공사비를 자본적 지출로 보아 필요경비로 인정할 수 있는지 여부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 2007.12.4. <별지> 목록의 ○○도 ○○시 ○○동 00-00 공장용지 35㎡ 외 5필지 토지, 합계 7,149㎡(이하 “쟁점토지”이라 한다)를 ○○토지공사에게 공공용지 협의취득을 원인으로 양도한 후 2008.2.29. 쟁점토지의 취득가액을 환산가액인 14,455천원으로, 양도가액을 실지거래가액인 2,7444,637천원으로 각각 산정하고 공장용지 조성 공사비 421,028천원(1차 공사 267,933천원 및 2차 공사 153,095천원), 취득세 4,931천원, 대체조림비 2,550천원(공장용지 조성공사비 421,028천원, 취득세 4,931천원을 포함하여 이하 “쟁점공사비”라 한다)을 자본적 지출액으로 보아 쟁점토지의 양도차익 계산시 필요경비에 산입하여 양도소득 과세표준 예정신고를 하였다.
• 나. 처분청은 쟁점공사비를 실지로 지출된 필요경비가 아닌 것으로 보아 2009.6.8. 청구인에게 2007년 귀속 양도소득세 106,848,500원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2009.8.31. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 쟁점토지에 대하여 공장용지 조성공사를 실제로 하였다는 사실은 처분청도 인정하고 있고, 쟁점토지의 실지 취득가액은 1,970천원이며, 청구인이 2002년말경 공사대금 지출내역을 기록한 원시장부를 세무대리인(세무사 유○○)에게 건네주어 2003~2007년 귀속 종합소득세 신고시 쟁점토지의 장부가액을 635,904천원으로 계상하였다. 다만, 장부비치 보존기간이 경과하였고, 세무대리인도 2008.1.25. 돌연 사망한 관계로 원시장부를 찾을 수 없으나, 지방자치단체장의 개발비용 내역 통보서 등을 보면, 공장용지 조성공사비가 421,028천원으로 기재되어 있고, 청구인의 예금계좌 입출금내역 등을 보더라도 쟁점공사비가 실지로 지출된 필요경비로 인정할 수 있는데도 처분청이 이를 부인하여 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구인이 제출한 지방자치단체장의 개발비용 내역 통보서 및 예금계좌 입출금내역만으로는 쟁점공사비 상당의 금액이 실지로 지출되었다고 인정하기 부족하고, 실지로 필요경비를 지출하였다는 공사계약서, 세금계산서 등의 객관적인 증빙자료를 제출하지 못한 것으로 보아 청구주장은 이유 없다.

• 가. 쟁 점 쟁점공사비를 자본적 지출로 보아 쟁점토지의 양도차익 계산 시 필요경비로 인정할 수 있는지 여부
• 나. 관련 법령 〇 소득세법 제97조 【양도소득의 필요경비 계산】

① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것 〇 소득세법시행령 제163조 【양도자산의 필요경비】

① 법 제97조제1항제2호에서 "자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

3. 양도자산의 용도변경․개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점토지의 부동산등기부등본 및 국세통합전산망을 포함한 기타 심리자료를 보면, 쟁점토지의 지목변경 및 청구인의 2007년 귀속 양도소득 과세표준 예정신고 내역은 아래 <표>와 같다. <표> 지목변경 및 양도소득 과세표준 예정신고 내역 (단위: ㎡, 천원) 지번 면적 취득일 취득가액(환산) 지 목 변 경 양도일 양도가액(실가) 필요경비 변경전 변경후 변경일 58-12 35 ‘02.6.19. 2,414 대지 공장용지 ‘02.10.25. ‘07.12.4. 13,370 68 103-2 2,772 ‘86.7.14. 4,555 임야 공장용지 ‘00.1.18. ‘07.12.4. 1,115,268 271,696 103-3 237 ‘86.7.14. 1,136 임야 공장용지 ‘02.1.4. ‘07.12.4. 31,442 10 103-6 2,079 ‘86.7.14. 3,192 임야 공장용지 ‘02.1.4. ‘07.12.4. 802,494 89 103-7 951 ‘86.7.14. 1,470 임야 공장용지 ‘02.10.25. ‘07.12.4. 369,622 40 103-8 1,075 ‘86.7.14. 1,686 임야 공장용지 ‘02.10.25. ‘07.12.4. 412,441 156,814 합계 7,149 14,455 2,744,637 428,719

(2) 쟁점토지에 대한 공장용지 조성공사가 있었던 사실 및 쟁점토지의 실지 취득가액이 1.970천원인 사실, 청구인이 쟁점토지 지상 공장건물에 대하여 2002.1.16. 사업자등록을 신청한 사실, 그리고 청구인이 2003년~2007년 귀속 종합소득세 신고시 쟁점토지의 장부가액을 635,904천원으로 계상한 사실에 대하여는 청구인과 처분청간에 다툼이 없다.

(3) 청구인이 이 건 심리자료로 제출한 쟁점토지의 개발비용내역서및 ○○도 ○○군수의 2002.2.4. 개발비용 내역 통보서, 2002.12.16. 개발부담금예정통지서, 2010.1.14. 개발부담금 관련 사실확인 요청에 따른 회신문을 보면, 청구인은 간접노무비율 산출기준표(재무회계 2210-59, 89.3.9.) 및 완성공사원가구성분석등을 적용하여 쟁점토지에 대한 개발비용내역서를 작성, 제출하였고, 이에 ○○도 ○○시장은 청구인이 제출한 위 개발비용내역서상 공사비용 중 이 건 조성공사와 무관한 일부 취득세를 부인하여 개발부담금을 산정한 것으로 나타난다.

(4) 청구인이 이 건 심리자료로 제출한 원가계산용역기관인 사단법인 ○○경제정보연구소의 2009.6.30. 원가보고서를 보면, 의뢰인(청구인)으로부터 제시된 도면, 내역서 및 수량산출서를 참고로 하고, 그 재정경제부 회계예규 2200.04-105-6(1999.12.13.) 및 2200.04-105-7(2001.2.10) “예정가격 작성기준”에 의거하여 재료비, 노무비, 경비, 일반관리비 및 이윤으로 구분․작성하는 방법으로 공사원가를 계산한 결과 쟁점토지에 대한 공장용지 조성공사비를 407,213천원으로 산정한 것으로 기재되어 있다.

(5) 청구인의 심판청구 대리인은 2009.11.13. 조세심판관회의에서 청구인이 공장임대업으로 사업자등록을 하고 2003년~2004년 귀속 종합소득세를 신고하면서 쟁점토지의 장부가액을 635,904천원으로 계상한 점 및 지방자치단체의 개발부담금예정통지서 등을 보면, 공장용지 조성공사비가 421,028천원으로 기재되어 있고, 동 개발부담금예정통지서 등은 이 건 양도소득세 예정신고 이후에 소급작성된 자료가 아니며, 원가계산용역기관에서 사후 산정한 공사비 산정금액이 407,213천원인 것으로 보아 쟁점공사비는 객관성을 인정받을 수 있는 금액으로 보아야 한다고 의견 진술하였다.

(6) 위 사실관계 및 관련법령을 종합하여 보건대, 청구인은 쟁점공사비를 양도소득세 산정 시 자본적 지출액으로 인정하여야 한다고 주장하나, 자산의 양도차익을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우에는 자산의 취득가액이나 양도가액 뿐만 아니라 그 필요경비도 실지거래가액에 의하여야 함이 타당한바, 여기에서 실지거래가액이라 함은 실지로 거래된 가액을 의미하므로 쟁점공사비는 실지로 지출된 금액이 아닌 표준단가 등에 의하여 작성된 추정금액이어서 이를 자본적 지출액의 실지거래가액으로 인정하기 어렵다 할 것이고, 달리 쟁점토지의 조성공사비용으로 실지로 지출된 금액을 확인할 수 있는 객관적인 증빙자료를 제출하지 못하는 이상 청구주장을 받아들이기는 어려운 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.