장부에 의해 확정신고 후 추계소득금액으로 수정신고할 수 있는지 여부

심판청구를 기각한다

청구인은 ○○○라는 차류 가공업을 영위하고 있는 사업자로서, 2008.6.1. 처분청에 외부조정에 의하여 2007년 귀속 종합소득세 과세표준 확정신고를 한 후, 2009.1.30. 수입금액 누락액 16억5,636만7,898원을 포함하여 소득세법 제70조 제4항 제6호 의 규정에 따른 추계소득금액계산서에 의한 방식으로 소득금액을 계산하고, 조세특례제한법 제7조 (중소기업에 대한 특별세액감면)의 규정에 따른 감면액을 당초 297만6,032원에서 6,158만8,743원으로 증액하여 종합소득세 과세표준수정신고서를 제출하였다. 처분청은 ○○○국세청장의 감사결과 지적내용에 따라 수정신고로 증가된 감면액을 배제하여 2009.8.17. 청구인에게 2007년 귀속 종합소득세 6,700만6,260원을 경정·고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2009.9.14. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 (1) 국세기본법 제45조 에서 “과세표준신고서를 법정기한 내에 제출한 자는 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액에 미달하는 때에는 당해 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지하기 전까지 과세표준수정신고서를 제출할 수 있다.”라고 규정하고 있고, 수정신고 제외대상을 별도로 규정하고 있지 않고 있다. 따라서 청구인이 제출한 수정신고서는 적법한 것이다. (2)처분청은 장부에 의해 과세표준 확정신고를 한 자는 추계에 의한 소득금액 계산 방식으로 과세표준수정신고를 할 수 없다고 해석(국세청 소득 46011-31, 2000.1.10.)하고 있으나, 이는 세법에 근거가 없고, 합리적인 설명이나 이유를 제시함이 없는 부당한 해석이며, 청구인이 누락한 수입금액을 합산하여 과세표준과 세액이 증가하였다면 법에서 기대하는 수정신고의 목적은 달성한 것이고, 처분청도 최종적으로 추계에 의한 과세방법으로 경정을 하였으므로 청구인의 수정신고는 적법한 것이다. (3) 조세특례제한법 제128조 (추계과세시 등의 감면배제)의 규정에 의하면, 기한 후 신고, 경정, 세무조사 사전통지를 받은 후 수정신고를 하는 경우에만 감면을 배제할 수 있는데 청구인은 이에 해당하지 않는데도 수정신고한 소득을 과소신고로 보아 감면을 배제한 것은 위법하다.
• 나. 처분청의 의견 (1) 국세기본법 제45조 의 규정에 의한 수정신고는 당초의 과세표준 및 세액과 수정신고 하는 과세표준 및 세액을 기재하여야 하는 것으로, 청구인은 소득세법 제70조 의 규정에 의하여 비치·기장된 장부와 증빙서류에 의해 사업소득금액 등을 계산하고 세무사가 작성한 조정계산서를 첨부하여 종합소득세 과세표준과 세액을 신고하였으므로 당초 신고한 내용에 수정할 사항을 기재한 수정신고서는 제출할 수 있으나, 신고유형을 완전히 달리한 추계소득금액계산서를 첨부하여 수정신고서를 제출할 수는 없는 것으로 확인되므로 2009.1.30. 제출한 과세표준 수정신고서는 효력이 없다○○○

(2) 따라서, 이 건은 당초신고내용을 바탕으로 경정하여야 할 것이나, 수입금액 누락 비율이 178%로 차이가 커 당초 신고의 기초가 된 장부 및 증빙서류의 진위를 확인하기 어려운 것으로 판단되므로 소득세법 제80조 제3항 단서의 규정에 의해 소득금액을 추계조사 결정하고, 증가된 감면액을 배제한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 비치·기장된 장부와 증빙서류에 의해 사업소득금액을 계산하여 종합소득세 과세표준 확정신고를 한 후 추계소득금액계산서를 첨부하여 과세표준 수정신고를 할 수 있는지 여부
• 나. 관련법령

○ 국세기본법 제45조 (수정신고)

① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자(소득세법 제73조 제1항 제1호 부터 제8호까지에 해당하는 자를 포함한다)는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 관할세무서장이 각 세법의 규정에 의하여 당해 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지를 하기 전까지 과세표준수정신고서를 제출할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액에 미달하는 때

○ 국세기본법 시행령 제25조 (과세표준수정신고)

① 법 제45조에 규정하는 과세표준수정신고서에는 다음 각호의 사항을 기재하여야 하며, 수정한 부분에 관하여 당초의 과세표준신고서에 첨부하여야 할 서류가 있는 때에는 이를 수정한 서류를 첨부하여야 한다.

○ 소득세법 제70조 (종합소득 과세표준확정신고)

① 당해연도의 종합소득금액이 있는 거주자는 그 종합소득과세표준을 당해연도의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지 대통령령이 정하는 바에 의하여 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다.

④ 종합소득과세표준확정신고에 있어서는 그 신고서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 이 경우 제160조제3항의 규정에 따른 복식부기의무자(이하 "복식부기의무자"라 한다)가 제3호의 규정에 따른 서류를 제출하지 아니한 경우에는 종합소득과세표준확정신고를 하지 아니한 것으로 본다.

6. 부동산임대소득금액 또는 사업소득금액을 제160조 및 제161조의 규정에 의하여 비치·기장한 장부와 증빙서류에 의하여 계산하지 아니한 경우에는 대통령령이 정하는 추계소득금액계산서

○ 소득세법 제80조 (결정과 경정)

② 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제70조·제71조 및 제74조의 규정에 따른 과세표준확정신고를 한 자(제1호의2 및 제1호의3의 경우에는 제73조의 규정에 따라 과세표준확정신고를 하지 아니한 자를 포함한다)가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 당해연도의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 때

③ 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 당해연도의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부 기타 증빙서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 소득금액을 추계조사결정할 수 있다.

○ 소득세법 시행령 제132조 (간편장부소득금액계산서 등)

② 법 제70조 제4항 제3호 단서의 규정에 의한 간편장부소득금액계산서 및 동항 제6호의 규정에 의한 추계소득금액계산서는 재정경제부령으로 정한다.

○ 소득세법 제143조 (추계결정 및 경정)

① 법 제80조 제3항 단서에서 "대통령령이 정하는 사유"라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. 과세표준을 계산함에 있어서 필요한 장부와 증빙서류가 없거나 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우

2. 기장의 내용이 시설규모·종업원수·원자재·상품 또는 제품의 시가·각종 요금 등에 비추어 허위임이 명백한 경우

3. 기장의 내용이 원자재사용량·전력사용량 기타 조업상황에 비추어 허위임이 명백한 경우

○ 조세특례제한법 제7조 (중소기업에 대한 특별세액감면)

① 중소기업중 다음 제1호의 감면업종을 영위하는 기업에 대하여는 2011년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 해당 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 제2호의 감면비율을 적용하여 산출한 세액 상당액을 감면한다. 다만, 내국법인의 본점 또는 주사무소가 수도권 안에 소재하는 경우에는 모든 사업장이 수도권안에 소재하는 것으로 보아 제2호에서 규정하는 감면비율을 적용한다.

○ 조세특례제한법 제128조 (추계과세시 등의 감면배제)

③ 소득세법 제80조제2항 또는 법인세법 제66조 제2항 의 규정에 의하여 경정(제4항 각 호의 어느 하나에 해당되어 경정하는 경우를 제외한다)을 하는 경우와 국세기본법 제81조의7 의 규정에 의한 세무조사 사전통지를 받은 후 수정신고를 하는 경우에는 대통령령이 정하는 과소신고금액에 대하여 제6조, 제7조, 제12조의2, 제31조 제4항·제5항, 제33조의2, 제63조, 제63조의2 제2항, 제64조, 제66조 내지 제68조, 제102조, 제121조의8, 제121조의9 제2항, 제121조의17 제2항을 적용하지 아니한다.

• 다. 사실관계 및 판단 (1)청구인이 2008.6.1. 외부조정에 의하여 2007년 귀속 종합소득세 과세표준 확정신고를 하고, 2009.1.30. 수입금액 누락액 16억5,636만7,898원을 포함하여 소득세법 제70조 제4항 제6호 의 규정에 따른 추계소득금액계산 방식으로 소득금액을 계산하여 과세표준 수정신고를 한 것으로 심리자료에 나타난다. (2)청구인이 한 종합소득 과세표준확정신고 및 과세표준수정신고 내역은 다음과 같다. (3)처분청은 청구인이 당초 외부조정으로 종합소득세 과세표준확정신고를 한 후 추계로 신고유형을 변경하여 수정신고한 것이므로 동 수정신고는 국세기본법 제45조 의 규정에 의한 수정신고로 볼 수 없고, 소득세법 제80조 제2항 및 동조 제3항 단서의 규정에 따라 종합소득세 과세표준을 경정·결정하여야 하는 것이며, 조 세특례제한법 제128조(추계과세시 등의 감면 배제)의 규정에 따라 과다 신고된 중소 기업에 대한 특별세액감면액 5,441만9,000원을 감면 배제하여 2009.8.17. 청구인에게 종합소득세 6,700만6,260원을 경정·고지한 것으로 심리자료에 나타난다.

(4) 위 사실관계 및 관련법령을 종합하여 청구인의 주장이 타당한지 보면, 청구인은 적법하게 과세표준수정신고서를 제출한 것이므로 증액된 ‘중소기업에 대한 특별세액감면’을 배제한 처분은 부당하다는 주장이나, 당초 장부에 근거한 외부조정으로 종합소득세 과세표준확정신고를 하고 추후 추계에 의한 방법으로 수정신고를 하는 것을 국세기본법 제45조 의 규정에 의한 수정신고로 보기는 어렵고○○○ 청구인의 수입금액 누락비율이 178%로 과다하여 당초 신고의 기초가 된 장부 및 증빙서류의 진위 여부를 확인하기 어려운 경우에는 소득세법 제80조 제2항 및 동조 제3항 단서의 규정에 따라 종합소득세 과세표준을 추계로 경정·결정함이 타당한 것으로 보이며, 이와 같은 경우에 조세특례제한법 제128조 (추계과세시 등의 감면 배제)의 제3항의 규정에 따라 증액 신고된 ‘중소기업에 대한 특별세액감면액’을 배제한 처분도 타당한 것으로 보인다. 따라서 처분청이 청구인에게 한 이 건 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유가 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.