하여 계산한 초과이익금액을 평가기준일 이후의 영업권지속연수(원칙적으로 5년으로 한다)를 감안하여 재정경제부령이 정하는 방법에 의하여 환산한 가액에 의한다. 다만, 매입한 무체재산권으로서 그 성질상 영업권에 포함시켜 평가되는 무체재산권의 경우에는 이를 별도로 평가하지 아니하되, 당해 무체재산권의 평가액이 환산한 가액보다 큰 경우에는 당해 가액을 영업권의 평가액으로 한다. [최근 3년간(3년에 미달하는 경우에는 당해 연수로 한다)의 순손익액의 가중평균액의 100분의 50에 상당하는 가액 － (평가기준일 현재의 자기자본×1년만기 정기예금이자율을 감안하여 재정경제부령이 정하는 율)]
③ 제2항의 규정을 적용함에 있어서 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액은 제56조 제1항의 규정을 준용하여 평가한다. 이 경우 동조 제1항 중 “1주당 순손익액 및 1주당 추정이익”은 “순손익액”으로 본다.
⑦ 제2항의 규정에 의하여 영업권을 평가함에 있어서 제시한 증빙에 의하여 자기자본을 확인할 수 없는 경우에는 다음 각호의 산식에 의하여 계산한 금액 중 많은 금액으로 한다.
1. 사업소득금액 ÷ 소득세법 시행령 제165조 제10항 제1호 에서 규정하는 자기자본이익률
2. 수입금액 ÷ 소득세법 시행령 제165조 제10항 제2호 에서 규정하는 자기자본회전율 (바) 상속세 및 증여세법 시행규칙 제19조 (무체재산권등의 평가)
① 영 제59조 제2항 산식에서 “재정경제부령이 정하는 율”이라 함은 100분의 10을 말한다.
② 영 제59조 제5항 전단의 규정에 의한 특허권ㆍ실용신안권ㆍ상표권ㆍ의장권 및 저작권 등의 가액은 다음의 산식에 의하여 환산한 금액의 합계액으로 한다.
③ 제2항의 산식을 적용함에 있어서 평가기준일부터의 최종 경과연수는 당해 권리의 존속기간에서 평가기준일 전일까지 경과된 연수를 차감하여 계산한다. 이 경우 평가기준일부터의 최종 경과연수가 20년을 초과하는 때에는 20년으로 한다.
④ 영 제59조 제5항 후단의 규정에 의하여 특허권ㆍ실용신안권ㆍ상표권ㆍ의장권 및 저작권 등의 권리에 의한 각 연도의 수입금액이 확정되지 아니한 경우에는 평가기준일전 최근 3년간(3년에 미달하는 경우에는 그 미달하는 연수로 한다. 이하 이 항에서 같다)의 각 연도의 수입금액의 합계액을 평균한 금액을 각 연도의 수입금액으로 하되, 최근 3년간 수입금액이 없거나 저작권(저작인접권을 포함한다)으로서 평가기준일 현재 장래에 받을 각 연도의 수입금액이 하락할 것이 명백한 경우에는 법 제6조 제1항 본문의 규정에 의한 세무서장 등이 2 이상의 공신력 있는 감정기관(부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인을 말한다) 또는 전문가의 감정가액 및 당해 권리의 성질 기타 제반사정을 감안하여 적정한 가액으로 평가할 수 있다.
(2) 쟁점② 관련 (가) 법인세법 제4조 【실질과세】
① 자산 또는 사업에서 생기는 수입의 전부 또는 일부가 법률상 귀속되는 법인과 실질상 귀속되는 법인이 서로 다른 경우에는 그 수입이 실질상 귀속되는 법인에 대하여 이 법을 적용한다.
② 법인세의 과세소득이 되는 금액의 계산에 관한 규정은 소득ㆍ수익 등의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 이를 적용한다. 제15조 【익금의 범위】
① 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액으로 한다. 제67조 【소득처분】 제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여ㆍ배당ㆍ기타 사외유출ㆍ사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다. (나) 부가가치세법 제1조 【과세대상】
① 부가가치세는 다음 각호의 거래에 대하여 부과한다.
② 제1항에서 재화라 함은 재산적 가치가 있는 모든 유체물과 무체물을 말한다. (다) 국세기본법 제14조 【실질과세】
① 과세의 대상이 되는 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.
② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다. (라) 액화석유가스의 안전관리 및 사업법 제3조 (사업의 허가등)
① 액화석유가스충전사업 또는 가스용품제조사업을 하고자 하는 자는 그 사업소마다 특별시장·광역시장 또는 도지사(이하 "시·도지사"라 한다)의 허가를 받아야 한다.
③ 제1항·제2항 또는 제6항의 규정에 의하여 허가받은 사항중 산업자원부령이 정하는 중요사항을 변경하고자 할 때에는 허가관청의 변경허가를 받아야 한다. 제7조 (승계)
① 사업자등이 사망하거나 그 사업 또는 액화석유가스저장소를 양도한 때와 법인인 사업자등의 합병이 있는 때에는 그 사업 또는 액화석유가스저장소의 상속인·양수인 또는 합병후 존속하는 법인과 합병에 의하여 설립된 법인은 그 사업자등의 지위를 승계한다.
(3) 쟁점③ 관련 (가) 법인세법 제15조 【익금의 범위】
① 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액으로 한다. (나) 부가가치세법 제13조 【과세표준】
① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각호의 가액의 합계액(이하 “공급가액”이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다.
1. 금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가
2. 금전 이외의 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가
3. 재화의 공급에 대하여 부당하게 낮은 대가를 받거나 대가를 받지 아니하는 경우에는 자기가 공급한 재화의 시가 3의 2. 용역의 공급에 대하여 부당하게 낮은 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 용역의 시가
4. 폐업하는 경우의 재고재화에 대하여는 시가
② 다음 각호의 금액은 과세표준에 포함하지 아니한다.
3. 공급받는 자에게 도달하기 전에 파손ㆍ훼손 또는 멸실된 재화의 가액
5. 공급대가의 지급지연으로 인하여 지급받는 이자로서 대통령령이 정하는 연체이자
③ 재화 또는 용역을 공급한 후의 그 공급가액에 대한 할인액ㆍ대손금ㆍ장려금과 이와 유사한 금액은 과세표준에서 공제하지 아니한다. (다) 소득세법 제24조 【총수입금액의 계산】
① 거주자의 각 소득에 대한 총수입금액의 계산은 당해연도에 수입하였거나 수입할 금액의 합계액에 의한다.
② 제1항의 경우 금전 외의 것을 수입하는 때에는 그 수입금액을 그 거래 당시의 가액에 의하여 계산한다.
③ 총수입금액의 계산에 있어서 수입하였거나 수입할 금액의 범위와 계산 또는 확정시기에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
(1) 쟁점①에 대하여 살펴본다. (가) 2005.12.9.자 매매계약서 등에 의하면, ○○○ 및 ○○○가 ○○○에 매도하는 것으로 매매목적물이 ○○○ 외 4필지 2,785.85㎡, 같은 곳 소재 4개동 건물 778.2㎡, 엘피지 저장 및 충전시설 등 시설물, 액화석유가스충전사업허가권(○○○호)으로 되어 있고, 매매대금은 총 7,400백만원으로 하여, 토지 2,500백만원, 건물 400백만원, 시설물(기계장치) 247백만원, 영업권(충전소허가권) 4,253백만원으로 되어 있으며, 매매대금의 지급 관련 계약금은 740백만원으로 계약 체결시 지급하는 것으로, 중도금은 3,000백만원으로 2005.12.15. 지급하는 것으로, 잔금 3,660백만원은 2006.1.25. 지급하는 것으로 되어 있고, ○○○ 및 ○○○가 에스오일로부터 지원받은 대여금 2,000백만원은 잔금에서 공제하여 이를 ○○○가 승계하는 것으로 되어 있다. (나) 쟁점부동산 및 쟁점사업장 등에 대한 대금지급 내용을 보면, ○○○는 2005.12.9. 계약금 740백만원, 2005.12.14. 중도금 1,500백만원, 2006.1.25. 잔금 907백만원 합계 3,147백만원을 청구인 ○○○에게, 2005.12.14. 영업권 중도금 1,500백만원, 2006.1.25. 영업권 잔금 2,753백만원 2006.2.3. 영업권 부가가치세 425,300천원 합계 4,678,300천원을 지급한 사실이 청구인 ○○○ 및 ○○○(청구인 ○○○의 영수증은 청구인 ○○○이 대리 영수한 것으로 되어 있다)가 작성하여 ○○○에게 교부한 영수증에 나타난다. (다) 2006.10.17. 국세청 과세전적부심사위원회의 과세전적부심사결정서를 보면, 처분청(○○○세무서장)이 ○○○의 2006년 제1기 부가가치세 월별조기환급신고에 대한 현지확인 결과 ○○○가 이 건 부동산(○○○ 소재 토지 및 건물)과 ○○○ 등을 ○○○ 및 ○○○로부터 취득한 것은 사업의 포괄적 양도양수에 해당하는 것으로 보아, ○○○가 쟁점세금계산서에 대한 부가가치세를 기한내에 신고납부하지 아니하여 부가가치세법 시행령제17조(담보제공·사업의 양도 및 조세의 물납) 제3항의 규정에 따라 매입세액을 불공제하고 2006년 제1기 부가가치세 467백만원을 과세하겠다는 과세예고통지를 한 것으로 나타나고, 처분청의 과세예고 통지에 대하여 ○○○는 이 건 부동산과 ○○○를 취득한 것은 사업을 포괄적으로 양도양수한 것이 아니라는 주장으로 과세전적부심사를 한 것으로 되어 있고, 과세전적부심사결정에서 ○○○가 이 건 부동산을 ○○○로부터 매수하였고 ○○○ 영업권은 ○○○로부터 인수하였다고 봄이 타당한 반면, ○○○가 ○○○를 포괄적으로 양수하였다고 인정하기 어려운 것으로 보아, ○○○가 적법하게 부가가치세를 부담하고 ○○○로부터 교부받은 세금계산서의 매입세액을 매출세액에서 공제하는 것이 타당한 것으로 되어 있다. (라) ○○○국세청장은 ○○○ 및 ○○○, ○○○ ○○○에 대한 법인통합조사 결과, 이 건 부동산 및 ○○○의 양도가액 중 영업권의 가액이 과다하게 산정된 것으로 판단하여 매매계약서상의 개별자산별 구분은 세부담 완화를 목적으로 부당하게 구분한 것에 지나지 아니하므로 당해 거래는 개별자산별로 거래가액을 알 수 없는 경우에 해당한다 하여, 이 건 부동산과 ○○○ 양도가액을 기준시가로 평가하여 총 양도가액 7,400,000천원에 기준시가비율로 안분계산한 영업권 가액을 1억 48백만원으로 계산하였는 바, ○○○이 영업권가액을 안분계산한 내역은 다음 <표1>과 같다. <표1> 영업권 가액 안분계산 내역
○○○○○○ (마) ○○○ 대표자 ○○○의 문답서에 의하면, ○○○의 경우 계약당시 월 매출물량이 430톤 정도였으나, 운수회사의 유치 약속이 있었고 운수회사 포함시 500톤 정도에 달해 74억원에 계약하게 되었으며, 본 조사와 관련해서 ○○○에 2004년 ○○○이 ○○○에게 대출시 감정평가한 가액이 있지 않을까 해서 물어본바 감정한 것이 있다고 하며 토지의 경우 21억원 정도, 건물은 4억원 정도였다 한다고 답변하였고, 계약서는 저희(○○○)가 자체적으로 회계상 영업권을 평가해 보고 이에 대하여 ○○○에게 물으니 ○○○ 역시 이에 별다른 이의가 없어 매매계약서를 작성하게 되었다고 답변한 내용 등이 기재되어 있다. (바) ○○○이 상속세 및 증여세법 시행령제59조(무체재산권 등의 평가) 제2항의 규정에 근거하여 영업권을 평가한 방법은 다음 <표2>와 같다. <표2> 영업권 평가조서
○○○○○○ (사) 2004.2.20. 체결된 ○○○을 채권자로 하고 ○○○과 ○○○를 채무자로 하는 자금대여계약서를 보면, 채권자는 채무자에게 20억원을 대여하는 것으로 되어 있고, 동 대여금은 채권자가 인정하는 주유소 또는 충전소 건설자금 등 채권자 석유제품의 판매촉진을 위한 자금으로만 사용하는 것으로 되어 있으며, 채무자는 채권자에 대한 채무이행을 담보하기 위하여 주유소 및 충전소 등 영업장 부동산을 담보로 제공하는 것으로 되어 있고, 이 건 부동산에 대한 등기부등본을 보면 2004.2.21. 채권최고액 24억원으로 근저당권 설정이 되었다. (아) 이 건 부동산 중 주유소용지에 대한 개별공시지가는 다음 <표3>과 같다. <표3> 주유소용지별 개별공시지가
○○○○○○ (자) 감정의뢰인이 ○○○, 채무자가 ○○○, 평가목적이 담보목적으로 되어 있는 ○○○의 감정평가서를 보면 토지 및 건물과 관련된 내용이 다음 <표4>와 같다. <표4> ○○○이 감정의뢰한 ○○○의 감정평가서 내용 (차) 위의 사실관계를 종합하여 살피건대, 일반적으로 매매계약서상의 매매가액이 실지거래가액임이 확인되고, 동 계약서상에 토지와 건물가액이 구분표시되어 있으며, 구분표시된 토지와 건물가액이 당해 토지ㆍ건물의 규모와 형태, 이용도와 효용도, 인근토지 및 건물의 공급가액 등에 비추어 합당하다고 인정되는 경우에는 동 계약서상의 가액을 공급가액으로 보아야 하고, 부동산매매계약서상에 기재된 매매금액이 실지거래가액임이 확인되지만 토지와 건물가액의 구분이 불분명하거나 그 구분표시된 가액이 당해 토지 및 건물의 규모와 형태, 사회통념 등에 비추어 합당하지 아니한 경우에는 부득이 국세청 기준시가에 따라 계산한 가액에 의해 안분계산한 가액을 공급가액으로 하는 것이라 할 것이다(○○○, 2005.9.28. 참조) 이 건의 경우, ○○○ 소재 토지 및 건물과 ○○○ 등의 매매계약서상 매매가액 74억원이 실지거래가액임이 확인되고, 토지분 25억원, 건물분 4억원, 시설물 2억 47백만원, 영업권(충전소허가권) 42억 53백만원으로 구분표시되어 있는 점, 토지 및 건물 등 사업용 자산의 양도자와 ○○○ 영업권의 양도자가 ○○○과 ○○○로 각각 다른 점, 2006.2.25. ○○○의 2006년 제1기 부가가치세 월별조기환급신고에 대한 2006.10.17. 국세청의 과세전적부심사결정에서 ○○○가 이 건 영업권가액에 상당하는 세금계산서를 수취한 것은 적법하게 부가가치세를 부담하고 수취한 것으로 판단하고 있는 점, 2004.2.11. 및 2004.11.8. 에스오일이 담보목적으로 ○○○에 감정의뢰한 평가내용에서 이 건 부동산 중 주유소용지의 평균단가는 1㎡당 790천원인 것으로 되어 있고 이를 적용하여 보면, 주유소용지의 가액은 약 2,200,821천원(2,785.85㎡×790천원)인 것으로 볼 때, 비록 감정평가일이 위 세금계산서 수령(2006.1.) 전 6월 내의 가액은 아니라 할 것이나 매매계약서상 토지분 가액 25억원이 감정가액 보다 높은 점, 주유소 영업권의 가액은 미래의 수익가치 등을 감안하여 상속세 및 증여세법 시행령제59조(무체재산권 등의 평가)에 규정된 무체재산권의 평가방법에 의하여 평가한 가액과 다르게 산정할 수 있는 점 등을 종합하여 볼 때, 이 건 토지 및 건물 등 사업용 자산의 양도가액과 ○○○ 영업권의 양도가액은 청구인 ○○○ 및 ○○○가 ○○○와의 합의에 따라 각각 결정된 실지거래가액으로 판단되므로, 처분청이 ○○○ 소재 토지 및 건물과 ○○○ 영업권 등 매매계약서상의 개별자산별 구분가액이 불분명한 것으로 보아 과세한 이 건 제1처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.
(2) 쟁점②에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인은 ○○○에 소재한 가스충전소로, 청구법인의 대표인 ○○○이 개인사업자로 1997.8.6. LPG자동차 및 가스용기 충전업 허가를 받아 사업을 영위하다가 1999.10.26. 법인전환하였으며, 청구법인은 대표이사 ○○○ 소유의 ○○○ 토지, 건물인 ○○○에서 가스충전업을 영위하였고, ○○○은 위의 ○○○과 2004.11.1. 청구법인으로부터 취득한 충전설비 등을 같은 날(2004.11.1.) 양도가액 64억 5천만원에 ○○○에 양도하였으며, 청구법인은 위의 ○○○, 충전시설 등을 다시 ○○○로부터 임차하여 가스충전소 사업을 계속 영위하고 있다. (나) 처분청은 영업프리미엄으로 17억 5천만원이 기재된 ○○○의 매입가격 타당성 검토서 등, ○○○의 세무조사결과를 통보받고, 청구법인이 17억 5천만원(쟁점금액) 상당의 액화석유가스충전사업허가권 등 영업권을 ○○○에 양도하였다 하여 2008.12.5. 청구법인에게 이 건 제2처분을 하였다. (다) 청구법인이 제출한 액화석유가스충전사업허가증(2006.10.19., ○○○을 보면 2004.11.19. 지위승계가 이루어졌는 바, 승계 전에는 ‘대지가스공사 대표 ○○○’, 승계 후에는 ○○○ 대표 ○○○’로 지위가 승계된 것으로 기재되어 있다. (라) 청구법인이 제출한 ○○○(매도인)과 ○○○(매수인) 사이의 부동산매매계약서(2004.10.14.)에 의하면, 매도인 소유의 ○○○ 토지상에 소재한 1대지가스 충전소*/에 대한 매매계약을 아래와 같이 체결한다고 되어 있고, 매매목적물로 ○○○ 공장용지 3,305.8㎡, 건물 5개동 1,013.62㎡, 시설물로 저장탱크 및 부대시설 등 시설물이 기재되어 있고, 매매대금으로 64억 5천만원(건축물 부가가치세 7천만원 별도)이 기재되고, 매매목적물의 임대차에 관한 조항에 매수인은 위 매매목적물을 잔금지급일에 갑(매도인)에게 임대하고, 임대보증금은 5억원, 월임대료는 33백만원(부가가치세 별도)으로 하고 임대차계약서는 잔금지급일에 별도로 체결한다고 되어 있으며, 매매목적물 명세(총 64억 5천만원)에 토지 57억 5천만원, 건물 총 3억 42백만원, 저장탱크 및 부대시설 등이 총 3억 58백만원으로 되어 있다. (마) 청구법인이 제출한 ○○○(임대인)과 청구법인(임차인) 사이의 충전소 임대차계약서(2004.11.1.)에 의하면, 제1조에 임대차목적물에 ○○○ 토지 3,305.8㎡, 같은 곳 건물 총 1,013.62㎡, 저장탱크 및 부대시설 등과 허가권(액화석유가스충전사업허가증)이 기재되어 있고, 제3조에 임대인은 본 계약의 체결후 조속한 시일내에 충전소의 액화석유가스충전사업권 및 동 관련 제반 인·허가가 임차인에게 승계되도록 필요한 제반서류를 교부하며 동 승계업무에 공동 노력한다고 되어 있으며, 제4조에 임대보증금은 5억원으로 하고, 월 임대료는 33백만원(부가가치세 별도)으로 하는 것으로 되어 있고, 제12조에 계약기간의 만료 또는 계약의 해지로 인하여 본 계약이 종료된 경우 임차인은 충전소의 액화석유가스충전사업허가권 및 동 관련 인·허가가 임대인 또는 임대인이 지정하는 제3자에게 승계되도록 필요한 모든 서류를 교부하여야 하며, 제1조의 목적물을 원상회복하여 반환 명도하여야 한다고 되어 있다. (바) ○○○ 문건으로서 처분청이 제출한 ○○○충전소 매입에 따른 ○○○의 기안지에는, ○○○ 현황에 예상판매량이 부탄 700톤으로 기재되고, 매입조건에 매매대금이 64억 5천만원, 부대비 4억 56백만원으로 되어 있으며 매매대금 관련(토지 5,750, 건물/시설물 등 700, 부대비 456백만원)하여 토지 시세는 평당 400만원 수준이나 통상 판매량에 따라 톤당 2백만원～3백만원 정도로 영업프리미엄이 인정되고 있다고 기재되어 있고,
○○○ 매입 검토 보고서’(2004.8.3., 수도권지역본부)에 의하면, 매도제시가격이 인근 부동산 시세 및 최근의 충전소 매매사례와 비교할 때 적정가격으로 판단된다고 되어 있고, 청구법인 충전소의 경우 부지면적이 1,000평, 매매가로 65억원(부지 40.5억원, 건물/시설 7억원, 업권 17.5억원)이 기재되어 있으며, ○○○ 매입 관련 의견’(2004.8.19., 수도권지역본부) 서류에 의하면, 매매가격과 관련하여 충전소측은 매도제시가를 64.5억원으로 수정 제시하며 더 이상의 ‘NEGO’가 불가하다고 표명하였고, 충전소 영업권이 통상 판매량에 따라 톤당 최저 2백만원～최고 3백만원 이상 인정되고 있는 바, 동 충전소는 중대형 판매충전소이므로 톤당 2.5백만원으로 평가하고, 영업권을 제외한 부지가격도 동 충전소는 시세와 동일 수준이라고 기재되어 있으며, ○○○ 매입가격 타당성 검토서’(2004.8.24. LPG팀)에 의하면 매매목적물 토지 난에 매매금액이 57억 5천만원으로 기재되어 있고 시가가 40억원(400만원×1,000평)으로 기재되어 있으며 영업프리미엄이 17억 5천만원(250만원×700톤)으로 되어 있다. (사) 처분청이 제출한 ○○○에 대한 에스오일 대표이사 CEO ○○○ 영업허가권 취득에 대한 답변서에 의하면, 당사는 2004.11.1. ○○○ 소재 청구법인의 대지 및 건물 등을 인수하면서 영업프리미엄을 인식하여 대가를 지급하고 대지 및 건물 등과 영업허가권을 임대목적물로 하여 동 충전소에 임대한 바 있고, 귀청에서 질의한 임대종료시 영업허가권에 대한 대가지급과 관련하여 당사가 청구법인과 체결한 임대차계약서상 임대목적물에는 영업허가권이 포함되어 있으므로 당사는 대가를 지급하지 않는 것으로 기재되어 있다. (아) 살피건대, ○○○이 이 건 ○○○동충전소용 부동산, 시설물 등을 ○○○에게 양도하기 직전까지 동 충전소의 사업허가권 명의자는 ○○○ 개인으로 되어 있었지만, 이 건 영업권은 충전소 부동산, 시설물 등이 양도되기 전에 청구법인이 약 4년간 당해 충전소 사업을 영위하여 그에 따라 발생되는 초과수익력으로 청구법인의 소유였던 것으로 볼 수 있고, 에스오일의 내부문서에 의하면 토지 시가가 40억원으로 기재되고 영업권 프리미엄(영업권 대가)이 17억5천만원으로 기재되어 있으며, ○○○과 청구법인 간의 충전소 임대차계약서 제3조에는 임대인은 본 계약의 체결 후 조속한 시일내에 충전소의 액화석유가스충전사업권 등이 임차인에게 승계되도록 제반서류를 교부하며 동 승계업무에 공동 노력하는 것으로 기재되어 있고, ○○○ 대표이사의 답변서에는 청구법인과 체결한 임대차계약서상 임대차목적물에는 영업허가권이 포함되어 있으므로 (임대차 종료시) 당사는 대가를 지급하지 않는다고 기재되어 있는 점 등을 고려할 때, 청구법인이 사업 허가권 등 영업권을 보유하다가 이를 ○○○에 양도한 것으로 보인다. 따라서, 충전사업허가권 등 영업권이 ○○○에 양도되지 아니하였다거나, 설사 ○○○에 양도되었다고 하더라도 양도주체가 ○○○이라고 하는 청구주장을 받아들이기는 어려운 것으로 판단된다.
(3) 쟁점③에 대하여 살펴본다. (가) 처분청은 ○○○의 세무조사결과 청구법인의 POS(Point of Sales) 시스템상의 금액과 청구법인의 매출신고액 사이의 차이 등에 의하여 청구법인이 2003년 2기～2006년 2기 부가가치세 과세기간 중 622백만원의 매출을 누락신고한 것으로 확인하여 청구법인에게 이 건 제3처분을 하였고, 처분청은 또한 세무조사시 확보된 전산파일 중 ○○○ 지출청산’ 및 ○○○’ 등에 따라 ○○○를 운영한 청구인 ○○○이 2006년 제1기 20,645천원, 2006년 2기 62,597천원 상당의 가스충전 매출액을 누락신고한 것으로 확인하여, 청구인 ○○○에게 이 건 제4처분을 하였다. (나) 이 건 처분청이 제출한 심리자료 등에 의하면, ○○○(청구인 ○○○)의 경우 처분청이 그 매출누락액을 결정한 것은 청구인이 주장하는 POS시스템에 의한 것이 아니라, 조사시 현장에서 확보한 ○○○지출명세서에 의해 매출누락액을 산정한 것이고, 청구법인의 경우에는 POS파일에 저장되어 있는 단가가 법인택시의 경우 ℓ당 단가 자체가 일반 단가에 비해 약 10%정도 저렴하게 산정되어 있어 에누리 부분이 POS매출액에 이미 반영되어 있고, 개인택시의 경우에는 개인택시에 지급하는 상품권 등이 ‘개인택시 및 상용택시 D/C'라는 내용으로 매달 초 판매장려금으로 이미 계상된 바 있어 처분청이 신고금액과 POS금액의 차이를 청구법인의 수입금액 누락으로 본 것으로, 조사과정에서 위 POS매출액과 신고금액과의 차이에 대한 구체적인 증빙자료를 제시하도록 수차례 청구법인에게 소명요구하였음에도 구체적 증빙자료는 제시하지 아니한 것으로 나타나며, 청구인들은 이 건 심판청구시에도 POS매출액과 신고금액과의 차이내역 및 매출에누리에 관한 비용의 발생내역 등을 입증할 구체적이고 객관적인 근거자료는 제출하지 못하고 있다. 따라서, 위와 같은 사실관계 등을 고려할 때, POS시스템의 매출액과 신고한 매출액 사이의 차이 등에 따라 매출누락액을 산정하여 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단되고, POS시스템상의 매출액과 신고한 매출액의 차액을 매출액에 포함시킨다고 하더라도 매출에누리 등에 관한 비용을 손금으로 인정하여야 한다는 청구주장 또한 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 와 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.