농지대토에 대한 양도소득세 감면규정의 적용대상여부

1.○○세무서장이 2009.4.6.청구인에게 한 2006년 귀속 양도소득세 120,130,000원의 부과처분은 ○○도 ○○시 ○○구 ○○동 181 답 2,559㎡의 공유지분 1/2에 대하여 조세특례제한법제70조 제1항의 농지대토에 대한 양도소득세 감면규정을 적용하여 그 과세표준 및 세액을 경정한다.

2. 나머지 심판청구는 이를 기각한다.

• 가. 청구인은 1997.12.29. ○○도 ○○시 ○○구 ○○동 -1 답 6,264㎡ 및 동소 55- 답 331㎡, 동소 답 2,559㎡, 합계 9,154㎡의 각 공유지분 1/2(이하 “쟁점농지”라 한다)을 취득하여 2006.12.20. 한국토지공사에게 양도한 후, 조세특례제한법(이하“조특법”이라 한다) 제70조의 농지대토에 대한 양도소득세 감면규정을 적용하여 2007.2.27. 양도소득 과세표준을 예정신고하였다.
• 나. 처분청은 청구인이 쟁점농지 소재지에 거주하면서 쟁점농지를 직접 경작하지 아니한 것으로 보아 위 농지대토에 대한 양도소득세 감면규정의 적용을 배제하여 2009.4.6. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 120,130,000원을 경정고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2009.6.23.1.30 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 쟁점농지 보유기간 8년 11개월(1997.12.29.~2006.12.20.)기간동안 쟁점농지 소재지에 계속 거주하면서 쟁점농지를 직접 경작하였고, 주민등록표상 적어도 3년7개월(1997.12.2.~1998.9.28. 및 2004.2.19.3~2006.12.20.)은 쟁점농지 소재지에 전입하여 자경한 후 2007.5.28. ○○도 ○○시 ○○면 ○○리 314-2 전 2,370㎡ 및 종소 315 답 2,572㎡, 합계 4,942㎡(이하 “대토농지”라 한다)를 대체취득하여 경작하고 있는데도 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 주민등록표상 쟁점농지 소재지에 거주하지 아니한 1998.9.28.~2004.2.18. 기간동안 자녀 교육문제 등으로 주소지만 이전한 거셍 불과하고 쟁점농지 소재지에 실지로 거주하였다고 주장하나 청구인의 주민등록상 주소이력을 보면, 단기간(4개월)에 주소를 이전한 이력이 있는 등 주소이전이 빈번한 점, 자녀들의교육수요가 이미 소멸한 이후에도 상당기간 방치하였다가 2004년 2월에야 환원한 점 등을 볼 때 청구인이 쟁점농지 소재지에 거주하였다고 보기 어렵다. 또한, 청구인이 재촌자경의 근거로 제시한 인우보증서 등의 작성명의인 ○○○의 경우 처분청의 2007년 6월 현지확인조사 당시에는 6~7년 전부터 쟁점농지 중 **-1 답 6,264㎡의 공유지분 1/2(이하 “55-1농지”라 한다) 및 55-3 답 331㎡의 공유지분 1/2(이하 “55-3농지”라 한다)를 임차하여 ○○농원을 운영하였다고 진술하였다가 이 건 과세전적부심사 과정에서는 이를 번복하여 청구인과 공동경작하였다고 진술하는 등 그 진술내용에 일관성이 없을 뿐만 아니라, 공동경작과 관련된 수입 및 비용 배분내역 등 청구인과 ○○○이 공동경작하였음을 입증할 만한 증빙자료도 제출하지 못하고 있어 청구인이 쟁점농지를 자경하였다고 보기 어려우므로 청구인의 주장은 이유없다.

• 가. 쟁점 쟁점농지가 조특법제70조의 농지대토에 대한 양도소득세 감면규정의 적용대상인지 여부
• 나. 관련법령 (1) 조세특례제한법 제69조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】(2008.12.29.법률 제9276호로 개정되기 전의 것)

① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2010년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 직접 경작한 토지로서 농업소득세 과세대상[비과세·감면 및 소액부징수(소액불징수) 대상을 포함한다]이 되는 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 주거지역·상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 "주거지역등"이라 한다)에 편입되거나 도시개발법 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분(환지처분) 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다 제70조 【농지대토에 대한 양도소득세 감면】① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 직접 경작한 토지로서 농업소득세 과세대상(비과세·감면 및 소액부징수 대상을 포함한다)이 되는 토지를 경작상의 필요에 의하여 대통령령으로 정하는 경우에 해당하는 농지로 대토(대토)함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. (2) 조세특례제한법 시행령(2007.2.28.대통령령 제19888호로 개정되기 전의 것) 제66조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】

① 법 제69조제1항 본문에서 "농지소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자"란 8년[제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사(이하 이 조에서 "한국농어촌공사"라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시·군·구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시·군·구안의 지역 제67조 【농지대토에 대한 양도소득세 감면요건 등】

① 법 제70조제1항에서 "대통령령으로 정하는 거주자"란 3년 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작을 개시할 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다. 이하 이 조에서 "농지소재지"라 한다)에 거주한 자를 말한다. <개정 2008.2.22 부칙, 2010.2.18 부칙>

1. 농지가 소재하는 시·군·구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다) 안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시·군·구 안의 지역

3. 해당 농지로부터 직선거리 20킬로미터 이내의 지역

② 법 제70조제1항에서 "직접 경작"이라 함은 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년성 식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 말한다. <개정 2006.2.9 부칙>

③ 법 제70조제1항에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 경작상의 필요에 의하여 대토하는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. <개정 2007.2.28 부칙, 2010.2.18 부칙>

1. 3년 이상 종전의 농지소재지에 거주하면서 경작한 자가 종전의 농지의 양도일부터 1년(공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 따른 협의매수·수용 및 그 밖의 법률에 따라 수용되는 경우에는 2년) 내에 다른 농지를 취득하여 3년 이상 새로운 농지소재지에 거주하면서 경작한 경우로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

• 가. 새로 취득하는 농지의 면적이 양도하는 농지의 면적의 2분의 1이상일 것
• 나. 새로 취득하는 농지의 가액이 양도하는 농지의 가액의 3분의 1이상일 것 부칙(2006.2.9. 대통령령 제19329호로 개정된 것) 제1조【시행일】이영은 공포한 날부터 시행한다(단서생략) 제10조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면에 관한 적용례】제66조 제1항 및 제12항의 개정규정은 이 영 시행후 양도하는 분부터 적용한다. 부칙(2005.12.31. 대통령령 제19256호로 개정된 것)제1조【시행일】이 영은 2006년 1월 1일부터 시행한다. 제2조【농지대토에 대한 양도소득세 감면요건 등에 관한 적용례】이 영은 이 영 시행 후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점농지 및 대토농지의 부동산등기부등본을 보면, 청구인이 1997.12.29.쟁점농지(면적 4,577㎡)를 취득하여 2006.12.20. 공공용지 협의취득을 원인으로 한국토지공사에게 양도하고, 2007.5.28. 대토농지(면적 4,942㎡)를 취득한 사실이 각각 확인된다.

(2) 쟁점농지 보유기간 동안 청구인 등의 주민등록상 주소이력은 아래<표>와 같다. <표>주민등록상 주소 이력 (3)처분청의 2007년 6월 현지확인(농지)복명서 등을보면, 처분청의 현지확인 당시 ○○○은 6~7년 전부터 쟁점농지 중 55-1농지 및 55-3농지를 연 차임 2,300천원에 임차하여 ○○농원을 운영하였다고 진술하였고, 1997년 4월부터 2008년까지 ○○특별시 ○○구 ○○동에서 생화 도소매점을 운영한 이력이 있었던 것으로 나타난다. (4)쟁점농지의 재촌자경 여부와 관련하여 청구인이 제출한 증빙자료는 아래와 같다. (가)○○○과 ○○○이 2002.10.17. 및 2004.2.19. 각 작성한 부동산임대차계약서를 보면 ○○○은 2002.10.17.~2006.2.19.기간 동안 ○○○로부터 ○○도 ○○시 ○○구 ○○동 ***-1소재 방2칸을 임차한 것으로 기재되어 있다. (나) 청구인의 딸인 ○○○과 ○○○의 최종학력 증명서를 보면, ○○○은 2000.6.14. ○○,고등학교(○○도 ○○시 ○○동 소재)에서, ○○○은 2002.5.2. ○○여자고등학교(○○특별시 ○○구 ○○4동 소재) 및 2002.11.30. ○○○○고등학교(○○특별시 ○○구 ○○3동 소재)에서 각각 제적한 것으로 나타난다. (다)쟁점농지의 농지원부를 보면, 쟁점농지 중 181 답 2,559㎡의 공유지분 1/2(벼)과 55-1농지(화훼)는 청구인이 자경한 것으로, 나머지 55-3농지는 경작 미확인으로 각각 기재되어 있고, ○○도 ○○시 ○○구 소재 ○○종묘 및 ○○종묘사 명의의 영수증 사본 5매를 보면, 청구인이 2005.7.20.~2006.4.20. 기간 동안 합계 169,000원 상당의 농약 등을 구입한 것으로 기재되어 있다. (라)○○○(농지관리위원)의 2007.2.22.자경농지 사실확인서 및 ○○○,○○○,○○○의 인우보증서를 보면, 청구인이 1997년~1998년, 2004년~2006년 각 기간 동안 쟁점농지를 자경하였다고 기재되어 있고, 청구인과 ○○○의 1998.1.14. 수입분배계약서를 보면, 청구인과 ○○○이 ○○농원을 경작하면서 6(청구인):4(○○○)의 비율로 수입을 분배(단, 청구인이 경험이 없고 판매유통을 몰라 이를 도와주는 조건임)하기로 약정한 것으로 기재되어 있다.

(5) 청구인의 언니 ○○○은 2009.11.27. 조세심판관회의에서 청구인이 쟁점농지 인근에서 청구인의 형부인 ○○○ 내외와 같이 거주하면서 쟁점농지를 경작하였는데, 쟁점농지를 구입한 후 이를 직접 경작하기 위하여 ○○○에게 농지를 비워달라고 요구하였으나 ○○○이 전 주인과 5년간의 임대차계약을 체결하였는데 임차기간이 2년이 남았다고 주장하면서 청구인의 요구를 거부하여 서로 다툼을 벌이던 중 청구인과 신승준이 화훼를 공동경작하기로 합의하였다고 의견진술하였다. (6)청구인의 주민등록정보를 보면, 청구인은 2007.11.22. ○○도 ○○시 ○○면 ○○리 ***-2 대토농지 소재지에 전입하였고, 대토농지의 농지원부를 보면, 청구인이 벼농사를 자경하고 있는 것으로 기재되어 있고, ○○도 ○○시 ○○면 ○○중앙회의 거래자/상품별 매출내역조회를 보면, 2009년도에 청구인에게 합계 833,650원 상당의 종자, 비료 등을 매출한 것으로 나타난다. (7)위 사실관계를 종합하여 보건대, (가) 쟁점농지 중 181답 2,559㎡의 공유지분 1/2의경우를 보면, 청구인의주민등록표상 주소이력 및 농지원부, 농약 등 구입영수증, 농지관리위원의 자경사실확인서 등의 각 기재사항 등을 감안할 때, 청구인이 적어도 3년 7개월 이상 쟁점농지 소재지에서 거주하면서 자경한 후 쟁점농지를 양도한 날부터 1년이내에 대토농지를 취득하여 대토농지 소재지에서 이 건 심리일 현재까지도 이를 경작하고 있는 것으로 보인다. 그렇다면, 조특법제70조 제1항 및 같은 법 시행령 제67조의 규정에 의한 농지대토에 대한 양도소득세 감면요건을 충족하였다 할 것이므로 동 규정을 적용하여 이 건 양도소득세의 과세표준 및 세액을 경정함이 타당하다고 하겠다. (나)다음으로, 쟁점농지 중 ○○농원이 소재한 55-1농지 및 565-3농지를 보면, 설령 청구인의 주장과 같이 청구인과 ○○○이 화훼를 공동경작하였다고 하더라도 ○○○이 ○○특별시 ○○구 ○○동에서 생화 도소매점을 운영한 이력이 있는 반면, 청구인은 화훼재배,판매와 관련하여 사업자등록 등을 한 사실이 없고,화훼재배 등의 경험이 없는 청구인이 신승준과 대등한 수준으로 ○○농원을 운영하였다고 볼 만한 근거가 부족한 점 등을 미루어 볼 때, 농작업의 1/2이상을 청구인의 노동력에 의하여 경작 도는 재배한 것으로 보기 어려워 조특법 시행령제66조 제12항 및 제67조 제2항의 규정에 의한 “직접 경작”의 요건을 갖추었다고 볼 수 없으므로 위 농지에 대하여도 8년이상 자경농지에 대한 감면 또는 농지대토로 인한 자경감면 규정이 적용되어야 한다는 청구인의 주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호,제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. 2010년 6월 17일