공익사업용토지에 대한 양도소득세 감면

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 2001.12.27. 취득한 ○○○ 외 2필지의 토지 지분 중 29.57㎡(이하 “쟁점토지”라 한다) 및 건물 지분 중 6.72㎡(이하 쟁점토지와 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)를 2007.7.2. ○○○주식회사(이하 “양수법인”이라 한다)에 양도하고 2007.9.30. 쟁점부동산에 대하여 실지거래가액으로 양도차익을 산정하여 양도소득과세표준예정신고를 하였다.
• 나. 그 후 청구인은 양수법인이 2009.5.22.도시 및 주거환경정비법에 의한 사업시행자로 지정·인가받았으므로 쟁점부동산의 양도가조세특례제한법제77조 제1항 제2호의 규정에 따라 양도소득세 감면적용대상에 해당한다 하여 2009.6.19. 양도소득세 산출세액의 10%인 16,837,730원을 감면하여 달라는 경정청구서를 처분청에 제출하였다.
• 다. 처분청은 쟁점부동산의 양도당시 양수법인이 사업시행자로 지정·고시되지 아니하였으므로 감면적용대상이 아닌 것으로 보아 2009.8.13. 경정청구를 거부하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2009.9.14. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 쟁점부동산은도시 및 주거환경정비법(이하 “도정법”이라 한다) 제28조에 의한 공익사업용 토지로서 양수법인은 사업시행자로 지정·고시되었는바,도정법제2조 제8호에서 ‘사업시행자’라 함은 정비사업을 시행하는 자를 말한다고 하여 사업시행자로 인정되기 위한 요건으로 사업시행인가를 받아야 된다고 특정하고 있지는 아니하며,조세특례제한법제77조 제1항 제2호의 ‘사업시행자’를 권한 있는 기관의 지정된 사업자로 한정한다면 같은 공익사업용 토지로 사용되고 같은 사업시행자에게 양도한 것을 사업인정고시 이전에 사업시행자에게 협조를 잘하여 양도한 토지는 감면을 받지 못하고, 사업인정고시 후에 수용 등을 거쳐 양도되는 토지는 감면을 받게 되는 결과로 불합리하므로 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 위법하다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 2007.7.2. 쟁점부동산을 양수법인에 양도하고 2009.5.22. 쟁점토지가 속한 지역이도정법에 의하여 ○○○ 도시환경정비사업시행인가”를 받고 같은 날 양수법인이 사업시행자로 지정되었는바, 쟁점부동산 양도당시 양수법인이도정법에 의한 공익사업시행자의 지위에 있지 아니하여조세특례제한법제77조의 감면규정을 적용받을 수 없으므로 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비구역 안의 토지를 사업시행자로 지정받지 않은 자에게 양도하는 경우 공익사업용토지에 대한 양도세 감면적용대상에 해당하는지 여부
• 나. 관련 법령 이 건 과세요건 성립당시의 관련법령을 본다. (가) 소득세법 제98조 【양도 또는 취득의 시기】 자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다. (나) 조세특례제한법 제77조 【공익사업용토지 등에 대한 양도소득세의 감면 】① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득으로서 당해 토지 등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시일전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지 등을 2009년 12월 31일 이전에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 10(토지 등의 양도대금을 대통령령이 정하는 채권으로 지급받는 분에 대하여는 100분의 15)에 상당하는 세액을 감면한다.

1. 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률이 적용되는 공익사업에 필요한 토지 등을 당해 공익사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득

2. 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비구역(정비기반시설을 수반하지 아니하는 정비구역을 제외한다)안의 토지 등을 동법에 의한 사업시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득

3. 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 기타 법률에 의한 토지 등의 수용으로 인하여 발생하는 소득

② 다음 각호의 1에 해당하는 경우 당해 사업시행자는 제1항의 규정에 의하여 감면된 세액에 상당하는 금액을 그 사유가 발생한 과세연도의 과세표준신고시 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다.

1. 제1항 제1호의 규정에 의한 공익사업의 시행자가 사업시행의 인가 등을 받은 날부터 3년 이내에 당해 공익사업에 착수하지 아니하는 경우

2. 제1항 제2호의 규정에 의한 사업시행자가 대통령령이 정하는 기한 내에도시 및 주거환경정비법에 의한 사업시행인가를 받지 아니하거나 그 사업을 완료하지 아니하는 경우

③ 제1항 제1호 또는 제2호의 규정에 의하여 감면받은 세액을 제2항의 규정에 의하여 납부하는 경우에는 제40조 제2항 중 이자상당가산액에 관한 규정을 준용한다.

④ 제1항 제1호 또는 제2호의 규정에 의하여 세액을 감면받고자 하는 경우에는 당해 공익사업 또는 정비사업의 시행자가 대통령령이 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.

⑤ 제1항 제3호의 규정에 의한 감면을 받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 그 감면신청을 하여야 한다. 제85조【지정지역내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례】 (2006.12.30. 법률 제8146호로 삭제되기 전의 것)거주자가 소득세법제104조의2 제1항의 규정에 의한 지정지역내의 부동산을 다음 각호의 1에서 규정하고 있는 날(관계 행정기관의 장이 관보 또는 공보에 고시한 날을 말하며, 그 고시한 날이 사업인정고시일부터 소급하여 2년 이내인 경우에는 사업인정고시일부터 소급하여 2년이 되는 날, 그 고시한 날이 소득세법 제104조의2 제1항 의 규정에 의한 지정지역 지정 후 도래하는 경우에는 지정지역을 지정한 날을 말한다) 전에 취득하여 2006년 12월 31일 이전에 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 또는 그 밖의 법률에 의하여 당해 사업시행자에게 양도(수용되는 경우를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)하는 경우에는소득세법제104조의 2 제1항 및 동법 제97조 제1항 제1호 가목 본문의 규정에 불구하고 동법의 규정에 의한 양도가액 및 취득가액을 기준시가에 의할 수 있다. 다만,소득세법제96조 제2항 제6호 및 동법 제97조 제1항 제1호 가목 본문의 규정에 의하여 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액으로 신고하는 경우에는 그러하지 아니하다.(2005. 12. 31. 개정)

1. 택지개발촉진법 제3조 의 규정에 의하여 택지개발예정지구를 지정한 날 (2004.12.31. 신설)

2. 산업입지및개발에관한법률 제7조 의 3의 규정에 의하여 산업단지 등을 지정한 날 (2004.12.31. 신설)

3. 지역균형개발및지방중소기업육성에관한법률 제4조 의 규정에 의하여 광역개발권역을 지정한 날 (2004.12.31. 신설)

4. 주한미군(대한민국과미합중국간의상호방위조약에 의하여 대한민국에 주둔하는 미합중국 군대를 말한다)의 기지이전과 관련하여 공익사업을위한토지등의취득및보상에관한법률 제15조 의 규정에 의하여 보상계획을 공고한 날 (2004.12.31. 신설)

5. 제1호 내지 제4호 외의 법률에 의하여 양도하는 부동산의 경우에는 당해 법률에 의하여 부동산이 속한 사업지역에 대한 예정지구ㆍ지역, 개발권역 지정，보상계획공고 그밖에 이와 유사한 것으로서 대통령령이 정하는 날 (2004.12.31. 신설) (다) 소득세법 시행령 제162조 【양도 또는 취득의 시기】 법 제98조 의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각 호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금(당해 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우는 당해 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 제외한다)을 청산한 날로 한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기·등록접수일 또는 명의 개서일

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일 (라) 조세특례제한법 시행령 제72조 【공익사업용토지 등에 대한 양도소득세의 감면】

① 법 제77조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 채권”이라 함은 토지수용법제45조 또는공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률제63조의 규정에 의한 보상채권을 말한다.

② 법 제77조 제2항 제2호에서 “대통령령이 정하는 기한”이라 함은 사업시행인가에 있어서는 도시 및 주거환경정비법에 의하여 사업시행자의 지정을 받은 날부터 1년이 되는 날, 사업완료에 있어서는도시 및 주거환경정비법에 의하여 사업시행인가를 받은 사업시행계획서상의 공사완료일을 말한다.

③ 법 제77조 제4항의 규정에 의하여 감면신청을 하고자 하는 공익사업 또는 사업시행자는 당해 토지 등을 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고와 함께 재정경제부령이 정하는 세액감면신청서에 당해 공익사업 또는 사업시행자임을 확인할 수 있는 서류를 첨부하여 양도자의 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

④ 법 제77조 제5항의 규정에 의하여 감면신청을 하고자 하는 자는 당해 토지 등을 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고(거주자와법인세법제62조의 2 제7항의 규정에 의하여 예정신고를 한 비영리내국법인의 경우에는 예정신고를 포함한다)와 함께 재정경제부령이 정하는 세액감면신청서에 수용된 사실을 확인할 수 있는 서류를 첨부하여 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. (마) 도시 및 주거환경정비법 제2조 【용어의 정의】 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

1. “정비구역”이라 함은 정비사업을 계획적으로 시행하기 위하여 제4조의 규정에 의하여 지정ㆍ고시된 구역을 말한다.

2. “정비사업”이라 함은 이 법에서 정한 절차에 따라 도시기능을 회복하기 위하여 정비구역 안에서 정비기반시설을 정비하고 주택 등 건축물을 개량하거나 건설하는 다음 각목의 사업을 말한다. 다만, 다목의 경우에는 정비구역이 아닌 구역에서 시행하는 주택재건축 사업을 포함한다.

• 라. 도시환경정비사업: 상업지역ㆍ공업지역 등으로서 토지의 효율적 이용과 도심 또는 부도심 등 도시기능의 회복이나 상권활성화 등이 필요한 지역에서 도시환경을 개선하기 위하여 시행하는 사업

8. “사업시행자”라 함은 정비사업을 시행하는 자를 말한다. 제8조【주택재개발사업 등의 시행자】

③ 도시환경정비사업은 조합 또는 토지 등 소유자가 시행하거나, 조합 또는 토지 등 소유자가 조합원 또는 토지 등 소유자의 과반수의 동의를 얻어 시장ㆍ군수, 주택공사 등,한국토지공사법에 의한 한국토지공사(공장이 포함된 구역에서의 도시환경정비사업의 경우를 제외한다), 건설업자，등록사업자 또는 대통령령이 정하는 요건을 갖춘 자와 공동으로 이를 시행할 수 있다. 제28조【사업시행인가】

① 사업시행자(제8조 제1항 내지 제3항의 규정에 의한 공동시행의 경우를 포함하되, 사업시행자가 시장ㆍ군수인 경우를 제외한다)는 정비사업을 시행하고자 하는 경우에는 제30조의 규정에 의한 사업시행계획서(이하 “사업시행계획서”라 한다)에 정관등과 그 밖에 국토해양부령이 정하는 서류를 첨부하여 시장ㆍ군수에게 제출하고 사업시행인가를 받아야 한다.

④ 시장ㆍ군수는 제1항의 규정에 의한 사업시행인가(시장ㆍ군수가 사업시행계획서를 작성한 경우를 포함한다)를 하거나 그 정비사업을 변경ㆍ중지 또는 폐지하는 경우에는 국토해양부령이 정하는 방법 및 절차에 의하여 그 내용을 당해 지방자치단체의 공보에 고시하여야 한다. 다만, 제1항 단서의 규정에 의한 경미한 사항을 변경하고자 하는 경우에는 그러하지 아니하다.

⑤ 사업시행자(시장ㆍ군수 또는 주택공사등을 제외한다)는 사업시행인가를 신청(인가받은 내용을 변경하거나 정비사업을 중지 또는 폐지하고자 하는 경우를 포함한다)하기 전에 미리 총회를 개최하여 조합원 과반수의 동의를 얻어야 한다. 다만, 사업시행자가 지정개발자인 경우에는 정비구역안의 토지면적 50퍼센트 이상 토지소유자의 동의와 토지등소유자 과반수의 동의를 각각 얻어야 하며, 제1항 단서에 따른 경미한 변경인 경우에는 총회 의결을 필요로 하지 아니한다.

• 다. 사실관계 및 판단 (가) 심리자료를 보면, 청구인이 2001.12.27. 취득한 쟁점부동산을 2007.7.2. 양수법인에게 양도하고 실지거래가액으로 양도차익을 산정하여 2007.9.30. 양도소득과세표준예정신고를 한 후, 양수법인이 2009.5.22.도정법에 의한 사업시행자로 지정·인가받았으므로 쟁점부동산의 양도가조세특례제한법제77조 제1항 제2호의 규정에 의한 양도소득세 감면적용대상에 해당한다 하여 2009.6.19. 양도소득세 산출세액의 10%인 16,837,730원을 감면하여 달라는 경정청구서를 처분청에 제출한 것으로 나타난다. (나) 또한 청구인은 쟁점부동산이도정법제28조의 규정에 의한 공익사업용 토지로서 2009.5.22. 사업시행인가가 되고, 양수법인은 동일자로 사업시행자로 지정되었는바, 동 법 제2조 제8호에서 ‘사업시행자’라 함은 정비사업을 시행하는 자를 말한다고 하여 사업시행자로 인정되기 위한 요건으로 사업시행인가를 받아야 된다고 특정하고 있지는 아니하며,조세특례제한법제77조 제1항 제2호의 ‘사업시행자’를 권한 있는 기관의 지정된 사업자로 한정한다면 같은 공익사업용 토지로 사용되고 같은 사업시행자에게 양도한 것을 사업인정고시 이전에 사업시행자에게 협조를 잘하여 양도한 토지는 감면을 받지 못하고, 사업인정고시 후에 수용 등을 거쳐 양도되는 토지는 감면을 받게 되는 결과로 불합리하므로, 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 위법하다며, ○○○에 질의하여 받은 아래 <표>의 추진경위와 2006.12.30. 삭제된 구조세특례제한법제85조의 규정과 관련된 사건인 ○○○법원 판결문(2008구단5837, 2008.12.10.) 등을 제시하였다. (다) 이에 대해 처분청은 쟁점부동산이 양도당시 공익사업시행자로 지정받지 않은 자에게 양도되었음이 확인되어조세특례제한법제77조의 ‘공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세의 감면’ 규정을 적용할 수 있는 요건에 해당하지 않은 것으로 보아 2009.8.13. 청구인에게 경정청구거부를 통지한 것으로 나타난다. (라) 위 사실관계와 관련 규정을 종합하여 보면, 조세감면규정은 조세정책상 특혜를 주는 규정이므로 그 감면요건을 해석함에 있어 엄격하게 해석하여야 할 것으로 합리적 이유없이 사업시행자의 의미를 확장해석 또는 유추 해석해서는 안된다고 보이는 점, 청구인은 쟁점부동산이조세특례제한법제77조 제1항 제2호의 규정에 의하여 양도소득세 감면대상이라고 주장하나, 같은 조에는도정법에 의한 정비구역안의 토지 등을 동법에 의한 “사업시행자에게 양도”함으로써 발생하는 소득에 대하여 양도소득세의 100분의 10에 상당하는 세액을 감면하도록 규정되어 있고, 공익사업시행자로 지정되었는지 여부에 따라 당해 사업시행자로서의 지위 및 당해 사업시행자와 부동산양도자간의 법률행위에 따른 법률효과가 달라질 수 있으므로 공익사업시행자로 지정되기 전에 영리목적으로 부동산양도자와 상호 자유의사에 의하여 매매계약을 체결하고 부동산을 양수한 행위까지 공익사업시행자로서의 지위에서 법률행위를 행한 것으로 보기 어려운 점(조심 2009서3284, 2009.12.14. 같은 뜻), 같은 조 제2항 제2호의 규정을 보면, 2006.12.30. 삭제된 구조세특례제한법제85조의 규정과는 달리 사업시행자가 사업시행자로 지정된 이후 1년 이내에 사업시행인가를 받지 아니할 경우에는 감면세액에 이자상당액을 가산하여 소득세 또는 법인세를 납부하도록 강제하고 있고,도정법제28조 제1항의 규정에도 사업시행자는 관할 행정청으로부터 사업시행인가를 받아야 한다고 규정한 점, 또한 자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기는소득세법제98조 및 동법 시행령 제162조의 규정에 따라 관련 규정을 적용하여야 하는 바, 청구주장의 2006.12.30. 삭제된 구조세특례제한법제85조의 규정은 이 건에 소급하여 적용할 수 없다고 보이므로 처분청이 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.