양도소득세를 부과함에 있어 기준시가에 의하여 양도차익을 산정하는 경우에도 헌법상의 실질적 조세법률주의 또는 과잉금지의 원칙상 그에 기초하여 산출한 세액이 실지거래가액에 의한 양도차익의 범위를 넘을 수는 없는 것임
양도소득세를 부과함에 있어 기준시가에 의하여 양도차익을 산정하는 경우에도 헌법상의 실질적 조세법률주의 또는 과잉금지의 원칙상 그에 기초하여 산출한 세액이 실지거래가액에 의한 양도차익의 범위를 넘을 수는 없는 것임
○○세무서장이 2008.4.11. 청구인에게 한 2003년 귀속 양도소득세 279,702,310원의 부과처분은 이를 취소하고, 나머지 심판청구는 기각한다.
(1) 청구외법인이 농지 등을 취득하여 공장을 신축하는 과정에서 부득이 대표이사인 청구인 명의로 쟁점토지를 취득하고 쟁점건물을 신축한 후 청구외법인에게 양도한 것으로 되어 있으나, 실제로는 청구외법인이 처음부터 쟁점토지를 직접 취득하고 쟁점건물을 신축한 것인 바, 청구인 명의로 쟁점토지를 취득(2002.4.22.)하기 전인 2002.3.14. 쟁점건물 신축허가를 받았고, 2002.6.24. 청구외법인 설립절차를 마무리지었으며, 이후 쟁점토지 토지조성공사 및 쟁점건물 신축공사가 청구외법인에 의하여 이루어졌으며 처분청도 이를 인정하여 쟁점건물 양도부분을 청구인의 양도소득세 과세대상에서 제외한 바 있으므로 청구인에게 한 이 건 당초 양도소득세 부과처분은 부당하다.
(2) 청구인은 쟁점토지는 물론 쟁점건물 취득가액 그대로 청구외법인에 넘겨 양도 차익이 전혀 발생하지 아니하였는 바, 기준시가에 의한 산출세액은 헌법상의 실질적 조세법률주의 또는 과잉금지의 원칙에 의하여 실지거래가액에 의한 양도차익의 범위를 넘을 수 없는 것이고, 실질과세원칙에도 위배되며, 이러한 사실은 금융증빙서류에 의하여 확인되므로 이 건 처분은 부당하다. 또한, 쟁점토지의 매매계약일(2003.2.12.)이 쟁점토지에 대한 처분청의 공시지가 평가기준일(2003.5.20.) 이전인 바, 매매계약일 당시의 기준시가를 기준으로 양도가액의 부당행위계산부인 적용 여부를 판단하여야 함에도 이를 위반하여 부당하고, 토지조성공사, 쟁점건물 신축 등 쟁점토지에 대한 개발사업은 모두 청구외법인에 의하여 이루어졌으므로 개발에 따른 이익 상당액은 청구외법인에 귀속되었음에도 청구인에게 개발이익을 귀속시킨 것으로 본 것은 부당하므로 이 건 당초 처분은 취소되어야 한다.
(1) 쟁점토지의 취득일(등기접수일)이 2002.4.22.이고 쟁점건물의 건축허가일이 2002.3.14.인 바, 청구외법인의 설립일이 2002.6.24.로 법인이 설립되기 전에 개인이 취득한 토지 및 건물이므로 쟁점토지를 청구외법인이 실질적으로 취득하였다는 청구주장은 이유 없다.
(2) 쟁점토지는 ○○○ 외 3필지가 2003.2.18. 지목이 공장용지로 변경되면서 같은 날 같은 곳 67-3 공장용지 2,918㎡로 합필된 후 2003.5.20. 양도된 것으로 양도일 현재 개별공시지가가 없는 토지이므로 양도 당시를 기준으로 감정평가기관의 감정 가액을 참작하여 공정과세협의회의 자문을 거쳐 공시지가를 결정하여 과세한 이 건 처분은 정당하다. 또한, 청구인과 쟁점토지 매수자인 청구외법인은 당해 거주자 및 당해 거주자가 대표자인 법인에 해당하고, 특수관계 있는 자에게 시가보다 낮은 가액으로 자산을 양도하여 소득세법제101조 및 같은 법 시행령 제98조의 규정에 의한 부당행위계산부인 적용대상에 해당하므로 기준시가에 의한 산출세액이 헌법상의 실질적 조세법률주의 또는 과잉금지의 원칙에 의하여 실지거래가액에 의한 양도차익의 범위를 넘을 수 없는 규정이 적용될 수 없으므로 청구주장은 이유없다.
(1) 청구외법인이 처음부터 쟁점토지를 사실상 취득하였다는 청구주장의 당부
(2) 쟁점토지의 양도에 대하여 기준시가에 의하여 양도차익을 산정한 처분의 당부
○ 소득세법 제94조 【양도소득의 범위】
① 양도소득은 당해 연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다.
1. 토지(지적법에 의하여 지적공부에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다) 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득
○ 소득세법 제96조 【양도가액 】
① 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다. 다만, 당해 자산이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 “실지거래가액”이라 한다)에 의한다.
4. 취득후 1년 이내의 부동산인 경우
5. 허위계약서의 작성, 주민등록의 허위이전 등 부정한 방법으로 부동산을 취득 또는 양도하는 경우로서 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 경우
③ 제1항 단서 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 거주자가 제94조 제1항 각호의 자산을 법인세법 제52조 의 규정에 의한 특수관계에 있는 법인(외국법인을 포함한다)에게 양도한 경우로서 동 법 제67조의 규정에 의하여 거주자의 상여ㆍ배당 등으로 처분된 금액이 있는 때에는 동 법 제52조의 규정에 의한 시가를 당해 자산의 양도당시의 실지거래가액으로 본다.
○ 소득세법 제99조 【기준시가의 산정 】
① 제96조 제1항 본문, 제97조 제1항 제1호 가목 본문, 제100조 및 제114조 제5항의 규정에 의한 기준시가는 다음 각호에서 정하는 바에 의한다.
1. 제94조 제1항 제1호의 규정에 의한 토지 또는 건물
- 가. 토 지 지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의한 개별공시지가(이하 “개별공시지가”라 한다). 다만, 개별공시지가가 없는 토지의 가액은 납세지 관할세무서장이 인근 유사토지의 개별공시지가를 참작하여 대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한 금액으로 하고, 지가가 급등하는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역에 있어서는 배율방법에 의하여 평가한 가액으로 한다.
○ 소득세법 시행령 제164조 【토지ㆍ건물의 기준시가 산정】
① 법 제99조 제1항 제1호 가목 단서에서 “대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한 금액”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 개별공시지가가 없는 토지와 지목ㆍ 이용상황 등 지가형성요인이 유사한 인근토지를 표준지로 보고 지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률 제10조 제2항의 규정에 의한 비교표에 의하여 납세지 관할세무서장(납세지 관할세무서장과 당해 토지의 소재지를 관할하는 세무서장이 서로 다른 경우로서 납세지 관할세무서장의 요청이 있는 경우에는 당해 토지의 소재지를 관할하는 세무서장)이 평가한 가액을 말한다. 이 경우 납세지 관할세무서장은 2 이상의 감정평가기관에 의뢰하여 당해 토지에 대한 감정평가기관의 감정가액을 참작하여 평가할 수 있다.
2. 지적법에 의하여 분할 또는 합병된 토지
3. 토지의 형질변경 또는 용도변경으로 인하여 지적법상의 지목이 변경된 토지
4. 개별공시지가의 결정ㆍ고시가 누락된 토지(국ㆍ공유지를 포함한다)
③ 법 제99조 제1항 제1호 가목의 규정을 적용함에 있어서 새로운 기준시가가 고시되기 전에 취득 또는 양도하는 경우에는 직전의 기준시가에 의한다.
○ 소득세법 제101조 【양도소득의 부당행위계산】
① 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 양도소득이 있는 거주자의 행위 또는 계산이 그 거주자와 특수관계 있는 자와의 거래로 인하여 당해 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 때에는 그 거주자의 행위 또는 계산에 관계없이 당해 연도의 소득금액을 계산할 수 있다.
○ 소득세법 시행령 제98조 【부당행위계산의 부인】
① 법 제41조 및 법 제101조에서 “특수관계 있는 자”라 함은 다음 각 호의 1의 관계에 있는 자를 말한다.
2. 당해 거주자의 종업원 또는 그 종업원과 생계를 같이하는 친족
3. 당해 거주자의 종업원 외의 자로서 당해 거주자의 금전 기타 자산에 의하여 생계를 유지하는 자와 이들과 생계를 같이하는 친족
4. 당해 거주자 및 그와 제1호 내지 제3호에 규정하는 자가 소유한 주식 또는 출자지분의 합계가 총발행주식수 또는 총출자지분의 100분의 30 이상이거나 당해 거주자가 대표자인 법인
② 법 제41조에서 “조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 때”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 때를 말한다.
1. 특수관계 있는 자로부터 시가보다 높은 가격으로 자산을 매입하거나 특수관계 있는 자에게 시가보다 낮은 가격으로 자산을 양도한 때
③ 제2항 제1호의 규정에 의한 시가의 산정에 관하여는 법인세법시행령 제89조 제1항 및 제2항의 규정을 준용한다.
○ 소득세법 시행령 제167조 【양도소득의 부당행위계산 】
③ 법 제101조 제1항에서 “조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 때”라 함은 제98조 제2항 각호의 1에 해당하는 때를 말한다.
④ 제98조 제1항 각호의 규정에 의한 특수관계 있는 자와의 거래에 있어서 토지 등을 시가를 초과하여 취득하거나 시가에 미달하게 양도함으로써 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 때에는 그 취득가액 또는 양도가액을 시가에 의하여 계산한다.
⑤ 제3항 및 제4항의 규정을 적용함에 있어서 시가는 상속세 및 증여세법 제60조 내지 제64조와 동법 시행령 제49조 내지 제59조의 규정을 준용하여 평가한 가액에 의한다. 이 경우 상속세 및 증여세법 시행령 제49조 제1항 본문 중 “평가기준일 전후 6월(증여재산의 경우에는 3월로 한다) 이내의 기간”은 "양도일 또는 취득일 전후 각 6월의 기간" 으로 본다.
⑥ 개인과 법인간에 재산을 양수 또는 양도하는 경우로서 그 대가가 법인세법 시행령 제89조 의 규정에 의한 가액에 해당되어 당해 법인의 거래에 대하여 법인세법 제52조 의 규정이 적용되지 아니하는 경우에는 법 제101조 제1항의 규정 을 적용하지 아니한다. 다만, 거짓 그 밖의 부정한 방법으로 양도소득세를 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그러하지 아니하다. (2003.12.30. 신설)
○ 법인세법 제52조 【부당행위계산의 부인】
① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 “특수관계자”라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.
② 제1항의 규정을 적용함에 있어서는 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ 이자율ㆍ임대료 및 교환비율 기타 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 “시가”라 한다)을 기준으로 한다.
○ 법인세법 시행령 제89조 【시가의 범위 등】
① 법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 당해 거래와 유사한 상황에서 당해 법인이 특수관계자외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 의한다.
② 법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 시가가 불분명한 경우에는 다음 각호의 규정을 순차로 적용하여 계산한 금액에 의한다.
1. 지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액. 다만, 증권거래소에 상장되지 아니한 주식 등을 제외한다.
2. 상속세 및 증여세법 제38조 내지 제39조의 2 및 동 법 제61조 내지 제64조의 규정을 준용하여 평가한 가액
○ 상속세 및 증여세법 제61조 【부동산 등의 평가】
① 부동산에 대한 평가는 다음 각호의 1에서 정하는 방법에 의한다.
지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의한 개별공시지가(이하 “개별공시지가”라 한다). 다만, 개별공시지가가 없는 토지의 가액은 납세지관할세무서장이 인근 유사토지의 개별공시지가를 참작하여 대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한 금액으로 하고, 지가가 급등하는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역의 토지에 대하여는 배율방법에 의하여 평가한 가액으로 한다.
○ 상속세 및 증여세법 시행령 제50조 【부동산의 평가】
① 법 제61조 제1항 제1호 단서에서 “대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한 금액”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 개별공시지가가 없는 당해 토지와 지목ㆍ이용상황 등 지가형성요인이 유사한 인근토지를 표준지로 보고 지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률 제10조 제2항의 규정에 의한 비교표에 의하여 납세지 관할세무서장(납세지 관할세무서장과 당해 토지의 소재지를 관할하는 세무서장이 서로 다른 경우로서 납세지 관할세무서장의 요청이 있는 경우에는 당해 토지의 소재지를 관할하는 세무서장으로 한다)이 평가한 가액을 말한다. 이 경우 납세지 관할세무서장은 2 이상의 감정기관에 의뢰하여 당해 감정기관의 감정가액을 참작하여 평가할 수 있다.
2. 지적법에 의하여 분할 또는 합병된 토지
3. 토지의 형질변경 또는 용도변경으로 인하여 지적법상의 지목이 변경된 토지]
4. 개별공시지가의 결정ㆍ고시가 누락된 토지(국ㆍ공유지를 포함한다)
(1) 청구인이 2002.3.13., 2002.4.22. 취득한 쟁점토지 및 2003.2.11. 사용승인된 쟁점건물을 2003.5.20. 청구외법인에 소유권이전등기를 하였으나 양도가 아니라 하여 양도소득세를 신고․납부하지 아니한데 대하여, 처분청은 쟁점토지는 양도일 현재 개별공시지가가 없는 토지에 해당한다고 보아 소유권이전등기일인 2003.5.20.을 기준으로 감정평가기관의 감정가액을 참작하여 공정과세협의회 자문을 거쳐 공시지가를 208,000원/㎡으로 평가하고, 쟁점건물은 기준시가로 평가하여 양도가액은 948,192,000원(쟁점토지 606,944,000원, 쟁점건물 341,248,000원)으로, 취득가액은 388,363,500원(쟁점토지 56,539,500원, 쟁점건물 331,824,000원), 필요경비는 11,650,905원(쟁점토지 1,696,185원, 쟁점건물 9,954,720원)으로 결정하여 이 건 양도소득세를 과세한 사실이 경정결의서 등 심리자료에 나타난다.
(2) 경정결의서 등에 의하면, 청구인이 위 처분에 대하여 이의신청을 하자 처분청은 2008.9.1. 쟁점건물은 청구외법인이 실질적으로 신축하였으므로 청구인이 양도한 것이 아니라 하여 직권으로 쟁점건물의 양도부분을 청구인의 양도소득세 과세대상에서 제외하는 감액경정을 하였으나 세액은 오히려 298,010원이 증가하였는 바, 이는 당초 경정시 쟁점건물의 양도소득금액이 △530,720원인 것에 기인하는 것으로 나타난다.
(3) 국세청 전산자료, 법인등기부 등에 의하여 청구인과 청구외법인의 사업내역을 정리하면 아래 표와 같이 나타난다. 구 분 개인사업체 법 인 상 호
○○산업 (주)○○산업 대 표 청구인 청구인(법인의 대주주) 사업자등록번호 124-○○-○○○○○ 124-○○-○○○○○ 업태 / 종목 제조/기계․자동화부품 제조/기계․자동화부품 사업장 소재지 경기 ○○시 ○○군 ○○ 경기 ○○시 ○○군 ○○ 설립(개업)일
1998. 00. 00.
2002. 00. 00. 폐 업 일
2002. 00. 00. 계속사업중
(4) 등기부등본, 등기필증, 토지대장, 건축물관리대장 등에 의하여 쟁점토지에 대하여 보면, ○○○ 임야 708㎡는 2001.11.20. 매매(매매대금 117백만원)를 등기원인으로 하여 2002.3.13. 청구인에게 소유권이전등기되었고, 같은 곳 67-3 답 1,649㎡, 같은 곳 68-2 답 226㎡ 및 같은 곳 92-10 답 335㎡는 2001.11.20. 매매(매매대금 338백만원)를 등기원인으로 하여 2002.4.22. 청구인에게 소유권이전 등기되었으며, 쟁점토지인 위 같은 곳 69-3 임야 708㎡, 같은 곳 67-3 답 1,649㎡, 같은 곳 68-2 답 226㎡ 및 같은 곳 92-10 답 335㎡는 모두 2003.2.18. 지목이 공장용지로 변경되면서 2003.2.18. 같은 곳 67-3 공장용지 2,918㎡로 합병된 후 2003.2.12. 매매를 등기원인으로 하여 2003.5.20. 청구외법인에 소유권이전등기된 것으로 나타나고, 쟁점토지 외에 ○○○ 답 931㎡, 같은 곳 92-1 답 694㎡, 같은 곳 92-12 답 262㎡ 합계 1,887㎡(이하 “쟁점외토지”라 한다)는 2003.12.12. 증여를 등기원인으로 하여 2003.12.15. 청구인에게 소유권이전등기되었는 바, 이에 대하여 청구인은 쟁점외토지는 쟁점토지와 함께 취득하였는데 등기업무상의 편의를 위하여 증여를 등기원인으로 하여 소유권이전등기를 하였다고 주장하고 있다. 또한, 쟁점건물(철골조 샌드위치판넬, 1층 1,142.4㎡, 2층 345.6㎡ 합계 1,488㎡)은 청구인 명의로 2002.3.14. 건축허가를 받아 2002.9.18. 착공하여 2003.2.11. 사용승인이 되었으며 2003.2.24. 청구인 명의로 소유권보존등기되었으며, 2003.2.12. 매매를 등기원인으로 하여 2003.5.20. 청구외법인에 소유권이전등기된 것으로 나타난다. 매도인인 청구인과 매수인인 청구외법인이 2003.2.12. 체결한 쟁점부동산 매매 계약서를 보면, 매매대금은 230백만원으로 되어 있고, 동 매매계약서는 2003.5.17.
○○○의 검인을 거쳐 2003.5.20. 수원지방법원 ○○○등기소에 제출된 것으로 나타나며, 매매금액에 대한 구체적인 내역을 보면, 쟁점건물의 신축과 관련하여 청구외법인 명의로 세금계산서를 교부받고 법인 장부에 계상하였는데 법인이 신설 법인이라 대출이 이루어지지 않고 청구인이 운영해온 개인사업체
○○ 산업이 대출이 가능하다고 하여 부득이 청구인 명의로 준공한 후에 등기이전을 한 것이므로 건물 대금으로 지급할 금액은 ‘0’원으로 하고, 쟁점토지의 취득대금은 청구인이 실제 취득한 금액인 366백만원과 등기비 등 부대비용을 포함한 금액으로 하되 동 금액은 협동화사업을 통해 공동으로 시공한 토목공사비가 포함된 금액이고 토목공사비의 세금계산서(113,900천원) 역시 법인이 수수하였고 추후 약 20백만원 정도가 소요될 예정이므로 이를 공제한 순수토지비는 230백만원으로 하며, 쟁점부동산의 취득과 관련한 청구인의 금융권 부채는 청구외법인 명의로 금융권 차입이 가능한 즉시 청구외법인이 승계하여야 한다고 되어있다.
(5) 무통장 입금증, 유동성 거래내역조회서, 예금통장 사본 등에 의하면, 청구인의 쟁점토지와 쟁점외토지의 취득 및 쟁점토지 토지조성비와 관련하여 송금한 내역은 2001.7.24.부터 2002.2.6.까지 9회에 걸쳐 총 610백만원을 ○○○단지협의회장인 김○○○ 명의의 예금계좌[(주)○○○ 외]에 송금한 것으로 나타나고, 협동화사업에 참여한 다른 업체인 ○○○ 등 12개 업체도 위 김○○○ 명의의 예금계좌에 송금한 것으로 나타나며, 협동화단지의 토지는 총 9,300평으로 그 금액은 5,673백만원으로 나타나고, 청구인이 제시한 협동화단지 추진계획, 협동화사업승인신청서(개별업체 작성), 협동화사업시행계약서, 협동화사업을 진행하면서 협동화단지협의회(대표자 김○○○)와 청구인간에 수수된 문서 등에 의하면 쟁점토지 등은 협동화사업단이 일괄하여 취득하고 토지조성공사 등을 한 것으로 나타나고, 청구인은 쟁점토지의 토지조성공사와 관련하여 2002.6.29.자 공급가액 113,900,000원 상당의 세금계산서를 협동화단지 토지의 토지조성공사를 시공한 (주)○○○개발로부터 청구외법인 명의로 수취한 것으로 나타난다.
(6) 쟁점건물 신축과 관련한 ‘민간건설공사 표준도급계약서’를 보면, 공사명은 ○○○ 공장 신축공사, 공사장소는 쟁점토지, 착공일은 2002.9.14., 준공예정일은 2002.11.30., 계약금액은 650백만원으로 하는 계약을 2002.9.14. 도급인○○○과 수급인○○○이 체결하였으며, 입회인은 김○○○로 기재되어 있고, 이와 관련하여 세금계산서(2002.11.1. 공급가액 316,520,000원, 2002.12.17. 공급가액 319,783,474원)는 (주)○○○개발로부터 청구외법인 명의로 교부받았고, 청구외법인은 동 세금계산서를 당해 과세기간의 부가가치세 신고시 제출하여 매입세액을 공제받은 것으로 나타난다.
(7) 위에서 살펴본 내용과 청구외법인의 관련 장부 및 부속 첨부서류, ○○지방 국세청장의 정기종합감사결과 처분지시 정정공문(감사관실-1772, 2008.8.4.), 청구외법인의 법인세 수정신고서 등에 의하여 쟁점토지 및 쟁점건물에 대하여 청구외법인이 기장한 내역 및 실제가액에 대하여 살펴보면 아래 <표1>과 같이 나타나고, 청구인은 청구외법인이 쟁점토지를 61,570천원으로 장부에 계상한 것은 당시 기준시가에 의한 금액으로 총 1,005,965천원에서 쟁점토지 계상액을 차감한 나머지를 쟁점건물가액으로 계상한 것으로 이는 청구인과 청구외법인은 특수관계 있는 자로 부당행위계산부인 문제가 발생될 우려를 감안하였다는 주장이고, 아래 <표1>과 같이 장부에 계상한 사실과 관련하여 처분청은 청구외법인이 청구인에게 쟁점토지대금으로 지불한 231,202천원 중 건물로 장부에 계상한 토목공사비 19,500천원, 취득세 등 5,060천원 및 토지가액 169,632천원 합계 194,192천원에 대하여는 청구외법인이 감가상각비를 과다계상하였으므로 동 금액에 상당하는 감가상각비에 대하여 법인세 수정신고를 요청하였고, 이에 대하여 청구외법인은 2008.12.22. 2003사업연도분부터 2007사업연도분까지 법인세를 수정신고․납부한 것으로 나타나고, 청구외법인은 2008.1.1.에 건물은 차감하고 토지는 증가하는 수정분개를 하여 장부를 정정한 것으로 나타난다. <표1> 쟁점토지 및 쟁점건물에 대한 장부 기장 및 실제 가액 내역 (단위: 천원) 날짜 내역 금액 법인 장부가액 실제가액 토지 건물 토지 건물 02.06.△△. 토목공사비 113,900
• 113,900 113,900
• 02.11.△△. 건축비 316,520
• 316,520
• 316,520 02.12.△△. 건축비 319,783
• 319,783
• 319,783 02.12.△△. (년계) (750,203)
• (750,203) (113,900) (636,303) 03.04.△△. 토목공사비 19,500
• 19,500 19,500
• 03.05.△△. 취득세 등 5,060
• 5,060
• 5,060 03.05.△△. 청구인으로부터 231,202 61,570 169,632 231,202
• 03.12.△△. (년계) (255,762) (61,570) (194,192) (250,702) (5,060) 합계 1,005,965 61,570 944,395 364,602 641,363
(8) 쟁점토지 및 쟁점외토지 개별공시지가 변동내역은 아래 <표2>와 같다. <표2> 개별공시지가 변동 내역 (단위: 원) 기준일자 공시일자 쟁점토지 쟁점외토지 2001.1.1. 2001.6.30. 11,900 11,900 2002.1.1. 2002.2.14. 11,900 20,200 2002.7.1. 2002.10.31. 21,100 21,100 2003.1.1. 2003.2.18. 250,000 24,800 2003.7.1. 2003.10.31. 255,000 25,600 2004.1.1. 2004.5.31. 298,000 59,600 2005.1.1. 2005.5.31. 347,000
(9) 먼저, 청구외법인이 처음부터 쟁점토지를 사실상 취득하였다는 청구주장에 대하여 살펴본다 처분청이 당초 쟁점부동산(쟁점토지, 쟁점건물)을 과세대상으로 하여 양도소득세를 과세하였다가 직권으로 쟁점건물을 과세대상에서 제외하는 경정을 하기는 하였으나, 이는 청구외법인이 2002.6.24. 설립등기된 이후인 2002.9.18. 착공되어 2003.2.11. 사용승인된 점에 근거한 것으로 보이고, 쟁점토지 중 ○○○ 임야 708㎡는 2001.11.20. 매매를 등기원인으로 2002.3.13. 청구인 앞으로 소유권이전등기되었고, 쟁점토지의 나머지인 같은 곳 67-3 답 1,649㎡, 같은 곳 68-2 답 226㎡ 및 같은 곳 92-10 답 335㎡는 2001.11.20. 매매를 등기원인으로 2002.4.22. 청구인 앞으로 소유권이전등기된 반면, 청구외법인은 2002.6.24. 설립등기된 점에 비추어 볼 때 쟁점토지는 청구인이 취득한 후 청구외법인에 양도한 것으로 보는 것이 타당하다고 판단된다.
(10) 다음, 청구인은 쟁점토지는 물론 쟁점건물 취득가액 그대로 청구외법인에 넘겨 양도차익이 발생하지 아니하였고, 기준시가로 계산한 양도차익에 대한 산출세액은 실지거래가액에 의한 양도차익의 범위를 넘을 수 없는 것이고, 매매계약일 (2003.2.12.) 당시를 기준으로 양도가액의 부당행위계산부인 적용여부를 판단하여야 함에도 처분청은 소유권이전등기일(2003.5.20.)을 기준으로 평가한 가액으로 적용여부를 판단하여 부당하고, 토지조성공사, 쟁점건물 신축 등 쟁점토지에 대한 개발 사업은 모두 청구외법인에 의하여 이루어졌으므로 개발에 따른 이익 상당액은 청구외법인에 귀속되었음에도 이를 고려하지 아니한 것은 부당하다는 등 여러 가지 이유를 들면서 기준시가에 의하여 양도차익을 계산하여 이 건 과세한 처분은 부당하다고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다. (가) 양도소득세 부과에 있어 기준시가에 의하여 양도차익을 산정하여야 하는 경우에 있어서도 헌법상의 실질적 조세법률주의 또는 과잉금지의 원칙상 그에 기초하여 산출한 세액이 실지거래가액에 의한 양도차익의 범위를 넘을 수는 없는 것이며 (대법 2001두4047, 2001.9.7. ; 국심 2006서3999, 2007.9.27. 같은 뜻), 소득세 법제101조 제1항은 정부는 양도소득이 있는 거주자의 행위 또는 계산이 그 거주자와 특수관계 있는 자와의 거래로 인하여 당해 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 때에는 그 거주자의 행위 또는 계산에 관계없이 당해 연도의 소득금액을 계산할 수 있다고 규정하고, 소득세법 시행령제167조 제4항은 특수관계 있는 자와의 거래에 있어서 토지 등을 시가를 초과하여 취득하거나 시가에 미달하게 양도함으로써 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 때에는 그 취득가액 또는 양도가액을 시가에 의하여 계산한다고 규정하고 있는바, 위 부당행위계산부인 규정도 실질과세원칙을 구체화하여 실질적 조세법률주의를 실현하기 위한 것으로서 기준시가과세의 한계를 위와 같이 정한 것과 그 취지를 달리하는 것이 아니므로 기준시가에 의하여 산정한 세액의 한도가 되는 실지양도차익의 계산에 있어서도 위 부당행위계산부인 규정은 그대로 적용된다고 보아야 할 것이다(대법 97누16190, 1999.2.12. 참조). (나) 쟁점토지의 경우 쟁점건물과 마찬가지로 청구인이 운영하던 개인사업체가 법인으로 전환된 청구외법인이 사업을 영위하기 위하여 쟁점토지를 매입하고 쟁점 건물을 신축한 것이나 다름없고, 쟁점토지는 당초 지목이 임야, 답이었으나 토지 조성공사를 하여 지목이 공장용지로 변경되었는 바, 토지조성공사는 청구인이 아닌 청구외법인이 한 것으로 나타나는 점에서 지목 변경이나 토지조성공사로 인한 개발이익은 청구인이 아닌 청구외법인에 귀속된 것으로 판단되므로 처분청이 본 쟁점토지의 양도가액에는 동 개발이익이 포함되지 아니한 것으로 보아야 할 것이다(국심 2004구492, 2005.1.18. ; 국심2002전674, 2002.10.15. 외 같은 뜻), (다) 청구외법인은 쟁점토지 취득 및 토지조성공사와 쟁점건물의 신축과 관련하여 지출된 비용을 장부에 계상하였으며 동 지출된 비용은 금융증빙 등에 의하여 확인되고, 청구외법인은 총 지출된 비용 중 쟁점토지의 기준시가 상당액은 쟁점토지의 취득가액으로, 나머지는 쟁점건물의 취득가액으로 장부에 계상하였으나 앞에서 본 바와 같이 매매계약서, 금융증빙서류, 세금계산서, 청구외법인의 장부 등 관련자료에 의하여 실제 취득가액을 계산하면 <표1>과 같이 나타나는 바, 동 금액은 쟁점토지 및 쟁점건물의 실제가액으로 인정된다 할 것이다 (라) 살피건대, 이 건의 경우 부당행위계산부인규정을 적용하기 위해서는 청구인과 특수관계 있는 자인 청구외법인에게 쟁점토지를 시가에 미달하게 양도하여 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되어야 하나, 쟁점토지에 대한 토지조성공사, 쟁점건물 신축 등 청구외법인이 쟁점토지를 개발함에 따른 이익이 포함되어 있는 것으로 나타남에도 동 개발이익이 고려되지 아니하여 쟁점토지가 과다하게 평가 되었으며, <표1>의 토지가액을 쟁점토지의 양도 당시 시가로 볼 수 있고 청구외법인은 동 금액 그대로 쟁점토지 등을 청구인으로부터 인수하여 소유권이전등기를 하였으므로 청구인에게는 쟁점토지의 양도와 관련하여 아무런 양도차익이 발생하지 아니하여 저가 양도로 인한 조세부담을 부당하게 감소시킨 것으로는 보이지 아니하고, 또한, 쟁점토지의 양도에 대하여 부당행위계산부인 등을 하여 양도소득세를 부과함에 있어 기준시가에 의하여 양도차익을 산정하는 경우에도 헌법상의 실질적 조세법률주의 또는 과잉금지의 원칙상 그에 기초하여 산출한 세액이 실지거래가액에 의한 양도 차익의 범위를 넘을 수는 없는 것이며 이와 같이 쟁점토지 양도에 따른 실지거래가액에 의한 양도차익이 없는 것으로 나타나는 이상 기준시가에 의한 과세도 타당하지 아니하므로 처분청이 쟁점토지의 양도에 대하여 부당행위계산부인을 하여 기준시가에 의하여 양도차익을 산정하여 과세한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.