농지대토로 취득한 토지가 수용된 경우 양도소득세 감면

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 2004.4.8. 취득한 ○○시 ○구 ○○동 ○○○-4 답 2,695㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 2006.12.26. 대한주택공사에 양도(수용)하고 2006년 귀속 양도소득세 83,400,030원을 신고․납부하였다. 이후 청구인은 2006.12.29. 쟁점토지의 양도에 따른 대토농지로 ○○시 ○○구 ○○○동 91 답 3,306㎡(이하 “대토농지”라 한다)를 취득하였으므로 ‘농지대토에 대한 양도소득세 감면’을 인정하여 달라며 경정청구를 하였다.
• 나. 처분청은 쟁점토지의 경작기간(보유기간)이 3년 미만에 해당하여 농지대토에 대한 양도소득세 감면요건을 충족하지 못하였다고 보아 2009.7.16. 청구인의 경정청구를 거부하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2009.8.7. 이의신청을 거쳐 2009.9.14. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인이 2004년 초에 취득한 쟁점토지가 2년 10개월만에 강제수용되었는데, 농지대토 감면에 대한 3년 재촌자경요건과 관련하여 약 2개월이 부족하다 하여 농지대토 감면을 배제함을 부당하고, 2004년에 취득한 쟁점토지에 대하여 2005.12.31. 신설된 조세특례제한법 제70조 규정 등을 적용하는 것은 법을 소급적용하는 것으로서 쟁점토지에 대하여 농지대토에 대한 양도소득세 감면은 인정되어야 한다. 한편, 조세특례제한법 시행령 제67조 제4항 에 있어서도 ‘제3항 제1호 및 제2호의 규정을 적용함에 있어서 새로운 농지를 취득한 후 3년 이내에 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 따른 협의매수․수용 및 그 밖의 법률에 따라 수용되는 경우에는 3년 이상 농지소재지에 거주하면서 경작한 것으로 본다’고 규정하고 있으므로, 청구인의 경우에도 이를 유추적용하여 3년 이상 쟁점토지를 경작한 것으로 보아 청구인에 대하여 농지대토에 대한 양도소득세 감면을 인정할 수 있어 보이는 바, 이를 배제한 이 건 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구인이 쟁점토지를 2년 9개월 보유하고 재촌자경한 사실은 인정하나, 쟁점토지를 농지대토에 대한 양도소득세 감면 요건인 3년이상 보유하고 재촌자경한 후에 양도한 것이 아니므로 청구인에 대하여 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점토지가 경작기간(보유기간)이 3년 미만이므로 농지대토에 대한 양도소득세 감면요건을 충족하지 못하였다 하여 청구인의 경정청구를 거부한 처분의 당부
• 나. 관련 법령 (1) 조세특례제한법 제70조 【농지대토에 대한 양도소득세 감면】

① 농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 직접 경작한 토지로서 농업소득세의 과세대상(비과세ㆍ감면과 소액부징수를 포함한다)이 되는 토지를 경작상의 필요에 의하여 대통령령이 정하는 경우에 해당하는 농지의 대토로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 부 칙 <제7839호,2005.12.31> 제1조 (시행일) 이 법은 2006년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제15조제3항·제118조제1항제1호·동조동항제3호 및 제127조제8항의 개정규정은 공포한 날부터 시행한다. 제2조 (일반적 적용례) ①이 법 중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 개시하는 과세연도 분부터 적용한다. (2) 조세특례제한법 제67조 【농지대토에 대한 양도소득세 감면요건 등】

① 법 제70조제1항에서 "대통령령이 정하는 거주자"라 함은 3년 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작을 개시할 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다. 이하 이 조에서 "농지소재지"라 한다)에 거주한 자를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다) 안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시ㆍ군ㆍ구 안의 지역

3. 해당 농지로부터 직선거리 20킬로미터 이내의 지역

② 법 제70조제1항에서 "직접 경작"이라 함은 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년성 식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 말한다.

③ 법 제70조제1항에서 "대통령령이 정하는 경우"라 함은 경작상의 필요에 의하여 대토하는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 3년 이상 종전의 농지소재지에 거주하면서 경작한 자가 종전의 농지의 양도일부터 1년(공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 따른 협의매수ㆍ수용 및 그 밖의 법률에 따라 수용되는 경우에는 2년) 내에 다른 농지를 취득하여 3년 이상 새로운 농지소재지에 거주하면서 경작한 경우로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

• 가. 새로 취득하는 농지의 면적이 양도하는 농지의 면적의 2분의 1이상일 것
• 나. 새로 취득하는 농지의 가액이 양도하는 농지의 가액의 3분의 1이상일 것

2. 3년 이상 종전의 농지소재지에 거주하면서 경작한 자가 새로운 농지의 취득일부터 1년 내에 종전의 농지를 양도하고 새로이 취득한 농지를 3년 이상 새로운 농지소재지에 거주하면서 경작한 경우로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

• 가. 새로 취득하는 농지의 면적이 양도하는 농지의 면적의 2분의 1이상일 것
• 나. 새로 취득하는 농지의 가액이 양도하는 농지의 가액의 3분의 1이상일 것

④ 제3항제1호 및 제2호의 규정을 적용함에 있어서 새로운 농지를 취득한 후 3년 이내에 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 따른 협의매수ㆍ수용 및 그 밖의 법률에 따라 수용되는 경우에는 3년 이상 농지소재지에 거주하면서 경작한 것으로 본다. 부칙 (2005.12.31. 대통령령 제19256호)

① (시행일) 이 영은 2006년 1월 1일부터 시행한다.

② (농지대토에 대한 양도소득세 감면요건 등에 관한 적용례) 이 영은 이 영 시행 후 최초로 양도하는 분부터 적용한다

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인에 대한 처분청의 경정청구 검토복명서에 의하면, 종전의 쟁점토지를 2004.4.8. 취득하여 자경하다가 2006.12.26. 대한주택공사에 수용으로 양도하였고, 2006.12.29. (새로운 농지인) 대토농지를 취득하여 대토하였는 바, 양도 당시 청구인이 종전 농지(쟁점토지)를 3년 이상 자경하지 아니하여 조세특례제한법 제70조 (농지대토에 대한 양도소득세 감면)의 (감면)요건에 해당하지 아니하는 것으로 기재되어 있다.

(2) 청구인이 제출한 쟁점토지 등기부등본에 의하면 2004.4.8. 임의 경매로 인한 낙찰을 원인으로 청구인이 쟁점토지를 취득한 후 2006.12.26.(등기접수) 공공용지의 협의취득(2006.12.21.)을 원인으로 대한주택공사에 소유권이전되었으며, 대토농지 등기부등본에 의하면 2006.12.29.(등기접수) 매매(2006.12.27.)를 원인으로 청구인에게 소유권 이전된 것으로 기재되어 있다 청구인은 이외에 쟁점토지에 대하여 경작구분이 ‘자경’으로 기재된 청구인의 농지원부, 대한주택공사 ○○지역본부장의 청구인의 쟁점토지에 대한 토지수용(협의매수) 확인서 등을 제출하였다.

(3) 살피건대, 농지대토에 대한 양도소득세 감면에 대하여 규정한 조세특례제한법 제70조 및 동법 시행령 제67조의 규정을 보면, 그 감면요건에 대하여 3년 이상 보유하고 재촌자경하도록 규정되어 있으나, 청구인은 쟁점토지를 3년 미만 보유하였고, 청구인은 또한 2004년에 취득한 쟁점토지에 대하여 2005.12.31. 신설된 조세특례제한법제70조 규정 등을 적용하는 것은 법을 소급적용하는 것이라고 주장하나, 2005.12.31. 신설된 조세특례제한법제70조의 경우 그 부칙(2005.12.31. 법률 제7839호) 제1조 및 제2조를 보면 2006.1.1.부터 시행하고 양도소득세에 관한 규정은 당해 법 시행 후 최초로 양도하는 분부터 적용하는 것으로 규정하고 있어, 당해 법이 시행(2006.1.1.)된 이후 청구인이 2006.12.26. 양도한 쟁점토지에 대하여 2005.12.31. 신설된 위 조세특례제한법 제70조 규정을 적용하는 것이 당해 법을 소급적용하는 것은 아니다[동일한 논리로서 조세특례제한법 시행령제67조(2005.12.31.신설)의 경우에도 그 부칙(2005.12.31. 대통령령 제19256호) 조항을 볼 때 쟁점토지에 대하여 위 시행령 규정을 적용하는 것이 당해 규정을 소급적용하는 것이 아니다] 한편, 청구인은 조세특례제한법 시행령제67조 제4항에 있어서도 ‘제3항 제1호 및 제2호의 규정을 적용함에 있어서 새로운 농지를 취득한 후 3년 이내에 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 따른 협의매수․수용 및 그 밖의 법률에 따라 수용되는 경우에는 3년 이상 농지소재지에 거주하면서 경작한 것으로 본다’고 규정하므로, 청구인의 경우에도 이를 유추적용하여 3년 이상 쟁점토지를 경작한 것으로 보아 농지대토에 대한 양도소득세 감면을 인정할 수 있다고 주장하나, 위 같은 항이 규정하고 있는 내용을 보면 당해 규정은 대토로 취득하는 새로운 농지에 대하여 적용되는 것으로 종전의 토지인 쟁점토지의 수용에 대하여 적용될 수는 없다고 할 것이다. 따라서, 위와 같은 점 등을 고려할 때 농지대토에 대한 양도소득세 감면에 관한 청구인의 경정청구를 배제한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.