토지에 정착된 구축물의 가치 증대를 위한 공사로 토지관련 매입세액이 아님

ＡＡ세무서장이 2009.5.22. 청구인에게 한 2008년 제2기 부가가치세 875,710원의 부과처분은 청구인이 2008년 제2기 부가가치세 과세기간에 주식회사 □□□□, ▲▲▲▲, 재단법인 ●●●●연구소 및 ▽▽▽▽로부터 교부받은 공급가액 1억722만원 상당의 세금계산서 상의 매입세액을 공제하는 것으로 하여 그 세액을 경정한다.

• 가. 청구인은 2002.11.8. 개업하여 경기도 ⒽⒽ시 GI동 333-1 소재 ‘AG주유소’라는 상호의 ‘주유소 임대업 ’을 영위하는 사업자로, 2008년 제2기 부가가치세 과세기간에 주식회사 □□□□(이하 "□□□□"라 한다)로부터 공급가액 5,581만원의 세금계산서 2매, ▲▲▲▲으로부터 공급가액 3,400만원의 세금계산서 2매, 재단법인 ●●●●연구소(이하 "●●●●연구소"라 한다)로부터 공급가액 1,091만원의 세금계산서 1매, 합계 공급가액 1억72만원의 세금계산서 5매(이하 "쟁점세금계산서①"이라 한다)를 교부받아 관련 매입세액을 공제하여 부가가치세 환급 신고를 하였다.
• 나. 처분청은 쟁점세금계산서①상의 공급가액을 토지에 대한 자본적 지출로 보아 관련 매입세액을 불공제하여 환급거부하면서, 청구인이 같은 기간에 ▽▽▽▽로부터 교부받은 공급가액 650만원의 세금계산서(이하 "쟁점세금계산서②"라 한다)는 공급자가 사실과 다른 세금 계산서로 보아 관련 매입세액 불공제하고, 2009.5.22. 청구인에게 2008 년 제2기 부가가치세 875,710원을 경정 ․ 고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2009.8.5. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 쟁점세금계산서①은 청구인이 임대하고 있는 AG주유소의 지하유류저장탱크가 노후화되어 유류가 누출됨에 따라 주유탱크 옹벽공사, 토양오염부지와 그 주변지역 안의 오염토양을 반출·정화하는 공사를 하고, 공사수행자인 □□□□, 정화엔지니어링 및 ●●●●연구소 등으로부터 교부받은 세금계산서임에도 불구하고 처분청은 이들이 수행한 공사를 토지조성공사로 보아 관련 매입세액을 불공제한 것이므로 부당하고, 쟁점세금계산서②는 ▽▽▽▽로부터 AG주유소의 화장실 보수공사 및 벽면 페인트공사 용역을 제공받고, 공사대금을 지급한 후, 실제로 공사를 수행한 ▽▽▽▽로부터 교부받은 것으로, 청구인은 그 공사대금을 AG주유소 임차인의 요청에 따라 AG주유소 임차인에게 ▽▽▽▽를 소개하였던 박☆☆의 계좌로 입금한 사실이 있는 바, 처분청은 공사대금의 실제 수령자와 세금계산서의 교부자가 다르다는 이유로 쟁점세금계산서②상의 매입세액을 공제하지 아니한 것이므로 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 쟁점세금계산서①상의 공사를 토지조성공사가 아닌 주유소 주유탱크 설치공사 및 지하 유류저장시설의 주된 공사에 필수적으로 부수되는 종된 공사에 불과한 것이라고 주장하나, 당초 환급 현지 확인 시 동 공사가 토지조성공사에 해당하는지의 여부에 대하여는 다투지 아니하였는 바, 토지관련 매입세액은 그 토지가 과세사업에 사용되는지 여부에 관계없이 공제하지 아니하는 것이므로 쟁점세금계산 서①상의 매입세액을 공제하지 아니한 것은 정당하고, 청구인이 ▽▽▽▽로부터 교부받은 쟁점세금계산서②는 실지사업자가 불분명할 뿐 만 아니라, 공사대금의 실지 수령자가 미등록사업자인 박☆☆으로 확인되므로 이를 공급자가 사실과 다른 세금계산서로 보아 관련 매입세액을 불공제한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점세금계산서①상의 매입세액을 토지관련 매입세액으로 보고, 쟁점세금계산서②를 공급자가 사실과 다른 세금계산서로 보아 관련 매입세액을 불공제한 처분의 당부
• 나. 관련법령 별지 목록 기재와 같다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 청구인에 대한 부가가치세 환급 현지 확인조사 종결 보고서(2009년 2월)에 의하면, 청구인이 2008년 저11271 부가가치세 조기환급 신고 시 공제 신청한 쟁점세금계산서①상의 매입세액과 관련하여 처분청은 2009.2.11.부터 2009.2.19.까지 현지조사를 실시하고, 쟁점 세금계산서①상의 공급자인 □□□□는 오염토양반출정화공사업체이고, ▲▲▲▲은 지하매립 오염제거 및 새로운 토양반입업체이며, ●●●●연구소는 토양오염도 검사업체임을 확인한 후, 이들이 실시한 공사가 AG주유소의 건물 보수공사와 무관한 토양오염정화복구와 관련된 공사로서 쟁점세금계산서①상의 매입세액이 토지관련 매입세액에 해당된다고 판단하여 관련 매입세액을 공제하지 아니하였으며, 청구인이 ▽▽▽▽로부터 교부받은 쟁점②세금계산서와 관련된 공사대금을 박☆☆이 수령하였으므로 쟁점세금계산서②상의 공급자가 사실과 다르다고 판단하여 관련 매입세액을 공제하지 아니하였다고 기재되어 있다.

(2) 쟁점세금계산서①에 대하여 살펴본다. (가) 청구인이 2008.10.27. ▲▲▲▲ 대표자 김◇◇과 체결한 공사도급계약서에 의하면, 김◇◇은 2008.10.27.부터 2008.12.17.까지 청구인의 임대사업장인 AG주유소의 바닥오염토를 제거하기 위한 바닥 철거 및 시멘트 타설 오염차단막공사 및 주유탱크실 옹벽공사를 공급대가 7,501만원에 시행하기로 공사계약을 체결한 것으로 나타나고, 청구인이 동 공사대금 3,740만원을 2008.11.11. 및 2008.11.24. 2차례에 걸쳐 김◇◇의 농협 계좌로 송금하였음이 국민은행 잠실지점 및 무역센터지점에서 발행한 영수증 등에 의하여 확인된다. (나)청구인이 2008.10.22. □□□□와 체결한 오염토양 반입정화 계약서에 의하면, □□□□는 2008.10.22.부터 2009.10.21.까지 AG주유소의 오염 토양 620톤에 대한 반출정화공사를 공급대가 4,620만원에 시행하기로 공사계약을 체결하면서, 오염토양이 당초 계약한 620톤을 초과할 경우 1톤당 7만원으로 계산하여 추가정산하기로 특별 약정을 체결한 것으로 나타나고, 청구인은 동 공사대금 6,139만원을 2008.11.11. 및 2008.12.30. 2차례에 걸쳐 □□□□의 하나은행 계좌로 송금하였음이 국민은행 잠실지점에서 발생한 영수증 등에 의하여 확인된다. (다)청구인은 AG주유소의 지하 유류저장시설 및 주변배관시설 설치공사와 관련하여 ●●●●연구소에 토양오염 정밀조사를 의뢰하였으며, 동 조사결과, 토양오염대책기준(TPM 최고 8,950mg/kg, BTEX 최고 1,290mg/kg)을 초과한 사실이 확인되자, □□□□가 2008.10.29.부터 2008.11.16.까지 오염토양 1,159,490kg을 굴착하여 경기도 ★★군 ▷▷면 ◎◎리 383-5의 정화시설에 반입·완료하였음을 2008.11.21. 경기도 ⒽⒽ시장에게 보고한 내역이 오염토양 반출공사 완료보고서에 기재되어 있고, 청구인이 2008.10.23. 토양오염 정밀조사 대금 1,200만원을 ●●●●연구소의 농협계좌로 송금한 사실이 확인된다. (라) 청구인이 제출한 AG주유소의 공사 전·후 설계도면 2매 및 공사진행 사진 12매에 의하면, 주유소 사업장내의 토지를 포크래 인을 이용하여 파내는 장면, 시멘트 구조물을 설치하는 장면 및 유류 배관이 노후화되어 교체된 장면 등이 나타난다. (마)부가가치세법제17조 제2항 제4호에서 토지관련 매입세액을 공제하지 아니하도록 하였으나, 쟁점세금계산서①상의 공사는 AG주유소의 지하 유류저장탱크가 노후화되어 이를 보수하기 위한 공사로서, 그 내역도 바닥 오염토 제거 및 오염토양의 정화반출공사, 바닥철거 및 시멘트 타설공사, 오염차단막공사, 주유탱크실 옹벽공사 등으로 토지의 가치 증대를 위한 공사가 아니라 토지에 정착된 구축물의 가치 증대를 위한 공사임이 확인되는 바, 처분청이 이를 토지의 가치를 증대시키기 위한 공사로 보아 쟁점세금계산서①상의 매입세액 을 공제하지 아니한 것은 잘못한 것으로 판단된다.

(3) 쟁점세금계산서②에 대하여 살펴본다. (가) 처분청의 부가가치세 환급 현지 확인조사 종결보고서 (2009년 2월)에 의하면, 청구인은 쟁점세금계산서②를 건물공사업자인 ▽▽▽▽로부터 교부받았으나, 공사대금 600여만 원은 박☆☆의 계좌로 무통장입금 하였다고 기재되어있다. (나) 처분청으로부터 사실확인 요청을 받은 청구인은 쟁점세금계산서②상의 공사(AG주유소 건물의 페인트공사 및 화장실 보수공사)는 임차인의 요청으로 실시하게 되었는데, 임차인으로부터 박☆☆을 소개받고, 박☆☆이 소개한 ▽▽▽▽가 실제 공사를 하였으며, 대금은 임차인의 요청에 따라 당초 ▽▽▽▽를 소개한 박☆☆의 계좌로 입금 하였으나, 세금계산서는 실제 공사를 한 ▽▽▽▽로부터 교부받았다고 소명하였고, 처분청으로부터 사실확인을 요청받은 ▽▽▽▽의 대표자 김■■은 자신이 박☆☆의 소개로 쟁점세금계산서②상의 공사를 수주받아 2008.9.30.부터 2008.10.6.까지 직접 공사를 하였고, 대금은 박☆☆을 통하여 수령하였다고 소명하였으나, 처분청은 ▽▽▽▽가 2008.6.30. 직권 폐업된 사업자로 2008년 제2기 부가가치세 확정신고를 하지 아니한 사실, 청구인이 박☆☆의 계좌로 공사대금을 무통장입금 한 내역이 확인되는 반면, 박☆☆이 동 공사대금을 ▽▽▽▽ 김■■에게 지급한 내역이 금융자료 등에 의하여 확인되지 아니한 사실을 근거로 쟁점세금계산서②를 공급자가 사실과 다른 세금계산서로 판단하였음을 알 수 있다. (다) 살피건대, 쟁점세금계산서②상의 공사는 공사대금이 총 715만원(부가가치세 포함)으로 이 건과 같이 공사대금이 소규모인 경우 공사대금을 중간 소개인을 통하여 지급하는 경우가 종종 발생하는 점, 박☆☆은 쟁점세금계산서②상의 공사를 수행할 능력이 있는지 여부가 불분명한 반면, 사건 관련인의 진술내용을 종합해 볼 때, 쟁점세금계산서②상의 공사는 실제로 ▽▽▽▽가 한 것으로 보이는 점 등을 감안할 때, 쟁점세금계산서②상의 공사대금이 박☆☆을 통하여 지급되었다는 이유로 처분청이 쟁점세금계산서②를 공급자가 사실과 다른 것으로 본 것은 합리적이라고 보기 어려운 것으로 판단되므로 쟁점세금계산서②상의 매입세액은 이를 공제하는 것이 타당하다고 할 것이다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 따라 주문과 같이 결정 한다.