개발제한구역으로 공장허가가 나지 않은 토지가 비사업용토지에 해당하는지 여부

○○세무서장이 2009.7.6. 청구인에게 한 2008년 귀속 양도소득세 242,576,870원의 부과처분은 ○○도 ○○시 ○○동 162-2 전 1,916㎡에 대하여 청구인이 󰡐철근제품 가공. 제작업󰡑등의 물품의 보관 장소 등으로 실제 사용하였는지 여부를 재조사하여 물품의 보관 장소 등으로 실제 사용하지 아니한 것으로 확인된 면적은 비사업용 토지로 보고, 나머지 실제 사용한 것으로 확인된 면적은 소득세법 시행령제168조의11 제1항의 제7호에서 규정하는 하치장 등의 토지로서 비사업용 토지에서 제외하는 것으로 하여 그 과세표준 및 세액을 결정한다.

• 가. 청구인은 2003.6.3. 매매대금 358,767,130원에 취득한 ○○도 ○○시 ○○동 162-2 전 1,916㎡(이하 “쟁점 토지”라 한다) 가 ○○도 ○○택지지구 개발로 인하여 2008.1.31. 대한주택공사에게 공공용지 수용에 의하여 805,358,020원에 양도되자, 2008.6.19. 양도소득 과세표준 예정신고를 하면서 쟁점 토지를 사업용 토지로 보아 일반세율을 적용하여 양도소득세를 계산하였다.
• 나. 처분청은 2009년5월 청구인의 양도소득세 신고에 대한 세무조사를 실시하고, 쟁점 토지가 비사업용 토지에 해당한다 하여 소득세법제104조의 규정에 의한 양도소득세 세율을 적용하여 2009.7.15. 청구인에게 2008년 귀속 양도소득세 242,576,870원을 경정 ‧ 고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2009.9.16. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 2003.6.3. 쟁점 토지를 취득한 이후, 2004년 10월부터 쟁점토지에서 ‘철근제품 가공 ‧ 제작업󰡑을 영위하였는데, 쟁점 토지가 위치한 지역이 개발제한구역으로 공장허가가 나지 않아 2005.10.22.에야 ‘○○산업󰡑(이하 “쟁점사업장”이라 한다)이라는 상호로 사업자등록을 하면서 주업종은 ‘소프트웨어 개발 ‧ 판매업으로, 부업종은 ‘도소매업/고물상, 도소매업/컴퓨터 주변기기, 소프트웨어 개발 ‧ 판매업󰡑등으로 하였는 바, 청구인이 쟁점토지에서 H빔 등 철근제품 가공제작업을 영위하면서 절삭·용접 등을 거쳐 브라켓센서 등을 제작·판매한 사실이 청구인이 부가가치세 신고시 제출한 매입·매출처별 세금계산서합계표와 대한주택공사의 보상금 내역 등에 의하여 확인되므로 쟁점 토지를 비사업용 토지로 본 것은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 쟁점토지에 대한 양도소득세 조사결과 쟁점 토지가 위치한 지역은 1970년대부터 그린벨트 지역이고, 관할관청의 재산세 부과내역을 확인한 바 재산세 종합합산과세 대상임이 확인되었으며, 소득세법제104조의3 제1항의 제4호에서 재산세 종합합산과세대상 토지는 비사업용 토지에서 제외되지 아니하고 있는 점과, 쟁점토지의 경우 관할세무서장에게 하치장 신고서도 제출되어있지 않았으므로 이를 비사업용토지로 보아 청구인에게 이 건 양도소득과세를 과세한 것은 정당하다.

• 가. 쟁 점 쟁점토지를 사업용 토지로 볼 수 있는지 여부
• 나. 관련법령 이 건 과세요건 성립당시의 관련법령을 본다.

○ 소득세법 제96조 【양도가액】

① 제94조 제1항 각 호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 ″실지거래가액″이라 한다)에 의한다.

② 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산을 2006년 12월31일까지 양도하는 경우에 그 자산의 양도가액은 제1항의 규정에 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 제외하고는 당해자산의 양도 당시의 기준시가에 의한다.

8. 제104조의3의 규정에 의한 비사업용 토지인 경우

○ 소득세법 제104조 【양도소득세의 세율】

① 거주자의 양도소득세는 당해연도의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하″양도소득산출세액″이라) 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정에 의한 세율중 2 이상의 세율에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다. <양도소득과세표준> <세율> 1천만원 이하 과세표준의 100분의 9 1천만원 초과 4천만원 이하 90만원 + 1천만원을 초과하는 금액의 100분의 18 4천만원 초과 8천만원 이하 630만원 + 4천만원을 초과하는 금액의 100분의 27 8천만원 초과 1천710만원 + 8천만원을 초과하는 금액의 100분의 36 2의7. 제104조의 3의 규정에 의한 비사업용 토지 양도소득과세표준의 100분의 60

○ 소득세법 제104조의3 【비사업용 토지의 범위】

① 제96조 제2항 제8호 및 제104조 제1항 제2호의7에서 ″비사업용 토지″라 함은 당해 토지를 소유하는 기간 중 대통령령이 정하는 기간동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지(이하 이 조에서 ″비사업용 토지″라 한다)를 말한다.

4. 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 다음 각 목을 제외한 토지

• 가. 지방세법또는 관계법률의 규정에 의하여 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지
• 나. 지방세법제182조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의한 재산세 별도합산 또는 분리과세대상이 되는 토지
• 다. 토지의 이용상황 ‧ 관계법률의 의무이행 여부 및 수입금액 등을 감안하여 거주 또는 사업과 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지로서 대통령령이 정하는 것

○ 소득세법 시행령 제168조의6 【비사업용 토지의 기간기준】 법 제104조의3 제1항 각호 외의 부분에서 ″대통령령이 정하는 기간″이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다.

2. 토지의 소유기간이 3년 이상이고 5년 미만인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간

• 가. 토지의 소유기간에서 3년을 차감한 기간을 초과하는 기간
• 나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간
• 다. 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.

○ 소득세법 시행령 제168조의7 【토지지목의 판정】 법 제104조의3의 규정을 적용함에 있어서 농지·임야·목장용지 및 그 밖의 토지의 판정은 이 영에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 사실상의 현황에 의한다. 다만, 사실상의 현황이 분명하지 아니한 경우에는 공부상의 등재현황에 의한다.

○ 소득세법 시행령 제168조의11 【사업에 사용되는 그 밖의 토지의 범위】

① 법 제104조의3 제1항에 제4호 다 목에서 ″거주 또는 사업과 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지로서 대통령령이 정하는 것″이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

물품의 보관·관리를 위하여 별도로 설치·사용되는 하치장·야적장·적치장 등(건축법에 따른 건축허가를 받거나 신고를 하여야 하는 건축물로서 허가 또는 신고 없이 건축한 창고용 건축물의 부속 토지를 포함한다)으로서 매년 물품의 보관 ‧ 관리에 사용된 최대면적의 100분의 120이내의 토지

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점토지의 매매계약서와 등기부등본 등에 의하면, 청구인은 쟁점 토지를 매입하기 위하여 2002.9.2. 오○○과 매매계약을 체결하면서 소유권 이전등기는 2003.5.15에 하는 것으로 하고, 토지의 임대료는 2002년 11월부터 매도인과 매수자가 50%씩 받기로 하는 내용의 특약을 하였던 것으로 나타나고, 청구인은 2002.10.24. 쟁점토지에 매매예약을 원인으로 하는 소유권 이전청구권 가등기를 하였다가 2003.6.3. 매매를 원인으로 소유권 이전등기한 내역이 나타난다.

(2) 청구인이 쟁점 토지를 취득할 당시 쟁점토지에서는 차○○이 󰡐○○컨테이너󰡑라는 상호로 사업자등록을 하고 사업을 영위하고 있었음이 차○○의 부가가치세 신고내역 등에 의하여 확인되며, 청구인은 2005.11.22. ○○산업이라는 상호로 사업자등록을 한 사실이 확인된다.

(3) 청구인은 쟁점 토지가 위치한 지역이 개발제한구역으로 공장허가가 나지 않아 쟁점사업장을 󰡐도 ‧ 소매업󰡑으로 등록하였을 뿐, 실질적으로 psd철골, 브라켓트센서, 던컨모터, dcubox 등 철골제품을 가공 ‧ 제작하여 판매하였다며 이에 대한 증빙으로, 쟁점사업장에 대한 항공사진(2004.11.29. ○○시청에서 촬영), 쟁점사업장내 시설물 사진, 2008.1.31.○○택지지구 개발에 따른 지장물 보상내역(컨테이너 ‧ 바닥세멘 ‧ 관정 ‧ 선반 ‧ 산업용로보트 ‧ 가공기 ‧ 컴프레샤 ‧ 용접기 ‧ 호이스트 ‧ 밀링선반 ‧ 체인블럭 등이 포함됨), 쟁점사업장의 매입 ‧ 매출처별세금계산서 합계표 및 세금계산서를 제출하고 있으며, 이에 따른 청구인의 매출 및 매입 신고내역은 2005년 3천만원(매출 2,200만원, 매입800만원), 2007년 1억100만원(매출 7,200만원, 매입 2,900만원), 2008년 6억6,900만원(매출 5억1,600백만원, 매입 1억5,300만원)으로 나타난다.

(4) 처분청의 양도소득세 조사종결복명서와 과세쟁점자문결과 통지서 등에 의하면, 처분청의 조사담당자가 2009.4.6.부터 2009.5.8.가지 쟁점토지에 대하여 현장확인한 결과, ‘쟁점 토지 소재지는 1970년대부터 그린벨트지역으로 건축물을 신축할 수 없는 지역이고, 현장확인당시 쟁점토지상에는 컨테이너 박스 4개가 놓여 있었으며, 작은 구축물에 기계 등이 놓여 있었으나 현재 휴업중인 것으로 확인된다’는 취지의 확인내용이 기재되어 있으며, ○○도 ○○시청에서 처분청에 통보한 쟁점토지의 재산세 부과내역 회신에 따르면 쟁점 토지는 재산세종합합산과세 대상으로 기재되어 있는 것으로 나타난다. (5) 소득세법제104조의3 제1항 제4호 가목 및 나목에서 󰡐농지 ‧ 임야 및 목장용지 이외의 토지󰡑중지방세법등에 의하여 재산세가 면제되거나 별도합산 또는 분리 과세되는 토지를 비사업용 토지에서 제외하도록 하였고, 같은 호 다 목에서 󰡐토지의 이용상황 ‧ 관계법률의 의무이행 여부 및 수입금액 등을 감안하여 거주 또는 사업과 직접관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지로서 대통령령이 정하는 것󰡑을 비사업용 토지에서 제외하도록 하였으며, 대통령령이 정하는 토지의 범위를 규정한 같은 법 시행령 제168조의11 제1항 제7호에서 󰡐물품의 보관 ‧ 관리를 위하여 별도로 설치 ‧ 사용되는 하치장 ‧ 야적장 ‧ 적치장 등으로서 매년 물품의 보관 ‧ 관리에 사용된 최대면적의 100분의 120이내의 토지󰡑를 비사업용 토지에서 제외하도록 하였다.

(6) 이 건의 경우, 쟁점 토지는지방세법에 의한 재산세가 종합합산과세대상 토지에 해당하므로소득세법제104조의3 제1항 제4호 가목 및 나목에 의하여 비사업용 토지에서 제외되는 토지에는 해당되지 아니하나, 청구인이 운영하는 사업과 관련하여 물품의 보관 장소 등으로 사용하였다면, 같은 호 다 목 및 소득세법 시행령제168조의11 제1항에 제7호에서 규정하는 하치장 등의 토지로서 비사업용 토지에서 제외하는 것이 타당하다고 할 것이다. 청구인은 공장설립을 목적으로 쟁점 토지를 취득하였으나, 쟁점 토지가 개발제한구역으로 공장허가가 나지 않아 공장설립허가를 득하지 않고 도 ‧ 소매업으로 사업자등록을 하였다는 것으로 사업자등록일인 2005.11.22.부터 양도당시까지 실질적으로 H빔 및 철골제품 등을 가공 ‧ 제작하여 판매한 사실이 확인되는 점, 처분청의 양도소득세 조사시에도 구축물 ‧ 컨테이너 시설 등이 존치하고 있었던 사실이 확인된 점, 대한주택공사가 쟁점 토지를 수용하면서 작성한 지장물 등의 보상내역에도 사업과 관련된 물건들이 다수 존재하고 있는 것으로 나타나는 점을 감안할 때, 쟁점 토지는 사실상 청구인의 사업과 관련하여 물품의 보관 장소로 사용한 사업용 토지로 보는 것이 일응 타당한 것으로 보이는 점이 있다. 다만, 청구인이 쟁점 토지를 취득할 당시 차○○이 쟁점 토지를 사업장으로 사용하고 있었던 점과 청구인의 사업규모 등으로 보아 쟁점토지 전체를 사업장이나 물품의 보관 장소 등으로 실제 사용하였는지 여부는 불분명한 점이 있으므로 처분청은 청구인이 쟁점 토지 전체를 실제 물품의 보관 장소로 사용하였다고 볼 수 있는지 여부를 다시 조사하여 실제 물품의 보관 장소로 사용하지 아니한 것으로 확인되는 면적을 비사업용으로 보고, 나머지 실제 사용한 것으로 볼 수 있는 면적은 비사업용 토지에서 제외하는 것이 타당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.