청구법인이 주업종과 관련이 없는 특허권에 대한 전용실시권을 실제 매입・매출하지 아니한 것으로 보아 세금계산서불성실가산세를 부과한 처분의 당부

수원세무서장이 2008. 12. 5. 청구법인에게 한 2008년 제1기 부가가치세 100,000,000원(세금계산서불성실 가산세)의 부과처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구법인은 2005. 9. 22. 개업하여 경기도 화성시 ▶▶면 ☆☆리 146-10에서 건설업(주택건설)을 영위하는 사업자로서, 2008년 제1기 부가가치세 과세기간 중 촉매 혼합물 특허권에 대한 전용실시권을 주식회사 ★★(이하 "★★"라 한다)로부터 공급가액 25억 원에 매입하여 주식회사 ○○○에너지(이하 "○○○에너지"라 한다)에 동일한 가액으로 매출한 것으로 하여 부가가치세 신고를 하였다.
• 나. 처분청은 조사결과 청구법인의 위 매입ㆍ매출거래가 실제거래 없는 가공거래라 하여 관련 매입ㆍ매출세액을 부인하고 2008.12.5. 청구 법인에게 2008년 제1기 부가가치세 100,000,000원(세금계산서불성실 가산세)을 경정ㆍ고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2009.3.5. 이의신청을 거쳐 2009.6.26. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 사업의 다각화를 기하고 국제화시대에 새로운 활로를 찾던 중 발명권자 김●●으로부터 촉매혼합물 특허권에 대한 전용실시권을 공동으로 개발하여 판매하자는 제의가 있어 공동개발할 목적으로 2007. 11. 9. ★★와 공급대가 27억 5천만 원에 전용실시권 매매계약을 체결하고 2008. 6. 19. ★★로부터 전용실시권을 매수하였으며 매수잔금은 2007. 12. 4.부터 2008.4.1.까지 3차례에 걸쳐 23억 3천만 원을 지급하고 나머지 4억 2천만 원은 ○○○에너지가 직접 송금하였다. 청구법인은 (매매계약 후) 7개월 이상을 잔금지급 등 자금마련 및 기술개발 준비를 위하여 노력하였으나, 기술개발과정과 이익분배 등에 대하여 김●● 및 투자예정자들과 합의점이 이루어지지 아니하는 등 많은 문제점이 노출되어 개발사업을 포기하고 2008. 6. 27. ○○○에너지에 공급대가 27억 5천만 원에 마진 없이 양도하였다. 이 건 전용실시권의 취득ㆍ양도는 등록을 요하는 것으로 양수도시 특허등록원부에 그 이전등록된 내용이 확인되고, 대금의 수령ㆍ지급 사실도 확인되는 등 이건 거래는 실제거래로 청구법인은 전용실 시권을 취득하였다가 개발사업을 포기하고 제3자에게 양도한 것으로서 수익 미발생으로 인해 회계담당자가 실수하여 장부상에 반영되지 못한 것일 뿐, 청구법인은 실제로 전용실시권을 취득ㆍ양도하였는바, 당해 거래를 가공거래로 보아 과세한 이 건 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 주업종이 주택건설업으로 촉매 혼합물 특허권에 대한 전용실시권을 매입할 이유가 없고, 전용실시권을 매입하기 위하여 특허권자인 김●●으로부터 총 23억 3천만 원을 차입하였다고 주장하나, 차용금에 대한 김●●의 통장출금내역이 없고 법인장부상에도 가수금 등 부채계정에 계상된 사실이 없는 등, 실지 차입여부가 불투명하고, 이 건 전용실시권 양도대금은 2008.7.18. 주식회사 ◎◎피앤씨(이하 "◎◎피앤씨"라 한다)에서 ○○○에너지로 그리고 다시 청구법인 통장으로 입금되었음이 확인되나 청구법인은 매매대금을 김●●에게 변제하지 아니하고 최종 양수법인 ◎◎피앤씨의 최대주주인 이◇◇의 개인계좌에 입금한 것으로 확인되는 바, 실지자금의 원천은 ◎◎피엔 씨에서 유출되어 최종적으로 ◎◎피앤씨의 최대주주인 이◇◇에게 유입된 것으로 확인되고, 청구법인 등이 수수한 세금계산서는 2008. 7. 18. 대금을 통장 입금하는 방법 동으로 가공거래에 대하여 이를 실거래로 위장한 것으로 보이므로 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 청구법인이 촉매혼합물 특허권에 대한 전용실시권을 실제로 매입ㆍ매출하지 아니한 것으로 보아 세금계산서불성실 가산세를 부과한 처분의 당부
• 나. 관련법령 별지 기재와 같다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제시한 부가가치세조사 종결보고서(처분청, 2008.10.)에 의하면, 청구법인은 주택건설업을 영위하는 법인으로 사업과 무관한 에멀젼 연료 및 이를 제조하기 위한 촉매혼합물(등록번호 제0336092호) 특허권전용실시권을 매입하기 위하여 특허권 최초 소유자인 김●●으로부터 거액의 자금을 차입하여 매수하였다고 주장하나, 차용대금에 대한 김●●의 통장출금내역이 없고 차용증 외에는 다른 구체적인 금융증빙이 없으며, 법인장부상에는 차입하였다는 가수금 등 부채계정에 계상한 사실이 없는 등 실제로 김●●으로부터 차입하였는지 여부가 불분명하다고 기재되어 있다. 또한, 청구법인은 2008. 6. 30. ○○○에너지에 (공급가액) 25억 원의 매출세금계산서를 교부하고, ○○○에너지는 동일자에 25억 원에 ◎◎피앤씨에 매출한 것으로 세금계산서를 교부하여 3개 업체 모두 2008년 제 1기 부가가치세 확정 신고를 하였고, 이 건 거래와 관련하여 대금 결제 내역을 보면 특허권 전용실시권 양도대금이 2008.7.18. ◎◎피앤씨에서 ○○○에너지로 2008. 7. 18. 다시 청구법인으로 통장 입금되었음이 확인되나, 청구법인은 최초 매수대금을 차용하였다고 하는 김●●에게 변제 하지 아니하고 2008.7.18. 동일자에 최종 양수법인 ◎◎피앤씨의 최대주주인 이◇◇의 개인계좌에 입금시킨 것으로 기재되어 있다. 위와 같이 2008년 제1기에 특허권 전용실시권(25억 원)을 거래한 것으로 하여 세금계산서를 수수하였으나 감정평가서류나 실지가치를 확인할 수 있는 근거서류가 없고, 실제로 양수하였다고 하면서 김●●으로부터 차용한 금액의 출처가 확인되지 아니하며, 실지자금의 원천은 ◎◎피앤씨로부터 자금이 유출되고 최종적으로 ◎◎피앤씨의 최대주주인 이종 상에게 자금이 유입된 것으로 확인되어, 청구법인 등 3개 업체는 2008. 6. 30. 동일자로 매출세금계산서를 발행하고 2008. 7. 18. 동일자에 대금을 통장 입금하는 방식으로 (대금을) 결제한 것처럼 위장한 것으로 보이므로 매출금액 25억 원 및 매입금액 25억 원은 가공거래로 보인다고 기재되어 있다.

(2) 한편, ○○○에너지를 대상으로 한 과세쟁점위원회 의결결과 통보서(금천세무서 납세자보호담당관) 등에 의하면 다음과 같이 기재되어 있다. (가) 청구법인은 금천세무서 조사기간 중 전용실시권 양수도와 관련한 대금지급ㆍ회수, 자금원천 자료를 제출하였는바, ★★로부터 매수한 전용실시권 매수대금 결제관련 내역을 보면 2007. 11. 9. 계약금 2억 5천만 원, 2007.12.4. 중도금 5억 원, 2007. 12. 17. 중도금 7억 5천만 원, 2008.4.1. 중도금 8억 3천만 원을 지급한 것으로 되어 있으며 이에 관한 자금조달원천 자료로 김●●으로부터의 차입에 관한 금전소비대차계약서(2007. 11. 9. - 2008. 4. 1. 총 4매, 총 대여금액 23억 3천만 원)를 제출하였고, 2008. 6. 17. 잔금 4억 2천만 원은 그 자금조달원천이 ○○○에너지로부터 수령한 계약금인 것으로 기재되어 있다. 한편, ○○○에너지로부터의 매도자금 유업내역을 보면 2008.6.17. 계약금 4억 2천만 원(수표), 2008. 6. 17. 계약금 21,421,000원(인터넷뱅킹), 2008. 7. 18. 잔금 2.308.579.000원(인터넷뱅킹)을 지급받은 것으로 되어 있고, 위의 2008. 6. 17.자 21,421,000원은 매입처 ★★에 대한 중도금 연체 지체상금으로 청구법인의 요청에 따라 ★★로 송금한 것으로 기재되어 있다. (나) ○○○에너지는 청구법인으로부터 2008. 6. 28. 특허 전용실시권을 취득하여 2008. 6. 30. 관계회사인 ◎◎피앤씨에 양도하면서 청구법인에 결제한 금액 27억 5천만 원을 ◎◎피앤씨로부터 2008.6.17. 3억 5천만 원, 2008. 7. 4. 5천만 원, 2008. 7. 18. 23억 5천만 원을 법인 통장으로 송금 받은 것으로 기재되어 있다. (다) 청구법인 대표 노◆◆은 ★★로부터 특허전용실시권을 양수 (2007.11.9. 계약)하면서 지인 김●●으로부터 금전소비대차 내역과 같이 23억 3천만 원을 4회에 걸쳐 차용하면서 ★★에 매수대금을 지급하였고 잔금지급 등 지연으로 2008.6.19. 전용실시권을 이전등록하였으며, 청구법인과 ★★ 사이의 전용실시권 등 양수도계약서 제4조의 대금지급 방법을 보면 잔금 25억 원을 2007.12.7. 지급하는 것으로 하면서, 잔금 지급 을 담보하기 위하여 청구법인은 자신이 발행한 약속어음 또는 집행력 있는 공증을 받은 약속어음을 ★★에 제출하는 것으로 약정되어 있다. ★★는 청구법인이 약정일인 2007.12.7.까지 잔금지급이 이행되지 아니하자 2008. 3. 10. 청구법인 (대표) 노◆◆에게 아래와 같은 취지의 내용증명우편(제3133281018288호, 서울 ▽▽2동우체국 취급)을 발송하였는바, 귀사는 당사와 체결한 ‘에멀젼 전용실시권’ 계약과 관련하여 중도금과 잔금을 수차례 부도어음과 약속어음을 병행하여 대금 지급을 연기하였고, 당사는 이를 믿고 귀사에게 편의를 제공하였으나 현재 (2008. 3. 10.)까지 귀사의 어려움만 이야기하고 해결에 대한 신뢰를 할 수 없으며 귀사가 발행하고 귀사의 대표이사 노◆◆이 연대 보증한 약속어음이 만기일(5억 원 2008. 2. 27.. 7억 5천만 원 2008. 2. 29.)이 지나도록 입금되지 아니하여 당사에서는 귀사 대표이사 명의의 자산에 대해 법적 절차를 착수할 것이니 이 점 양지하기 바란다고 되어 있고, 또한 현재 잔금입금이 완료되지 아니한 상태에서 에멀젼 전용실시권을 사용하는 것은 부당한 행위로 생각되는 바, 귀사가 ○○○에너지와 진행 중인 업무에 대하여 당사에서는 ○○○에너지로 협조공문을 보낼 것이며, 잔금 지급이 계속 지연될 경우, 에멀젼 전용실시권 양도계약은 무효가 되며, 납부된 원금에 대하여는 몰취할 것이고, 이에 따라 당사가 입은 피해에 대하여는 계약서에 명시된 것처럼 50억 원을 청구할 것이니 이 점 양지하고 빠른 입금을 부탁한다고 되어 있다. 한편, ★★의 신청으로 수원지방법원의 부동산강제경매 사건(2008 타경11879)에 따라 청구법인 대표 노◆◆ 소유의 경기도 용인시 처인구 남사면 ▲▲리 등의 전ㆍ임야 11필지가 압류되었고, 상장법인 ★★는 증권거래법의 규정에 따라 2007.11.9. 에멀젼 전용실시권 및 기계설비의 매각에 대하여 공시하였는바 그 공시내용을 보면 계약상대방이 청구법인이고 계약 물품은 특허번호 제0336092호 ‘에멀젼 연료 및 이를 제조하기 위한 촉매혼합물의 전용실시권’으로서 계약체결(예정)일이 2007.11.9., 계약금액이 27억 5천만 원(부가가치세 포함)으로 되어 있다. (라) 김●●과 청구법인 (대표) 노◆◆ 사이에 금전차용에 따른 서로 간의 불신으로 양자는 2007.12.1. 법무사 김■■에게 ★★가 소유하고 있는 에멀젼 특허전용실시권에 관한 ‘매매조건 및 그 대금 교부행위’를 위임한다는 위임계약서를 작성하였고, 한편 이◇◇은 지인 김●●에게 총 22억 원을 대여해 주면서 김●●이 지정하는 계좌로 송금하였고, 이 중 2008.3.31. 김●●의 아들 김□□에게 송금한 11억 8,500만 원 중 8억 8천만 원이 위임한 법무사 김■■ 통장에 입금되고, 김■■는 8억 3천만 원을 자기앞수표를 발행하여 ★★에 매입채무액 변제로 지급하였고, 또한, 청구법인은 이 건 특허전용실시권을 ○○○에너지에 양도 후 2008.7.18. 잔금(23억 800만 원)을 기업은행 통장으로 받은 후 채권자 김●●의 요청에 따라 17억 원이 같은 날 이◇◇에게 무통장입금 되었고 나머지 6억 원은 1억 원짜리 6매로 수표발행되어 5매는 이◇◇에게 지급된 것으로 기재되어 있다.

(3) 청구법인이 제출한 특허등록원부 사본을 보면, 특허번호 제0336092호로서 발명의 명칭이 에멀젼 연료 및 이를 제조하기 위한 촉매 혼합물로 기재되어 있고, 특허권자란에는 등록권리자 김●●이 기재되어 있으며, 전용실시권의 전부이전등록과 관련한 내용을 보면 ★★로부터 청구법인, ○○○에너지, ◎◎피앤씨로 순차적으로 등록권리 자가 변경된 것으로 기재되어 있다. 한편, 청구법인이 제출한 전용실시권 및 기계설비 양수도계약서 (2007.11.9.)에 의하면, 주식회사 △△△△(현 ★★)가 청구법인에게 ‘에멀젼 연료 및 이를 제조하기 위한 촉매혼합물’의 전용실시권 등을 양도하는 것으로 되어 있고, 전용실시권의 양수도대금으로 27억 5천만 원(부가가치세 포함)이 기재되어 있으며 다른 2008.6.10.자 전용실 시권 등 양수도계약서를 보면 청구법인이 ○○○에너지에 ‘에멀젼 연료 및 이를 제조하기 위한 촉매혼합물’의 전용실시권 등을 이전하는 것으로 기재되고, 특허전용실시권의 양수대가로 25억 원(부가가치세 별 도)이 기재되어 있다.

(4) 청구법인이 제출한 금전소비대차계약서(4매)에 의하면, 김●● 이 각각 2억 5천만 원(2007. 11. 9.자 계약서), 5억 원(2007. 12. 4.자), 7억 5천만 원(2007. 12. 17.자), 8억 3천만 원(2008. 4. 1.자)을 청구법인에 대여하고(보증인 노◆◆)하는 것으로 기재되고, 김●●의 영수증에는 청구법인에 대하여 2007. 11. 9.자 차입금 2억 5천만 원, 2007. 12. 4.자 차입금 5억 원, 2007. 12. 17.자 차입금 7억 5천만 원, 2008. 4. 1.자 차입금 8억 3천만 원, 합계 23억 3천만 원을 영수한 것으로 기재되어 있다.

(5) 청구법인이 제출한 수원지방경찰청의 불기소이유통지문 (2009-3946호, 2009. 8. 18.)에 의하면, 피고소인이 노◆◆ 및 청구법인이 고 처분요지에 ‘혐의없음’으로 되어 있으며, 불기소이유(사법경찰관 의견서)를 보면 주식회사 △△△△에서 발송한 내용증명과 수원지방법원 2008타경 11879 부동산강제 경매사건, 특허 등록원부로 보아 ★★로부터 에멀젼 전용실시권을 매수하여 ○○○에너지에 매도한 것을 발견할 수 있다고 기재되어 있다.

(6) 살피건대, 특허등록원부 사본상 이 건 전용실시권의 이전등록 내용을 보면 ★★로부터 청구법인, ○○○에너지, ◎◎피앤씨로 순차적으로 등록권리자가 변경된 것으로 되어 있고, 청구법인은 이 건 전용실시권을 ★★로부터 양수하여 공급가액 25억 원에 ○○○에너지에 양도하는 것으로 기재된 양수도계약서들을 제출하고 있으며, ○○○에너지를 대상으로 한 ‘과세쟁점위원회 의결결과 통보서’ (금천세무서 납세자보호담당관) 등에 의하면, ★★는 청구법인과의 특허전용실시권 매도계약을 공시하였고, 청구법인으로부터 약정된 기일에 대금지급이 연체되자 청구법인으로부터 지체상금으로 21,421,000원 (○○○에너지가 청구법인 요청에 따라 직접 송금)을 받았으며, ★★는 청구법인에 잔금지급을 촉구하는 내용증명을 발송하였고, 청구법인의 대표 노◆◆ 명의의 개인재산에 대하여 부동산강제경매 결정이 이루어졌으며, 청구법인에 대한 수원지방검찰청의 조세범처벌법 위반 형사사건에서 최종적으로 무혐의로 불기소처분 되었고, 이◇◇은 지인 김●●에게 총 22억 원을 대여해 주면서 김●●이 지정하는 계좌로 송금하였으며 청구법인은 이 건 특허전용실시권을 ○○○에너지에 양도하고 2008. 7. 18. 잔금(23억 8백만 원)을 받은 후 김●●의 요청에 따라 22억 원을 이◇◇에게 입금(지급)한 것으로 되어 있으며, 청구법인의 주업종이 주태건설업이라 하더라도 기업은 미래 발생할 수익을 예상하여 사업의 다각화 등을 통하여 사업을 확장하거나 변신할 수 있는 점 등을 종합적으로 고려할 때, 청구법인이 실제로 이 건 전용실시권을 ★★로부터 매입하여 ○○○에너지에 매출한 것으로 보이는바, 처분청이 이 건 촉매혼합물 특허권에 대한 전용실시권을 청구법인이 실제로 매입ㆍ매출하지 아니한 것으로 보아 부가가치세(세금계산서불성실 가산세)를 부과한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.