특수관계자에게 지급한 임차보증금의 시가초과액 판단

고양세무서장이 2009.3.12. 청구법인에게 한 2004사업연도 법인세 20,835,470원, 2005사업연도 법인세 88,318,910원, 2006사업연도 법인세 70,476,020원, 2007사업연도 법인세 3,891,350원의 부과처분은 경기도 ○○시 ○○구 ○○동 1148-2, 1148-5등에 위치한 학원사업용 빌딩의 임차료나 임차보증금, 기타 여건 등을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정한다.

• 가. 청구법인은 2004~2007사업연도에 경기도 ○○시 ○○구 ○○동 1148-3 ○○빌딩(지하 2층, 지상 11층, 이하 “쟁점부동산”이라 한다)에서 학원사업(○○○ ○○어학원 등)을 영위하기 위하여 대표이사 최○○의 배우자인 복○○ 소유의 쟁점부동산을 임차하고 임차보증금 46억원을 지급하였다.
• 나. 처분청은 청구법인이 특수관계자인 복○○에게 지급한 임차보증금이 법인세법 시행령제89조 제4항 제1호의 시가(쟁점부동산의 감정가액의 50%)를 초과한다 하여 시가초과액 상당액을 업무무관가지급금으로 보아 인정이자를 익금산입하고, 이와 관련된 지급이자를 손금불산입하는 등(별지 <표1>, <표2>참조) 하여 2009.3.12. 청구법인에게 2004사업연도 법인세 20,835,470원, 2005사업연도 법인세 88,318,910원, 2006사업연도 법인세 70,476,020원, 2007사업연도 법인세 3,891,350원, 합계 183,521,750원을 경정∙고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2009.6.1. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구법인 주장 처분청은 청구법인이 복○○에게 지급한 임차보증금에 대하여 쟁점부동산과 유사한 임대사례를 찾아보지 아니하고 법인세법 시행령제89조 제4항 제1호(쟁점부동산의 감정가액의 50%)를 적용하여 부당행위계산 부인대상으로 보았지만, 쟁점부동산(경기도 ○○시 ○○구 ○○동 1148-3)과 바로 연접한 ○○빌딩(위 같은 곳 1148-5, 이하 “비교대상 건물”이라 한다) 4~7층에서 (주)○○○○학원이 학원사업을 영위하고 있으므로 이를 쟁점부동산과 유사한 임차사례로 보아야 하고, 이 경우 쟁점부동산의 면적(㎡)당 임차보증금(2004사업연도 4십7만원, 2007사업연도 2백4십만원 정도)은 비교대상 건물의 임차보증금(2004 및 2007사업연도 2백4십만원 정도)보다 적으므로 이 건은 고가의 임차보증금을 지급한 경우가 아님에도 처분청이 그와 같이 보아 이 건 법인세를 부과한 처분은 위법∙부당하다.
• 나. 처분청 의견

(1) 인접한 부동산을 적정한 임차사례로 보기 위해서는 ① 임대조건 및 면적, ② 임대건물의 위치적 효용성, ③ 시장상황 등을 비교하여 유사하여야 하나, 청구법인이 제출한 비교대상 건물은 인접한 곳에 소재하는 것 외에 다음과 같이 여러 가지 조건에서 차이가 나므로 유사한 임차사례로 보기 어렵다. 먼저, 임차 조건 등을 비교해 보면 다음과 같다. 쟁점부동산은 지하 2층, 지상 11층의 건물이며, 청구법인이 전체를 임차하여 사용하고 있는 반면 비교대상 건물은 지하 1층, 지상 8층의 건물이고, 입시전문인 (주)○○○○학원이 4~7층을 임차하여 사용하고 있으며 기타 층은 자동차판매 대리점, 사무실, 점포 등으로 사용하고 있고, 쟁점부동산은 층별 면적이 대부분 458.29㎡ 정도이나 비교대상 건물은 층별 면적이 601.38㎡(4층, 5층은 546.66㎡임)정도로 층별 임차면적이 쟁점부동산의 그것보다 크며, 청구법인이 임차한 총면적은 5,715.08㎡이고 비교대상 건물은 2,717.35㎡이므로 임차면적이 2배 이상 차이가 난다. 둘째, 시장상황 및 효용성을 비교해 보면 다음과 같다. 쟁점부동산은 2004년에 신축된 건물로 청구법인이 완공시점부터 사용하고 있는 반면 비교대상 건물은 이보다 6년이나 앞선 1998년에 신축된 건물로 다수의 사업자가 학원 및 근린생활시설로 사용하여 이미 상권이 형성되어 있으며, 건물 앞에는 도로와 횡단보도, 버스정류장 등이 있어 교통이 편리한 등 시장상황 및 효용성에 차이가 있다. 한편, 쟁점부동산과 비교대상 건물의 2005년 학원수입금액을 비교해 보면, 아래 <표1>과 같이, 청구법인은 29억원 상당이고 비교대상 건물 내 학원은 22억원 상당으로, 임차면적이 1/2에 불과한 비교대상 건물의 ㎡당 수입금액이 쟁점부동산의 그것보다 2.1배나 많다. <표1> 청구법인과 비교대상 건물의 학원수입금액 비교 (단위: 백만원, ㎡) 구 분 수입금액 임차면적 비 고 청구법인 2,940 5,435.62 ㎡당 수입금액 54만원 비교대상 건물 내 학원 2,296 2,072.73 ㎡당 수입금액 110만원 청구법인의 2.1배

(2) 위와 같이, 비교대상 건물은 쟁점부동산과 비교할 때, 전자는 임차면적이 절반에도 미치지 못하고 있고, 건물도 일부만을 임차하여 사용하고 있으며, 1998년에 사용∙승인된 후 근린생활시설로 사용되어 이미 상권이 형성되거나 또는 교통여건이 편리하므로 유사한 임대사례로 보기 어렵다. 따라서, 청구법인이 특수관계자에게 고가의 임차보증금을 지급한 경우로 보아 이 건 법인세를 부과한 처분은 잘못이 없다.

• 가. 쟁점 청구법인이 특수관계자인 대표이사의 배우자에게 지급한 임차보증금이 쟁점부동산의 시가(감정가액의 50%)보다 높다 하여 시가초과액 상당액을 업무무관가지급금으로 보아 인정이자를 익금산입하고 지급이자를 손금불산입하여 법인세를 부과한 처분의 당부
• 나. 관련법령

○ 법인세법 제28조 【지급이자의 손금불산입】

① 다음 각 호의 차입금의 이자는 내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다.

4. 다음 각목의 1에 해당하는 자산을 취득하거나 보유하고 있는 내국법인이 각 사업연도에 지급한 차입금의 이자 중 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액(괄호생략)

• 나. 제52조 제1항의 규정에 의한 특수관계자에게 당해 법인의 업무와 관련없이 지급한 가지급금 등으로서 대통령령이 정하는 것 〇 제52조【부당행위계산의 부인】

① 납세지 관할세무서장 또는 관할 지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 “특수관계자”라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서는 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요육∙이자율∙임대료 및 교환비율 기타 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 “시가”라 한다)을 기준으로 한다. 〇 법인세법 시행령 제53조 【업무무관자산 등에 대한 지급이자의 손금불산입】

① 법 제28조 제1항 제4호 나목에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 명칭여하에 불구하고 당해 법인의 업무와 관련이 업무와 관련이 없는 자금의 대여액(괄호생략)을 말한다.(단서생략)

② 법 제28조 제1항 제4호에서 “대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액”이라 함은 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. 제1항 및 제49조 제1항의 규정에 의한 자산가액의 합계액 (총차입금을 한도로 한다) 지급이자 × 총차입금 〇 제88조【부당행위계산의 유형 등】

① 법 제52조 제1항에서 “조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

7. 금전 기타 자산 또는 용역을 시가보다 높은 이율∙요율이나 임차료로 차용하거나 제공받은 경우 〇 제89조【시가의 범위 등】

① 법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 당해 거래와 유사한 상황에서 당해 법인이 특수관계자 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 의한다.

② 법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호의 규정을 순차로 적용하여 계산한 금액에 의한다.

1. 부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(괄호 및 단서 생략)

2. 상속세 및 증여세법 제38조 내지 제39조의 2 및 동법 제61조 내지 제64조의 규정을 준용하여 평가한 가액

④ 제88조 제1항 제6호 및 제7호의 규정에 의한 자산(괄호생략) 또는 용역의 제공에 있어서 제1항 및 제2항의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 다음 각 호의 규정에 의하여 계산한 금액을 시가로 한다.

1. 유형 또는 무형의 자산을 제공하거나 제공받는 경우에는 당해 자산 시가의 100분의 50에 상당하는 금액에서 그 자산의 제공과 관련하여 받은 전세금 또는 보증금을 차감한 금액에 정기예금이자율을 곱하여 산출한 금액

⑤ 제88조의 규정에 의한 부당행위계산에 해당하는 경우에는 법 제52조 제1항의 규정에 의하여 제1항 내지 제4항의 규정에 의한 시가와의 차액 등을 익금에 산입하여 당해 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다.(단서생략)

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 특수관계자인 복○○이 체결한 쟁점부동산의 ‘임대차계약서’에는 청구법인이 2004.1.17. 복○○ 소유의 쟁점부동산 중 5~7층(1,374.8㎡)을 10억원에 임차한 후, 2004.5.18. 쟁점부동산(지하 2층, 지상 11층, 5,435.6㎡) 전체를 46억원에 임차하여 사용하기로 약정한 사실이 나타난다.

(2) 처분청은 청구법인이 특수관계자인 복○○에게 지급한 임차보증금이 법인세법 시행령 제89조 제4항 제1호 의 시가(쟁점부동산의 감정가액의 50%)를 초과한다 하여 시가초과액 상당액을 업무무관가지급금으로 보아 인정이자를 익금산입하고, 이와 관련된 지급이자를 손금불산입하여 이 건 법인세를 경정∙고지하였다.

(3) 청구법인은 쟁점부동산(경기도 ○○시 ○○구 ○○동 1148-3)과 바로 연접한 비교대상 건물(위 같은 곳 1148-5) 4~7층에서 (주)○○○○학원(대표이사 김○○)이 학원사업을 영위하고 있으므로 이를 쟁점부동산의 유사한 임차사례로 보아야 하고, 이 경우 아래 <표2>와 같이 쟁점부동산의 면적당 임차보증금이 비교대상 건물의 면적당 임차보증금보다 적으므로 이 건은 고가의 임차보증금을 지급한 경우가 아니라고 주장한다. <표2> 쟁점부동산과 비교대상 건물의 면적당 임차보증금의 비교 (단위: 윈/㎡) 사업연도 2004 2005 2006 2007 쟁점부동산(A) 475,367 872,140 2,452,104 2,409,683 비교대상 건물(B) 2,427,740 2,769,938 2,769,938 2,427,740 차이(C=A-B) △1,952,373 △1,897,798 △317,834 △18,057

(4) 쟁점부동산과 비교대상 건물의 용도, 규모, 층별 사용현황 등은 아래 <표3>과 같고, 쟁점부동산이 위치한 지도에는 경기도 ○○시 ○○구 ○○동 1148-2에 “○○학원 빌딩‘(이하 ”○○학원 빌딩“이라 한다)이 있는 것으로 나타나고, 청구법인이 촬영한 사진에는 위 ○○학원 빌딩에 ○○○○학원 등이 있는 것으로 나타난다. 한편, 비교대상 건물에서는 ○○학원이 2003년 7월부터 2008년 7월까지, (주)○○○○학원이 2008년 8월부터 현재까지 학원사업을 영위하고 있다. <표3> 쟁점부동산과 비교대상 건물의 용도, 규모, 사용현황 등 비교 구 분 쟁점부동산 비교대상 건물 용도 근린생활시설 및 교육시설 근린생활시설 및 교육시설 구조 철근콘크리트조 철근콘크리트조 규모 지하 2층, 지상 11층 지상 8층 사용현황 11층 383.32㎡ 근린생활시설(음식점) 10층 458.29㎡ 업무시설(사무소) 9층 458.29㎡ 교육시설(학원) 8층 458.29㎡ 교육시설(학원) 7층 458.29㎡ 교육시설(학원) 6층 458.29㎡ 교육시설(학원) 5층 458.29㎡ 교육시설(학원) 4층 458.29㎡ 교육시설(학원) 3층 458.29㎡ 업무시설(사무소) 2층 297.05㎡ 교육시설(학원) 1층 422.83㎡ 근린생활시설(소매점) 지하 1,2층 888.18㎡ 주차장 학원 임차면적(11층제외) 5,274.38㎡ 8층 91.68㎡ 7층 601.38㎡ 교육시설(학원) 6층 601.38㎡ 교육시설(학원) 5층 546.66㎡ 교육시설(학원) 4층 546.66㎡ 교육시설(학원) 3층 546.66㎡ 2층 546.66㎡ 1층 546.66㎡ 학원 임차면적 2,296.08㎡

(5) 쟁점부동산과 비교대상 건물의 연도별 개별공시지가를 비교하면, 아래 <표4>와 같이 거의 같은 것으로 확인된다. <표4> 쟁점부동산과 비교대상 건물의 연도별 개별공시지가 비교 (단위: 원) 사업연도 2004 2005 2006 2007 쟁점부동산 3,000,000 4,200,000 4,250,000 4,250,000 비교대상 건물 3,000,000 4,200,000 2,300,000 4,300,000

(6) 이를 바탕으로 청구법인이 특수관계자인 대표이사의 배우자에게 지급한 임차보증금이 법인세법 시행령 제89조 제4항 제1호 의 시가(쟁점부동산의 감정가액의 50%)보다 높다 하여 시가초과액 상당액을 업무무관가지급금으로 보아 인정이자를 익금산입하고, 지급이자를 손금불산입하여 법인세를 부과한 처분이 타당한지를 살펴본다. (가) 법인세법 시행령 제88조 제1항 제7호 에는 특수관계자에게 시가보다 높게 임차료를 지급한 경우를 부당행위계산 부인대상의 하나로 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제89조 제1항에는 부당행위계산 부인의 기준인 시가의 산정에 대하여 당해 거래와 유사한 상황에서 당해 법인이 특수관계자 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격에 따른다고 규정하고 있고, 같은 조 제2항에는 제1항의 시가가 불분명한 경우에는 감정평가법인의 감정가액 등을 시가로 적용한다고 규정하고 있으며, 같은 조 제4항 제1호에는 시가보다 높게 임차료를 지급한 경우로서 제1항 및 제2항을 적용할 수 없는 경우에는 당해 자산 시가의 100분의 50에 상당하는 금액에서 임차보증금을 차감한 금액에 정기예금이자율을 곱하여 산출한 금액을 기준으로 부당행위계산 부인규정을 적용한다고 규정하고 있다. (나) 일반적으로 부당행위계산 부인규정을 적용함에 있어서 적정임대료(또는 임차보증금)의 산정은 당해 부동산과 유사한 임대실례를 비교하여 계산함이 타당하고, 임대실례가 없는 경우에도 당해 부동산의 위치와 주위환경, 이용상황, 사용범위는 물론, 임대료(또는 임대보증금)를 형성하는 개별적인 요인과 인접지역 내 다른 부동산의 임대가격 등을 종합적으로 검토하여 합리적으로 계산함이 타당하다(대법원 88누3987, 1989.11.14., 국심 2000중1806, 2001.3.7. 같은 뜻임) 할 것이다. (다) 처분청은 이 건 법인세 부과처분을 함에 있어서 쟁점부동산과 유사한 임대실례를 확인하지 아니하고 법인세법 시행령 제89조 제4항 제1호 의 시가(쟁점부동산의 감정가액의 50%)를 적용하여 청구법인이 특수관계자에게 고가의 임차보증금을 지급한 경우로 보았으나, 처분청이 적용한 시가는 쟁점부동산을 사용하고 임대료를 지급한 경우에 적용할 수 있는 것으로 임차보증금만 지급한 이 건에 적용하는 것은 적절하지 아니하다 할 것이다(국심 2004중3996, 2005.4.4. 참조). (라) 그렇다면, 처분청은 쟁점부동산과 유사한 임대실례를 재조사하여 청구법인이 고가의 임차보증금을 지급한 경우인지를 판단함이 타당하다 할 것인데, 위 (4)에서 본 바와 같이 쟁점부동산과 바로 연접한 곳에는 학원사업용 빌딩이 존재하므로 쟁점부동산, 비교대상 건물, ○○학원 빌딩의 임차료나 임차보증금, 기타 여건 등을 재조사하여 그 결과에 따라 이 건 법인세 과세표준 및 세액을 경정함이 타당하다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.