사업자가 면세사업자로서 지급한 부가가치세를 관련 매입세액으로 공제받지 못하였다 하더라도 부당행위계산부인을 함에 있어 시가 산정시 부가가치세를 포함하지 아니함
사업자가 면세사업자로서 지급한 부가가치세를 관련 매입세액으로 공제받지 못하였다 하더라도 부당행위계산부인을 함에 있어 시가 산정시 부가가치세를 포함하지 아니함
1. ○○○세무서장이 2009.3.4. 청구법인에게 한 2005사업연도 법인세 38,911,490원, 2006사업연도 법인세 80,691,060원, 2007사업연도 법인세 201,343,740원의 부과처분은 ○○○ 등의 임대사례를 재조사하여 그 결과에 따라 시가차임 및 업무무관가지급금의 범위를 산정하고, 청구법인이 강○○○에게 지급한 차임산정시 부가가치세를 제외하여 그 과세표준 및 세액을 경정한다.
2. 나머지 심판청구는 기각한다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 부당행위계산 부인시 쟁점부동산 시가차임 관련 고가임차에 대한 부당행위계산부인시 임차료 시가는 법인세법 시행령제89조 제1항에 따라 임대차계약일 현재 인근의 임대사례가액을 기준으로 해야 하고, 이러한 임대사례가액이 없는 경우에 한하여 같은 조 제4항에 따라 감정평가액의 50%를 기준으로 시가를 산정해야 하는데, 쟁점부동산 인근에 위치하였고 이용현황이 유사한 ○○○의 각 임대사례가액에 따라 쟁점부동산의 임차료 시가를 산정하여야 한다.
(2) 쟁점초과보증금·쟁점미회수보증금의 업무무관가지급금 관련 2006사업연도의 경우 (1)과 같이 인근 임대사례가액을 기준으로 할 경우 시가 이상으로 보증금이 지급되었다고 보기 어렵고, 2007사업연도의 경우 청구법인이 강○○○에게 지급한 보증금이 처분청이 시가로 본 감정평가액의 50% 금액 보다 적으므로, 처분청의 과세자료에 의하더라도 업무무관가지급금이 발생하지 아니하였다.
(3) 청구법인 지급 임차료에 부가가치세 포함여부 관련 청구법인은 2005·2006사업연도 차임으로 192,000,000원, 2007사업연도 차임으로 470,000,000원을 지급하였음에도, 처분청은 위 차임에 부가가치세를 가산하2005·2006사업연도의 경우 211,200,000원, 2007사업연도의 경우 517,000,000원을 차임으로 지급하였다고 보았던바, 부당행위계산부인시 청구법인이 실제 차임으로 지급한 금액만을 대상으로 해야지 부가가치세를 포함하여서는 아니된다.
(4) 2007.12.16.이후 특수관계자 여부 관련 청구법인의 대주주 강○○○은 2007.12.15. 청구법인의 주식 전부를 타인에게 양도하는 등 2007.12.16.부터 청구법인과 강○○○은 특수관계자에 해당하지 아니한다고 보아야 하는바, 2007.12.16. ~ 12.31. 지급된 임차료에 대하여 부당행위계산부인 규정을 적용함은 부당하다.
(1) 부당행위계산 부인시 쟁점부동산의 시가차임 관련 건물의 임대료는 위치·용도·기타 주변 여건 등에 따라 시세가 달라지는데, 쟁점부동산은 1층을 포함한 건물전체를 학원으로 사용함에 반하여 임대사례가액으로 제시한 ○○○ 등의 차임을 기준으로 쟁점부동산에 대한 시가차임을 산정해서는 아니된다.
(2) 쟁점초과보증금·쟁점미회수보증금의 업무무관가지급금 관련 2006사업연도의 경우 ○○○임대사례가액을 시가산정의 기준으로 볼 수 없는 이상 적정 임차보증금인 쟁점시가를 초과하여 지급된 쟁점초과보증금을 업무무관가지급금으로 보아야 하고, 2007사업연도의 경우 청구법인은 2007.10.15. 강○○○과 임대보증금을 38억원에서 6억5천만원으로 변경하였음에도 연말까지 강○○○으로부터 쟁점미회수보증금을 지급받지 아니하였으므로, 쟁점미회수보증금을 강○○○에 대한 업무무관가지급금으로 보아 인정이자를 익금산입하여야 한다.
(3) 청구법인 지급 임차료에 부가가치세 포함여부 관련 청구법인은 매입세액을 공제받지 못하는 면세사업자로 강○○○에게 지급한 차임과 부가가치세를 모두 임차료 계정으로 장부에 계상하여 관리하였던바, 부가가치세를 포함한 임차료 전액을 청구법인이 강○○○에게 지급한 차임으로 보아야 한다.
(4) 2007.12.16.이후 특수관계자 여부 관련 강○○○이 비록 2007.12.15. 보유하던 청구법인의 주식 전부를 처분하였으나, 청구법인의 등기부등본상 강○○○은 2007.12.31.까지 청구법인의 대표이사로 확인되므로, 2007.12.16.이후에도 청구법인과 강○○○은 특수관계자에 해당한다.
① 쟁점부동산의 차임에 대한 부당행위계산부인시 시가산정의 적정여부
② 쟁점초과보증금과 쟁점미회수보증금을 청구법인의 전대표로 쟁점부동산의 임대인인 강○○○에 대한 업무무관가지급금으로 볼 수 있는지 여부
③ 부가가치세 면제사업자인 청구법인이 강○○○에게 지급한 임차료 산정시 부가가치세를 포함해야 하는지 여부
④ 청구법인과 강○○○이 2007.12.16. ~ 12.31. 특수관계자에 해당한다고 볼 수 있는지 여부
① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 “특수관계자”라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.
② 제1항의 규정을 적용함에 있어서는 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환비율 기타 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 “시가”라 한다)을 기준으로 한다. 법인세법 시행령 제87조 【특수관계자의 범위】
① 법 제52조 제1항에서 “대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자”라 함은 법인과 다음 각호의 1의 관계에 있는 자(이하 “특수관계자”라 한다)를 말한다.
2. 주주 등(소액주주 등을 제외한다. 이하 이 관에서 같다)과 그 친족
3. 법인의 임원ㆍ사용인 또는 주주 등의 사용인(주주 등이 영리법인인 경우에는 그 임원을, 비영리법인인 경우에는 그 이사 및 설립자를 말한다)이나 사용인외의 자로서 법인 또는 주주 등의 금전 기타 자산에 의하여 생계를 유지하는 자와 이들과 생계를 함께 하는 친족 제88조【부당행위계산의 유형 등】
① 법 제52조 제1항에서 “조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
7. 금전 기타 자산 또는 용역을 시가보다 높은 이율ㆍ요율이나 임차료로 차용하거나 제공받은 경우
② 제1항의 규정은 그 행위당시를 기준으로 하여 당해 법인과 특수관계자간의 거래(특수관계자외의 자를 통하여 이루어진 거래를 포함한다)에 대하여 이를 적용한다. 다만, 제1항 제8호 가목의 규정을 적용함에 있어서 특수관계자인 법인의 판정은 합병등기일이 속하는 사업연도의 직전사업연도의 개시일(그 개시일이 서로 다른 법인이 합병한 경우에는 먼저 개시한 날을 말한다)부터 합병등기일까지의 기간에 의한다. 제89조【시가의 범위 등】
① 법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 당해 거래와 유사한 상황에서 당해 법인이 특수관계자외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 의한다.
② 법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 시가가 불분명한 경우에는 다음 각호의 규정을 순차로 적용하여 계산한 금액에 의한다.
1. 부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식 등을 제외한다.
2. 상속세 및 증여세법 제38조 내지 제39조의 2 및 동법 제61조 내지 제64조의 규정을 준용하여 평가한 가액. 이 경우 상속세 및 증여세법 제63조 제2항 제1호 및 동법 시행령 제57조 제1항ㆍ제2항의 규정을 준용함에 있어서 “직전 6월(증여세가 부과되는 주식 등의 경우에는 3월로 한다)”은 이를 각각 “직전 6월”로 본다.
④ 제88조 제1항 제6호 및 제7호의 규정에 의한 자산(금전을 제외한다) 또는 용역의 제공에 있어서 제1항 및 제2항의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 다음 각호의 규정에 의하여 계산한 금액을 시가로 한다.
1. 유형 또는 무형의 자산을 제공하거나 제공받는 경우에는 당해 자산 시가의 100분의 50에 상당하는 금액에서 그 자산의 제공과 관련하여 받은 전세금 또는 보증금을 차감한 금액에 정기예금이자율을 곱하여 산출한 금액
⑤ 제88조의 규정에 의한 부당행위계산에 해당하는 경우에는 법 제52조 제1항의 규정에 의하여 제1항 내지 제4항의 규정에 의한 시가와의 차액 등을 익금에 산입하여 당해 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다. 다만, 기획재정부령이 정하는 금전의 대여에 대하여는 이를 적용하지 아니한다. 상속세 및 증여세법 시행령 제49조 【평가의 원칙 등】
① 법 제60조 제2항에서 “수용ㆍ공매가격 및 감정가격 등 대통령령이 정하는 바에 의하여 시가로 인정되는 것”이라 함은 평가기준일 전후 6월(증여재산의 경우에는 3월로 한다. 이하 이 항에서 “평가기간”이라 한다) 이내의 기간 중 매매ㆍ감정ㆍ수용ㆍ경매(민사집행법에 의한 경매를 말한다. 이하 이 항에서 같다) 또는 공매(이하 이 항에서 "매매 등" 이라 한다)가 있는 경우에 다음 각호의 1의 규정에 의하여 확인되는 가액을 말한다. 다만, 평가기간에 해당하지 아니하는 기간 중에 매매 등이 있는 경우에도 평가기준일부터 제2항 각호의 1에 해당하는 날까지의 기간 중에 주식발행회사의 경영상태, 시간의 경과 및 주위환경의 변화 등을 감안하여 가격변동의 특별한 사정이 없다고 인정되는 때에는 제56조의2 제2항의 규정에 의한 평가심의위원회의 자문을 거쳐 당해 매매 등의 가액을 다음 각호의 1의 규정에 의하여 확인되는 가액에 포함시킬 수 있다.
2. 당해 재산(법 제63조 제1항 제1호에 규정된 재산을 제외한다)에 대하여 2 이상의 재정경제부령이 정하는 공신력 있는 감정기관(이하 “감정기관”이라 한다)이 평가한 감정가액이 있는 경우에는 그 감정가액의 평균액. 다만, 다음 각목의 1에 해당하는 것을 제외하며，당해 감정가액이 법 제61조ㆍ법 제62조ㆍ법 제64조 및 법 제65조의 규정에 의하여 평가한 가액의 100분의 80에 미달하는 경우(100분의 80 이상인 경우에도 제56조의2 제2항의 규정에 의한 평가심의위원회의 자문을 거쳐 감정평가목적 등을 감안하여 동 가액이 부적정하다고 인정되는 경우를 포함한다)에는 세무서장(관할지방국세청장을 포함하며, 이하 “세무서장 등”이라 한다)이 다른 감정기관에 의뢰하여 감정한 가액에 의하되, 그 가액이 상속세 또는 증여세 납세의무자가 제시한 감정가액보다 낮은 경우에는 그러하지 아니하다.
(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 2005 ∼ 2007사업연도 중 아래 <표1>과 같이 쟁점부동산의 소유자로 2001.5.11.~2007.12.31. 청구법인의 법인등기부등본상 대표이사로 기재되었던 강○○○으로부터 쟁점부동산을 임차하였다. (나) 처분청은 ○○○이 2005.11.21. 쟁점부동산에 대하여 가격시점을 2005.11.18.로 하여 평가한 감정평가액인 7,373,623,200원을 쟁점부동산의 시가로 보고, 이를 기준으로 아래 <표2>와 같이 적정 시가차임(F)을 산정하였으며, 청구법인이 강○○○에게 지급한 부가가치세를 포함하여 차임을 산정(G)한 다음, 청구법인이 특수관계자인 강○○○에게 시가차임을 초과하여 쟁점금액(H)을 지급하였다고 보았다. (다) 쟁점부동산의 ㎡당 개별공시지가는 2005년 2,720,000원, 2006년 2,820,000원, 2007년 3,030,000원이고 임대내역은 위 <표1>과 같으며, 청구법인이 쟁점부동산 인근 임대사례가액으로 제시한 ○○○의 개별공시지가, 청구법인이 제출한 임대차계약서상 임대내역은 아래 <표3> ∼ <표5>와 같다. (라) 청구법인은 2007.10.15. 위 <표1>과 같이 보증금을 38억원에서 6억5천만원으로 감액하였음에도, 2007.11.15. 260,000,000원, 12.15. 325,000,000원, 12.26. 989,316,000원만을 회수하였을 뿐, 2007.10.15. 이후에도 쟁점미회수보증금 상당액을 강○○○으로부터 회수하지 아니하였다. (마) 청구법인의 2007사업연도 주식변동상황명세서상 강○○○의 주식보유내역은 기초주식 99,000주(82.5%), 기말주식수 0주(0%)이고, 주식·출자지분 양도명세서의 내용은 강○○○이 2007.12.26. 주식 99,000주를 양도하였다는 것이나, 청구법인의 등기부등본에 의하면 강○○○은 2001.5.11. 청구법인의 대표이사로 취임하여 2007.12.31. 사임하였다고 등기(2007.12.28. 사임)되었다. (바) 청구법인이 제출한 2007.10.15.자 양도·양수 합의서의 내용은 강○○○이 2007.10.15. 현 청구법인의 대표이사 임○○○에게 보유지분 전부를 42억2500만원(잔금기일 2007.12.15.)에 양도한다는 것이고, 근로소득 원천징수 영수증의 내용은 청구법인이 강○○○에게 2007년 7월∼11월까지는 급여로 4,700,000원을 지급하였으나, 12월에는 2,200,000원만을 지급했다는 것이다. (사) 청구법인의 운영본부장 엄○○○, 심판청구 대리인 세무사 한○○○의 임대차계약서를 입수하지 못하여 제출하지 못하였으나, 과세된 이후에 배경을 설명하자 세무조사당시에는 임대차계약서를 주지 못하겠다던 임차인들이 원본계약서를 제공해 주었고, 쟁점부동산 인근은 90%이상이 학원가로서○○○도 1층을 제외하면 모두 학원으로 임대되었다”라는 취지로 의견진술을 하였다.
(2) 먼저 쟁점①에 대하여 살펴본다. (가) 법인세법 시행령제88조 제1항 제7호는 특수관계자에게 시가보다 높게 임차료를 지급한 경우를 부당행위계산 부인대상의 하나로 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제89조 제1항은 부당행위계산부인의 기준인 시가의 산정에 대하여 당해 거래와 유사한 상황에서 당해 법인이 특수관계자 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격에 따른다고 규정하고 있으며, 같은 조 제2항에는 제1항의 시가가 불분명한 경우에는 감정평가법인의 감정가액 등을 시가로 적용한다고 규정하고 있으며, 같은 조 제4항 제1호는 시가보다 높게 임차료를 지급한 경우로서 제1항 및 제2항을 적용할 수 없는 경우에는 당해 자산 시가의 100분의 50에 상당하는 금액에서 임차보증금을 차감한 금액에 정기예금이자율을 곱하여 산출한 금액을 기준으로 부당행위계산 부인규정을 적용한다고 규정하고 있는바, 부당행위계산 부인규정을 적용함에 있어서 적정임대료의 산정은 당해 부동산과 유사한 임대실례를 비교하여 계산하여야 함이 원칙이고, 부당행위계산부인의 대상이 된 부동산과 비교대상부동산 자체의 가격, 위치, 현황 등이 유사하다면, 특별한 사정이 없는 한 각 부동산을 임대하여 수행하는 사업의 형태가 반드시 일치하여야 하는 것은 아니라 할 것이다○○○ (나) 위와 같이 나타난 사실관계 및 관련 법리를 종합해 보면, ○○○는 쟁점부동산의 바로 길건너에 소재하여 유사한 위치에 소재하였다고 볼 수 있고, 쟁점부동산과 ○○○도 모두 건물의 일부분을 학원으로 임대하였던바, 쟁점부동산의 시가차임을 산정함에 있어 법인세법 시행령제89조 제1항 소정의 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 임대가액이 존재하지 아니한다고 확정하기는 어렵다고 보이므로, 처분청은 ○○○ 등의 임대가액을 재조사하여 이를 근거로 쟁점부동산의 시가차임을 산정하는 것이 타당하다.
(3) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 쟁점초과보증금에 대하여는 쟁점①과 같이 재조사 결과 산정되는 시가차임에 따르는 경우에도 초과지급보증금이 존재하는지 여부에 따라 업무무관가지급금의 범위를 판단하여야 하고, 쟁점미회수보증금에 대하여는 위와 같은 사실관계를 종합하였을 때 청구법인이 2007.10.15.이후 강○○○으로부터 감액된 보증금 상당을 지연회수하였음이 나타나는 이상, 그 지연회수분인 쟁점미회수보증금은 업무무관가지급금에 해당한다고 보인다.
(4) 쟁점③에 대하여 살펴보면, 법인세법 시행령제88조 제1항 제7호는 부당행위계산의 유형으로 “금전 기타 자산 또는 용역을 시가보다 높은 이율ㆍ요율이나 임차료로 차용하거나 제공받은 경우”를 규정하고 있는데, 임차료라는 규정의 문리해석상 부가가치세는 포함되지 아니하는 점, 비록 면세사업자의 경우 지급 부가가치세를 매입세액으로 공제받지는 못하나 부가가치세를 지급받은 사업자의 경우 부가가치세를 납부하여야 하는 점, 부당행위계산부인을 함에 있어 시가산정시 부가가치세를 포함하지 아니하는 점 등을 종합하였을 때, 위 규정상 임차료에는 부가가치세가 포함하지 아니한다고 해석함이 합리적이고, 이는 당해 사업자가 면세사업자로서 지급한 부가가치세를 관련 매입세액으로 공제받지 못한다 하여 달라지지는 아니한다 할 것인바, 면세사업자인 청구법인이 매입세액 공제를 받지 못하는 사정상 쟁점부동산 임차와 관련하여 강○○○에게 지급한 부가가치세를 장부상 임차료에 포함하여 관리하였다는 사정만으로, 위 시행령 제7호 소정의 임차료에 부가가치세가 포함된다고 볼 수는 없다고 보인다.
(5) 마지막으로 쟁점④에 대하여 살피건대, 비록 강○○○이 2007.10.15. 임○○○에게 청구법인에 대한 자신의 지분 전부를 양도하기로 약정하고 2007사업연도중 지분 전부를 양도하였다고는 하나, 청구법인의 법인등기부등본상 강○○○이 2007.12.31.까지 청구법인의 대표이사로 재직하였다고 보이는 이상, 2007.12.16.부터 12.31.까지의 기간 중 청구법인과 강○○○은 법인세법 시행령제87조 제1항 제3호 소정의 특수관계자에 해당한다고 봄이 합리적이고, 청구법인이 제출한 근로소득 원천징수 영수증상 청구법인이 강○○○에게 2007년 12월분 급여를 일부만 지급하였다는 내용이 적시된 사실만으로 강○○○이 2007.12.16.이후 청구법인의 실질대표가 아니라고 보기에는 부족하다고 보인다.
(6) 따라서, 이 건 과세처분 중 부당행위계산부인시 감정평가액에 따라 시가차임을 계산하고 청구법인이 강○○○에게 지급한 임차료에 부가가치세를 포함한 다음, 이에 따라 부당 고가지급 차임 및 2006사업연도 업무무관가지급금의 범위를 계산한 부분은 쟁점부동산 인근 ○○○ 등의 임대가액을 재조사하고, 그 결과에 따라 청구법인의 지급 임차료 계산시 부가가치세를 제외하여 그 과세표준 및 세액을 경정함이 타당하다고 판단되나, 쟁점미회수보증금을 업무무관가지급금으로 보고 청구법인과 강○○○이 2007.12.16.부터 12.31.까지 법인세법 시행령제87조 제1항 제3호 소정의 특수관계자에 해당한다고 본 부분은 정당하다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.