입주권 양도당시 또 다른 입주권 보유한 청구인에게양도소득세 비과세 적용여부.

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 ○○○ 대지 49.75㎡ 및 건물 43.01㎡(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 1990.8.20. 취득하여 거주하던 중 2004.3.17.자 주택재건축사업의 시행인가로 인하여 쟁점주택이 입주권(이하 “쟁점입주권”이라 한다)으로 전환된 상태에서 2004.3.19. ○○○(이하 “쟁점외주택”이라 한다)을 취득하였으나, 쟁점외주택 또한 재건축사업 시행으로 인하여 2007.11.12. 관리처분계획인가 되어 조합원입주권(이하 “쟁점외입주권”이라 한다)이 되었고, 이후 청구인이 2007.11.26. 쟁점입주권을 양도한 것에 대하여 2007년 귀속 양도소득세 321,839,780원을 예정신고․납부하였다가, 쟁점입주권이 2005.5.31. 대통령령 제18850호로 개정되기 전의 구 소득세법 시행령제155조 제16항에서 규정한 ‘1세대 1주택의 특례가 적용되는 입주권’에 해당한다는 이유로 2009.1.8. 처분청에 ‘청구인이 납부한 양도소득세 중 210,241,980원을 환급하여야 한다’는 취지의 경정청구를 하였다.
• 나. 처분청은 청구인이 쟁점입주권의 양도 당시에 쟁점외입주권을 보유하고 있어 쟁점입주권에 대하여는 위 소득세법 시행령제155조 제16항을 적용할 수 없다는 이유로 2009.3.12. 청구인에게 위 경정청구에 대한 거부통지를 하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2009.6.1. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 1세대 1주택 비과세 요건을 충족한 쟁점주택에서 거주하던 중 재건축사업으로 인하여 쟁점주택이 입주권으로 전환된 상태에서 거주이전의 목적으로 쟁점외주택을 취득하였으나, 쟁점외주택도 재건축으로 인하여 입주권으로 전환된 후 쟁점입주권을 양도한 것이므로 쟁점입주권 양도당시 쟁점외입주권은 주택에 해당하지 아니하고, 종전의 주택을 소유하던 자가 재건축사업으로 인하여 종전주택이 멸실된 이후 거주이전으로 목적으로 새로운 주택을 취득하고, 새로운 주택의 취득일로부터 2년 이내에 준공된 주택을 양도하는 경우 일시적 1세대 2주택으로 보아 양도소득세를 과세하지 아니하는 점과 청구인이 쟁점주택을 먼저 양도하였다면 쟁점주택의 양도는 일시적 1세대 2주택에 해당되어 양도소득세 비과세 대상에 해당하나,도시 및 주거환경정비법(이하 “도정법”이라 한다)에서 쟁점외입주권의 처분을 금지하고 있어, 청구인은 양도소득세 부담에도 불구하고 부득이 쟁점입주권을 먼저 양도한 점을 감안할 때, 쟁점입주권 양도당시 다른 주택이 없는 청구인 세대가 양도한 쟁점입주권에 대하여는 소득세법 시행령제155조 제16항의 양도소득세 비과세 특례가 적용되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 쟁점외주택이 2007.11.12.도정법에 의한 주택 재건축사업으로 관리처분계획인가가 되어 쟁점외입주권으로 전환되었으므로소득세법제94조 제1항 제2호의 ‘부동산을 취득할 수 있는 권리’에 해당하여 구 소득세법 시행령제155조 제16항을 적용함에 있어 쟁점입주권 양도 당시에 ‘다른 주택이 없는 경우’에 해당한다고 주장하나, 쟁점입주권 양도 당시 청구인이 보유한 쟁점외주택은 2007.11.12. 관리처분인가되었으나 주택이 멸실되지 아니한 상태로 청구인이 거주하고 있었고, 1세대 1주택 여부 판정시 2006.1.1. 이후 재건축사업에 대한 관리처분계획이 인가된 입주권은 주택으로 보는 것이므로 쟁점외입주권은 당연히 주택수에 포함되는 것으로 청구인 세대는 구 소득세법 시행령제155조 제16항의 ‘양도일 현재 다른 주택이 없는 경우’에 해당하지 아니하므로 이 건 경정청구를 거부한 것은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점입주권의 양도당시 쟁점외입주권을 보유한 청구인에게 구 소득세법 시행령제155조 제16항의 양도소득세 비과세 특례를 적용할 수 있는지 여부
• 나. 관련법령

(1) 소득세법(2007.12.31. 법률 제8825호로 개정되기 전의 것) 제89조 【비과세양도소득】

① 다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 대통령령이 정하는 1세대 1주택(가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득

② 제1항의 규정에 불구하고 동항 제3호의 규정은 대통령령이 정하는 1세대가 주택(주택부수토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)과 도시 및 주거환경정비법 제48조 의 규정에 따른 관리처분계획의 인가로 인하여 취득한 입주자로 선정된 지위[동법에 따른 주택재건축사업 또는 주택재개발사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원으로서 취득한 것(그 조합원으로부터 취득한 것을 포함한다)에 한하며, 이에 부수되는 토지를 포함한다. 이하 "조합원입주권"이라 한다]를 보유하다가 그 주택을 양도하는 경우에는 이를 적용하지 아니한다. 다만, 도시 및 주거환경정비법에 따른 주택재건축사업 또는 주택재개발사업의 시행기간 중 거주를 위하여 주택을 취득하는 경우 그 밖의 부득이한 사유로서 대통령령이 정하는 경우에는 그러하지 아니하다. 부칙(2005.12.31. 법률 제7837호) 제12조【조합원입주권과 주택을 보유한 자에 대한 1세대 1주택 양도소득세 비과세의 배제 및 양도소득세의 세율에 관한 적용례】

① 제89조 제2항 및 제104조 제1항의 개정규정은 2006년 1월 1일 이후 최초로 도시 및 주거환경정비법에 따른 주택재개발사업 또는 주택재건축사업의 관리처분계획이 인가된 분부터 적용한다.

② 2006년 1월 1일 전에도시 및 주거환경정비법에 따른 주택재개발사업 또는 주택재건축사업의 관리처분계획이 인가되어 취득된 입주자로 선정된 지위 또는주택건설촉진법(법률 제6852호 도시 및 주거환경정비법으로 개정되기 전의 것을 말한다) 제33조의 규정에 따라 주택재건축 사업계획승인을 얻어 취득된 입주자로 선정된 지위를 2006년 1월 1일 이후에 매매·상속 등으로 인하여 승계취득하는 자에 대하여는 그 승계취득한 입주자로 선정된 지위를 2006년 1월 1일 이후 도시 및 주거환경정비법에 따른 주택재개발사업 또는 주택재건축사업의 관리처분계획의 인가로 인하여 취득한 조합원입주권으로 보아서 제89조 제2항 및 제104조 제1항의 개정규정을 적용한다. (2) 소득세법 시행령(2007.12.31. 대통령령 제20516호로 개정되기 전의 것) 제155조【1세대 1주택의 특례】? 법 제89조 제2항 본문의 규정에 따른 조합원입주권(이하 "조합원입주권"이라 한다)을 1개 소유한 1세대[도시 및 주거환경정비법제48조의 규정에 따른 관리처분계획의 인가일(인가일 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일) 현재 제154조 제1항의 규정에 해당하는 기존주택을 소유하는 세대에 한한다]가 당해 조합원입주권을 양도하는 경우 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 법 제94조 제1항 제2호 가목의 규정에 불구하고 이를 제154조 제1항의 규정에 따른 1세대 1주택으로 본다. 다만, 제2호의 경우에는 당해 1주택을 취득한 날부터 1년 이내에 당해 조합원입주권을 양도하는 경우에 한한다.

1. 양도일 현재 다른 주택이 없는 경우

2. 양도일 현재 1조합원입주권 외에 1주택을 소유한 경우 제156조의2【주택과 조합원입주권을 소유한 경우 1세대 1주택의 특례】

② 법 제89조 제2항 단서에서 "대통령령이 정하는 경우"라 함은 제3항 내지 제11항의 규정에 해당하는 경우를 말한다.

③ 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 조합원입주권을 취득함으로써 일시적으로 1주택과 1조합원입주권을 소유하게 된 경우 조합원입주권을 취득한 날부터 1년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우(1년 이내에 양도하지 못하는 경우로서 재정경제부령이 정하는 사유에 해당하는 경우를 포함한다)에는 이를 1세대 1주택으로 보아 제154조 제1항의 규정을 적용한다.

④ 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 조합원입주권을 취득함으로써 일시적으로 1주택과 1조합원입주권을 소유하게 된 경우 조합원입주권을 취득한 날부터 1년이 경과하여 종전의 주택을 양도하는 경우로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 때에는 이를 1세대 1주택으로 보아 제154조 제1항의 규정을 적용한다.

1. 도시 및 주거환경정비법에 따른 주택재개발사업(이하 "주택재개발사업"이라 한다) 또는 동법에 따른 주택재건축사업(이하 "주택재건축사업"이라 한다)의 관리처분계획에 따라 취득하는 주택이 완성된 후 1년 이내에 그 주택으로 세대전원이 이사(재정경제부령이 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양 그 밖의 부득이한 사유로 세대의 구성원 중 일부가 이사하지 못하는 경우를 포함한다)하여 1년 이상 거주할 것

2. 주택재개발사업 또는 주택재건축사업의 관리처분계획에 따라 취득하는 주택이 완성되기 전 또는 완성된 후 1년 이내에 종전의 주택을 양도할 것

⑤ 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택에 대한 주택재개발사업 또는 주택재건축사업의 시행기간 동안 거주하기 위하여 다른 주택(이하 이 항에서 "대체주택"이라 한다)을 취득한 경우로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 대체주택을 양도하는 때에는 이를 1세대 1주택으로 보아 제154조 제1항의 규정을 적용한다. 이 경우 동조동항의 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 아니한다.

1. 주택재개발사업 또는 주택재건축사업의 사업시행인가일 이후 대체주택을 취득하여 1년 이상 거주할 것

2. 주택재개발사업 또는 주택재건축사업의 관리처분계획에 따라 취득하는 주택이 완성된 후 1년 이내에 그 주택으로 세대전원이 이사(재정경제부령이 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양 그 밖의 부득이한 사유로 세대원 중 일부가 이사하지 못하는 경우를 포함한다)하여 1년 이상 거주할 것

3. 주택재개발사업 또는 주택재건축사업의 관리처분계획에 따라 취득하는 주택이 완성되기 전 또는 완성된 후 1년 이내에 대체주택을 양도할 것 (3) 소득세법 시행령(2005.2.19. 대통령령 제18705호로 개정된 것) 제154조【1세대 1주택의 범위】

① 법 제89조 제3호에서 “대통령령이 정하는 1세대 1주택”이라 함은 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이하는 가족과 함께 구성하는 1세대(이하 “1세대”라 한다)가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 당해 주택의 보유기간이 3년 이상인 것(서울특별시, 과천시 및 택지개발촉진법 제3조 의 규정에 의하여 택지개발예정지구로 지정ㆍ고시된 분당ㆍ일산ㆍ평촌ㆍ산본ㆍ중동 신도시지역에 소재하는 주택의 경우에는 당해 주택의 보유기간이 3년 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것)을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 아니한다. 제155조【1세대 1주택의 특례】?도시 및 주거환경정비법에 의한 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원(주택재개발사업의 경우 동법 제48조의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일, 주택재건축사업의 경우 동법 제28조의 규정에 의한 사업시행인가일이나 그 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일 현재 제154조 제1항의 규정에 해당하는 기존주택을 소유하는 자에 한한다)이 당해 조합을 통하여 취득한 입주자로 선정된 지위(이에 부수되는 토지를 포함한다)를 양도하는 경우 양도일 현재 다른 주택이 없는 경우에는 법 제94조 제1항 제2호 가목의 규정에 불구하고 이를 제154조 제1항의 규정에 의한 1세대 1주택으로 본다. (4) 소득세법 시행령(2005.5.31. 대통령령 제18850호로 개정된 것) 제155조【1세대 1주택의 특례】?도시 및 주거환경정비법에 의한 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원(동법 제48조의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일 또는 그 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일 현재 제154조 제1항의 규정에 해당하는 기존주택을 소유하는 자에 한한다)이 당해 조합을 통하여 취득한 입주자로 선정된 지위(이에 부수되는 토지를 포함한다)를 양도하는 경우 양도일 현재 다른 주택이 없는 경우에는 법 제94조 제1항 제2호 가목의 규정에 불구하고 이를 제154조 제1항의 규정에 의한 1세대 1주택으로 본다. 부 칙 (2005.5.31. 대통령령 제18850호) 제1조【시행일】이 영은 공포한 날부터 시행한다. 제4조【주택재건축사업의 조합원에 대한 1세대 1주택 특례적용 및 양도차익의 산정에 관한 경과조치】 이 영 시행전에도시 및 주거환경정비법에 의하여 사업시행인가를 받은 주택재건축사업의 조합원에 대한 1세대 1주택 특례적용 및 양도차익의 산정에 관하여는 제155조 및 제166조의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 의한다.

(5) 국세기본법(2007.12.31. 법률 제8830호로 개정되기 전의 것) 제18조【세법해석의 기준, 소급과세의 금지】

① 세법의 해석ㆍ적용에 있어서는 과세의 형평과 당해 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당히 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 1990.8.20. 쟁점주택을 취득하여 거주하던 중 주택 재건축사업의 시행인가로 인하여 2004.3.17.자로 쟁점주택이 쟁점입주권으로 전환된 상태에서 2004.3.19. 쟁점외주택을 취득하였으나, 쟁점외주택 또한 재건축사업 시행으로 인하여 2007.11.12.자로 관리처분계획인가 되어 쟁점외입주권으로 전환되었고, 2007.11.26. 쟁점입주권을 양도하였다.

(2) 청구인은 쟁점입주권 양도 당시 소유 및 거주하고 있는 쟁점외주택은 2007.11.12. 관리처분계획인가로 조합원입주권으로 전환된 바, 쟁점외입주권은 관리처분계획인가일부터 사용검사필증교부일까지는 ‘부동산을 취득할 수 있는 권리’이고, 청구인이 2005.5.31. 이전에 쟁점입주권을 취득하여 2005.2.19. 대통령령 제18705호로 개정된 소득세법 시행령의 적용을 받으므로 쟁점입주권을 양도일 현재 쟁점외입주권을 주택으로 볼 것인지에 대하여도 위 법령에 의하여 판단하여야 하는 바, 동 쟁점외입주권은 주택에 해당하지 아니하고, 결국 청구인은 입주권이 2개 있는 상태에서 1개의 입주권을 양도한 것으로서 1세대 1주택 비과세 특례에 해당되며, 소득세법 기본통칙89-15(대체취득에 따른 1세대 2주택 비과세요건) 및 ‘종전의 주택을 소유하던 자가 그 주택이도정법에 의한 주택재개발사업 또는 주택재건축사업의 추진으로 2005.12.31. 이전에 관리처분인가되고, 사실상 주택이 멸실된 이후부터 재개발 또는 재건축주택의 완성일 전에 새로운 주택을 취득하고 재개발 또는 재건축주택의 준공으로 일시적 2주택이 된 경우 새로운 주택의 취득일로부터 준공된 주택을 2년 이내에 양도한 경우에는소득세법제89조 제1항 제3호 및 동법 시행령 제154조 제1항의 규정을 적용할 수 있는 것’이라는 기획재정부 예규○○○를 들어, 준공 전에 쟁점입주권을 양도한 청구인의 경우 대체취득에 따른 비과세에 해당된다고 주장한다.

(3) 쟁점입주권 양도당시 시행되고 있던소득세법(2005.12.31. 법률 제7837호로 개정된 것) 제89조 및 제104조는 양도소득세가 비과세되는 1세대 1주택 보유여부 판정시 2006.1.1. 이후에 재개발 또는 재건축사업의 관리처분계획이 인가된 조합원입주권(일반분양에 따른 입주권은 제외하며, 2006.1.1. 이전에 관리처분계획이 인가된 조합원입주권은 2006. 1.1. 이후에 매매·상속 등으로 인하여 승계취득한 경우에 한함)을 주택수에 포함하도록 하였는 바, 이는 조합원입주권은 주택을 취득할 수 있는 권리에 불과하므로 원칙적으로 양도소득세를 과세하여야 할 것이지만, 1세대가 1주택을 보유하다가 재개발?재건축으로 인하여 그 주택이 조합원입주권으로 전환되는 경우 주택으로 취급되지 않아 양도소득세가 과세되고, 1세대 2주택자의 보유주택 중 1주택이 조합원입주권으로 전환되는 경우 나머지 주택의 양도에 대하여 양도소득세가 비과세되는 문제를 해소하기 위한 것으로 해석되므로 소득세법 제89조 에 의하여 양도소득세가 비과세되는 1세대 1주택 보유여부 판정시 2006.1.1. 이전에 관리처분계획이 인가된 조합원입주권은 입주권으로 보고, 2006.1.1. 이후에 관리처분계획이 인가되었거나, 2006.1.1. 이전에 관리처분계획이 인가되었으나 2006.1.1. 이후에 매매?상속 등으로 승계취득한 조합원입주권은 주택으로 보아야 할 것으로 보인다.

(4) 이 건의 경우 청구인은 2개의 입주권을 보유하다가 그 중 입주권으로 전환될 당시 1세대 1주택에 대한 양도소득세 비과세 요건을 갖추었던 쟁점입주권을 양도한 것이므로 쟁점입주권의 양도에 대하여 1세대 1주택으로서의 양도소득세 비과세를 적용할 것인지 여부는 쟁점입주권이 입주권으로 전환될 당시의 소득세법령에 의하여 판단하여야 한다는 취지의 주장을 하고 있으나, 1세대 1주택에 대한 양도소득세 비과세 요건 충족 여부는 양도당시 시행되고 있던 법령에 의하여 판단하여야 하고, 쟁점입주권 양도당시 시행되고 있는소득세법(2005.12.31. 법률 제7837호로 개정된 것) 제89조에 의하면, 2006.1.1. 이전에 재건축사업에 대한 관리처분계획이 인가된 쟁점입주권은 조합원입주권에 해당하지만 2006.1.1. 이후에 재건축사업에 대한 관리처분계획이 인가된 쟁점외입주권은 주택으로 보아 같은 조의 1세대 1주택에 대한 양도소득세가 비과세 여부를 판단하여야 할 것으로 보인다. 이러한 관점에서 살펴보면,소득세법제89조의 위임에 의한 같은 법 시행령 제155조 제17항 제1호에서 조합원입주권 1개를 소유한 세대가 당해 조합원입주권을 양도하는 경우로서 양도일 현재 다른 주택이 없는 경우에는 법 제94조 제1항 제2호 가목의 규정에 불구하고 이를 제154조 제1항의 규정에 따른 1세대 1주택으로 보도록 하였지만, 청구인과 같이 양도일 현재 조합원입주권 외에 1주택을 소유한 경우에는 같은 항 제2호가 적용되어 당해 1주택을 취득한 날부터 1년 이내에 조합원입주권을 양도하는 경우에 한하여 제154조 제1항의 규정에 따른 1세대 1주택으로 보도록 하였는 바, 청구인은 이에 해당한다고 볼 수 없고, 청구인은 주택과 조합원입주권을 소유한 경우로서소득세법제89조 제2항 단서에 의하여 1세대 1주택의 특례가 적용되는 같은 법 시행령 제156조의2의 어느 항에도 해당된다고 볼 수 없다. 따라서, 쟁점입주권이 쟁점입주권 양도당시의 소득세법 시행령 제155조 제17항 (개정전의 제16항)에 의하여 1세대 1주택의 특례가 적용되는 입주권에 해당되지 아니한다고 보아 이 건 경정청구를 거부한 것은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.