피합병법인이 보유하던 합병법인의 발행주식을 승계취득함으로써 보유하게 된 자기주식처분이익이 익금대상인지 여부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인(이하 ‘합병법인’이라 한다)은 1996.9.11 부터 현재까지 제조업(반도체장비)을 영위하고 있는 법인사업자로서， 2003.12.5. □□ 시스템 주식회사(이하 ‘피 합병법인’이라 한다)를 흡수합병한 후， 2004.4.23.과 2005.12.2. 피 합병법인이 보유하고 있던 합병법인의 발행 주식 550，000주와 600，000주를 처분하고 그 처분이 익 5，049，609，783원 과 1，004，261，157원을 2004사업연도와 2005사업연도 법인소득금액 신고 시 자기주식 처분이익으로 익금 산입하여 2004사업연도 법인세 400，496，960원과 2005사업 연도 법인세 522，938，540원을 선고 ․ 납부하였다.
• 나. 그 후 청구법인은 2008.3.28. 합병법인이 합병으로 피 합병법인이 보유하고 있던 합병법인의 주식을 승계취득 한 자기주식을 양도하는 경우 그 처분이익은 합병차익에 포함되어 익금산입대상에서 제외되어야 한다는 대법원 판례를 근거로 처분청에 2004사업연도 법인세 400，496，960원과 2005사업 연도 법인세 308，122，980원의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.
• 다. 이에 대하여， 처분청은 2009.2.20. 합병법인이 합병으로 인하여 피 합병법인이 보유하던 합병법인의 발행주식을 승계 취득함으로써 보유 하게 된 자기주식을 양도하는 경우 해당 주식의 양도금액에서 합병 등기일 현재 법인세법상 시가를 차감한 가액을 익금에 산입하여야 한다는 기획재정부의 예규에 근거하여 피 합병법인의 취득가액과 합병 당시 시가와의 차액에 상당하는 금액인 786，150，000원(2004사업연도 375，984，783원， 2005사업연도 410，165，217원)을 익금 불 산입하여 2004사업 연도 법인세 101，515，890원과 2005사업 연도 법인세 102，541，300원을 환급하고， 나머지 2004사업 연도 법인세 298，981，070원과 2005사업 연도 법인세 205，581，680원에 대해서는 경정청구 거부처분을 하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2009.5.19. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 법인세법 제15조 제1항 ， 제17조 제3호， 같은 법 시행령 제11조 제2호의 규정체계와 취지에 비추어 보면， 법인의 자기 주식 처분이익은 그것이 자본거래로 발생한 합병차익에 해당하는 경우 익금산입 대상에서 제외되고， 그 외에 자기주식의 취득과 처분이 법인의 순자산을 증감시키는 거래에 해당하는 경우 그 처분이익은 익금산입의 대상이며， 합병의 경우 합병법인이 보유하던 피 합병법인의 발행주식， 즉 포합주식에 대하여 합병신주가 교부되면 자기주식을 취득한 결과가 되나 그것은 원래 합병법인이 보유하던 자산으로서 피 합병법인으로부터 승계 취득한 것이 아니므로 그 처분이익은 합병차익에 해당하지 아니한다고 할 것이지만， 합병법인이 합병으로 인하여 피 합병법인이 보유하던 합병법인의 발행주식(자기주식)을 승계 취득하여 처분하는 것은 자본의 증감에 관련된 거래로서 자본의 환급 또는 납입의 성질을 가지므로 자본거래로 봄이 상당하고 그 처분이익은 법인세법 제17조 제3호 에서 말하는 합병차익에 포함되어 익금산입대상에서 제외됨이 대법원 판례(2004두3755， 2005.6.10.) 등으로 구체적으로 알 수 있으므로 이 건 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 합병법인이 피 합병법인을 합병함에 있어 피 합병법인이 보유 하던 합병법인의 발행주식을 양도하는 경우 해당 주식의 양도금액에서 합병 등기일 현재법인세법상 시가를 차감한 가액은 익금산입대상임이 기획재정부의 예규(법인세제과 26， 2009.1.16.)에 의거 알 수 있으므로 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 합병법인이 합병으로 인하여 피 합병법인이 보유하던 합병법인의 발행주식을 승계 취득함으로써 보유하게 된 자기주식을 양도하는 경우 그 처분이익이 자본거래로 인한 수익으로서 익금 불 산입 대상에 해당하는지 여부
• 나. 관련법령 (1) 법인세법 제15조 【익금의 범위】① 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액으로 한다. 제17조 【자본거래로 인한 수익의 익금 불 산입】 다음 각 호의 수익은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 익금에 산입하지 아니한다.

3. 합병차익. 다만， 대통령령이 정하는 합병평가차익(이하 "합병 평가차익"이라 한다)을 제외한다.

4. 분할차익. 다만， 대통령령이 정하는 분할평가차익(이하 "분할 평가차익"이라 한다)을 제외한다. (2) 법인세법 시행령 제11조 【수익의 범위】 (2009.2.4. 대통령령 21302호로 개정되기 전의 것)법 제15조 제1항의 규정에 의한 수익은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다. 한국표준산업분류에 의한 각 사업에서 생기는 수입금액 (도급 금액 • 판매금액과 보험료액을 포함하되， 기업회계기준에 의한 매출 에누리금액 및 매출할인금액을 제외한다. 이하 같다). 다만， 법 제66조 제3항 단서의 규정에 의하여 추계하는 경우 부동산임대에 의한 전세금 또는 임대보증금에 대한 수입금액은 금융기관의 정기예금이자율을 참작하여 재정경제부령이 정하는 이자율(이하 "정기예금이자율"이라 한다)을 적용하여 계산한 금액으로 한다.

2. 자산(자기주식을 포함한다)의 양도금액 제11조 【수익의 범위】 (2009.2.4. 대통령령 21302호로 개정된 것) 법 제15조 제1항의 규정에 의한 수익은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.

1. 한국표준산업분류에 의한 각 사업에서 생기는 수입금액(도급금액․판매금액과 보험료액을 포함하되， 기업회계기준에 의한 매출에 누리금액 및 매출할인금액을 제외한다 이하 같다). 다만， 법 제66조 제3 항 단서의 규정에 의하여 추계하는 경우 부동산임대에 의한 전세금 또는 임대보증금에 대한 수입금액은 금융기관의 정기예금이자율을 참작하여 재정경제부령이 정하는 이자율(이하 "정기예금이자율"이라 한다)을 적용하여 계산한 금액으로 한다.

2의2. 자기주식(합병법인이 합병에 따라 피 합병법인이 보유하던 합병 법인의 주식을 취득하게 된 경우를 포함한다)의 양도금액

• 다. 사실관계 및 판단 처분청은 피 합병법인이 보유하던 합병법인의 발행주식을 승계 취득함에 따라 보유하게 된 자기주식을 양도하는 것은 자산의 양도금액 (자기주식 처분이익)에 해당하므로 익금산입 대상으로 보아 이 건을 처분한 데 대하여 청구법인은 자본거래에 의한 합병차익에 해당하여 익금 불 산입 대상이라고 주장하고 있으므로 이에 대하여 살펴본다.

(1) 청구법인은 상장회사로서 2003.12.5. 구 □□시스템 주식회사 (피 합병법인， 301-81-270510)를 흡수 합병하였고， 합병으로 피 합병법인으로부터 승계 취득한 쟁점주식의 처분내역은 아래 <표>와 같다. 청구법인은 쟁점주식 양도가액에서 취득가액을 차감한 양도차액 5，049，609，783원과 1，004，261，157원을 2004사업 연도와 2005사업연도 법인세 신고 시 익금산입 하였다가， 이를 익금산입 대상이 아니라고 보아 경정청구를 하였고， 처분청은 청구법인의 경정청구에 대하여 합병법인의 주식양도가액에서 합병등기일 현재 법인세법 상 시가를 차감한 가액 2004사업연도 4，673，625，000원， 2005사업연도 594，095，940원을 익금에 산입하여 과다 계상된 처분이익 375，984，783(5，049，609，783원-4，673，625，000원)， 410，165，217원 (1，004，261，157원 - 594，095，940원)에 대해 2004사업연도 법인세 101，515，890원 (375，984，783원x27%)，2005사업연도 법인세 102，541，300원(410，165，217원 x25%)만을 환급하고 나머지에 대해서는 경정청구 거부처분을 하였음 이 심리자료에 의해 나타난다. (2)법인세법제15조 및 같은 법 시행령 제11조 제2호에 ‘익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액으로， 자산(자기주식을 포함한다)의 양도금액’이 포함되는 것으로 규정하고 있다.

(3) 청구법인은 합병법인이 합병으로 인하여 피 합병법인이 보유 하던 합병법인의 발행주식(자기주식)을 승계 취득하여 처분하는 것은 자본의 증감에 관련된 거래로서 자본의 환급 또는 납입의 성질을 가지므로 자본거래로 봄이 상당하고 그 처분이익은 법인세법 제17조 제3호 에서 말하는 합병차익에 포함되어 익금산입대상에서 제외된다고 주장한다.

(4) 그러나， 합병법인이 합병에 따라 피 합병법인이 보유하던 합병 법인의 주식을 취득하게 된 경우 합병등기일 이전에는 자기주식에 해당하지 아니하므로 당초 취득가액과 합병등기일 현재의 시가와의 차액은법인세법상 익금산입 대상으로 보기 어렵다 할 것이나， 합병등기일 이후에는 자기주식에 해당하여 이를 양도하는 경우 법인세법 제15조 및 같은 법 시행령 제11조 제2호의 규정에 의거 손익 거래로서 익금산입 대상으로 봄이 타당하다 할 것이고， 2009.2.4. 대통령령 제21302호로 개정된 법인세법 시행령 제11조 제2의2호에서 ‘자기주식(합병법인이 합병에 따라 피 합병법인이 보유하던 합병법인의 주식을 취득하게 된 경우를 포함한다)의 양도금액’을 신설하여 수익의 범위에는 합병법인이 합병에 따라 피 합병법인이 보유하던 합병법인의 주식을 취득하게 된 경우를 포함한다고 규정하였는 바， 이를 확인적 규정으로 보아 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.