지방공사가 지방자치단체에 용역을 제공하고 위탁관리비를 수령한 경우 부가세 과세대상임

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 지방공기업법 제49조 및 ○○지방공사설치운영조례에 따라 설립된 지방공사로서 1999.12.28. ○○시장과 “○○시 환경기초시설 운영ㆍ관리 위ㆍ수탁계약”을 체결하여 2000.1.1.부터 2008.10.9.까지 환경기초시설 운영ㆍ관리용역(이하 “쟁점용역”이라한다)을 제공하고 지급받은 위탁관리비 65,451,277천원(이하 “쟁점관리비”라 한다)에 대하여 부가가치세가 면제되는 것으로 보아 처분청에 부가가치세 신고를 하지 않았다.
• 나. 감사원장은 2008.9.17.~2008.10.15. 기간 동안 청구법인 외 18개 기관에 대하여 업무감사를 실시한 결과, 청구법인이 쟁점관리비에 대하여 부가가치세가 과세되는 것임에도 부가가치세 신고를 누락한 것으로 보아 2009.3.12. 국세부과제척기간이 경과하지 않은 위탁관리비에 대하여 부가가치세를 징수하도록 처분청에 감사결과처분요구를 하였고, 처분청은 이에 따라 2009.5.6. 청구법인에게 2004년 제1기 ~ 2008년 제2기 부가가치세 6,182,183,040원(납세고지서 내역 <별첨>)을 경정ㆍ고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2009.6.23. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 지방공기업법 제9조 에 의하여 ○○시장에게 쟁점용역을 제공함으로써 ○○시민의 주거생활과 복지향상에 기여하고자 ○○시장이 전액 출자하는 방법으로 설립된 지방공사로서, 모든 업무처리를 ○○시장의 관리감독하에서 수행하고 있고, 쟁점용역으로 인한 수익금을 다시 ○○시장에게 환원하고 있는 바, 따라서 쟁점관리비는 지방공기업법 시행령 제63조 제2항 에 따라 ○○시장이 청구법인에게 지급하여야 할 “사업집행상 필수적으로 소요되는 경비” 즉 “실비”에 불과한 점으로 보아 쟁점용역은 부가가치세법 제12조 제1항 제16호 에서 규정하고 있는 “기타 공익을 목적으로 하는 단체”가 공급하는 용역이므로 부가가치세 면제대상이다. 또한, 조세특례제한법 제106조 제1항 및 같은 법 시행령 제106조 제7항을 보면, 부가가치세가 면제되는 용역을 제공하는 단체의 하나로 지방공기업법 제76조 에 의하여 설립된 지방공단과 한국수자원공사법에 의하여 설립된 한국수자원공사를 열거하고 있는 바, 한국수자원공사는 중앙정부 및 지방자치단체의 상하수도를 비롯한 수자원과 관련된 업무를 대행하는 단체로서, ○○시의 하수를 대행 처리하는 단체인 청구법인과는 그 행위목적과 운영형식이 동일하다고 할 수 있으므로 같은 취지에서 청구법인이 제공하는 쟁점용역 또한 부가가치세가 면제대상이다. 설령, 환경기초시설위탁용역이 부가가치세 과세대상이라고 하더라도 청구법인이 ○○시장으로부터 받은 실비(시설비, 인건비 및 부대경비, 대행수수료 등 법률로 정한 필수경비)까지 과세한 것은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 청구법인이 부가가치세법제12조 제1항 제16호에서 규정하고 있는 “기타 공익을 목적으로 하는 단체”에 해당한다고 주장하나, 부가가치세법제12조 제1항 제16호 및 같은 법 시행령 제37조 제1호에 종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ구호 기타 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역의 공급에 대하여 부가가치세를 면제한다고 규정되어 있을 뿐, 환경기초시설의 운영ㆍ관리 업무를 대행하는 청구법인과 유사한 단체에 대하여 부가가치세를 면제한다고 규정되어 있지 않다. 또한, 공익을 목적으로 하는 단체인지 여부는 그 고유의 목적이 사회일반의 복리증진인지 여부에 따라 판단하여야 하고, 공급하는 요역이 일시적인 공급이거나 실비 또는 무상공급이어야 할 것인바(대법원 96누17769, 1997.8.26. 같은 뜻임), 청구법인은 1999.12.8. 설립당시 ○○시장으로부터 800,000천원, 민간기업으로부터 700,000천원을 출자받아 2000.1.1.부터 현재까지 쟁점용역을 수행하고 있고, 2000 및 2004사업연도에 발생한 당기순이익(2001.4.4. 및 2005.4.13. 각 220.200천원 및 295,220천원)을 출자자에게 배당한 점으로 보아 청구법인이 사회일반의 복리증진을 위하여 일시적이거나 실비 또는 무상으로 용역을 공급하는 단체로 보기 어렵다. 설령, 2001.4.1. 민간출자 700,000천원이 전액 유상감자되어 현재는 ○○시장이 100% 출자하고 있다고 하더라도. ○○○○시장이 100% 출자하여 설립된 ○○○○시 도시개발공사와 ○○광역시장이 100%출자하여 설립된 ○○광역시 도시개발공사는 민간자본의 출자가 가능하고 출자자에 대한 이익배당이 가능하다는 이유로 부가가치세법제12조 제1항 제16호에서 규정하고 있는 공익목적 단체로 보기 어렵다는 재정경제부의 유권해석에 비추어 보아도 청구법인을 같은 호에서 규정하고 있는 공익목적의 단체로 보기 어렵다. 청구법인은 쟁점관리비 전액을 부가가치세 과세대상으로 본 것은 부당하다고 주장하나, 부가가치세법 제13조 및 같은 법 시행령 제48조 제1항에 과세표준에는 명목 여하에 불구하고 대가관계에 있는 모든 금전적 가치가 있는 것을 포함하도록 규정되어 있는 바, 청구법인은 매월 ○○시장으로부터 환경기초시설 운영에 필요한 인건비, 경비 및 이윤(인건비 및 경비 등의 10%)등을 위탁관리비라는 명목으로 일괄적으로 지급받았고, 쟁점관리비를 자기의 책임과 계산으로 지출하고 쟁점관리비 전액을 수입과 지출로 회계처리하였으며, 법인세 신고 시에도 쟁점관리비 전액을 청구법인의 수입금액에 포함하여 신고한 점 등으로 보아, 쟁점관리비에 포함된 인건비, 경비 등은 단순히 청구법인이 ○○시장을 위하여 지출을 대행한 것이 아니라 청구법인이 ○○시장에게 공급한 환경기초시설의 운영ㆍ관리 대행용역과 대가 관계가 있다고 할 것이므로 인건비, 경비 등을 포함한 쟁점관리비 전액을 부가가치세 과세대상으로 하여 과세한 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점용역이 부가가치세 면제대상인지 여부
• 나. 관련법령

(1) 부가가치세법(2003.12.30. 법률 제7007호로 개정된 것) 제12조 【면 세】① 다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

16. 종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ구호ㆍ기타 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 것 제13조 【과세표준】① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각호의 가액의 합계액(이하 “공급가액”이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

1. 금전으로 대가를 받은 경우에는 그 대가

② 다음 각 호의 금액은 과세표준에 포함하지 아니한다. 1.에누리액 2.환입된 재화의 가액 3.공급받는 자에게 도달하기 전에 파손ㆍ훼손 또는 멸실된 재회의 가액 4.국고보조금과 공공보조금 5.공급대가의 지급지연으로 인하여 지급받는 이자로서 대통령령이 정하는 연체이자 6.재화 또는 용역을 공급한 후의 그 공급가액에 대한 할인액으로서 대통령령이 정하는 할인액

(2) 조세특례제한법(2003.12.30. 법률 제7003호로 개정된 것) 제106조 【부가가치세의 면제 등】 ① 다음 각호의 1에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다. 이 경우 제1호 내지 제3호 및 제9호의 규정은 2006년 12월 31일가지, 제4호의 2의 규정은 2004년 12월 31일가지 공급한 분에 한하여 이를 적용한다.

6. 대통령령이 정하는 정부업무를 대행하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 것 (3) 부가가치세법 시행령(2000.12.29. 대통령령 제1704호로 개정된 것) 제37조 【종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ구호단체 등이 공급하는 재화 등의 범위】법 제12조 제1항 제16호에서 “대통령령이 정하는 것”이란 다음 각 호의 것을 말한다.

1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록된 단체로서 상속세 및 증여세법 시행령 제12조 각호의 1에 규정하는 사업 또는 기획재정부령이 정하는 사업을 하는 단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비 또는 무상으로 공급하는 재화 및 용역 제48조 【과세표준의 계산】 ① 법 제13조 제1항에 규정하는 과세표준에는 거래상대자로부터 받은 대금ㆍ요금ㆍ수수료 기타 명목여하에 불구하고 대가관계에 있는 모든 금전적 가치 있는 것을 포함한다. (4) 조세특례제한법 시행령(2003.12.30. 대통령령 제18176호로 개정된 것) 제106조 【부가가치세 면제 등】 ⑦ 법 제106조 제1항 제6호에서 “대통령령이 정하는 정부업무를 대행하는 단체”라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 자를 말한다.

22. 지방공기업법 제76조 의 규정에 의하여 설립된 지방공단

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 1999.12.28. ○○시장과 “○○시 환경기초시설 운영ㆍ관리 위ㆍ수탁계약”을 체결하여 2000.1.1.부터 2008.10.9.까지 쟁점용역을 대행하면서 ○○시장으로부터 지급받은 쟁점관리비를 부가가치세가 면제되는 것으로 보아 처분청에 신고하였고, 처분청은 쟁점관리비를 부가가치세가 과세되는 것으로 보아 이 건 과세처분을 한 사실이 청구법인에 대한 2004년 제1기 ~ 2008년 제2기 부가가치세 경정결의서 등에 의하여 확인된다.

(2) 감사원의 감사결과처분요구서 내용을 보면, 아래와 같다. 부가가치세법 제12조 제1항 제16호 및 같은 법 시행령 제37조 제1호의 규정에 따르면, 종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ구호ㆍ기타 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역의 공급에 대해서는 부가가치세를 면제하도록 되어 있고, 대법원 판례에 따르면 ‘공익을 목적으로 하는 단체’인지 여부는 그 고유의 목적이 사회일반의 복리증진인지 여부에 따라 판단하여야 하고 공급하는 용역이 일시적인 공급이거나 실비 또는 무상공급이어야 한다고 판시하고 있다. 그런데, 청구법인은 1999.12.8. 설립당시 ○○시장으로부터 800,000천원, 민간기업으로부터 700,000천원을 출자받아 2001.1.1.부터 2008.10.9. 현재가지 계속해서 환경기초시설 운영ㆍ관리대행용역을 수행하고 있고, 2000년도와 2004년도 당기순이익(2001.4.4. 및 2005.4.13. 각 220,200천원 및 295,220천원)을 출자자에게 배당하는 등 영리를 목적으로 운영되고 있으므로 부가가치세법 제12조 제1항 제16호 등의 규정에 따른 “종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ구호ㆍ기타 공익을 목적으로 하는 단체”에 해당하지 아니한다. 또한, 청구법인은 매월 ○○시장으로부터 환경기초시설 운영에 필요한 인건비 및 이윤(인건비 및 경비 등의 10%)등을 위탁관리비로 지급받아 자기의 책임과 계산으로 지출하고 위탁관리비 전체를 수입과 지출로 회계처리하고 있으므로 위탁관리비 전체가 부가가치세법제13조 제1항 등의 규정에 따른 ‘거래상대방으로부터 받은 대금ㆍ요금ㆍ수수료 기타 명목 여하에 불구하고 대가 관계에 있는 모든 금전적 가치있는 것’에 포함된다. 따라서, 청구법인이 환경기초시설 운영ㆍ관리업무를 대행하면서 지급받은 위탁관리비 전체에 대하여 부가가치세를 신고ㆍ납부하여야 했다.

(3) 쟁점용역은 부가가치세 과세대상이 아니며, 쟁점관리비 전액을 부가가치세가 과세되는 것으로 보아 과세한 처분은 부당하다고 주장하면서 청구법인이 제시한 증빙과 그 내역은 아래와 같다. (가) 청구법인의 사업자등록증을 보면,

○○세무서장이 2008.8.8. 청구법인이 서비스/분뇨, 하수, 축산폐수처리 업종을 영위하는 면세사업자로 사업자등록증을 교부한 것으로 확인된다. (나) 청구법인과 ○○시장간에 체결된 2008년 위ㆍ수탁계약서를 보면, 아래와 같다.

○ 제3조(위ㆍ수탁업무 내용 및 처리방법): 이 계약에 의한 위ㆍ수탁업무 내용 및 처리방법은 별표1의 업무에 대하여 환경기초시설의 운영관리 관계법령 등에 따른다.

○ 15조(위탁관리비의 청구 및 지급):위탁관리비 지급은 연간 총비용을 월별로 배분하여 청구법인의 청구에 의하여 ○○시장이 매월15일까지 청구법인에게 지급한다.

○ 20조(조사 및 감독): ○○시장은 위탁사무에 대하여 청구법인을 조사ㆍ감독하며, (중략) 위법 또는 부당하다고 인정될 때에는 개선이나 필요한 조치를 명할 수 있다.

(4) 위 사실관계를 종합하여 보면, 청구법인은 쟁점용역이 부가가치세 과세대상이 아니라고 주장하나, 부가가치세법 제12조 제1항 제16호 및 같은 법 시행령 제37조 제1호에 의하면, 종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ구호ㆍ기타 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역의 공급에 대하여 부가가치세 면제를 한다고 규정되어 있을 뿐, 환경기초시설의 운영ㆍ관리 업무를 대행하는 청구법인과 유사한 단체에 대하여 부가가치세를 면제한다고 규정되어 있지 않는 바, 청구법인은 설립당시 민간기업으로부터 출자를 받아 출자자에게 이익을 배당한 사실이 있으며, ○○특별시장이 100% 출자하여 설립된 ○○특별시 도시개발공사 등도 민간자본의 출자가 가능하고 출자자에 대한 이익배당이 가능한 점 등에 비추어 청구법인을 부가가치세법 제12조 제1항 제16호 에서 규정하고 있는 공익목적 단체로 보기 어렵다고 하겠다. 또한, 부가가치세법 제13조 및 같은 법 시행령 제48조 제1항에 의하면, 과세표준에는 명목여하에 불구하고 대가관계에 있는 모든 금전적 가치가 있는 것을 포함하도록 규정되어 있는 바, 청구법인은 매월 ○○시장으로부터 환경기초시설 운영에 필요한 인건비, 경비 및 이윤(인건비 및 경비 등의 10%)등을 위탁관리비라는 명목으로 일괄적으로 지급받았고, 지급받은 쟁점관리비를 자기의 책임과 계산으로 지출하고 쟁점관리비 전액을 수입과 지출로 회계처리 하였으며, 법인세 과세표준 및 세액신고 시에도 자신의 수입금액에 포함하여 신고하였다. 따라서, 쟁점관리비에 포함된 인건비, 경비 등은 청구법인이 ○○시장에게 공급한 환경기초시설의 운영ㆍ관리 대행용역과 대가 관계가 있는 것으로 보이므로 인건비, 경비 등을 포함한 쟁점관리비 전액을 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. 2010년 01월 29일