토지의 양도에 대하여 2개의 감면을 함께 적용받을 수 있는지 여부

심판청구를 기각합니다.

• 가. 청구인은 1997.2.25. 상속받은 경기도 ○○시 ○○동 ***-* 전 1,626㎡(이하 "쟁점토지"라 한다)를 2009.1.6. 대한주택공사에 양도하고 공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세의 감면대상에 해당하는 것으로 보아 55,131,800원(산출세액의 20%)을 감면세액으로 산정하여 2009.1.20. 양도소득과세표준예정신고를 하였다.
• 나. 그 후 청구인은 쟁점토지가 2005.1.17. 주거지역에 편입되고 3년이 경과하기 이전(2007.1.18.)에 택지개발예정지구로 지정되었으므로 주거지역 편입일 이전에 발생한 양도소득은 8년 이상 자경농지의 감면대상에, 그 이후부터 양도일까지의 양도소득은 공익사업용 토지의 감면대상에 해당하는 것으로 보아 130,381,380원의 감면세액을 환급하여 달라는 경정청구서를 2009.7.29. 처분청에 제출하였다.
• 다. 처분청은 쟁점토지의 양도에 대하여 하나의 감면규정을 적용받는 것으로 보아 2009.9.2. 공익사업용 토지에 대한 양도소득세 감면을 배제하고, 주거지역에 편입한 날까지 발생한 8년 이상 자경농지의 감면에 따른 양도소득세 27,110,220원을 환급하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2009.9.14. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 조세특례제한법제127조 제7항의 중복감면 배제대상은 토지 전체에서 발생한 양도소득이 8년 이상 자경농지로서 감면대상도 되고 공공용지 수용감면의 대상이 되는 경우 이 중 하나의 감면을 선택하여 받으라는 취지로 해석되는 바, 쟁점토지와 같이 주거지역편입일 이후에 발생한 양도소득은 비농지소득에 해당되어 원칙적으로 8년 이상 자경농지의 감면을 적용받을 수 없는 경우인데도 당해 소득에 대하여 감면한도초과의 개념을 적용하여 중복적용 감면배제소득으로 보아 다른 감면대상의 적용을 배제하라는 의미는 아니므로, 쟁점토지의 양도에 대하여 8년 이상 자경농지의 감면만 인정하는 것은 부당하므로 공익사업용 양도토지의 감면을 추가 적용하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 거주자가 양도소득세 과세대상자산을 양도하면서 토지 등의 일부에 대하여 특정의 감면규정을 적용받는 경우 잔여부분에 대하여는 다른 감면규정을 적용받을 수 있는 것이나, 2 이상의 양도소득세 감면규정을 동시에 적용받는 경우 당해 거주자가 선택하는 하나의 감면규정을 적용하여야 하므로, 8년 이상 자경농지의 감면만 적용하는 것으로 하여 이 건 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 쟁점토지의 양도에 대하여 주거지역 편입일 이전까지는 8년 이상 자경농지의 감면을, 그 이후부터 양도일까지는 공익사업용 토지에 대한 감면을 함께 적용받을 수 있는지 여부
• 나. 관련 법령 (1) 조세특례제한법 제99조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】

① 농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 8년 이상직접 경작한 토지로서 농업소득세의 과세대상(비과세ㆍ감면 및 소액부징수 대상을 포함한다)이 되는 토지 중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 당해 토지가국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 "주거지역등"이라 한다)에 편입되거나도시개발법그 밖의 법률에 의하여 환지처분전에 농지외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령이 정하는 소득에 한하여 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 제77조【공익사업용토지 등에 대한 양도소득세의 감면】

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득으로서 당해 토지 등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시일전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지 등을 2009년 12월 31일 이전에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 20(토지 등의 양도대금을 대통령령이 정하는 채권으로 지급받는 분에 대하여는 100분의 25로 하되, 대통령령으로 정하는 방법에 따라 해당 채권을 만기까지 보유하기로 특약을 체결하는 경우에는 100분의 30)에 상당하는 세액을 감면한다.

1. 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률이 적용되는 공익사업에 필요한 토지 등을 당해 공익사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득 제127조【중복지원의 배제】

⑦ 거주자가 토지 등을 양도하여 2 이상의 양도소득세의 감면규정을 동시에 적용받는 경우에는 당해 거주자가 선택하는 하나의 감면규정만을 적용한다. 다만, 토지 등의 일부에 대하여 특정의 감면규정을 적용받는 경우에는 잔여부분에 대하여 다른 감면규정을 적용받을 수 있다. (2) 조세특례제한법 시행령 제66조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】

④ 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령이 정하는 토지"라 함은 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.

1. 양도일 현재 특별시ㆍ광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시(지방자치법 제3조 제4항 의 규정에 의하여 설치된 도ㆍ농복합형태의 시의 읍ㆍ면지역을 제외한다)에 있는 농지 중국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역 안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.

• 가. 사업시행지역 안의 토지소유자가 1천명 이상이거나 사업시행면적이 기획재정부령으로 정하는 규모 이상인 개발사업지역(사업인정고시일이 동일한 하나의 사업시행지역을 말한다) 안에서 개발사업의 시행으로 인하여 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 주거지역ㆍ상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 경우

⑦ 법 제69조 제1항 단서에서 "대통령령이 정하는 소득"이라 함은 소득세법제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. 다만,공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률및 그 밖의 법률에 따라 협의매수되거나 수용되는 경우에는 다음 산식 중 양도당시의 기준시가를 보상가액 산정의 기초가 되는 기준시가로 한다. 양도소득금액 × (주거지역등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날의 기준시가)

• (취득당시의 기준시가) (양도당시의 기준시가)

• (취득당시의 기준시가)

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 경정청구관련자료 등에 의하면, 청구인은 1997.2.25. 상속받은 경기도 ○○시 ○○동 ***-*전 1,626㎡(쟁점토지)를 보유하다가 2009.1.6. 대한주택공사에 공익사업용 토지로서 양도(가액: 1,223,834,910원)하고 공익사업용 토지에 대한 감면적용대상으로 보아 양도소득세를 신고하였고, 그 후 청구인은 쟁점토지가 2005.1.17. 주거지역으로 편입되고 3년이 경과하지 아니한 2007.1.18. "○○택지개발예정지구"로 지정고시되어 주거지역 편입일이전까지 발생한 양도소득에 대하여 8년 이상 자경농지의 감면(감면①)을, 이후 양도일까지 발생한 양도소득에 대하여는 공익사업용 토지의 감면(감면②)을 적용하여 달라는 경정청구를 2009.7.29. 처분청에 제기하였으며, 처분청은 위 감면②에 대하여는 감면배제하면서 위 감면①에 대하여만 양도소득세를 감면하여 감액경정한 것으로 나타난다.

(2) 청구인은 쟁점토지의 양도에 대하여 조세특례제한법 제127조 제7항 에 의한 중복적용배제규정을 적용하는 것은 부당하므로, 주거지역 편입일 이후부터 양도시점까지 공익사업용 양도토지에 대한 양도소득세 감면규정을 적용하여 달라는 주장이다.

(3) 살피건대,조세특례제한법제127조 제7항은 거주자가 토지 등을 양도하여 2 이상의 양도소득세의 감면규정을 동시에 적용받는 경우에는 당해 거주자가 선택하는 하나의 감면규정만을 적용하고, 다만 토지 등의 일부에 대하여 특정의 감면규정을 적용받는 경우에는 잔여부분에 대하여 다른 감면규정을 적용받을 수 있다고 규정하고 있는 바, 이 건과 같이 1필지의 쟁점토지 전부를 양도하면서 보유기간에 따라 안분하여 8년 자경농지의 감면규정과 공익사업용 양도토지의 감면규정을 순차 적용받을 수 있는 것은 아니라 할 것이므로, 처분청이 청구인의 환급경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.