부동산의 양도가 사업의 양도에 해당되어 매입세액 불공제하는 것이 정당한지 여부

○○세무서장이 2009.5.1. 청구법인에게 한 2008년 제2기 부가가치세 171,373,530원의 환급거부처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구법인은 ○○○○시 ○구 ○동 ○가 ○○-○○ 신관 3층에 본점 소재지를 둔 사회복지사업을 영위하는 법인으로서 ○○도 ○○시 ○○면 ○○리 ○○○-○에 본점과 동일한 상호로 사업자등록을 한 후, 2008.9.30. ○○○○○○○○(이하 “○○○○”이라 한다)로부터 ○○도 ○○시 ○○면 ○○리 ○○○-○ 전 3,306㎡, 동소 923-30 전 115㎡, 합계 3,421㎡ 및 위 지상건물 2,455.57 ㎡ (이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 매매대금 19억원(부가가치세 별도)으로 취득하면서, 쟁점부동산 중 건물 분에 대하여 2008.10.7. 공급가액 1,713,735천원의 세금계산서(1매, 이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 교부받아 2008.11.25. 부가가치세 조기환급신고시 쟁점세금계산서 매입세액 171,373,530원을 매입세액으로 공제하였다.
• 나. 처분청은 2008년 12월 청구법인에 대하여 부가가치세 환급 현지확인조사를 실시한 결과 청구법인이 ○○○○으로부터 부동산임대업에 대한 사업일체를 양수받았으므로 이는 사업의 포괄양수에 해당하는 것으로 보아 기 공제받은 쟁점세금계산서 관련 매입세액을 불공제하여 2009.5.1. 청구법인에게 2008년 제2기 부가가치세 171,373,530원을 경정·고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2009.8.6. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인과 ○○○○이 체결한 쟁점부동산 매매계약서 특약사항에 기존 임차인에 대한 명도를 완료하여 청구법인이 사용하는데 아무런 지장이 없도록 한다는 조항과 건물분에 대한 부가가치세를 잔금일에 ○○○○에게 지급한다는 조항이 있고, 청구법인은 ○○○○으로부터 쟁점부동산에 설정되어있는 은행부채는 물론 기존 임차인의 임대차계약을 직접 승계하지 아니하였으며, ○○○○에서 임대관련업무를 담당하였던 직원 ○○○과 건물 관리인도 승계받지 아니하였는데도 처분청이 이를 사업의 포괄양수한 것으로 보아 쟁점세금계산서 관련 매입세액을 불공제하여 과세한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인 및 ○○○○의 2008년 제2기 확정 부가가치세 신고서의 부속서류인 “쟁점부동산 임대 공급가액 명세서”에 의하면, 청구법인이 쟁점부동산을 취득한 후 쟁점부동산의 실질적인 사용인이자 임차인은 ○○○○이 아니라 기존 임차인 ○○○와 ○○○이고, ○○○○의 직원 ○○○과 유선으로 통화한 바, ○○○은 ○○○○이 위탁운영하던 ○○고등학교의 기숙사 관련 업무를 수행하였다고 진술하는 점으로 보아 ○○○이 ○○○○의 쟁점부동산 임대관련 업무를 담당하였다는 청구주장은 사실과 다르며, 사업의 동질성을 상실하지 아니하는 범위 내에서 외상매입금과 은행차입금 등의 부채를 제외하여도 사업의 포괄양수양도한 것으로 보아야 하므로, 쟁점세금계산서 관련 매입세액을 불공제하여 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 청구법인이 ○○○○으로부터 교부받은 쟁점세금계산서의 매입세액이 쟁점부동산의 양도가 사업의 양도에 해당되어 매입세액 불공제 하는 것이 정당한지 여부
• 나. 관련법령

○ 부가가치세법 제6조 【재화의 공급】

⑥ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것은 재화의 공급으로 보지 아니 한다.

2. 사업을 양도하는 것으로서 대통령령이 정하는 것.

○ 부가가치세법 시행령 제17조 【담보제공·사업양도 및 조세의 물납】

② 법 제6조 저116항 제2호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 사업장별(상법에 의하여 분할 또는 분할합병하는 경우에는 동일한 사업장안에서 사업부 문별로 양도하는 경우를 포함한다)로 그 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키는 것(법인세법 제46조 제1항 의 요건을 갖춘 분할의 경우와 양수자가 승계받은 사업 외에 새로운 사업의 종류를 추가하거나 사업의 종류를 변경한 경우를 포함한다)을 말한다. 이 경우 그 사업에 관한 권리와 의무 중 다음 각 호의 것을 포함하지 아니하고 승계시킨 경우에도 해당 사업을 포괄적으로 승계시킨 것으로 본다.

3. 당해 사업과 직접 관련이 없는 토지 ․ 건물 등에 관한 것으로서 기획재정부령이 정하는 것

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인의 등기부등본을 보면, 청구법인은 사회복지사업을 영위하는 법인으로서 장애인 복지시설 지원사업·장애인기관 종사자 지원사업·장애인 및 청소년 상담사업·영유아 보육시설 위탁운영사업·사회복지관련 연구사업·국내외 유관단체와의 교류사업 등을 수행한다고 명시되어 있다.

(2) 이 건 과세쟁점자문위원회 의결서를 보면 ○○○○은 주업종이 서비스/교육컨설팅이고, 부업종은 음식/학교급식, 부동산/임대로 되어 있으며, 2006.8.16. 개업 이 후 부동산 임대업 (비 인가학교로서 대안학교 인 ‘○○학교’, ‘○○학교’에 임대)과 음숙업(인가학교인 ○○고등학교 기숙사 운영)을 영위하다가 2008.12.31. 사업부진을 사유로 폐업신고하 였는 바, 부동산임대업과 관련된 쟁점부동산은 청구법인에게 양도하고, 위탁운영하던 ○○고등학교의 기숙사 운영은 ○○고등학교에서 직영한다고 기재되어 있다.

(3) 청구법인은 ○○○○으로부터 은행부채 및 기존 임차인의 임대차계약을 승계하지 아니하였고, 직원 및 건물관리인도 승계받지 아니하였을 뿐 아니라, ○○○○이 쟁점부동산의 양도와 관련된 부가가치세를 대부분 납부하였으므로 ‘사업의 포괄양수가 아니라고 주장하므로 이에 대하여 본다. (가) 쟁점부동산의 매매계약서를 보면 매매대금은 19억원(계약금 3,000만원, 중도금 14억 5,000만원, 잔금 3억 2,000만원)이고, 제2조에 ○○○○은 위 부동산에 설정된 저당권 지상권 등 소유권의 행사를 제한하는 자가 있거나, 제세공과금, 과태료, 벌금, 기타 부담금 등의 미납금이 있을 때에는 잔금 수령일까지 그 권리하자 및 부담금 등을 제거하여 완전한 소유권을 청구법인에게 이전한다고 되어 있고 제5조에 쟁점부동산의 잔금 지불 전까지 임대료 및 관리비 등의 미수금은 ○○○○의 책임이다고 약정되어 있다. 또한, 특약사항에 ○○○○은 쟁점부동산상 근저당권자 주식회사 ○○은행으로 등기된 근저당권 1건(채권최고액 11억 200만원)과 채권자 ○○○로 등기된 근저당권 1건(채권 최고액 3억 9,000만원)을 잔금지급 전까지 책임지고 말소하기로 하고, ○○○○과 청구법인은 당해 부동산의 건물분에 대한 부가가치세를 별도로 정하여 동 부가가치세를 청구법인은 잔금일에 ○○○○에게 지급하기로 하고 ○○○○은 세금계산서를 청구법인에게 발행 교부하기로 하며, ○○○○은 책임지고 2009.9.30.까지 당해 부동산에 대한 임차인 등에 대한 명도를 완료하여 청구법인이 당해 부동산을 사용하는데 아무런 지장이 없도록 한다고 약정되어 있다. (나) 쟁점부동산의 매매계약서 및 임대차계약서 등을 보면, 청구법인은 2008.7.23. ○○○○과 쟁점부동산 매매계약(가계약)을 체결하고, 2008.8.29. ○○○○과 임대차계약을 체결한 후 2008.9.3. 본 계약을 체결하였다. 이 후 잔금 지급(2008.10.2.) 및 소유권이전등기를 완료(2008.10.6)하면서 임대차기간이 개시되었고, 2008.12.5. ○○○○이 폐업결정되었으며, 같은 날 청구법인과 ○○○와 ○○○간에 임대차계약을 체결한후 청구법인이 2008.11.27. ○○○○으로부터 2008년 10월분 임대료를 수령(2008년 11월분 임대료는 2008.12.30. 수령함)한 사실이 나타난다. (다) 쟁점부동산의 임대차계약서를 보면, 쟁점부동산의 양도 전에 ○○○○과 ○○○와 ○○○간에, 양도 후에 청구법인과 ○○○와 ○○○간에 체결된 임대차 내역은 아래<표>와 같이 나타난다. (단위: ㎡, 천원) 구 분

○○○○ 청구법인 건물1층 건물 2,3층 건물 l층 건물 2,3층 전용면적 2,480 2,480 2,480 2.480 계약면적 826.4 1,227 826.4 1,227 용도 교육(연수)시설 교육(연수)시설 교육(연수)시설 교육(연수)시설 계약일 2008.3.1. 2008.3.1. 2008.12.5. 2008.12.5. 임대차기간 2008.3.l. ~2013.2.28. 2008.3.l. ~2013.2.28. 2008.12.5 ~2011.12.4. 2008.12.5 ~2011.12.4. 임차인

○○○

○○○

○○○

○○○ 보증금 28,000 35,000 임대료 2,500(부가세 포함) 3,200(부가세 포함) 2,800(부가세 포함) 3,000(부가세 포함) (라) ○○○○은 쟁점부동산의 양도와 관련하여 2008년 제2기확정분 부가가치세 175,171천원 중 127,434천원을 천원을 납부하지 아니하여 처분청에서 2009.3.31. 납기로 경정,고지한 사실이 국세통합전산망 조회자료에 나타나고, 이 건 심리과정 중에 미수금 회수를 위하여 노력하고 있으며 당해 미수금 회수하면 위 체납된 부가가치세를 납부할 의사가 있다고 이 건 심리당시(2009년 10월)진술한 확인서를 제시하였다. (마) 처분청은 청구법인이 ○○○○의 직원 ○○○을 승계받지 아니한 사실을 인정하고 있으나, ○○○과 유선으로 통화한 결과 ○○○이 ○○○○이 위탁운영하던 ○○○○○○의 기숙사 운영과 관련된 전반적인 업무 (기숙사 사감 관리, 급여 지급, 물품 구매, 기타 경비 지출 등)를 담당하였지 임대관련 업무를 담당하지 아니하였다고 진술하고 있으나 이에 대한 진술서 등 구체적인 증빙은 제시하지 못하고 있다는 의견이다. (바) 이 건 심판청구 대리인은 2009.10.16. 조세심판관회의에 출석 하여 청구법인은 고유목적사업인 장애인 복지 및 청소년상담사업 등 을 운영할 계획으로 쟁점부동산을 취득하였으나 재단 이사장 및 이 사진들의 해임 전 이사장과의 갈등(○○○○○시 감사와 고소·고발사 건 등)으로 쟁점부동산의 취득목적과 관련한 일체의 의사결정을 할 수 없는 상태가 되었고, ○○○○이 경영악화로 인하여 청구법인과 임대차계약을 계속 유지할 수 없다 하여 기존의 임차인 ○○○와 ○○○에게 임대하는 상황이 되었고 ○○○○은 쟁점부동산 인근에 위치한 학교법인 ○○○○에 기숙사 및 식당을 위탁운영하여 ○○○○에 대한 미수금이 남아 있어 이를 회수하면 체납된 부가가치세를 납부할 계획이며 청구법인은 쟁점부동산을 고유목적사업과 임대사업을 영위할 목적으로 취득한 것이지 기존의 임대사업을 승계할 목적이 없 었다는 사실 등에 관하여 진술을 하였다.

(3) 위 사실관계를 종합하여 보면, 쟁점부동산의 양도자인 ○○○○이 책임지고 2008.9.30.까지 임차인 등에 대한 명도를 완료하여 이전한다고 약정한 사실, 청구법인이 쟁점부동산 취득시 근저당설정과 관련한 은행채무 및 ○○○○ 직원을 승계받지 아니하였고 이에 따라 ○○○○이 근저당권을 말소한 사실, 청구법인이 기존의 임차인을 승계한 것이 아니라 ○○○○과 먼저 임대차계약을 체결한 후 ○○○○ 의 폐업결정으로 인하여 기존의 임대인과 임대기간을 달리한 새로운 임대차계약을 체결한 사실, 청구법인이 쟁점세금계산서를 교부받고 ○○○○이 쟁점부동산 관련 부가가치세 대부분을 납부하고 미납된 부가가치세 체납액도 납부할 의사가 있음을 확인한 사실, 청구대리인의 의견진술내용 등을 감안하여 볼 때, 청구법인이 쟁점부동산을 취득한 이후에도 기존 임차인들에게 쟁점부동산을 임대하고 있다는 사실만으로 청구법인이 ○○○○으로부터 사업을 포괄양수한 것으로 보기 어렵다고 하겠다. 따라서, 처분청이 쟁점세금계산서 관련 매입세액을 불공제하고 과세한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호 ․ 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호 ․ 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.