토지 양도가액 중 계약서에 별도 표기된 사업시행권이 부가가치세 과세대상 여부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 ○○도 ○○시 ○○도시개발예정 사업지구 2블럭 위에 아파트(지하 1층 지상 15~20층 1,138세대 및 부대복리시설)를 신축하여 분양하는 사업(이하 “쟁점주택건설사업”이라한다)을 추진하다가, 2006.10.12. 주식회사 ○○개발(이하 “○○개발”이라 한다)에게 위 도시개발예정 사업지구내의 청구법인 소유의 사업부지(61,395㎡, 이하 “쟁점토지”라 한다) 및 그 지상건물 1,957.69㎡(쟁점토지와 그 지상건물을 합하여 이하 “쟁점부동산”이라 하다)등을 44,465,864,946원(이하 “445억원”이라 한다)에 양도한 후 이를 부가가치세 면제대상인 토지의 양도라고 보아 부가가치세과세표준에서 제외하여 부가가치세를 신고하였다.
• 나. ○○지방국세청장은 청구법인이 쟁점부동산을 양도하면서 사업시행권도 함께 양도하였으나 당해 사업시행권의 대가를 부가가치세과세표준으로 신고하지 아니한 것으로 보고 처분청에 부가가치세를 과세하라는 내용의 감사지적을 하였고, 처분청은 ○○지방국세청장의 감시지적내용을 통보받고 쟁점부동산 등의 매매대금 445억원 중 30억원(공급가액, 이하 “쟁점금액”이라 한다)은 재산적 가치가 있는 사업시행권의 양도대가에 해당한다고 하여 2008.11.11. 청구법인에게 2006년 제2기 부가가치세 416,430,000원을 경정 ‧ 고지 하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2008.11.19. 이의신청을 거쳐 2009.8.6. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구법인은 쟁점주택건설사업을 추진하기 위하여 사업부지를 매입하던 중 사업추진의 불확실성 및 어려운 자금사정으로 인하여 사업부지를 매각하기로 결정하고 ○○개발에게 󰡐토지의 양도차익 30억원만 보장하면 매각하겠다󰡑는 제안을 했으며, ○○개발이 청구법인의 제안에 동의함에 따라 계약이 성사되었다. 이에 따라 쟁점토지의 취득가액과 매각차익을 정하고 부대비용은 실비개념으로 정산한다는 원칙하에 2006.10.12. 계약을 체결하고, 2006.12.31. 취득부대비용을 산정하여 서로 정산하고 정산계약을 체결하였다, 따라서 쟁점금액은 양도차익 즉, 이윤이므로 이를 별도의 재산적 가치로 분리하여 부가가치세를 과세하는 것은 부가가치세법체계에 부합하지 않는다. 처분청의 부과처분 논리라면 시가보다 낮은 가격인 취득가액 415억원이 시가가 되고 양도차익 30억원(쟁점금액)은 별도의 권리 양도의 대가가 되는 셈인데, 이는 존재하는 시가를 부정하고 취득가액을 시가로 보라는 논리로 세법규정과는 정면으로 배치되는 것이며, 양도가액이 교환가치를 반영한 적정한 시가인 경우 대가의 지급방법에 따라 또는 단순히 사업권이 구분되었다 하여 별도의 가치로 볼 수 없는 것이므로 비전문가들이 체결한 계약서상에 단순히 언급되어 있는 문구나 형식보다는 그 실질내용에 따라 세법을 적용하여야 한다. 공법상 허가 ‧ 인가 등의 법률상 지위를 얻지 아니하고는 사업시행권은 존재하지 아니하는 것이므로, 청구법인이 쟁점주택건설사업과 관련하어 인 ‧ 허가를 득하여 특정할 수 있는 권리(예, 주택건설사업허가권)가 있다면 독립된 가치로 인정할 수 있을 것이나, 청구법인은 인 ‧ 허가를 득하지도 않았고 설계도 되어 있지 아니한 상태의 단순한 사업계획단계였으므로 독립된 재산적 가치가 있다고 인정할 수 없고, 이러한 사실은 쟁점토지의 취득가액 대비 양도가액이 개별공시지가 상승률과 비교하면 오히려 낮은 점, 인접한 토지의 매매사례가액과도 비슷한 점, 매매가액에 대한 이익률은 6.7%이므로 부동산매매업에 단순경비율을 적용함에 따라 산정되는 소득률 19.1%보다도 낮은 점, 청구법인과 ○○개발은 별도의 재산적 가치가 있어서가 아니라 가격산정에 부당함이 없다는 것을 상호 확인하기 위하여 쟁점토지 매매대금을 단순히 분류한 것일 뿐인 점, 양도당시 특별한 가치를 부여할만한 사업추진 실적이 없었던 점 등이 입증하고 있다. 쟁점토지 양도와 관련하여 필요한 조치는 단지 토지소유권의 이전으로 충분하였고 그 외에 어떠한 형태의 명의변경, 건축주변경 등의 절차도 필요하지 아니하였으며, 토지의 가치는 당해 토지의 미래수익의 현재가치를 말하는데, 인 ‧ 허가 등이 없어 불확실성을 가진 예정된 권리는 단순히 토지가치의 상승을 유발하는 하나의 요소에 불과한 것이므로 그 토지와 분리하여 별도로 가치를 측정할 수는 없다. 위와 같이 청구법인은 단순히 쟁점토지를 양도하였을 뿐이고, 매매가격의 부당성을 없애고 가격산정과정의 투명성을 제고하기 위하여 청구법인의 매입가액 ‧ 부대비용 등을 분류하였을 뿐인데, 처분청이 객관적 기준도 없이 그 분류된 것 중 양도차익(30억원)만을 따로 떼어내 사업시행권이라고 명명한 후 이를 재화의 공급으로 보고 부가가치세과세표준과 세액을 결정한 것은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 계약서에 사업부지와 사업시행권의 양도하는 것으로 기재되어 있어 쟁점금액이 사업시행권의 양도에 대한 대가로 오인될 수 있으나 그 실질은 단순한 부동산매매계약이므로 이를 부가가치세과세대상으로 보아 과세하는 것은 부당하다고 주장하나, 사업시행권은 명칭 여하에 불구하고 재산적 가치가 있는 권리를 말하는 것이며, 따라서 이를 양도한 것에 대하여 부가가치세법제1조 및 같은 법시행령 제1조 제2항 등에 의하여 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 쟁점금액이 쟁점토지의 양도가액 중 일부(면세대상)인지 재산적 가치가 있는 사업시행권의 양도가액(과세대상)인지 여부
• 나. 관련법령 이 건 과세요건 성립당시의 관련법령을 본다.

○ 부가가치세법 제1조 【과세대상】

① 부가가치세는 다음 각호의 거래에 대하여 부과한다.

② 제1항에서 재화라 함은 재산적 가치가 있는 모든 유체물과 무체물을 말한다.

③ 제1항에서 용역이라 함은 재화 이외의 재산적 가치가 있는 모든 역무 및 기타 행위를 말한다.

④ 주된 거래인 재화의 공급에 필수적으로 부수되는 재화 또는 용역의 공급은 주된 거래인 재화의 공급에 포함되고, 주된 거래인 용역의 공급에 필수적으로 부수되는 재화 또는 용역의 공급은 주된 거래인용역의 공급에 포함되는 것으로 본다.

⑤ 제1항의 재화와 용역의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 부가가치세법 제12조 【면세】

① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다. 12.토지

○ 부가가치세법 제13조 【과세표준】

① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각 호의 가액의 합계액(이하 “공급가액”이라한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

1. 금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가

2. 금전 이외의 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가

3. 재화의 공급에 대하여 부당하게 낮은 대가를 받거나 대가를 받지 아니하는 경우에는 자기가 공급한 재화의 시가 3의2. 용역의 공급에 대하여 부당하게 낮은 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 용역의 시가

4. 폐업하는 경우의 재고재화에 대하여는 시가

○ 부가가치세법 시행령 제1조 【재화의 범위】

① 부가가치세법(이하 “법”이라 한다) 제1조 제2항에 규정하는 유체물에는 상품 ‧ 제품 ‧ 원료 ‧ 기계 ‧ 건물과 기타 모든 유형적 물건을 포함한다.

② 법 제1조 제2항에 규정하는 무체물에는 동력 ‧ 열 기타 관리할 수 있는 자연력 및 권리 등으로서 재산적 가치가 있는 유체물 이외의 모든 것을 포함한다.

③ 재화를 공급하는 사업의 구분은 통계청장이 고시하는 당해 과세기간 개시일 현재의 한국표준산업분류를 기준으로 한다.

○ 부가가치세법 시행령 제48조 【과세표준의 계산】

① 법 제13조 제1항에 규정하는 과세표준에는 거래상대자로부터 받은 대금 ‧ 요금 ‧ 수수료 기타 명목여하에 불구하고 대가관계에 있는 모든 금전적 가치 있는 것을 포함한다.

○ 소득세법 시행령 제41조 【기타소득의 범위 등】

③ 법 제21조 제1항 제7호에 따른 영업권에는 행정관청으로부터 인가 ‧ 허가 ‧ 면허 등을 받음으로써 얻는 경제적 이익을 포함하되, 사업용고정자산(법 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 자산을 말한다)과 함께 양도되는 영업권은 포함되지 아니한다.

○ 법인세법 시행령 제24조 【감가상각자산의 범위】

① 법 제23조 제2항에서 “건물, 기계 및 장치, 특허권 등 대통령령이 정하는 자산”이라 함은 다음 각호의 고정자산(제2항의 자산을 제외하며, 이하 “감가상각자산”이라 한다)을 말한다.

2. 다음 각목의 1에 해당하는 무형고정자산

• 가. 영업권, 디자인권, 실용신안권, 상표권

○ 법인세법 시행규칙 제12조 【감가상각자산의 범위】

① 영 제24조 제1항 제2호 가목의 규정에 의한 영업권에는 다음 각호의 금액이 포함되는 것으로 한다.

1. 사업양도 ‧ 양수과정에서 양도 ‧ 양수자산과는 별도로 양도사업에 관한 허가 ‧ 인가 등 법률상의 지위, 사업상 편리한 지리적 여건, 영업상의 비법, 신용 ‧ 명성 ‧ 거래선 등 영업상의 이점 등을 감안하여 적절한 평가방법에 따라 유상으로 취득한 금액

2. 설립인가, 특정사업의 면허, 사업의 개시 등과 관련하여 부담한 기금 ‧ 입회금 등으로서 반환청구를 할 수 없는 금액과 기부금 등

○ 국세기본법 제14조 【실질과세】

① 과세의 대상이 되는 소득 ‧ 수익 ‧ 재산 ‧ 행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득 ‧ 수익 ‧ 재산 ‧ 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 2003.4.14.부터 ○○도 ○○시 ○○면 ○○리 229-10 301호를 사업장으로 하여 부동산개발업을 영위하는 사업자로, 쟁점주택건설사업을 추진하기 위하여 2005년 10월경부터 2006년 5월경까지의 기간 동안 취득가액을 31,037,900,000원 에 쟁점부동산을 취득하였고, 2006.10.12. ○○개발에게 쟁점부동산을 양도한 사실에 대하여는 처분청과 청구인 사이에 다툼이 없다.

(2) 쟁점부동산은 쟁점토지와 일부 건물로 구성되어 있으나 청구법인은 쟁점주택건설사업의 사업부지를 양도한 것이므로 건물분 가액을 별도로 구분하여 양도하지는 아니하였다는 주장이고, 처분청도 건물분 가액을 별도로 구분하여 과세하지는 아니한 것으로 나타난다.

(3) 청구법인이 제시한 자료에 의하면, (가칭)○○도시개발조합(대표자 박○○,이하“도시개발조합”이라 한다)이 2002.9.27. 추진위원회 창립총회를 개최하였고, 2004.6.1. ○○시 도시계획위원회의 자문을 받았으며, 제1차(2004.9.24 ~ 2004.10.16.) 및 제2차(2005.9.16 ~ 2005.9.29.) 주민공람 ‧ 공고를 하였고, 2004.12.31., 2005.11.21., 2006.2.22. 3차례에 걸쳐 ○○시장에게 󰡐○○지구 도시개발구역지정 및 개발계획󰡑에 대하여 승인을 요청(제안자: 도시개발조합)하였으나, ○○도 도시계획위원회에서 이를 심의결과 부결(○○시 도시과-3936,2006.4.21.)된 것으로 나타난다.

(4) 제3회 경기도 도시계획위원회 심의결과(○○지구 도시개발구역지정 및 개발계획 수립, 경기도 도시계획과-2850, 2006.4.20.)를 보면 아래의 내용과 같다.

□ 사업계획

○ 사업의 범위 ․ 위치: ○○도 ○○시 ○○동 301-2 일원 ․ 면적: 743,446㎡(224,892평) ․ 수용계획: 4,850세대 14,550인(세대당 3.0인, 195.7인/ha)

○ 사업시행기간: 실시계획인가일 ~ 환지처분일

○ 시행방식 ․ 환지방식: 743,446㎡ (감보율 54.0%)

○ 사업시행 제안자 ․ 제안자: (가칭)○○도시개발조합 대표자 박○○ ․ 주소: ○○도 ○○시 ○○동 76-5

□ 심의결과: 부결 <주요 심의내용>

○ 생활권 미개발용지 등을 포함한 인구배분계획 수립

○ 생활권 미개발 주거용지 포함 주변지역 개발계획 등과 연계하여 광역교통처리계획 및 기반시설계획 검토

(5) 청구법인은 2006년 제2기 부가가치세 과세기간 중에 ○○개발에게 쟁점부동산 등을 아래와 같이 양도하였다. (가) 2006.10.12.자 󰡐사업양도 ‧ 양수계약서󰡑(이하 “원계약서”라한다) 주요내용

1. 청구법인은 ○○시 ○○도시개발사업지구 2블럭상에 신축하는 쟁점주택건설사업의 시행권 및 사업부지를 ○○개발에 양도하기로 아래와 같이 계약하고 이를 증명하기 위하여 계약서 2부를 작성하여 청구법인, 피데스개발이 각각 1부를 보관한다.

2. 제1조(목적) 본 계약은 청구법인이 ○○개발에게 (주)○○건설과 시공협약을 체결한 ○○도시개발사업지구내에 매입한 쟁점토지 및 PF금액을 포함한 모든 쟁점주택건설사업 시행권을 양도함에 있어 사항을 정함에 그 목적이 있다.

3. 제2조(양도의 대상) ① 사업양도의 대상은 쟁점주택건설사업과 관련된 일체의 권원으로 한다.

② 쟁점주택건설사업의 추진을 위하여 청구법인이 매입한 쟁점부동산의 양도금액은 청구법인이 당초 매입한 금액과 동일한 금액인 금31,037,900,000원으로 한다.

4. 제3조(경비의 지급) ○○개발은 청구법인의 사업추진경비 중 계약체결 즉시 계약금 10억원을 지급하며 시공사인 (주)○○건설과 PF기관인 ○○은행의 시행사 명의변경 완료시 20억원을 지급한다.

5. 제4조(투입비 정산) 청구법인의 쟁점주택건설사업 추진과 관련된 일체의 채권 및 채무이 정산은 별도의 계약서에 의하여 정산하기로 한다.

6. 제5조(의무)

① 청구법인의 의무

• 가) 계약과 동시에 ○○개발에게 쟁점주택건설사업과 관련된 일체의 권원을 양도
• 나) 쟁점주택건설사업의 추진을 위하여 매입한 부동산의 매매계약서 및 등기권리증을 포함한 일체의 권원을 ○○개발에게 양도
• 다) ○○개발의 업무를 원활하게 추진하기 위한 등기업무 협조 및 제반서류 제공
• 라) ○○개발이 쟁점주택건설사업 인수 후 원활하게 사업을 추진할 수 있도록 적극 지원

② ○○개발의 의무

1. 청구법인이 사업추진을 위해 투입한 투입비 정산

2. 청구법인이 쟁점주택건설사업을 진행하기 위하여 시공사인 (주)○○건설 및 관련 금융기관과 맺은 조건의 승계

3. 청구법인이 쟁점주택건설사업을 위해 금융기관과 체결한 사용금액을 포함한 채무의 인수 및 연대보증인 손○○(청구법인대표이사) 및 (주)선○건설의 연대보증 자동면책

4. 청구법인이 쟁점주택건설사업을 위해 매입한 토지와 관련된 재산세 등 제세공과금의 부담 (나)2006.12.31.자 󰡐사업양도 ‧ 양수 정산계약서󰡑(이하 “정산계약서”라 한다) 주요내용

1. 청구법인은 ○○시 ○○도시개발사업지구2블럭상에 신축하는 쟁점주택건설사업의 사업부지를 ○○개발에 양도하기 위하여 2006.10.12. 체결한 원계약서 제3조 및 제4조에 의거하여 아래와 같이 정산계약을 추가로 체결하고 이를 증명하기 위하여 계약서 2부를 작성하여 청구법인, ○○개발이 각각 1부를 보관한다.

2. 제1조(목적) 본 계약은 청구법인과 ○○개발이 기 체결한 원계약서 제3조 및 제4조상의 청구법인의󰡐경비 및 투입비󰡑의 정산에 관련된 사항을 정함에 그 목적이 있다.

3. 제2조(사업 양도 ‧ 양수의 정산) ① 사업양도의 대상은 쟁점주택건설사업과 관련된 일체의 권원으로 한다.

② 양도금액은 원계약서 제2조의 부동산 양도금액 금 31,037,900,000원과 원계약서 제3조, 제4조상의 청구법인의 󰡐경비 및 투입비 정산금액󰡑(아래 별지목록의 기재참조) 금 13,427,964,946원의 합계금액인 금 44,465,864,946원으로 한다. [정산계약서 별지목록] 경비 및 투입비 정산금액 (단위: 원) 구 분 금 액 비 고 대출이자 5,974,156,537 대출수수료 등 3,451,178,767 등기비용 등 1,583,623,060 사업추진경비 3,000,000,000 재산세, 종부세 233,157,240 대납분 및 대납예정포함 기타비용 61,738,962 예금이자 -875,889,620 합계 13,427,964,946

4. 제3조(정산금액의 지급) ○○개발은 청구법인의 ‘경비및 투입비 정산금액’을 현금지급, 채권 및 채무의 인수, 대납 등의 방법으로 청구법인에게 지급하여 정산하기로 한다.

5. 제4조(의무)

① 청구법인의 의무

1. 계약과 동시에 ○○개발에게 쟁점주택건설사업과 관련된 일체의 권원을 양도

2. ○○개발의 업무를 원활하게 추진하기 위한 등기업무 협조 및 필요한 제반서류 제공

4. ○○개발이 쟁점주택건설사업 인수 후 원활하게 사업을 추진할 수 있도록 적극 지원

② ○○개발의 의무

1. 청구법인이 사업추진을 위해 투입한 투입비 정산

2. 청구법인이 쟁점주택건설사업을 진행하기 위하여 시공사인 (주)○○건설 및 관련 금융기관과 맺은 조건의 승계

6. 제9조(제세금 등의 지급 의무) 청구법인과 ○○개발은 정산계약에 따라 향후 동 계약과 관련된 제반 세금(법인세 등 소득할 제외)에 대하여 관할 세무서와 분쟁 발생시 ○○개발이 부담한다. (다) 2006.12.31.자 󰡐합의서󰡑 주요내용

1. 청구법인과 ○○개발이 2006.12.31. 체결한 정산계약과 관련하여, 정산계약내용이 2006.9.22. 체결한 원계약서상 계약정신에 위배되고 그로 인하여 청구법인이 추가적인 손실 또는 손해를 볼 경우, ○○개발은 이를 책임지고 보상 또는 배상하기로 한다.

2. 원계약서상의 청구법인의 사업추진경비 30억원은 정산계약서상의 󰡐사업추진경비󰡑 항목으로 󰡐양도금액󰡑에 포함하며, 그로 인하여 청구법인이 추가적인 손실 또는 손해(부가가치세 등 관련)를 볼 경우 ○○개발은 이를 책임지고 보상 또는 배상하기로 한다.

(6) 청구법인이 ○○개발에게 쟁점부동산을 매도한 이후인 2007.6.4. 도시개발조합은 다시 도시개발구역지정 및 개발계획을 제안(4차)하였고, ○○도 도시계획위원회는 2007.12.14. 도시개발사업계획을 가결하였으며, ○○도지사는 2008.1.14. ○○지구 도시개발구역지정 및 개발계획을 고시(경기도 고시 제2008-4호)하였다.

(7) 도시개발조합은 2008.3.4. 창립총회를 개최하였고, ○○시장은 2008.4.14. ○○ 도시개발사업조합 설립인가(인가번호 ○○시 제2008-1호)를 하였으며, ○○시장은 2008.5.9. 도시개발조합을 ○○지구 도시개발사업의 시행자로 지정하였다.

(8) 청구법인 감사보고서 기재내용을 보면, “청구법인은 ○○도 ○○시 ○○동 ○○도시개발사업지구 2블록 (대지면적 88,882㎡)상에 ○○아파트 (아파트 15~20층 1,138세대 및 부대 복리시설)를 신축분양할 예정으로 쟁점주택건설사업을 진행중에 사업전망의 불투명으로 인하여 2006년 10월 13일 ○○개발에 사업시행권 및 사업부지 일체를 양도하였다”는 내용이 나타난다.

(9) 쟁점부동산 양도가액 445억원을 쟁점토지의 양도가액으로 볼 경우 쟁점토지의 1㎡ 양도가액은 714천원이며, 쟁점토지 인접부동산의 매매사례가액은 1㎡당 713천원이라는 사실이 처분청 심리자료에 나타나고, 쟁점토지의 취득가액 대비 양도가액의 상승률은 43.26%이나 국세통합전산망에 의하여 확인된 쟁점토지의 개별공시지가 상승률은 51.90%인 사실이 처분청 심리자료에 나타난다.

(10) 청구법인 대표이사 손○○은 2009.12.10. 우리 원 조세심판관회의에 출석하여 쟁점금액이 사업시행권을 양도하고 수령한 대가라는 내용으로 의견진술을 하였다.

(11) 살피건대, 청구법인 대표이사가 우리 원 조세심판관회의에 출석하여 쟁점금액이 사업시행권의 대가라고 진술한 점, 사업양도 ‧ 양수계약서 및 감사보고서에 사업부지와 사업시행권을 양도 ‧ 양수한 것으로 기재되어 있는 점, 청구법인이 비록 관청의 인 ‧ 허가를 얻지는 아니하였으나 시공사 및 대출금융기관과 협약을 체결하는 등 구체적인 사업추진실적이 있는 점, 쟁점토지를 양도하면서 청구법인과 시공사 및 대출금융기관 사이의 협약도 모두 승계시킨 점 등을 종합해보면, 청구법인은 쟁점주택건설사업과 관련하여 재산적 가치가 있는 일정한 권리를 보유하고 있었고 쟁점토지를 양도하면서 그 권리를 사업추진경비라는 명목으로 대가를 받고 함께 양도한 것으로 보아야 할 것이다. 따라서 처분청이 쟁점금액을 부가가치세 과세대상으로 보아 부가치세를 부과한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.