쟁점토지의 양도에 대한 이월과세신청을 배제한 처분의 당부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 2006.5.3. ○○도 ○○군 ○○읍 ○○리 282 공장용지 2,890㎡와 같 은 곳 284-3 대지 902㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 (주)○○○○(이하 “신설법 인”이라 한다)에게 현물출자를 원인(원인일: 2006.1.23.으로 하여 소유권이전등기 (양도)를 하고, 이를 조세특례제한법제32조 제1항에서 규정한 사업용고정자산 의 현물출자에 의한 법인전환으로 보아 2007.5.31. 처분청에 양도소득과세표준 확 정신고를 하면서 이월과세신청(양도가액 1,678,844,400원, 소득금액 751,541,439 원, 양도소득세 257,954,910원)을 하였다.
• 나. 처분청은 쟁점토지의 양도를 사업용고정자산의 현물출자로 볼 수 없다하여 양 도소득세 이월과세신청을 배제하여 2009.2.16. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득 세 325,313,010원을 경정ㆍ고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2009.5.1. 이의신청을 거쳐 2009.8.17. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 쟁점토지는 청구인이 (주)○○○○가 설립되기 전부터 (주)**에게 임대하였고, (주)**가 (주)□□□□에 전대하는 바람에 (주)□□□□의 대표이사 김○○가 청구인에게 2005년 1월부터 2006년 2까지 매월 5백만원씩 임대료를 지급하였으므로 사업용 부동산에 해당한다. 그리고, 신설법인의 자본금 2,001,670,000원이 임대사업의 순자산가액 1,516,800,000원보다 많으므로 양도소득세 이월과세요건을 충족하고 있다. 그렇다면, 처분청이 신설법인이 사업자등록을 하지 아니하였거나 또는 법인설립 후 사업을 영위하지 아니하였다는 이유로 이월과세신청을 배제한 것을 부당하다. 또한, 청구인은 착오에 의해 쟁점토지 임대에 대한 사업자등록 및 종합소득세 신고의무를 이행하지 못하였지만, 2009년 4월 이에 대한 기한 후 신고를 이행하였으므로 쟁점토지의 양도를 사업용 고정자산의 현물출자에 의한 법인전환으로 보아 양도소득세를 이월과세하는 것이 타당하다. 한편, 청구인은 쟁점토지를 현물출자하기로 결정하여 감정평가법인으로부터 감정평가를 받았으며, 현물출자에 대한 법원의 허가를 얻은 후 신설법인의 자본금이 대통령령이 정하는 금액 이상인지 여부를 확인하고 설립등기를 신청하였다. 그리고, 이 때 양도소득세 이월과세 적용여부를 판단하였으며, 신설법인은 법인전환 후 사업을 영위하려고 노력하였지만 거래처와의 관계 때문에 사업을 하지 못하고 불가피하게 (주)□□□□에 흡수합병되었다. 하지만, 청구인이 양도소득세 이월과세와 관련된 조문을 보고 신설법인을 설립하면 이월과세를 적용받을 수 있다고 판단하였기에 그에 대하여 어떠한 귀책사유도 없다. 위와 같이, 쟁점토지는 기존법인이 아닌 신설법인에게 현물출자를 하였고, 쟁점토지 위의 건물은 현물출자계약에 의해 신설법인에게 소유권을 이전할 예정이었으나 기타 사정에 의해 흡수합병법인인 (주)□□□□에게 소유권을 이전하였을 뿐 이다. 처분청은 신설법인이 사업자등록은 하지 아니하였고, 사업실적도 없으므로 법인전환으로 보기 어렵다는 의견이지만, 상법제172조에는 회사가 본점소재지에서 설립등기를 함으로써 성립한다고 규정하고 있어 설립등기에는 창설적 효력이 있고, 사업자등록이란 부가가치세 납세의무자인 사업자가 자신의 인적사항 및 사업장명세 등의 내용을 관할세무서의 대장에 수록하는 것으로, 납세의무자 측면에서는 협력의무의 이행에 불과하고, 과세관청 측면에서는 사업자가 한 사업활동 사실에 관한 신고를 수리하는 것에 불과하므로, 조세특례제한법제32조 제1항의 “거주자가 사업용고정자산을 현물출자하여 법인으로 전환하는 경우 당해 사업용고정자산에 대하여는 이월과세를 적용받을 수 있다”는 규정을 해석함에 있어서 전환대상인 법인은 상업등기소에서 설립등기를 하면 성립하는 것이지, 관할세무서장에게 사업자등록을 하였는가에 따라 그 존부가 달라지는 것은 아니다. 따라서, 이 건은 현물출자에 의한 법인전환으로 보아 양도소득세를 이월과세함이 타당하다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 쟁점토지를 (주)○○○○(청구인의 아들 김가 2004년 5월까지 대표이사임)에게 임대를 주었고, (주)○○○○는 다시 (주)□□□□에게 전대를 주었으며, 해당 임대료는 (주)□□□□의 대표이사 김로부터 매월 5백만원씩 수령하였다고 주장하지만, 첫째, 청구인은 쟁점토지의 임대와 관련한 사업자등록을 한 적이 없고, 부동산임대에 따른 관련 제세의 신고ㆍ납부의무를 이행한 적이 없으며, 단지 청구인이 이 건 처분에 대한 이의신청을 준비하던 2009년 4월에서야 비로소 부가가치세와 종합소득세를 기한 후 신고하였을 뿐이므로 쟁점토지를 사업용부동산으로 인정하기 어렵다. 둘째, 청구주장대로라면 신설법인이 (주)○○○○에게 전대(또는 전차)료를 지급하거나 혹은 (주)□□□□가 청구인에게 임대료를 지급한 사실이 모두 확인되어야 하나 그러한 증빙을 확인할 수 없고, 단지 아무런 임대차관계도 없다고 보이는 (주)□□□□의 대표자인 김가 일정금액을 일시적으로 입금하였다는 사실만 가지고 그 금액을 쟁점토지에 대한 임대료라고 주장하는 것은 인정하기 어렵고, 다른 한편으로 입금자가 청구인의 아들인 점을 감안하면 임대료로 보기보다는 직계존비속 간의 자금수수로 봄이 타당하다. 만약, 청구인이 임대료를 실제 지급받았다면 (주)○○○○가 존속한 1995년 7월부터 2008년 7월까지 수취하였던 임대료에 대한 증빙을 제출하여야 함에도 그러하지 아니하고 있어 청구주장은 신뢰할 수 없다. 셋째, 조세특례제한법상 ‘법인전환에 대한 양도소득세 이월과세’ 규정은 개인기업 형태로 운영하는 경우 인적ㆍ물적 동원에 어려움이 있다고 보아 법인으로 전환하는 경우 양도소득세 부담을 덜어주고자 하는 취지로 보인다. 그러나, 신설법인은 ‘소프트웨어 및 컴퓨터관련업’을 영위한 목적으로 ○○○○시 ○○구 ○○동 38-*을 본점소재지로 하여 2006.2.7. 설립되어 등기만 되었을 뿐 사업자등록을 한 사실이 없거나 또는 사업을 영위한 사실이 없이 2006.5.8. (주)□□□□에 흡수합병되었으며, 그 당시 (주)□□□□가 쟁점토지를 무상으로 점유ㆍ사용함으로써 사실상 당해 법인의 자산처럼 이용하고 있는 점 등을 감안하면, 현물출자의 필요성이 크지 아니한 상황에서 청구인의 아들 김기 (주)□□□□의 경영이 크게 어려워져 2006년도에 25억원 상당의 결손금이 발생하자 현물출자의 방법을 동원하였다고 보이고, 신설법인은 ○○○○시 ○○구에 소재한 컴퓨터 관련업체로서 쟁점토지를 현물출자받을 상황이 아님에도 현물출자를 받았으며 그 후 어떠한 사업도 개시하지 아니한 채 (주)□□□□에 흡수합병됨으로써 우회출자가 이루어진 점, 그 뿐 아니라 청구인의 아들 김**는 (주)□□□□의 최대주주(지분율 77.38%)인 점, (주)□□□□가 이 건 현물출자가 이루어지기 전인 2002.10.25., 2005.7.7.,2005,12.28, 세 차례에 걸쳐 금융기관에 38억원 상당의 담보를 설정(2002.10.25. 6억원, 2005.7.7. 20억원, 2005.12.28. 12억원, 채권자 □□□□은행 또는 주식회사 △△△△)하고 있어 사실상 현물출자의 실익이 없는 자산인 점, 청구인이 현물출자에 의해 설립된 신설법인 또는 이를 합병한 (주)□□□□에 근무한 이력이 없고, 지분소유에 따른 배당 등을 수령한 적이 없는 점 등을 종합하면, 비록 청구인이 현물출자의 형식으로 쟁점토지를 양도하였다고 하더라도 이를 조세특례제한법상 이월과세대상인 사업용고정자신의 현물출자로 인정하기 어렵다. 따라서, 청구인의 이월과세신청을 배제한 것은 적법ㆍ타당하다.

• 가. 쟁점 쟁점토지의 양도에 대한 이월과세신청을 배제한 처분의 당부
• 나. 관련 법령 (1) 조세특례제한법 제32조 【법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세】① 거주자가 사업용 고정자산을 현물출자하거나 대통령령이 정하는 사업양수도 방법에 의하여 법인(소비성 서비스업을 영위하는 법인을 제외한다)으로 전환하는 경우 당해 사업용 고정자산에 대하여는 이월과세를 적용받을 수 있다.

② 제1항의 규정은 새로이 설립되는 법인의 자본금이 대통령령이 정하는 금액 이상인 경우에 한하여 이를 적용한다.

③ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 거주자는 대통령령이 정하는 바에 따라 이월과세적용신청을 하여야 한다.

④ 제1항의 규정에 의하여 설립되는 법인에 대하여는 제31조 제4항내지 제6항의 규정을 준용한다. (2) 조세특례제한법 시행령 제29조 【법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세】

② 법 제32조 제1항에서 “대통령령이 정하는 사업양수도 방법”이라 함은 당해 사업을 영위하는 자가 발기인이 되어 제4항의 규정에 의한 금액 이상을 출자하여 법인을 설립하고, 그 법인설립일부터 3월 이내에 당해 법인에게 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 양도하는 것을 말한다.

④ 법 32조 제2항에서 “대통령령이 정하는 금액”이라 함은 사업용 고정자산을 현물출자하거나 사업양수도하여 법인으로 전환하는 사업장의 순자산가액으로서 제28조 제1항 제2호의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) ‘쟁점토지의 등기부등본’을 보면, 2006.1.23. 현물출자에 의하여 2006.5.3. 신설법인에게 소유권이전등기가 된 후, 신설법인이 2006.5.8 (주)□□□□에 흡수합병된에 따라 2007.4.10. 소유자의 명칭이 (주)□□□□로 변경된 것으로 나타난다. 한편, 쟁점토지 위에 있는 건물은 2006.1.23. 현물출자계약에 의하여 신설법인 앞으로 소유권이전등기를 하였어야 하나, 사정에 의하여 그러하지 못하다가 신설법인이 2006.5.8. (주)□□□□에 흡수합병됨에 따라 결국 당해법인을 거치지 아니하고 직접 소유권이전등기가 이루어진 것으로 나타난다.

(2) 청구인은 쟁점토지가 임대사업에 사용된 고정자산이라고 주장하지만, 국세청의 전사자료인 ‘청구인에 대한 사업자등록조회서’를 보면, 청구인이 쟁점토지소재지를 사업장으로 하여 사업자등록을 한 기록은 없고, 쟁점토지소재지의 인근인 ○○도 ○○군 ○○읍 ○○리 258-*를 사업장으로 하여 사업자등록을 한 기록만 나타난다.

(3) ‘신설법인의 등기부등본’에는 본점소재지가 ○○○○시 ○○구 ○○동 38-* ○○빌딩 4층이고, 설립일은 2006.2.7.이며, 자본금은 2,001,670,000원이고, 목적사업은 ① 소프트웨어 개발ㆍ보급ㆍ유지보수이고, ② 컴퓨터 및 주변기기 제조ㆍ도소매이며, 기타사항으로 2006.5.8. (주)

□□□□(○○도 ○○읍 ○○리 28*, 컴퓨터 및 자동차관련업, 대표이사 김**)와 합병하여 해산한 것 등이 나타난다. (4) 처분청 조사에 따르면, 신설법인은 2006.2.7. 설립된 후 2006.5.8. 합병으로 해산될 때까지 부가가치세법및 법인세법상 사업자등록을 한 사실이 없고 법인설립신고서를 제출한 사실이 없다고 조사되어 있으며, 청구인도 이에 대하여 사실임을 인정하고 있다. (5) 이를 바탕으로 하여, 청구인의 이월과세신청을 배제하여 양도소득세를 부과한 처분이 타당한지를 살펴본다. (가) 조세특례제한법 제32조 에는 “거주자가 사업용고정자산을 현물출자하여 법인으로 전환하는 경우(다만, 새로이 설립하는 법인의 자본금이 법인으로 전환하는 사업장의 순자산가액 이상인 경우에 한한다), 당해 사업용고정자산에 대하여는 이월과세를 적용받을 수 있다”고 규정하고 있는데, 이와 같이 사업용고정자산에 대하여 이월과세를 규정한 입법취지는 개인 사업을 영위하던 거주자가 사업용고정 자산을 현물출자하여 법인으로 전환하는 경우에 있어서 과세당국은 사업의 운영형태만을 바꾸는 것에 불과한 재산이전에 대하여는 양도소득세를 부과할 만한 필요성이 적다고 할 수 있을 뿐만 아니라 이와 더불어 국가정책상 개인사업의 법인전환을 적극적으로 장려하고자 함에 있다 할 것이다(대법원 2002두12182, 2003.3.14. 같은 취지). (나) 조세특례제한법 제32조 에 규정된 사업용고정자산의 현물출자에 대한 이월과세는 먼저, 사업용고정자산의 현물출자일 것을 요건으로 하고 다음으로, 신설법인의 자본금이 법인으로 전환하는 사업장의 순자산가액 이상일 것을 적용 요건으로 하고 있다. (다) 그런데, 이 건 청구인이 쟁점토지를 현물출자할 당시 쟁점토지의 임대에 관한 사업자등록을 한 사실이 없고(청구인이 2009년에 기한 후 신고를 하였다 하여 달라지는 것은 아님), 일반적으로 임대사업용 자산이라고 인정하기 위해서는 당해 자산의 가액이나 임대료를 장부에 반영하여 계속적으로 관리하는 것이 정상이며, 쟁점토지를 현물출자받은 신설법인도 사업자등록을 한 사실이 없고, 신설법인이 실질적으로 사업을 영위한 사실도 없는 것으로 확인되며, 더욱이 청구인의 아들이 신설법인 및 (주)□□□□의 대표이사이자 과점주주이고, 신설법인이 (주)□□□□에 흡수합병된 점 등을 감안하면, 쟁점토지는 이월과세대상인 사업용고정자산으로 인정하기 어렵다. (라) 따라서, 처분청이 쟁점토지의 양도를 사업용고정자산의 현물출자로 보지 아니함에 따라 청구인의 이월과세신청을 배제하여 양도소득세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. 2009년 12월 14일