매입누락 금액에 대한 경정청구에 대해 실제 거래가 있었는지 여부

○○○세무서장이 2009.7.24. 청구인에게 한 2008년 제2기 부가가치세 5,080,910원의 경정거부처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구법인은 “유아용 완구류 제조 및 도매업”을 영위하는 법인으로 2008년 제2기 부가가치세 과세표준 확정신고를 한 이후인 2009.3.19. 2008년 제2기에 주식회사 ○○○(이하 “쟁점거래처”라 한다)으로부터 수취한 공급가액 56,454,545원인 세금계산서 1매(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 신고누락하였으므로 처분청에 해당 매입세액을 공제하여 가산세를 제외한 부가가치세액 5,080,910원을 환급하여 줄 것을 내용으로 하는 경정청구를 하였다.
• 나. 처분청은 청구인의 경정청구에 대하여 청구법인이 대금을 지급한 일자와 쟁점거래처가 대금을 수령한 일자가 상이하고, 쟁점세금계산서와 관련하여 쟁점거래처로부터 물품을 매입한 사실이 객관적으로 입증되지 아니한다 하여 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보고 2009.7.24. 청구법인에게 경정청구 거부통지를 하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2009.8.26. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 처분청은 청구법인이 쟁점거래처에게 매입대금을 법인예금계좌가 아닌 개인예금계좌로 송금하였으므로 대금지급사실이 입증되지 아니한다는 의견이나, 청구법인은 물품을 정상적으로 매입하고 쟁점거래처가 제시한 예금계좌로 송금하였음에도 당해 예금계좌가 개인명의의 예금계좌라고 하여 매입대금을 지급한 사실이 입증되지 아니한다고 보는 것은 잘못이다. 또한, 처분청은 청구법인이 쟁점거래처로부터 2008년 12월에 매입하였다는 제품에 대하여 이를 매출한 내역이나 기말재고자산으로 계상되어 있지 아니하므로 실제 매입하였는지 불분명하다고 보았으나, 청구법인은 쟁점거래처로부터 2008.12.4.과 12.17.에 각각 제품을 매입하여 ○○○에게 매출을 하였다가 일부는 반품되어 현재 재고로 남아 있는 사실이 입증되므로 처분청이 실제 쟁점거래처로부터 매입을 하였는지 여부가 불분명하다고 본 것은 잘못이므로, 청구인이 착오로 2008년 제2기 확정신고시 매입세액 공제대상에서 누락한 쟁점세금계산서상 매입세액을 공제하여 경정청구를 한 것에 대하여 처분청이 이를 거부한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인이 쟁점거래처와의 거래를 정상거래라는 증빙으로 제시한 거래내역과 예금계좌 입출금내역을 보면, 청구법인이 매입대금을 송금한 내역과 쟁점거래처가 송금을 요구한 예금계좌라는 최○○○ 명의의 예금계좌에 입금된 내역에서 일자 등이 상이하며, 최○○○은 청구법인에 대하여 알지 못한다고 답변하였고 국세통합전산망에 조회한 결과 쟁점거래처의 대표자나 가족 및 주주 등에 해당되지 아니하는 등 쟁점거래처와의 관계가 확인되지 아니하며, 청구법인이 쟁점거래처와 2008년에 거래한 금액의 합계가 120,014,865원인데 최○○○의 예금계좌에 입금한 총액이 157,922,439원으로 차이가 있음에도 2008사업연도 법인세 과세표준 신고시 당해 차액을 선급금으로 계상한 사실이 없는 점 등을 감안하면, 청구법인이 실제 쟁점거래처에 매입대금을 지급하였는지 여부가 불분명하다. 또한, 청구법인은 쟁점거래처로부터 2008.12.4.과 12.17에 매입하였다는 거래명세서를 제시하면서 그 이전인 2008.12.1.과 12.8에 ○○○에게 이를 매출하였다는 매출장부를 제시하고 있으므로 제품 입고전에 이를 매출하였다는 것은 논리상 어긋나며, 경정청구시에는 매출처를 ○○○과 ○○○이라고 하였다가 심판청구시 ○○○에게 매출하였다고 번복하는 등 주장의 신빙성이 부족하고, 청구법인이 제출한 2008년말 ○○○이 재고내역에 쟁점거래처로부터 매입하였다는 물품의 매출내역이나 재고내역이 없는 점 등을 감안하면, 청구법인이 실제 쟁점거래처로부터 물품을 매입하고 그 대금을 지급한 것으로 볼 수 없으므로 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 청구법인이 쟁점거래처와 실지거래를 하고 쟁점세금계산서를 교부받은 것으로 볼 수 있는지 여부
• 나. 관련법령

○ 부가가치세법(2008.12.26. 법률 제9268호로 개정되기 전의 것)제16조【세금계산서】

① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조의 시기(대통령령에서 시기를 다르게 정하는 경우에는 그 시기를 말한다)에 다음 각 호의 사항을 기재한 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받은 자에게 교부하여야 한다. 이 경우 세금계산서를 교부한 후 그 기재사항에 관하여 착오나 정정 등 대통령령이 정하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

5. 제1호부터 제4호까지 외에 대통령령이 정하는 사항

○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 1의2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

○ 부가가치세법 시행령 제60조 【매입세액의 범위】

② 법 제17조 제2항 제1호의2 단서에 규정하는 대통령령이 정하는 경우는 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

2. 법 제16조 제1항의 규정에 의하여 교부받은 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 기재되었으나 당해 세금계산서의 그 밖의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우

○ 국세기본법(2010.1.1. 법률 제9911호로 개정되기 전의 것) 제45조의2【경정 등의 청구】

① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 법정신고기한 경과 후 3년(각 세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 이의신청ㆍ심사청구 또는 심판청구 기간을 말한다) 이내에 관할세무서장에게 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 쟁점거래처와 실지거래를 하였다는 증빙으로 제시한 자료의 내역은 다음과 같다. (가) 쟁점거래처로부터 수취하였다는 거래명세서 내역은 아래〈표1〉과 같다. 〈표1〉 거래명세표 내역 (나) 매입대금을 지급한 증빙으로 제시한 금융거래내역은 아래 〈표2〉와 같다. <표2〉청구법인 예금계좌에서 출금된 내역과 쟁점거래처 법인예금계좌와 최○○○ 개인 예금계좌에 청구법인이 입금한 내역 (다) 청구법인이 제시한 2008년 12월말 ○○○ 재고내역은 아래〈표3〉과 같다. 〈표3〉2008년 12월말 딸랑이 재고내역 (라) 청구법인이 2008년에 매출처에 매출한 내역이라고 제시한 법인수기장부상 거래내역은 아래〈표4〉와 같다. 〈표4〉 매출처별 거래내역 (마) 청구법인이 쟁점거래처로부터 물품을 매입한 후 수취한 세금계산서 내역은 아래〈표5〉과 같다. 〈표5〉쟁점거래처로부터 수취한 세금계산서 내역

(2) 처분청이 경정청구 거부처분의 근거로 본 2008년 12월 청구법인이 거래명세표상 물품매입내역과 거래처에 대한 매출내역을 비교하면 아래와 같다.

(3) 청구법인은 2009.8.19. 과세표준 수정신고를 하여 추가로 선급금 37,907,573원을 법인장부상 계상한 것이 법인세 과세표준 및 세액의 수정신고서에 의하여 확인된다.

(4) 청구인은 쟁점거래처와 실지거래를 하고 쟁점세금계산서를 수취하였으나 2008년 제2기 부가가치세 과세표준 확정신고시 이를 누락함에 따라 경정청구를 한데 대하여 처분청이 이를 거부한 처분은 부당하다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 본다. (가) 처분청은 청구법인의 예금계좌에서 자금이 인출된 날과 쟁점거래처의 최○○○ 명의 예금계좌에 입금된 날자가 상이한 것을 이유로 거론하였으나, 청구법인의 ○○○은행 예금계좌에는 구체적인 내역이 없이 단순히 대체하였다는 기록만 기재되어 있고, 최○○○ 명의의 예금계좌상 입금내역에는 청구법인으로부터 ○○○은행이나 ○○○예금계좌에서 대체되거나 ○○○은행에서 현금으로 입금되었다는 기록이 남아 있는 점 등에서 청구법인의 ○○○은행 예금계좌상의 대체내역과 쟁점거래처 관련통장의 입금내역이 서로 관련성이 있는 금융거래자료라고 보이지 아니한다. (나) 처분청은 청구법인이 쟁점거래처로부터 2008년에 매입한 금액의 합계액이 120,014,865원인데 최○○○의 예금계좌에 입금된 금액은 157,922,439원으로 대금지급액이 초과하는데 선급금으로 계상되어 있지 아니하다는 사유를 들고 있으나, 청구법인이 과다지급한 금액에 대하여 수정신고를 한 점에 비추어 선급금으로 계상된 금액이 없다는 사유로 쟁점세금계산서와 관련한 거래를 부인하는 것은 타당하지 아니하다. (다) 처분청은 청구법인이 2008년 제2기에 쟁점거래처로부터 12.4.과 12.17에 제품을 매입하고 이를 매출하거나 재고자산으로 계상한 내역이 없으므로 실지거래한 것으로 볼 수 없다는 의견이나, 청구법인이 제시한 매출관련 자료 중 ○○○이나 ○○○에 매출하였다는 주장은 매출제품이 상이하므로 인정하기 어렵지만 ○○○에게 지속적으로 쟁점거래처로부터 매입한 물품과 동일한 품목을 매출하고 있고, 2008년말 ○○○이 재고내역에 2008.12.4.과 2008.12.17. 구입한 물품과 동일한 물품의 재고량이 있는 것으로 보아 매출실적이나 재고량이 없다고 볼 수 없다 하겠다. (라) 청구법인은 쟁점거래처와 거래를 하고 2008년 제1기, 제2기 및 2009년 제1기에도 세금계산서를 교부받았으며 거래금액이 일정한 수준인 점을 감안하면, 동일한 거래형태에 대하여 2008년 제2기 거래분에 대한 쟁점세금계산서만 사실과 다른 세금계산서로 보는 것은 불합리한 측면이 있다고 보여진다. (마) 한편, 쟁점거래처는 쟁점세금계산서상의 매출액에 대하여 2008년 제2기의 매출로 수정신고한 사실이 확인된다.

(5) 사정이 이러하다면 처분청이 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 청구인이 2008년 제2기 부가가치세 과세표준의 경정청구를 한 것에 대하여 이를 거부한 처분은 잘못이라고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.