경정이 있을 것을 미리 알고 수정신고한 것으로 볼 수 있는지 여부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 1993.3.10. 개업하여 수출용 목상자 제조업을 영위 하는 법인으로 □□□합판(이하 "□□□"라 한다)으로부터 2004 사업 연도에 공급가액 270,053,501원, 2005사업 연도에 공급가액 247,878,800원, 합계 517,932,301원의 세금계산서(이하 "쟁점세금계산서"라 한다)를 수취하고 동 매입액을 손금산입하여 2005.3.31. 및 2006.3.31. 각각 2004사업연도 및 2005사업연도 법인세 과세표준 및 세액을 신고하였다.
• 나. 서○○세무서장은 2006.7.6. ~ 2008.6.30. 기간 중 □□□에 대한 자료상혐의 조사결과 쟁점세금계산서를 실물거래 없는 가공세금 계산서로 확인하였고 2008.7.8.그 과세자료를 처분청에 통보하였다.
• 다. 청구법인은 2008.10.2. 청구법인의 대표이사로부터 쟁점세금계산서상 공급대가인 569,725,531원(이하 "쟁점금액"이라 한다)을 회수 하여 익금에 산입하고 유보로 소득처분하여 2008.10.9. 법인세 과세 표준 수정신고를 하였다.
• 라. 처분청은 청구법인이 한 위 수정신고에 대하여 "경정이 있을 것을 미리 알고 수정신고한 경우"에 해당한다고 하여 쟁점금액을 상여로 소득처분하고 2009.2.16. 소득금액변동통지를 하였다.
• 마. 청구법인은 이에 불복하여 2009.3.23. 이의신청을 거쳐 2009.6.11. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 □□□의 자료상 혐의자 조사와 관련하여 아무런 소명안내를 받은 사실이 없이 청구법인의 대표이사로부터 쟁점 금액을 회수하여 수정신고 한 것은 법인세법 시행령 제106조 제4항 에서 "수정신고 기한 내에 매출누락 동의 사외유출된 금액을 법인이 회수하고 이를 익금에 산입하여 신고하는 경우의 소득처분은 유보로 한다"라고 규정함에 따라 청구법인 스스로 자기보정의 기회를 통해 적법하게 신고한 행위라 할 수 있는데도 처분청이 청구법인에 대해 어떠한 통지도 없이 경정이 있을 것을 마리 알았다고 추정하여 쟁점금액의 귀속이 불분명한 것으로 보아 대표자에게 상여 처분한 것은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 서○○세무서장이 2006.7.6.부터 □□□의 2004년 제1기~ 2005년 제2기 과세 기간에 대한 자료상혐의 조사를 착수하는 과정에서 □□□의 매입ㆍ매출처에 대하여 소명요구서를 일반우편물로 발송한 사실이 조사복명서 등에 의하여 확인되며, 서○○세무서장이 2008.6.30. □□□ 실사업자 등을 자료상으로 사법 기관에 고발하였고, 2008.7.8. 처분청에 쟁점세금계산서를 가공세금 계산서로 확인하여 과세자료로 통보한 것으로 보아 청구법인이 경정이 있을 것을 미리 알고 2008.10.9. 수정신고를 한 것으로 보이므로 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 청구법인이 처분청의 경정이 있을 것을 미리 알고 수정신고한 것으로 볼 수 있는지 여부
• 나. 관련법령 별지 기재와 같다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 과세경위를 보면, 청구법인은 쟁점금액을 손금에 산입하여 2005.3.31. 및 2006.3.31. 각각 2004사업 연도 및 2005사업 연도 법인세 과세표준 및 세액을 신고하였다가, 2008.10.9. 청구법인의 대표 이사로부터 쟁점금액을 회수하여 익금에 산업하고 유보로 소득처분 하여 법인세 과세표준수정신고를 하였으나, 처분청은 청구법인의 수정신고에 대하여 "경정이 있을 것을 마리 알고 수정신고한 경우"에 해당한다고 하여 쟁점금액을 상여로 소득처분하고 2009.2.16. 소득금액변동 통지를 하였다.

(2) 청구법인은 □□□의 자료상 혐의 조사와 관련하여 아무런 소명요청을 받은 사실이 없이 청구법인의 대표이사로부터 쟁점금액을 회수하여 수정신고를 하였음에도 처분청이 청구법인에 대해 어떠한 통지도 없이 경정이 있을 것을 미리 알았다고 추정하여 귀속이 불분명한 것으로 보아 대표자에게 상여처분한 것은 부당하다고 주장하므로 이에 대해 살펴본다. (가) 법인세법 시행령 제106조 제4항 에서 "내국법인이 국세기본법 제45조 의 수정신고기한 내에 매출누락, 가공경비 등 부당하게 사외유출된 금액을 회수하고 세무조정으로 익금에 산입하여 신고하는 경우의 소득처분은 사내유보로 한다. 다만, 세무조사의 통지를 받거나 세무조사에 착수된 것을 알게 된 경우 등 경정이 있을 것을 미리 알고 사외유출된 금액을 익금산입하는 경우에는 그러하지 아니하다"고 규정 하고 있고, 국세기본법 제45조 제1항 에서 "과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 관할세무서장이 각 세법의 규정에 의하여 당해 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지를 하기 전까지 과세표준수정신고서를 제출할 수 있다"고 규정하고 있다. (나) 심리자료에 의하면, 서○○세무서장이 2006.7.6.부터 2008.6.30.까지 □□□에 대한 자료상조사를 실시하여 2008.6.30. □□□의 실사업자 김AA 및 명의대여자 우BB을 자료상으로 확정하여 사법기관에 자료상으로 고발하고 2008.7.8. 처분청에 쟁점세금계산서를 가공세금계산서로 보아 과세자료로 통보하였으며, 청구법인은 2008.10.9. 대표 이사로부터 쟁점금액을 회수하여 익금에 산입하고 유보로 소득처분 하여 법인세 과세표준수정신고를 한 사실이 나타난다. (다) 종합하건대, 자료상 조사의 경우 조사착수시점부터 매출처 ㆍ 매입처에 대해 관련 세금계산서의 거래사실 여부를 조회하거나 조사하여 이들 거래처로부터 제시된 자료에 근거하여 위장 ㆍ 가공세금 계산서를 확정한 후, 이를 거래처 관할 세무서장에게 과세자료로 파생하는 바, 청구법인은 서○○세무서장이 □□□에 대하여 자료상 혐의자 조사를 착수한 후 쟁점세금계산서의 거래사실 여부에 대한 조사과정에서 동 세금계산서가 가공이라는 사실을 알았을 것으로 보이고, 결국 쟁점세금계산서가 가공세금계산서로 확인되어 처분청에 과세자료로 통보한 이후에 법인세 수정선고 하였는 바, 이는 서○○세무서장이 처분청에 쟁점세금계산서 관련 과세자료를 통보하고 이에 따라 처분청으로부터 경정이 있을 것을 미리 알고 수정신고를 한 경우에 해당한다 할 것이므로 쟁점금액을 익금산입하고 유보로 소득처분하여 청구법인의 법인세 수정신고를 인정하지 아니하고 쟁점금액을 대표자에게 상여로 소득처분하여 청구법인에게 소득금액 변동통지한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정 한다.